genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5082249--5082296	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
5082360--5082413	28	2.0	28	85	3	74	27	3	3	64	1.27
5083537--5083570	10	3.2	10	84	15	50	67	0	0	32	0.91
5087376--5087419	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
5088013--5088047	18	1.9	18	88	11	54	71	2	0	25	1.00
5092011--5092085	3	24.3	3	72	20	50	64	1	4	30	1.20
5092007--5092093	18	4.7	18	79	12	88	65	1	3	29	1.16
5092078--5092103	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
5092511--5092593	38	2.2	38	95	0	148	21	10	49	18	1.77
5093002--5093272	68	4.0	68	90	1	418	29	23	22	25	1.99
5101448--5101494	19	2.5	19	86	6	60	42	8	19	29	1.80
5105191--5105285	26	3.8	26	84	5	124	30	24	17	27	1.97
5105246--5105332	23	3.7	23	82	3	102	33	24	14	27	1.95
5111924--5112050	60	2.1	60	85	4	168	35	7	16	40	1.78
5112534--5112606	37	2.0	37	91	2	121	38	13	8	39	1.75
5113075--5113129	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
5113136--5113185	26	1.9	27	84	8	68	44	12	2	42	1.53
5117296--5117379	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
5122740--5122823	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
5127456--5127524	34	2.0	34	94	5	122	26	14	14	44	1.83
5129030--5129082	27	2.0	27	82	14	65	20	1	3	73	1.08
5130427--5130527	45	2.2	45	82	6	125	28	19	7	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5131450--5131501	26	2.0	26	88	0	77	30	21	1	46	1.62
5131649--5131683	18	2.0	18	88	5	54	54	0	22	22	1.45
5132508--5132709	106	1.9	106	82	2	255	26	20	29	23	1.99
5132675--5132807	42	3.2	42	76	2	124	27	21	31	18	1.97
5134238--5134291	19	2.6	20	77	14	56	37	1	0	61	1.07
5134244--5134293	19	2.4	21	80	16	59	38	0	0	62	0.96
5140661--5140725	18	3.6	18	68	25	55	60	6	12	21	1.54
5144671--5144773	18	5.4	18	70	13	80	36	24	24	14	1.93
5144691--5144755	21	3.2	21	74	12	73	41	21	24	12	1.87
5144673--5144773	39	2.6	39	93	0	175	37	23	24	13	1.92
5148604--5148712	53	2.1	53	96	0	200	47	17	10	24	1.78
5154588--5154624	19	1.9	19	88	0	56	48	2	5	43	1.40
5155275--5155318	21	2.1	21	83	4	54	63	0	0	36	0.95
5155261--5155318	17	3.0	20	80	17	77	58	0	0	41	0.98
5158901--5158948	25	1.9	25	100	0	96	27	8	16	47	1.75
5159847--5160045	101	2.0	101	96	0	371	46	9	20	24	1.79
5178861--5178890	6	4.8	6	95	4	51	33	0	3	63	1.11
5180198--5180279	11	7.3	11	71	24	64	63	2	2	31	1.20
5181928--5181983	26	2.2	26	100	0	112	26	16	14	42	1.86
5183486--5183522	17	2.2	17	90	0	56	35	2	10	51	1.51
5183553--5183600	15	3.0	15	77	14	51	43	2	2	52	1.24
5183553--5183595	17	2.6	17	82	7	54	44	2	2	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5183704--5183743	20	2.0	20	95	0	71	52	0	0	47	1.00
5188244--5188300	21	2.8	20	81	7	69	21	29	35	14	1.92
5195324--5195386	25	2.5	25	86	0	81	28	0	3	68	1.05
5195325--5195366	13	3.3	13	78	18	52	30	0	0	69	0.89
5196532--5196556	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
5197368--5197433	33	2.0	33	82	11	82	40	16	24	18	1.90
5204568--5204624	26	2.2	26	96	0	105	36	24	7	31	1.82
5206541--5206590	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
5206776--5206809	17	1.9	18	88	5	52	20	20	5	52	1.67
5207250--5207426	96	1.8	96	85	0	246	31	27	15	25	1.95
5211214--5211247	17	1.9	18	94	5	61	55	0	11	32	1.36
5217593--5217719	42	3.0	41	80	11	134	29	25	14	30	1.95
5217834--5217943	31	3.5	31	92	0	175	24	28	19	28	1.98
5217919--5218047	50	2.5	51	88	5	190	27	21	15	35	1.94
5232421--5232464	18	2.4	18	85	7	54	52	0	0	47	1.00
5235066--5235136	35	2.0	35	88	0	106	28	23	9	38	1.87
5240248--5240316	35	2.0	35	91	0	111	27	26	8	37	1.86
5244646--5244816	85	2.0	85	84	0	225	41	18	13	26	1.88
5245550--5245586	13	2.8	13	100	0	74	32	16	35	16	1.91
5250024--5250062	12	3.5	11	86	13	53	53	2	0	43	1.14
5251658--5251714	22	2.5	23	85	2	71	29	3	31	35	1.75
5251665--5251714	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5252313--5252462	38	3.9	39	95	0	250	48	3	18	30	1.64
5252313--5252462	77	1.9	78	91	2	250	48	3	18	30	1.64
5264829--5265409	205	2.8	203	88	2	842	30	17	22	30	1.97
5265444--5265860	133	3.2	133	95	0	739	31	18	23	25	1.97
5265444--5265860	44	9.5	44	75	10	350	31	18	23	25	1.97
5266982--5267123	40	3.6	38	83	11	180	48	2	16	32	1.60
5266982--5267136	79	2.0	79	85	12	212	46	3	19	30	1.66
5266982--5267136	39	3.9	39	85	5	204	46	3	19	30	1.66
5277449--5277497	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
5279004--5279077	21	3.5	20	81	9	76	13	21	25	39	1.90
5285268--5285316	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
5286813--5286897	21	3.9	22	80	7	84	16	20	24	38	1.92
5294354--5294394	21	1.9	22	90	5	66	41	0	0	58	0.98
5295400--5295433	15	2.3	15	89	0	50	47	0	17	35	1.48
5298261--5298289	15	1.9	15	100	0	58	48	6	0	44	1.29
5298455--5298499	21	2.1	21	84	8	56	42	24	13	20	1.87
5298575--5298625	21	2.5	21	84	9	61	45	31	5	17	1.72
5298773--5298822	21	2.4	21	86	0	73	34	8	18	40	1.79
5298992--5299038	21	2.3	20	92	3	67	57	34	0	8	1.29
5298992--5299041	20	2.4	20	93	6	82	56	36	0	8	1.29
5301111--5301170	29	2.1	29	96	0	111	36	30	15	18	1.91
5301618--5301653	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5301626--5301657	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
5310161--5310355	72	2.7	71	84	4	248	25	14	23	36	1.92
5310134--5310920	253	3.1	253	97	0	1493	25	15	21	37	1.93
5310321--5310467	55	2.7	55	85	5	192	27	14	19	38	1.90
5310414--5310599	72	2.6	71	84	5	239	26	14	21	37	1.92
5310562--5310720	53	2.9	53	83	9	205	27	15	18	39	1.90
5310667--5310861	72	2.7	71	85	4	255	25	13	23	37	1.92
5310865--5311092	88	2.6	85	78	6	240	25	15	19	38	1.92
5311042--5311201	55	2.9	53	89	5	239	27	15	18	38	1.91
5311227--5311253	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
5311151--5311433	89	2.9	100	82	12	294	25	18	18	38	1.93
5311325--5311359	14	2.5	14	90	0	52	20	22	2	54	1.58
5311241--5311478	89	2.7	86	85	8	320	26	17	19	36	1.94
5311414--5311447	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
5311496--5311721	72	3.0	72	82	11	276	31	16	18	33	1.93
5311675--5311770	49	2.0	49	97	0	183	31	15	19	33	1.93
5311603--5311842	121	2.0	121	93	0	408	32	16	17	34	1.92
5311724--5312078	79	4.7	75	85	5	412	32	16	18	32	1.94
5311724--5312288	151	3.6	150	77	12	476	31	17	18	32	1.94
5312072--5312667	88	7.2	78	70	16	357	28	16	17	36	1.92
5312072--5312296	79	2.9	77	83	4	254	30	18	17	33	1.94
5312307--5312342	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5312440--5312499	30	2.0	30	90	6	95	20	10	28	41	1.84
5311898--5312667	255	3.1	249	82	7	803	28	17	18	35	1.94
5313317--5313356	19	2.1	19	85	0	53	50	45	2	2	1.28
5313327--5313375	26	2.0	25	92	8	82	53	38	2	6	1.38
5314100--5314201	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
5333455--5333485	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
5338367--5338392	12	2.2	12	100	0	52	61	23	0	15	1.33
5345783--5345820	16	2.2	17	90	9	60	28	0	5	65	1.14
5345803--5345866	30	2.1	31	91	2	103	29	3	9	57	1.45
5346490--5346584	47	2.0	47	97	0	181	40	6	24	29	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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