genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914850--914892	22	1.9	23	85	4	61	9	2	25	62	1.37
917692--917775	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
923037--923144	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
923745--923780	16	2.2	16	90	0	54	33	25	2	38	1.70
945703--946034	130	2.5	130	80	4	364	28	19	18	34	1.95
952005--952046	21	2.0	21	86	9	59	45	0	2	52	1.13
952201--952232	10	3.1	10	91	8	55	78	0	18	3	0.89
954385--954611	46	4.7	51	79	11	262	41	13	23	21	1.88
954385--954611	96	2.4	96	90	0	337	41	13	23	21	1.88
955636--955725	27	3.3	27	68	13	69	55	4	11	28	1.54
959397--959529	68	2.0	68	86	3	187	28	15	12	44	1.82
961022--961062	20	2.0	20	90	9	66	65	7	0	26	1.18
962542--962583	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
962546--962582	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
962615--962671	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
965517--965574	30	1.9	30	85	0	80	18	36	29	15	1.92
965984--966023	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
966244--966276	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
967495--967519	13	1.9	13	100	0	50	8	0	28	64	1.22
969963--970004	20	2.0	21	95	4	77	64	7	0	28	1.20
970133--970218	43	2.0	43	100	0	172	27	23	16	32	1.96
971326--971462	68	2.0	68	83	5	170	27	15	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
975870--975912	16	2.8	16	82	13	54	30	2	0	67	1.03
977513--977562	19	2.6	19	83	0	64	26	24	28	22	1.99
979156--979217	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
982980--983046	31	2.1	33	86	5	93	10	8	0	80	0.90
982985--983046	7	8.3	7	76	13	52	11	6	0	82	0.84
982999--983051	19	2.8	18	88	8	70	15	3	0	81	0.83
983000--983052	24	2.2	24	80	16	65	16	3	0	79	0.88
992847--992887	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
999453--999492	20	2.0	20	85	9	55	45	17	10	27	1.80
1015383--1015419	16	2.2	18	85	9	51	75	2	18	2	1.04
1026894--1026937	14	3.0	14	83	6	52	59	2	2	36	1.23
1029443--1029499	18	3.2	18	89	0	87	29	22	14	33	1.93
1033544--1033597	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
1043871--1043916	23	2.0	22	84	12	58	45	10	6	36	1.65
1048355--1048388	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1052994--1053027	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1061894--1061962	30	2.3	31	85	7	88	47	20	10	21	1.79
1062093--1062128	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
1063023--1063059	18	2.1	18	89	0	56	0	27	0	72	0.84
1063572--1063628	28	2.0	28	86	6	80	31	3	0	64	1.10
1065816--1065883	35	1.9	35	87	0	100	33	23	17	25	1.96
1069333--1069525	98	2.0	95	82	8	230	50	24	0	24	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1072103--1072137	16	2.1	16	89	10	52	54	0	0	45	0.99
1075053--1075110	10	6.0	10	77	20	52	32	0	1	65	1.03
1075058--1075119	19	3.3	19	76	13	65	33	1	1	62	1.14
1076222--1076279	29	2.0	30	89	3	91	29	6	15	48	1.71
1081192--1081602	149	2.7	154	87	4	573	30	10	13	45	1.78
1082933--1082966	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1087572--1087605	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1088362--1088540	99	1.8	99	97	0	340	45	10	27	16	1.80
1088945--1089004	30	2.0	30	83	6	77	38	5	3	53	1.39
1093951--1093993	21	2.0	21	100	0	86	48	13	18	18	1.80
1098456--1098498	21	2.1	20	87	12	61	32	2	4	60	1.30
1100688--1100715	6	4.7	6	100	0	56	32	67	0	0	0.91
1101248--1101355	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
1101238--1101361	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
1105940--1106047	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
1105930--1106053	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
1106206--1106517	157	2.0	157	85	5	425	33	9	14	42	1.78
1109105--1109178	37	2.0	37	91	0	121	29	24	17	28	1.97
1176990--1177041	1	52.0	1	100	0	104	0	0	0	100	0.00
1177588--1177645	24	2.4	24	91	0	89	18	17	39	24	1.92
1177615--1177789	41	4.3	41	72	2	156	20	19	36	24	1.95
1184319--1184493	76	2.4	74	87	7	248	32	28	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1216204--1216310	26	4.1	26	93	0	187	32	7	24	35	1.83
1220342--1220509	41	4.2	40	76	7	124	21	22	32	23	1.98
1220558--1220606	21	2.3	22	89	7	82	8	22	34	34	1.84
1225197--1225231	18	2.0	18	88	5	54	14	40	25	20	1.90
1229306--1229351	18	2.6	18	85	0	65	56	26	10	6	1.58
1230449--1230479	5	6.0	5	92	7	53	19	3	0	77	0.90
1231011--1231041	16	1.9	16	100	0	62	64	0	0	35	0.94
1231607--1231664	20	3.1	19	87	5	82	36	0	10	53	1.35
1231977--1232090	57	2.0	57	94	0	201	35	14	17	32	1.90
1243494--1243617	27	4.6	27	78	1	104	19	25	17	37	1.93
1243497--1243612	54	2.1	54	83	0	142	18	25	17	38	1.92
1244021--1244085	3	22.3	3	77	12	64	33	0	4	61	1.16
1249897--1250067	23	7.4	23	82	3	211	29	19	18	32	1.96
1249885--1250067	69	2.6	69	84	4	235	29	20	17	32	1.95
1250579--1250653	26	2.9	27	72	11	75	48	2	2	46	1.30
1250698--1250730	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
1252506--1252554	25	2.0	25	87	0	71	30	18	14	36	1.90
1252567--1252634	25	2.7	25	79	0	73	32	29	10	27	1.90
1253093--1253219	47	2.7	46	78	4	128	25	18	17	38	1.92
1263549--1263589	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1269161--1269223	28	2.4	26	84	7	74	58	0	1	39	1.07
1269161--1269227	26	2.5	27	76	11	75	58	0	1	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1277953--1277981	11	2.5	12	88	11	51	0	17	0	82	0.66
1278656--1278724	30	2.3	31	82	7	79	24	5	15	53	1.64
1289806--1289838	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
1291157--1291219	29	2.2	29	77	11	67	26	12	3	57	1.51
1291870--1291912	15	2.9	15	78	0	50	69	0	0	30	0.88
1298613--1298657	2	22.5	2	100	0	90	0	51	0	48	1.00
1311560--1311612	19	2.7	20	74	11	56	69	0	11	18	1.17
1313007--1313048	16	2.6	16	78	21	52	61	0	2	35	1.09
1320930--1320974	16	2.7	17	79	6	65	33	0	0	66	0.92
1320933--1320971	19	2.2	17	86	13	53	28	0	0	71	0.86
1339947--1339988	23	1.9	22	81	18	52	52	2	11	33	1.51
1344675--1344714	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
1344681--1344718	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
1344743--1344782	17	2.4	16	87	4	53	67	0	32	0	0.91
1346810--1347131	46	7.0	46	92	0	500	40	14	22	21	1.90
1346825--1347131	138	2.2	138	97	0	578	41	14	22	21	1.90
1346825--1347184	46	7.7	49	88	5	371	41	14	22	21	1.89
1350568--1350597	14	2.2	14	94	5	53	26	0	0	73	0.84
1354606--1354667	20	3.2	20	79	4	72	58	1	0	40	1.08
1354606--1354656	18	2.7	19	84	6	68	58	0	0	41	0.98
1355532--1355581	25	2.0	25	100	0	100	40	20	8	32	1.81
1358525--1358575	21	2.4	22	80	9	61	41	3	7	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1358981--1359054	35	2.1	35	89	0	112	37	21	18	21	1.94
1359309--1359401	44	2.1	45	84	6	118	32	4	7	55	1.47
1363490--1363597	53	2.0	53	100	0	216	39	1	30	27	1.67
1372453--1372500	25	2.0	24	83	4	60	62	2	6	29	1.31
1372557--1372621	21	3.2	20	80	10	69	60	0	3	36	1.13
1372547--1372613	36	2.0	34	83	13	86	58	0	4	37	1.19
1375823--1375852	15	1.9	16	93	6	53	63	10	6	20	1.47
1377966--1378076	47	2.4	47	83	6	145	25	15	23	36	1.94
1381649--1381686	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
1386578--1386638	32	1.9	32	83	12	81	60	0	9	29	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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