genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65961566--65961789	40	5.7	40	87	6	237	24	27	21	26	2.00
65961566--65961789	79	2.8	78	82	7	256	24	27	21	26	2.00
65969569--65969793	80	2.8	80	84	5	278	25	27	22	25	2.00
65969571--65969793	119	1.9	120	82	6	283	25	26	22	25	2.00
65969569--65969793	40	5.6	39	82	8	231	25	27	22	25	2.00
65982886--65983031	69	2.1	69	85	5	193	32	21	26	19	1.97
65985646--65985700	22	2.6	21	71	18	51	21	0	10	67	1.21
65987818--65987935	59	2.0	59	100	0	236	23	15	13	47	1.81
65991589--65991622	9	3.9	9	84	7	52	11	0	17	70	1.16
65992034--65992133	44	2.3	42	80	8	112	26	18	22	34	1.96
65993977--65994039	33	1.9	33	96	0	117	19	25	14	41	1.89
65995001--65995355	45	8.0	45	75	4	245	34	26	14	24	1.94
65995001--65995360	134	2.7	134	88	0	533	35	26	14	23	1.94
65994999--65995355	89	4.0	89	75	3	279	34	26	14	24	1.94
65995992--65996030	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
66007199--66007236	19	2.0	19	89	0	58	15	10	0	73	1.09
66014897--66014927	15	2.1	15	100	0	62	19	19	19	41	1.90
66019108--66019223	50	2.3	50	93	0	196	25	10	18	45	1.81
66022073--66022248	46	3.8	46	76	10	178	22	20	27	30	1.98
66022070--66022241	93	1.8	93	89	0	272	22	20	27	29	1.99
66029639--66029814	46	3.8	46	79	10	205	21	21	28	28	1.98
66029636--66029807	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66038216--66038244	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
66039930--66039972	16	2.6	17	85	3	52	44	0	11	44	1.40
66044065--66044442	196	1.9	196	86	4	530	34	11	19	34	1.88
66045486--66045642	43	3.6	44	83	9	207	25	18	24	31	1.98
66045481--66045642	86	1.9	86	87	3	238	24	18	24	32	1.97
66048101--66048413	40	7.8	40	94	0	538	24	29	21	24	1.99
66048101--66048413	119	2.6	120	94	0	538	24	29	21	24	1.99
66057455--66057583	39	3.3	39	84	9	174	28	28	20	21	1.98
66072431--66072652	46	4.8	46	78	8	227	23	20	26	29	1.99
66072427--66072598	93	1.8	93	92	0	290	22	20	27	29	1.98
66074235--66074286	21	2.5	21	87	0	77	40	26	7	25	1.82
66075663--66075758	29	3.3	29	81	7	115	33	30	10	26	1.90
66083108--66083144	17	2.2	17	95	0	65	35	10	2	51	1.51
66083339--66083395	28	2.0	28	100	0	114	40	10	17	31	1.84
66088650--66088701	26	2.0	26	100	0	104	42	3	15	38	1.65
66095713--66095741	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
66101631--66101668	20	1.9	20	88	0	58	31	28	28	10	1.90
66104652--66104899	50	5.0	50	78	3	259	25	18	26	29	1.98
66104652--66104942	148	2.0	149	83	2	370	25	18	26	28	1.98
66112045--66112076	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
66115407--66115441	13	2.7	13	100	0	70	5	31	40	22	1.78
66117580--66117776	42	4.7	42	87	1	232	31	24	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66118651--66118734	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
66118997--66119065	25	2.8	26	89	6	99	24	24	27	23	2.00
66119970--66120210	110	2.2	107	80	5	259	31	10	18	39	1.85
66119944--66120240	54	5.5	54	72	10	167	30	11	18	39	1.86
66119972--66120207	27	8.7	27	77	6	165	31	9	19	39	1.84
66120084--66120227	27	5.3	27	80	6	123	27	11	20	40	1.87
66120239--66120436	27	7.3	27	87	2	254	38	8	24	28	1.84
66120239--66120436	81	2.4	81	90	1	299	38	8	24	28	1.84
66125839--66125954	43	2.7	43	84	5	146	25	15	25	33	1.95
66125836--66125975	43	3.3	42	78	6	138	28	15	24	32	1.95
66128085--66128229	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
66129422--66129495	37	2.0	37	100	0	148	29	24	13	32	1.93
66145422--66145547	51	2.5	51	88	6	177	27	17	26	28	1.98
66145693--66145745	25	2.0	26	82	10	63	39	1	20	37	1.64
66152872--66153198	50	6.5	49	79	7	320	25	17	24	32	1.97
66152872--66153156	101	2.8	101	91	1	446	25	18	24	31	1.97
66157425--66157555	46	2.8	48	80	12	173	22	19	27	29	1.98
66165214--66165295	41	2.0	41	97	0	155	29	21	20	28	1.98
66167666--66167832	67	2.5	66	79	7	160	31	15	29	23	1.95
66171362--66171392	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
66180342--66180385	21	2.1	21	95	0	79	45	11	9	34	1.72
66186396--66186456	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66198846--66198919	31	2.4	31	84	13	100	66	1	2	29	1.14
66203763--66203822	28	2.1	29	81	3	68	40	33	6	20	1.78
66203075--66204199	494	2.3	494	97	0	2106	42	15	6	35	1.73
66204496--66204587	41	2.3	40	83	5	105	19	21	22	35	1.96
66204634--66204659	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
66207283--66207355	36	2.0	36	97	0	137	39	16	6	36	1.75
66207989--66208158	46	3.7	46	77	9	184	22	31	19	26	1.98
66207988--66208161	93	1.9	92	87	3	260	22	31	19	26	1.98
66214956--66215084	50	2.6	50	83	10	167	25	30	18	25	1.98
66214903--66215084	96	1.9	96	87	5	267	25	30	19	25	1.98
66214903--66215267	47	7.7	48	74	9	279	23	30	18	26	1.98
66214900--66215267	140	2.6	143	80	7	392	24	30	18	26	1.98
66229391--66229547	43	3.7	43	75	5	131	31	24	17	26	1.97
66235592--66235620	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
66251625--66251785	40	4.0	40	86	3	207	34	25	15	24	1.95
66262974--66263024	24	2.1	24	96	0	93	35	0	39	25	1.56
66264441--66264552	27	4.2	26	80	7	125	16	22	23	37	1.94
66264442--66264548	54	2.0	54	87	3	153	17	21	22	38	1.93
66265891--66266062	43	4.0	43	68	13	120	26	17	23	32	1.97
66266153--66266208	19	2.9	19	68	19	53	42	3	23	30	1.71
66271731--66271763	13	2.4	14	90	5	50	63	12	0	24	1.28
66272990--66273281	43	6.9	43	78	10	264	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66272994--66273281	127	2.3	127	84	6	413	30	25	17	26	1.97
66272994--66273281	84	3.4	85	77	9	293	30	25	17	26	1.97
66276084--66276250	43	3.9	42	74	9	140	33	26	17	22	1.96
66276281--66276345	32	2.0	32	96	0	121	26	23	15	35	1.94
66278490--66278590	24	4.2	24	92	0	148	33	1	39	24	1.67
66279985--66280093	27	4.0	26	80	8	119	17	22	22	37	1.94
66279985--66280093	54	2.0	54	85	3	148	17	22	22	37	1.94
66281566--66281604	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
66281776--66281933	43	3.7	42	73	13	144	27	28	18	25	1.98
66295981--66296019	17	2.3	17	90	0	60	10	38	35	15	1.81
66301924--66301961	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
66307180--66307349	43	4.0	43	74	13	136	32	25	15	25	1.96
66309167--66309289	44	2.9	41	83	7	156	21	18	26	32	1.97
66309170--66309328	43	3.7	43	82	12	175	23	18	26	32	1.97
66315502--66315897	43	9.2	43	87	2	546	26	15	27	31	1.96
66317643--66317826	40	4.6	40	81	9	198	25	23	26	25	2.00
66317698--66317849	79	1.9	79	84	7	202	26	20	26	26	1.99
66325696--66325880	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
66325697--66325880	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
66325749--66325903	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
66332187--66332365	46	4.0	46	85	4	202	41	15	22	20	1.90
66332626--66332672	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66336252--66336294	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
66339743--66339854	61	1.9	58	85	5	152	44	9	12	33	1.75
66339824--66339896	36	2.0	36	91	0	119	47	9	9	32	1.68
66339939--66340019	43	1.9	42	90	7	128	39	8	18	33	1.81
66339942--66340077	43	3.3	42	75	14	115	43	10	13	32	1.78
66340010--66340084	36	2.0	37	87	5	107	48	9	9	33	1.68
66340086--66340176	45	2.0	45	91	0	146	40	12	14	32	1.83
66340255--66340285	16	1.9	16	93	0	53	54	16	16	12	1.71
66340647--66340699	21	2.5	22	81	9	74	7	13	41	37	1.72
66340803--66340873	35	2.0	36	94	2	126	32	2	47	16	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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