genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59054825--59054951	42	2.9	43	82	8	143	32	25	18	23	1.97
59054825--59054951	44	3.0	42	82	8	132	32	25	18	23	1.97
59059972--59060016	23	2.0	23	86	0	63	37	6	24	31	1.81
59068433--59068495	27	2.3	28	78	10	76	46	4	4	44	1.45
59069577--59069610	17	2.0	17	88	11	52	14	2	17	64	1.40
59077796--59077832	19	2.0	19	89	5	58	24	13	32	29	1.93
59078096--59078182	27	3.2	27	88	3	122	18	24	20	36	1.95
59081257--59081345	42	2.1	41	88	8	135	21	22	33	22	1.97
59084450--59084482	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
59087441--59087610	40	4.3	40	89	0	207	24	20	28	27	1.99
59087388--59087612	80	2.8	79	82	3	245	24	20	28	27	1.99
59095341--59095510	40	4.3	40	89	0	207	24	20	28	27	1.99
59095288--59095512	80	2.8	79	82	3	245	24	20	28	27	1.99
59123199--59123308	53	2.1	53	100	0	220	37	16	5	40	1.71
59143300--59143357	20	2.7	21	86	10	82	31	25	0	43	1.55
59143306--59143357	11	4.9	11	86	9	81	28	26	0	44	1.55
59143384--59143414	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
59144490--59144516	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
59145136--59145178	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
59145563--59146176	116	5.3	116	96	0	1113	40	3	8	47	1.52
59149188--59149726	126	4.3	126	89	0	792	27	20	17	34	1.95
59149813--59150017	95	2.1	95	81	8	254	42	17	0	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59149836--59150009	95	1.8	97	87	2	262	41	14	1	42	1.54
59151670--59151731	31	2.0	31	96	0	115	25	24	25	24	2.00
59158647--59158676	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
59158737--59158773	7	5.3	7	100	0	74	86	0	0	13	0.57
59162772--59162833	23	2.6	24	80	10	65	41	3	19	35	1.67
59165278--59165331	17	3.2	17	94	0	90	31	22	14	31	1.94
59168309--59168369	30	2.0	30	83	0	77	32	22	4	39	1.76
59170583--59170719	58	2.4	57	79	8	145	29	21	18	29	1.97
59172227--59172251	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
59172408--59172497	44	2.0	44	95	0	162	35	20	13	31	1.91
59174847--59175025	46	3.9	46	81	4	216	21	21	29	27	1.99
59174846--59175017	93	1.8	93	91	0	281	21	21	29	27	1.99
59177019--59177058	6	6.5	6	83	16	55	77	0	2	20	0.88
59178560--59178589	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
59179905--59179937	17	1.9	17	88	11	50	15	24	0	60	1.35
59181474--59181691	46	4.7	46	75	13	171	22	28	20	28	1.99
59181523--59181694	95	1.8	92	84	8	231	22	27	20	28	1.99
59184109--59184160	13	3.8	13	72	22	52	50	9	0	40	1.35
59188229--59188286	26	2.2	26	84	6	82	3	13	29	53	1.56
59188356--59188495	74	1.9	74	86	1	199	29	13	9	47	1.74
59192711--59192789	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59192908--59193259	47	7.3	47	90	6	542	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59192908--59193259	96	3.6	96	91	6	559	29	29	8	32	1.87
59192908--59193259	143	2.4	145	91	4	550	29	29	8	32	1.87
59196160--59196596	40	10.8	40	91	2	658	26	26	21	26	2.00
59197810--59197888	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59198017--59198256	47	5.1	47	98	0	471	30	28	8	32	1.87
59200493--59200777	44	6.5	44	88	0	390	47	10	4	37	1.58
59201166--59201205	21	1.9	21	85	10	55	62	0	10	27	1.27
59201193--59201276	24	3.4	24	71	23	75	59	1	11	27	1.40
59201263--59201295	6	5.7	6	96	3	59	54	0	27	18	1.44
59201692--59201730	5	7.2	5	83	16	51	56	0	17	25	1.41
59201692--59201769	27	2.8	29	75	11	83	48	1	20	29	1.57
59201692--59201731	16	2.4	16	88	12	55	55	0	17	27	1.43
59201784--59201817	18	1.9	17	88	5	50	67	5	14	11	1.39
59201858--59201899	22	1.9	22	85	0	57	69	2	4	23	1.20
59201892--59201939	6	8.7	6	82	13	59	56	0	25	18	1.42
59201893--59201935	22	2.0	22	95	0	77	53	0	27	18	1.45
59204512--59204754	89	2.7	87	75	6	254	56	12	5	24	1.58
59209233--59209302	29	2.4	29	86	6	99	41	0	1	57	1.08
59209232--59209300	20	3.6	19	75	14	61	42	0	1	56	1.08
59211920--59212064	40	3.7	40	87	0	175	30	20	22	26	1.98
59213526--59213588	8	7.4	8	83	13	81	63	3	0	33	1.10
59218672--59218822	42	3.6	43	76	4	128	21	15	29	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59226071--59226100	15	2.0	15	93	0	51	16	6	10	66	1.41
59227181--59227205	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
59245873--59246093	40	5.6	40	85	3	232	25	28	21	24	1.99
59246025--59246102	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
59253734--59253956	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
59253888--59253965	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
59268259--59268534	40	6.8	40	92	1	453	23	28	21	25	1.99
59275369--59275538	40	4.3	40	88	0	216	27	28	20	24	1.99
59275523--59275600	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
59283246--59283415	39	4.4	39	87	5	204	25	28	19	26	1.99
59295247--59295297	19	2.7	19	78	0	57	15	35	25	23	1.94
59297024--59297283	48	5.4	48	82	10	280	24	30	18	26	1.98
59297024--59297290	146	1.8	145	84	6	369	24	30	18	26	1.98
59305523--59305963	231	1.9	229	82	4	548	37	14	7	40	1.75
59314809--59314834	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
59318026--59318098	37	2.0	37	94	0	128	32	16	21	28	1.95
59319379--59319418	21	2.0	21	85	9	57	57	2	0	40	1.12
59319708--59319758	3	16.7	3	80	11	59	62	1	0	35	1.06
59319946--59320189	3	79.7	3	64	22	66	58	4	5	31	1.41
59319925--59319983	24	2.5	24	78	10	66	57	0	6	35	1.25
59319990--59320020	16	1.9	16	93	0	53	61	6	6	25	1.45
59319907--59320238	158	2.0	163	92	5	557	59	4	5	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59320148--59320184	19	1.9	19	94	0	65	62	5	5	27	1.39
59320214--59320246	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
59319909--59320234	164	2.0	159	88	7	460	58	4	5	31	1.40
59320850--59320895	23	2.0	22	84	12	58	8	39	36	15	1.78
59322229--59323286	148	7.0	146	79	9	983	33	19	16	31	1.93
59322531--59323286	72	10.1	73	78	9	656	33	19	16	30	1.94
59322330--59323205	231	3.8	231	89	5	1284	32	19	16	31	1.94
59322778--59323274	220	2.2	220	88	2	719	31	19	16	32	1.94
59331469--59331963	96	5.2	96	96	2	881	33	8	28	29	1.86
59331469--59331963	49	10.3	49	94	3	875	33	8	28	29	1.86
59332082--59332189	37	2.9	37	92	0	180	24	20	30	25	1.98
59339357--59339398	19	2.4	19	80	11	54	59	2	0	38	1.10
59339688--59339738	3	16.7	3	80	11	59	62	1	0	35	1.06
59339927--59340197	3	88.7	3	67	20	111	58	3	5	32	1.38
59339870--59340197	185	1.8	184	88	7	503	58	3	5	32	1.39
59340222--59340254	16	2.1	16	88	5	50	66	0	0	33	0.92
59348564--59348599	18	1.9	19	88	5	56	38	2	0	58	1.13
59348564--59348612	19	2.5	19	83	9	55	40	2	0	57	1.10
59348682--59348721	20	2.1	19	95	4	71	30	7	15	47	1.72
59348819--59348857	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
59352745--59352841	33	3.0	33	78	11	110	34	32	8	24	1.85
59352727--59352805	16	4.9	16	71	3	68	32	35	8	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59352788--59352851	32	2.0	33	87	3	94	37	32	7	21	1.83
59357094--59357139	11	3.9	12	81	13	60	47	0	6	45	1.28
59357094--59357143	24	2.1	24	100	0	100	46	0	8	46	1.32
59357120--59357402	138	2.1	138	93	3	491	45	5	8	40	1.57
59360710--59360735	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
59360783--59360824	16	2.6	16	92	0	66	33	0	35	30	1.58
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59361028--59361261	79	3.0	78	64	18	200	47	3	2	46	1.34
59361212--59361243	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
59361319--59361370	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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