genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16359677--16359722	22	2.1	22	88	8	67	73	0	21	4	1.00
16365440--16365500	21	2.9	21	85	11	88	42	0	0	57	0.98
16365434--16365503	21	3.3	20	79	16	79	45	0	0	54	0.99
16365547--16365623	30	2.6	29	87	6	118	29	1	5	63	1.24
16365790--16365846	20	2.8	20	78	2	69	59	0	3	36	1.14
16366304--16366368	20	3.2	20	67	16	62	38	9	3	49	1.51
16366295--16366379	40	2.1	41	97	2	163	37	8	2	51	1.45
16366303--16366390	40	2.2	40	89	4	133	38	7	2	51	1.44
16366583--16366653	17	4.0	17	77	12	72	54	1	1	42	1.17
16366696--16366753	24	2.6	24	78	13	61	37	3	3	55	1.34
16367632--16367990	179	2.0	179	100	0	718	30	19	20	30	1.97
16368776--16368879	30	3.5	30	89	0	136	22	25	23	28	1.99
16372203--16372253	11	5.0	10	77	17	52	56	0	0	43	0.99
16372221--16372246	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
16372281--16372393	24	4.7	23	68	21	70	59	1	0	38	1.08
16372281--16372391	25	4.5	24	70	22	79	59	1	0	38	1.08
16372353--16372378	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
16372343--16372413	29	2.4	27	82	13	79	59	1	1	38	1.15
16372341--16372525	21	8.8	21	66	23	61	55	1	1	41	1.19
16372478--16372534	23	2.4	24	82	5	71	54	5	0	40	1.23
16372523--16372548	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
16374248--16374292	22	2.0	22	83	8	56	33	4	6	55	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16377522--16377629	56	1.9	55	90	1	171	42	12	5	39	1.65
16379923--16380035	43	2.6	43	88	0	163	30	26	16	25	1.97
16380056--16380098	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
16380254--16380288	18	1.9	18	88	0	52	57	25	5	11	1.56
16384291--16384335	16	2.8	16	83	10	56	40	0	0	60	0.97
16385182--16385210	15	2.0	15	93	6	51	44	27	0	27	1.54
16385248--16385331	21	3.7	21	71	20	60	42	27	0	29	1.56
16385501--16385678	41	4.4	41	89	4	254	19	22	23	35	1.96
16393483--16393590	26	4.2	26	95	0	189	31	6	25	37	1.81
16400527--16400633	26	4.2	26	90	2	171	31	5	24	38	1.78
16400527--16400633	51	2.1	52	92	1	180	31	5	24	38	1.78
16408434--16408472	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
16408434--16408498	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
16409062--16409122	29	2.1	30	90	3	97	34	6	4	54	1.48
16409938--16410614	356	1.9	363	83	4	888	35	22	18	24	1.96
16423184--16423221	16	2.3	17	90	4	60	26	5	2	65	1.27
16429428--16429478	24	2.1	24	88	0	75	41	5	5	47	1.52
16431220--16431251	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
16436344--16436375	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
16438452--16438514	30	2.1	31	93	3	110	25	3	14	57	1.52
16438455--16438528	30	2.4	30	82	6	87	25	4	13	56	1.55
16439797--16439845	25	2.0	25	83	0	62	51	6	14	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16441931--16441994	24	2.7	24	87	0	83	39	4	9	46	1.57
16446397--16446449	24	2.2	24	86	6	72	37	5	11	45	1.64
16448274--16448315	21	2.0	21	95	0	75	33	11	23	30	1.91
16450037--16450088	26	2.0	25	85	3	68	65	3	0	30	1.10
16452038--16452087	26	1.9	26	84	8	66	44	18	24	14	1.86
16451964--16452173	84	2.4	86	80	9	232	37	13	27	22	1.91
16451962--16452231	58	4.7	58	73	10	198	37	13	27	22	1.91
16451981--16452231	113	2.2	115	82	5	321	37	14	26	22	1.92
16451962--16452245	29	9.9	29	74	8	179	36	14	27	22	1.92
16452126--16452245	59	2.1	58	82	4	143	36	14	26	22	1.92
16459887--16459985	39	2.5	39	93	0	162	29	4	22	44	1.71
16463781--16463858	25	3.2	25	63	17	65	35	7	26	29	1.84
16463740--16464002	47	5.6	47	88	2	359	33	9	30	26	1.88
16465960--16466422	40	11.6	40	93	1	727	24	22	27	25	2.00
16470262--16470339	25	3.2	25	63	17	65	35	7	26	29	1.84
16470221--16470483	47	5.6	47	88	2	359	33	9	30	26	1.88
16479130--16479180	16	2.8	18	77	17	52	33	3	0	62	1.13
16486320--16486496	50	3.5	50	90	0	264	33	14	24	27	1.94
16486472--16486806	31	10.8	31	94	0	571	26	18	28	26	1.98
16492912--16492944	13	2.4	14	90	5	50	30	3	0	66	1.06
16493212--16493249	16	2.2	18	86	9	53	50	0	2	47	1.15
16494990--16495034	23	2.0	23	95	4	83	42	4	13	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16499688--16499712	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
16500378--16500406	15	1.9	15	100	0	58	41	34	0	24	1.55
16504735--16504776	22	1.9	22	100	0	84	50	4	9	35	1.56
16506059--16506186	60	2.1	59	82	12	154	31	15	10	42	1.80
16506716--16506781	30	2.1	33	91	8	111	53	9	0	37	1.33
16532820--16532858	19	2.1	19	85	9	53	25	20	2	51	1.60
16536289--16536330	20	2.0	20	86	4	57	47	0	16	35	1.47
16539912--16539972	30	2.0	30	87	0	86	44	6	19	29	1.76
16540390--16540561	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	28	1.98
16540394--16540568	46	3.8	46	78	13	187	20	20	29	29	1.98
16544984--16545022	7	5.6	7	100	0	78	56	0	0	43	0.99
16544984--16545029	21	2.2	21	92	0	74	54	0	2	43	1.12
16546609--16546753	59	2.4	59	93	1	245	55	7	4	32	1.49
16556058--16556124	20	3.2	21	73	19	59	28	1	5	64	1.26
16556092--16556129	20	1.9	20	88	0	58	39	0	5	55	1.23
16556153--16556199	20	2.4	20	85	3	60	38	2	6	53	1.39
16566363--16566457	47	2.0	47	100	0	190	33	18	22	25	1.97
16567860--16568047	40	4.7	40	93	0	304	21	26	20	30	1.98
16576846--16576927	42	2.0	42	100	0	164	14	29	24	31	1.95
16591798--16591874	28	2.8	28	72	14	79	35	23	0	41	1.55
16591913--16591958	17	2.6	18	80	13	51	58	6	0	34	1.24
16592143--16592190	22	2.1	22	85	11	62	29	25	0	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16609009--16609114	29	3.7	28	76	8	108	24	31	15	29	1.95
16609010--16609122	58	2.0	57	84	5	147	24	30	14	30	1.94
16609330--16609373	16	2.8	16	82	0	61	11	18	15	54	1.70
16612968--16613097	65	2.0	65	93	0	224	31	16	20	31	1.95
16613624--16613655	14	2.3	14	94	0	55	34	46	15	3	1.62
16617132--16617211	42	1.9	42	100	0	160	33	13	23	28	1.93
16619429--16619605	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
16619449--16619604	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16627613--16627791	27	6.6	27	84	3	207	29	27	15	27	1.96
16627635--16627790	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16630256--16630287	14	2.3	14	94	0	55	34	46	15	3	1.62
16632280--16632591	44	6.7	46	74	13	228	23	29	18	28	1.98
16637309--16637404	28	3.4	28	89	1	129	32	28	13	26	1.94
16645292--16645387	28	3.4	28	86	1	111	32	28	14	25	1.95
16649552--16649590	12	3.2	12	85	7	53	51	5	15	28	1.64
16654622--16654719	22	4.4	22	84	5	135	26	20	19	33	1.96
16654622--16654716	45	2.1	44	90	5	147	27	20	18	33	1.96
16659900--16659960	26	2.3	26	85	0	77	42	18	16	22	1.89
16660199--16660223	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
16663132--16663223	6	15.5	6	82	5	107	77	0	3	19	0.91
16673617--16673656	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
16676794--16676838	8	5.4	8	82	10	54	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16676775--16676831	18	3.2	17	83	14	71	35	1	0	63	1.05
16676775--16676838	5	12.6	5	74	21	53	35	1	0	62	1.05
16676778--16676840	18	3.7	17	83	10	67	36	1	0	61	1.05
16684055--16684281	47	4.8	49	74	10	172	22	28	17	30	1.97
16684186--16684319	47	2.9	46	75	6	126	23	29	18	29	1.98
16698638--16698703	34	2.0	33	85	8	89	24	19	22	33	1.97
16705244--16705292	25	2.0	25	100	0	98	30	20	4	44	1.70
16707322--16707348	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
16712209--16712357	26	6.0	26	69	15	107	39	20	18	20	1.92
16712410--16712550	65	2.2	65	86	0	192	38	22	17	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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