genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67890811--67890943	31	4.3	31	90	0	205	34	15	24	24	1.95
67892334--67892426	40	2.3	40	88	5	143	27	15	29	27	1.96
67893812--67893841	11	2.6	12	89	10	53	36	0	33	30	1.58
67895362--67895756	27	14.7	27	74	8	162	36	22	9	31	1.86
67895357--67895511	54	2.9	54	80	7	181	39	21	7	30	1.82
67895631--67895758	54	2.4	54	94	0	220	37	21	10	30	1.88
67895740--67895881	27	5.3	27	82	0	176	34	18	21	25	1.96
67895659--67895822	54	3.0	54	88	5	217	36	19	15	28	1.93
67895740--67895877	54	2.6	54	90	1	206	34	17	22	25	1.95
67896273--67896348	31	2.5	31	88	0	107	19	18	14	47	1.83
67896273--67896348	6	12.3	6	69	20	50	19	18	14	47	1.83
67897966--67898024	27	2.2	27	87	0	91	23	23	18	33	1.97
67897975--67898035	27	2.3	27	82	5	70	22	26	18	32	1.97
67910698--67910773	33	2.3	33	91	6	120	69	5	0	25	1.09
67910720--67910767	25	1.9	25	87	8	71	68	4	0	27	1.07
67910714--67910777	8	7.9	8	76	20	53	71	3	0	25	1.00
67910718--67910776	17	3.5	16	75	9	55	69	3	0	27	1.04
67910720--67910777	25	2.3	25	82	11	66	70	3	0	25	1.03
67915974--67916088	35	3.1	35	65	20	90	25	19	23	32	1.97
67915914--67916094	75	2.4	75	93	0	299	26	20	20	32	1.97
67916380--67916404	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
67918181--67918226	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67927184--67927238	28	1.9	29	92	3	94	61	10	10	16	1.55
67929164--67929211	21	2.3	21	78	7	53	41	0	27	31	1.56
67929193--67929226	14	2.4	15	85	14	54	35	0	26	38	1.57
67940135--67940206	36	2.0	36	83	0	90	55	9	15	19	1.67
67941227--67941350	43	2.9	42	76	7	142	30	22	14	32	1.94
67942620--67942691	32	2.3	31	77	13	76	36	19	2	41	1.66
67948143--67948772	313	2.0	308	83	2	778	36	13	20	30	1.90
67955598--67956133	272	2.0	271	93	1	912	35	27	11	26	1.90
67957462--67958089	313	2.0	305	86	4	866	37	13	19	30	1.90
67960465--67960689	40	5.6	40	84	3	283	25	24	26	23	2.00
67960465--67960689	120	1.9	121	85	4	321	25	24	26	23	2.00
67963566--67963631	33	2.0	33	93	0	114	33	7	22	36	1.83
67969733--67969848	52	2.2	52	98	0	223	28	24	25	22	1.99
67980496--67980524	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
67984795--67984823	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
67988824--67988952	55	2.3	55	77	9	145	29	31	20	17	1.96
67989428--67989466	17	2.2	18	86	4	53	20	5	0	74	1.01
68001722--68001788	22	2.8	23	82	11	82	34	1	22	41	1.63
68001780--68001843	34	1.9	33	87	9	94	35	1	20	42	1.62
68001822--68002004	100	1.8	100	88	2	278	39	1	13	45	1.54
68001917--68001973	22	2.6	22	85	0	78	43	1	14	40	1.55
68002007--68002089	28	2.9	29	81	5	105	40	1	16	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68002146--68002390	125	2.0	126	89	2	377	37	17	17	27	1.93
68005985--68006050	30	2.2	30	86	0	87	9	13	43	33	1.76
68006548--68006578	7	4.4	7	95	0	53	58	9	0	32	1.31
68006591--68006622	13	2.3	15	89	10	50	37	0	3	59	1.13
68006598--68006625	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
68007525--68007640	54	2.2	51	90	4	178	62	3	2	31	1.25
68007538--68007622	25	3.3	24	72	15	80	63	3	2	30	1.24
68008362--68008425	32	2.0	32	96	0	119	34	10	6	48	1.64
68009861--68009906	23	2.0	23	95	0	83	26	2	26	45	1.65
68011172--68011268	32	3.0	32	96	0	176	34	6	21	38	1.79
68023106--68023140	16	2.1	17	89	5	54	51	22	0	25	1.48
68023138--68023239	21	4.8	21	76	16	93	56	2	4	35	1.36
68023144--68023255	22	5.1	21	76	17	86	58	2	4	34	1.33
68023134--68023255	44	2.8	44	82	13	144	58	2	4	35	1.31
68023444--68023494	21	2.5	20	84	9	59	50	9	1	37	1.47
68023451--68023482	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
68023484--68023647	3	54.7	3	67	18	74	59	1	6	31	1.34
68023497--68023556	16	3.6	16	84	8	68	60	1	6	31	1.33
68024219--68024268	6	8.3	6	76	14	50	16	2	2	80	0.91
68038742--68040119	694	2.0	693	96	0	2531	30	15	18	34	1.93
68050530--68050561	9	3.6	9	91	0	55	31	0	15	53	1.43
68053036--68053088	14	3.8	14	83	16	74	49	0	13	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68053029--68053089	21	2.9	20	76	16	61	47	0	16	36	1.47
68053036--68053087	7	7.4	7	75	16	54	50	0	13	36	1.42
68054195--68054570	43	8.7	42	74	9	219	29	27	19	22	1.98
68054213--68054570	87	4.2	85	75	7	294	30	27	19	21	1.98
68060506--68060642	9	14.6	9	73	8	112	31	2	21	45	1.64
68060506--68060637	48	2.8	48	79	3	149	31	2	21	45	1.64
68060506--68060642	57	2.4	57	83	0	166	31	2	21	45	1.64
68063991--68064063	21	3.4	21	74	11	58	43	28	1	26	1.63
68064519--68064562	14	3.1	14	80	9	54	31	47	0	20	1.50
68065334--68065378	22	2.1	21	87	4	63	48	31	2	17	1.59
68065430--68065511	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
68065565--68065927	41	8.9	41	85	1	467	22	26	22	28	1.99
68071859--68071896	19	2.0	19	89	0	58	81	0	7	10	0.87
68075625--68075706	42	2.0	42	100	0	164	40	17	8	34	1.80
68079239--68079695	131	3.5	130	80	3	483	33	19	19	27	1.96
68085305--68085361	30	2.0	29	86	10	82	49	21	8	21	1.76
68086913--68086960	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
68093587--68093619	10	3.4	10	87	4	50	21	3	0	75	0.93
68093901--68093929	15	1.9	15	100	0	58	41	41	0	17	1.49
68100738--68100771	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
68103565--68103589	13	1.9	13	100	0	50	36	0	24	40	1.55
68108023--68108416	131	3.0	130	82	3	445	36	18	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68124219--68124279	24	2.5	24	79	10	79	34	21	21	22	1.97
68124265--68124315	25	2.1	24	85	3	66	33	15	27	23	1.95
68128168--68128454	49	5.8	49	79	4	306	26	18	25	29	1.98
68128168--68128448	100	2.8	100	92	1	465	25	18	25	29	1.98
68135942--68136027	42	2.0	42	97	0	163	18	8	25	47	1.76
68139431--68139571	60	2.4	59	83	7	169	26	19	25	27	1.99
68141496--68141610	18	6.3	18	74	8	99	41	16	7	33	1.77
68141506--68141613	36	3.0	36	80	6	112	40	15	7	36	1.76
68141809--68141930	53	2.3	53	85	2	165	41	22	19	15	1.89
68151493--68151560	34	2.0	34	97	0	127	23	19	8	48	1.76
68152258--68152345	45	2.0	45	97	0	167	44	26	3	26	1.70
68157135--68157357	47	4.7	47	92	1	340	31	8	30	28	1.88
68157463--68157652	37	5.1	37	94	0	326	21	19	33	25	1.97
68164889--68164929	21	2.0	21	85	9	57	17	19	21	41	1.90
68165147--68165245	41	2.5	38	80	18	98	49	2	2	46	1.24
68165157--68165253	37	2.5	38	76	11	99	49	2	2	46	1.25
68165256--68165296	18	2.3	18	86	0	55	65	2	2	29	1.18
68165399--68165512	56	2.0	56	98	0	219	42	10	3	42	1.56
68168343--68168375	14	2.2	16	89	10	52	39	0	6	54	1.25
68168510--68168565	27	2.1	26	81	15	62	64	3	1	30	1.21
68173837--68173944	26	4.2	26	90	0	171	33	8	23	35	1.85
68180486--68180590	26	4.0	26	91	0	174	32	8	23	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68195674--68195704	16	1.9	16	93	0	53	48	16	3	32	1.62
68198467--68198496	14	2.1	14	100	0	60	20	6	16	56	1.62
68199637--68199682	21	2.1	22	84	11	60	78	2	6	13	1.04
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68214505--68214593	36	2.4	36	81	1	97	38	13	11	37	1.81
68214705--68214818	47	2.3	50	77	13	135	44	21	17	16	1.86
68214723--68214824	47	2.1	47	90	1	159	40	22	19	17	1.92
68214953--68214990	16	2.4	16	84	16	53	36	7	0	55	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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