genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7291526--7292190	43	15.2	42	71	11	399	27	16	28	26	1.97
7291553--7292157	88	6.9	86	68	14	265	28	16	28	26	1.97
7291514--7292197	131	5.2	131	89	1	1003	28	16	28	26	1.97
7292715--7292837	17	6.9	18	79	15	89	35	11	14	38	1.82
7292723--7292848	19	6.9	19	84	10	174	36	10	15	38	1.81
7292723--7292848	35	3.5	35	89	5	180	36	10	15	38	1.81
7296318--7296372	23	2.8	18	71	23	56	50	12	12	23	1.74
7302532--7302608	39	2.0	39	94	0	136	20	16	27	35	1.95
7313912--7313946	15	2.3	15	95	0	61	42	8	25	22	1.82
7314869--7314921	26	2.0	28	88	7	83	16	24	9	49	1.76
7324046--7324075	15	2.0	15	93	0	51	73	3	10	13	1.21
7333532--7333714	88	2.1	87	80	7	201	32	15	14	37	1.88
7343890--7344098	105	2.0	105	84	1	276	33	14	24	27	1.94
7346549--7346859	46	6.7	46	90	0	417	21	22	14	41	1.89
7348637--7348661	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7348675--7348716	8	5.4	8	77	5	50	57	2	0	40	1.12
7354947--7354988	22	1.9	22	90	0	66	57	4	14	23	1.56
7355172--7355263	43	2.1	43	97	0	175	38	9	11	40	1.75
7356399--7356452	23	2.3	25	75	12	60	40	0	1	57	1.09
7356406--7356462	23	2.6	22	81	8	62	42	0	1	56	1.10
7359366--7359400	18	1.9	18	88	0	52	51	0	2	45	1.16
7361023--7361081	31	2.0	30	86	6	84	47	6	11	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7364044--7364094	25	2.0	25	92	0	84	37	3	13	45	1.63
7372274--7372466	40	4.8	39	86	6	219	33	22	23	19	1.97
7372290--7372466	80	2.2	82	88	6	272	35	23	23	18	1.96
7372471--7372597	47	2.7	46	83	4	157	48	30	0	20	1.50
7372733--7372767	15	2.3	15	90	0	52	20	0	31	48	1.50
7372859--7372952	37	2.5	37	91	0	152	10	50	15	23	1.76
7373266--7373316	7	7.0	7	91	8	84	70	1	0	27	0.98
7376370--7376394	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
7378014--7378094	31	2.6	31	78	17	98	25	2	2	69	1.14
7378192--7378216	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7383387--7383424	17	2.2	17	90	0	58	60	2	2	34	1.24
7386747--7386773	5	5.4	5	100	0	54	18	40	18	22	1.91
7386887--7386911	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7387851--7387894	19	2.3	19	80	7	54	29	0	4	65	1.12
7389226--7389647	210	2.0	210	87	0	601	30	13	25	30	1.94
7395405--7395457	18	2.9	18	83	5	63	28	0	5	66	1.15
7397441--7397502	9	6.8	9	76	10	54	69	0	30	0	0.89
7397441--7397495	3	19.0	3	75	7	51	69	0	30	0	0.89
7397441--7397495	17	3.2	17	84	2	65	69	0	30	0	0.89
7398142--7398191	23	2.2	23	88	0	73	38	14	16	32	1.88
7398646--7398696	21	2.4	21	83	6	68	11	13	39	35	1.82
7399608--7399732	48	2.6	48	90	0	187	46	14	13	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7399767--7399851	6	14.2	6	75	0	53	55	14	7	23	1.63
7399761--7399813	18	2.9	17	86	8	61	52	16	1	28	1.54
7399868--7399903	18	2.0	18	88	0	54	66	5	8	19	1.38
7402210--7402248	14	2.8	13	84	7	51	41	7	17	33	1.79
7402753--7402794	16	2.5	17	76	7	50	54	0	0	45	0.99
7402798--7402832	17	2.1	17	88	0	52	42	2	2	51	1.31
7406997--7407105	48	2.3	48	95	0	191	43	13	15	27	1.85
7408771--7408843	19	3.3	22	74	20	64	60	1	2	35	1.20
7409101--7409155	27	2.0	27	82	6	67	52	1	1	43	1.22
7410429--7410472	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
7413949--7413975	9	3.0	9	100	0	54	11	11	11	66	1.45
7414906--7414936	15	2.1	15	100	0	62	25	0	41	32	1.56
7416460--7416509	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
7418725--7418767	20	2.2	20	86	0	59	41	2	0	55	1.12
7419052--7419083	17	1.9	16	93	6	55	56	0	6	37	1.25
7423252--7423283	13	2.5	13	94	0	55	81	0	18	0	0.70
7426150--7426201	20	2.5	20	84	3	77	51	11	11	25	1.71
7430936--7430975	11	3.6	11	93	0	71	45	17	0	37	1.49
7430911--7430973	22	2.9	22	81	9	76	39	17	1	41	1.59
7431115--7431245	47	2.8	47	81	13	155	30	8	5	55	1.52
7445841--7446011	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	22	1.99
7445833--7446008	46	3.8	46	77	12	198	28	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7448506--7448532	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7450926--7450963	19	2.1	18	90	5	58	42	0	13	44	1.43
7450926--7450965	20	2.1	18	86	9	53	42	0	12	45	1.42
7454157--7454307	75	2.0	75	100	0	302	35	14	18	31	1.91
7466321--7466390	27	2.6	27	80	8	79	51	20	2	25	1.61
7469954--7469990	18	2.1	18	90	5	58	40	0	10	48	1.38
7472721--7472780	18	3.2	18	78	7	66	73	3	16	6	1.18
7474589--7474625	18	2.1	18	90	5	58	40	0	10	48	1.38
7476520--7476592	24	3.0	24	89	0	119	36	4	46	12	1.61
7478424--7478501	25	3.1	26	77	15	74	48	0	1	50	1.09
7478478--7478534	15	3.5	15	71	17	51	50	3	0	45	1.18
7478938--7479015	10	8.0	9	71	19	50	12	5	3	78	1.06
7478933--7478992	27	2.3	27	85	8	79	10	5	5	80	1.02
7478980--7479021	19	2.1	20	86	8	59	21	2	0	76	0.90
7479025--7479096	22	3.1	22	77	11	72	45	0	1	52	1.09
7479061--7479103	21	2.0	22	90	4	70	41	0	2	55	1.12
7479093--7479172	21	3.8	19	81	15	56	38	2	2	56	1.26
7479111--7479171	21	3.0	20	88	9	70	42	1	0	55	1.09
7479140--7479188	20	2.3	20	82	10	53	46	4	0	48	1.20
7479290--7479347	23	2.4	25	85	11	84	43	0	0	56	0.99
7479306--7479396	35	2.7	34	81	13	123	40	1	0	58	1.05
7479002--7479505	236	2.1	237	87	6	729	41	2	2	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7479458--7479519	31	2.1	28	88	8	88	35	0	3	61	1.12
7479466--7479507	21	2.0	21	81	9	50	35	0	2	61	1.09
7479833--7479863	15	2.1	15	100	0	62	32	25	12	29	1.93
7486016--7486229	105	2.0	105	82	1	259	31	14	25	28	1.94
7489346--7489398	21	2.5	20	76	11	54	24	28	33	13	1.93
7490873--7490915	3	14.3	3	85	9	61	30	4	0	65	1.13
7491007--7491140	3	45.3	3	71	7	87	26	5	3	64	1.32
7491318--7491345	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
7491542--7491599	21	2.8	20	84	5	71	18	10	1	68	1.26
7493847--7493933	25	3.5	25	79	7	97	28	24	24	22	1.99
7493847--7493941	50	1.9	50	85	8	131	29	23	25	22	1.99
7496487--7496535	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
7498225--7498311	21	4.0	23	77	10	83	14	22	25	36	1.93
7498237--7498287	21	2.3	22	93	6	86	11	25	29	33	1.91
7503646--7503703	21	2.8	22	73	19	54	39	12	5	43	1.64
7506258--7506462	105	2.0	105	84	3	270	33	13	25	27	1.94
7506307--7507064	378	2.0	378	94	0	1329	33	17	23	25	1.96
7509693--7509750	21	2.8	22	73	19	54	39	12	5	43	1.64
7511572--7511617	16	2.5	19	78	21	53	54	10	8	26	1.64
7511711--7511911	23	8.2	25	70	15	111	60	5	3	29	1.38
7511824--7511937	46	2.5	43	80	10	113	62	7	1	28	1.31
7511951--7512038	33	2.6	35	76	7	90	63	2	5	28	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7511925--7512038	33	3.3	34	72	7	86	63	1	7	28	1.30
7512211--7512268	26	2.2	26	79	11	66	55	5	8	31	1.52
7516435--7516537	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
7521086--7521135	26	1.9	26	91	0	82	48	20	14	18	1.82
7532512--7532538	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
7540496--7540625	28	4.6	28	80	5	147	27	20	19	33	1.96
7540730--7540813	28	3.0	28	75	0	87	32	16	13	38	1.87
7540737--7540789	14	3.8	14	76	0	52	32	18	13	35	1.90
7543841--7543891	23	2.2	23	92	0	84	45	3	0	50	1.20
7546495--7546657	28	5.8	28	84	1	193	29	20	17	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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