genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22592693--22592872	31	5.8	31	85	5	247	26	19	27	27	1.99
22592892--22593013	47	2.6	46	85	1	154	28	14	26	30	1.95
22592983--22593098	42	2.8	42	86	4	162	30	15	26	27	1.96
22595128--22595158	13	2.3	14	94	5	55	54	29	0	16	1.42
22595128--22595158	7	4.6	7	92	8	55	54	29	0	16	1.42
22601188--22601402	67	3.3	64	76	8	200	31	17	28	23	1.97
22604611--22605042	40	10.8	40	93	0	693	25	21	27	26	1.99
22609071--22609264	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
22609100--22609171	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
22609145--22609220	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
22609235--22609418	98	1.9	96	91	4	298	35	7	26	30	1.83
22609234--22609418	48	3.8	48	87	5	291	35	7	26	30	1.83
22609564--22609635	37	1.9	37	91	5	119	22	18	30	29	1.97
22611017--22611194	51	3.5	49	78	9	180	24	15	26	33	1.95
22631765--22631789	11	2.3	11	100	0	50	36	28	0	36	1.58
22634355--22634472	44	2.7	44	81	10	145	25	19	27	27	1.99
22636877--22636917	22	1.9	22	95	5	75	19	29	41	9	1.83
22642113--22642338	40	5.7	40	88	4	280	25	21	26	26	1.99
22643985--22644103	39	3.1	39	90	0	193	24	25	26	24	2.00
22646041--22646131	46	1.9	48	84	4	123	24	31	19	24	1.98
22654094--22654172	38	2.1	38	92	4	133	27	22	11	37	1.89
22664261--22664442	40	4.6	40	91	2	278	24	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22672305--22672459	40	3.9	40	92	4	260	25	27	21	25	1.99
22676781--22676905	45	2.7	46	83	6	155	21	28	22	27	1.99
22688509--22688549	17	2.4	17	95	0	73	29	19	2	48	1.61
22707450--22707779	98	3.4	96	82	4	351	24	29	19	26	1.98
22707448--22707820	146	2.6	142	83	7	432	24	27	19	27	1.99
22707453--22707828	194	1.9	194	80	5	438	24	27	19	27	1.99
22707450--22707828	48	7.8	47	77	9	316	24	27	19	27	1.99
22708822--22708862	17	2.4	17	95	0	73	14	24	17	43	1.86
22713132--22713366	48	4.9	48	75	4	229	25	26	19	27	1.99
22713131--22713315	98	1.9	98	82	2	237	25	27	19	28	1.99
22727912--22727945	17	2.0	17	94	0	59	35	8	23	32	1.86
22731976--22732230	55	4.8	53	76	10	218	34	17	24	23	1.96
22731984--22732183	108	1.8	110	87	4	298	32	17	25	24	1.97
22732422--22732452	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22739672--22739929	53	4.8	52	77	8	189	34	17	24	23	1.96
22740126--22740156	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
22741395--22741439	23	2.0	23	86	0	63	17	15	24	42	1.88
22746763--22746947	40	4.7	40	80	6	189	26	27	22	24	2.00
22746730--22746910	79	2.3	79	79	3	195	26	25	20	27	1.99
22749587--22749763	27	6.6	27	82	5	187	29	27	15	27	1.96
22749608--22749762	81	1.9	81	85	5	215	29	27	15	27	1.96
22757624--22757798	27	6.6	27	84	3	194	30	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22757624--22757798	53	3.3	54	81	4	194	30	26	15	27	1.96
22757645--22757797	80	1.9	80	86	5	220	30	26	15	27	1.96
22769523--22769739	40	5.5	40	82	8	239	23	22	29	25	1.99
22769522--22769739	79	2.8	79	79	12	234	23	22	28	25	1.99
22769523--22769739	119	1.8	118	81	9	271	23	22	29	25	1.99
22771987--22772114	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
22771986--22772114	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
22777982--22778133	27	5.6	27	89	2	223	30	28	14	26	1.95
22777982--22778133	55	2.8	54	88	2	223	30	28	14	26	1.95
22777982--22778133	82	1.9	82	90	0	241	30	28	14	26	1.95
22790627--22790665	21	1.9	20	89	5	60	35	0	17	46	1.49
22793904--22794087	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
22793904--22794087	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	25	2.00
22796381--22796423	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
22801996--22802179	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	25	2.00
22801996--22802179	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	25	2.00
22808229--22808326	48	2.0	48	98	0	187	22	15	29	32	1.95
22810560--22810881	48	6.8	48	76	5	269	25	15	29	28	1.96
22810637--22810845	94	2.2	96	83	3	255	24	15	30	28	1.96
22810571--22810881	142	2.2	144	84	4	389	26	15	29	28	1.96
22817791--22817872	27	3.1	27	79	8	87	36	19	23	20	1.95
22818087--22818166	27	3.0	27	87	3	99	36	21	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818391--22818714	27	12.0	27	85	1	380	24	20	18	36	1.94
22818391--22818714	81	4.0	81	90	0	450	24	20	18	36	1.94
22818706--22818943	81	2.9	80	77	7	255	31	8	21	37	1.84
22818744--22818943	54	3.7	53	79	9	183	30	9	21	38	1.85
22818770--22818943	27	6.4	27	82	6	192	31	9	20	38	1.85
22828082--22828238	43	3.7	41	79	10	147	22	17	28	32	1.96
22828081--22828264	86	2.1	86	79	5	203	25	16	26	31	1.97
22830260--22830409	43	3.5	43	82	7	189	32	24	16	28	1.96
22839923--22839984	31	2.0	31	100	0	124	54	22	3	19	1.58
22843549--22843716	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
22843584--22843769	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
22843586--22843769	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
22847917--22848137	40	5.6	39	82	7	207	25	27	21	25	1.99
22847915--22848084	39	4.3	40	87	5	213	25	28	21	24	1.99
22847915--22848084	79	2.2	78	83	3	216	25	28	21	24	1.99
22848069--22848146	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22854623--22854842	80	2.8	80	79	12	229	27	27	20	24	1.99
22854659--22854842	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
22862855--22863024	46	3.7	45	79	7	198	29	29	19	21	1.98
22862863--22863033	93	1.8	93	91	0	279	28	29	19	22	1.98
22865416--22865504	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
22865416--22865495	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22865427--22865504	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
22868441--22868611	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
22868433--22868608	46	3.8	46	78	4	201	30	28	19	21	1.98
22872772--22872827	28	2.0	28	92	0	94	26	21	26	25	1.99
22872772--22872846	28	2.7	28	83	8	82	25	18	30	25	1.98
22874899--22875191	146	2.0	146	99	0	577	36	19	18	24	1.94
22879651--22879764	40	2.8	40	78	2	102	23	16	28	30	1.96
22879761--22879853	28	3.3	28	83	3	116	25	11	30	32	1.92
22888863--22889114	55	4.8	54	76	12	231	22	24	16	36	1.94
22897949--22898166	40	5.5	40	91	2	316	24	28	23	22	1.99
22906030--22906285	40	6.5	40	90	4	369	25	28	23	22	1.99
22906030--22906285	118	2.2	120	87	4	369	25	28	23	22	1.99
22907542--22907580	6	6.7	6	82	5	53	0	20	0	79	0.73
22913778--22913955	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
22913779--22913934	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
22913775--22913955	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
22913860--22913966	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
22921684--22921861	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
22921685--22921840	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
22921681--22921861	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
22921766--22921872	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
22925980--22926187	28	7.6	27	93	3	326	25	14	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22925980--22926187	55	3.8	55	93	1	344	25	14	28	31	1.95
22925980--22926187	83	2.5	83	92	2	346	25	14	28	31	1.95
22930531--22930630	43	2.3	43	81	3	121	30	18	24	28	1.97
22939929--22940043	43	2.7	43	83	5	126	24	14	27	33	1.95
22943699--22943919	40	5.6	39	80	8	196	25	21	28	24	1.99
22943779--22943956	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
22953184--22953231	24	2.0	24	91	0	78	31	14	14	39	1.86
22955174--22955434	37	7.1	37	92	0	423	26	29	18	25	1.98
22955639--22955823	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
22955732--22955807	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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