genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27579487--27579701	46	4.6	47	81	10	205	24	30	17	26	1.97
27579389--27579698	94	3.3	93	76	13	262	25	30	17	26	1.97
27582038--27582153	24	4.4	27	80	15	145	36	15	23	25	1.94
27582038--27582153	52	2.2	52	93	0	196	36	15	23	25	1.94
27582177--27582324	51	2.9	51	90	2	244	30	14	27	27	1.95
27584129--27584162	11	3.0	11	91	4	50	73	0	23	2	0.97
27587651--27587714	32	2.0	32	96	0	119	39	21	7	31	1.82
27592236--27592297	31	2.0	31	90	6	99	30	24	16	29	1.96
27592509--27592578	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
27592782--27592969	27	7.0	27	85	2	207	25	19	18	37	1.94
27592782--27592969	81	2.3	81	85	2	252	25	19	18	37	1.94
27592932--27593139	27	7.7	27	82	5	199	28	10	21	39	1.87
27592958--27593166	81	2.6	81	81	2	242	30	10	20	39	1.85
27593131--27593306	54	3.3	54	86	0	154	39	7	21	31	1.82
27593160--27593315	27	5.8	27	89	0	222	38	7	23	30	1.83
27593133--27593289	81	1.9	81	80	2	181	38	8	21	31	1.83
27593168--27593342	81	2.2	81	86	2	235	37	8	23	30	1.84
27593168--27593342	27	6.5	27	87	0	206	37	8	23	30	1.84
27599529--27599661	42	3.1	42	76	5	133	30	24	17	27	1.97
27602662--27602758	30	3.2	30	75	2	97	28	25	15	29	1.96
27605340--27605401	5	12.0	5	76	19	56	75	1	19	3	1.02
27605330--27605399	36	1.9	37	86	13	101	75	2	18	2	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27605449--27605479	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
27607659--27607755	30	3.2	30	75	2	97	28	25	15	29	1.96
27613553--27613700	43	3.5	43	76	9	151	27	25	19	27	1.99
27620644--27620741	40	2.5	39	73	4	108	35	35	12	16	1.86
27621712--27621737	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
27630559--27630652	40	2.4	38	77	6	107	41	36	9	12	1.76
27638426--27638705	146	1.9	147	90	0	445	37	20	14	28	1.91
27643250--27643522	46	5.9	47	77	10	233	23	30	18	27	1.98
27643841--27643903	30	2.1	30	84	0	81	38	22	7	31	1.83
27647041--27647193	55	2.7	55	89	4	236	32	24	15	28	1.96
27649635--27649673	9	4.4	9	83	6	53	58	17	0	23	1.38
27649640--27649672	17	1.9	17	93	0	57	63	21	0	15	1.30
27659881--27659924	22	2.0	22	100	0	88	13	13	27	45	1.81
27664714--27664763	22	2.3	22	86	3	66	20	38	30	12	1.88
27667092--27667130	20	1.9	21	84	5	53	38	2	2	56	1.27
27670212--27670264	23	2.3	22	81	15	63	49	5	11	33	1.62
27671423--27671470	21	2.3	21	92	0	78	14	29	29	27	1.95
27673792--27673967	46	3.8	46	77	4	183	28	28	20	22	1.98
27677447--27677491	17	2.4	18	82	17	56	55	6	6	31	1.52
27677536--27677576	13	3.1	14	80	19	52	63	0	7	29	1.21
27677728--27677761	3	11.3	3	87	12	52	67	0	0	32	0.91
27677728--27677992	24	11.0	24	66	23	64	58	3	4	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27677775--27677851	25	3.1	24	70	17	68	59	5	3	31	1.37
27677787--27677996	24	9.5	23	72	19	130	58	3	3	34	1.31
27677799--27677953	36	4.4	37	75	17	134	59	2	3	34	1.27
27677786--27677996	11	17.8	11	71	21	117	58	3	3	34	1.31
27677775--27677996	44	5.0	45	71	22	157	58	4	3	34	1.34
27677840--27677981	66	2.1	69	88	9	211	59	2	3	34	1.29
27678913--27678966	15	3.4	15	71	14	54	9	11	14	64	1.48
27678905--27678970	33	2.0	33	96	0	123	9	13	15	62	1.55
27691745--27691769	7	3.6	7	100	0	50	72	12	0	16	1.13
27692326--27692398	26	2.7	27	78	4	76	38	20	20	20	1.94
27701308--27701440	38	3.5	38	85	4	171	22	18	27	31	1.97
27701433--27701536	43	2.4	43	86	0	163	11	25	29	32	1.91
27701501--27701562	27	2.3	27	94	2	108	11	25	29	33	1.91
27704367--27704589	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
27704442--27704624	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
27718984--27719110	66	1.9	67	90	4	204	21	26	6	45	1.75
27720182--27720224	22	2.0	21	86	4	59	44	2	27	25	1.66
27724414--27724476	27	2.2	28	76	20	69	46	1	0	52	1.10
27725858--27725893	17	2.0	19	89	10	58	66	11	0	22	1.22
27729855--27729901	16	3.0	16	78	12	53	29	2	2	65	1.15
27739969--27740135	73	2.3	73	88	1	235	27	17	20	33	1.96
27740114--27740159	13	3.5	13	82	5	65	19	10	2	67	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27740243--27740545	77	4.0	75	85	7	350	29	17	21	31	1.96
27739987--27740926	415	2.3	412	83	6	1129	29	16	19	35	1.94
27740663--27740798	71	1.9	71	93	0	236	34	17	18	29	1.94
27740556--27741105	155	3.5	151	78	11	510	28	16	19	34	1.94
27740803--27741080	77	3.7	72	85	7	362	28	16	20	34	1.95
27740803--27741345	62	7.7	75	78	13	400	28	16	22	32	1.96
27741038--27741433	62	6.1	62	77	9	389	30	17	23	28	1.97
27740966--27741436	130	3.5	134	86	4	621	29	17	23	28	1.97
27741462--27741604	74	1.9	75	88	2	216	30	20	22	26	1.98
27741369--27741934	166	3.4	167	90	1	857	28	19	20	30	1.97
27741628--27741770	74	1.9	75	89	2	225	30	18	23	27	1.97
27741702--27741873	93	1.8	93	83	4	231	26	20	20	32	1.97
27741774--27742107	78	4.2	79	75	13	299	28	17	19	34	1.95
27741608--27742108	243	2.1	241	83	7	620	28	17	19	33	1.95
27742764--27742807	17	2.6	17	92	3	72	56	38	0	4	1.20
27742763--27742813	18	2.8	18	85	8	68	54	41	0	3	1.19
27743173--27743286	59	1.9	59	94	3	203	13	37	37	11	1.80
27743919--27744003	19	4.3	19	72	18	75	31	4	5	57	1.43
27749840--27749871	6	5.3	6	100	0	64	34	0	15	50	1.45
27753977--27754041	25	2.8	22	73	13	58	29	3	4	63	1.30
27755232--27755277	18	2.6	17	80	10	56	50	0	13	36	1.41
27755465--27755503	2	19.5	2	84	10	53	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27756063--27756127	25	2.8	22	73	13	58	63	4	3	29	1.30
27758864--27759336	47	10.1	47	93	0	750	28	31	9	31	1.88
27771939--27771995	29	2.0	28	93	3	96	21	17	26	35	1.95
27773846--27774017	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
27773839--27774014	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
27777400--27777478	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27777597--27778038	47	9.4	47	93	0	713	28	30	8	32	1.87
27782664--27782787	27	4.6	27	84	1	149	28	16	27	28	1.97
27782664--27782813	82	1.8	81	87	4	221	27	16	28	28	1.97
27782663--27782813	27	5.5	28	78	6	114	27	15	27	28	1.96
27790634--27790811	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
27790635--27790790	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
27790631--27790811	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
27792691--27792768	24	3.2	24	88	0	102	37	2	38	21	1.68
27793830--27793959	65	2.0	65	100	0	260	33	9	16	40	1.81
27794265--27794374	54	2.1	53	82	1	130	19	20	21	39	1.93
27794281--27794374	27	3.5	26	80	5	107	19	20	20	40	1.92
27795335--27795376	15	2.6	17	78	14	54	57	9	4	28	1.51
27800625--27800701	24	3.2	24	94	0	127	35	3	40	20	1.71
27802136--27802243	27	4.0	26	87	8	137	17	24	21	37	1.94
27810216--27810250	14	2.5	14	90	0	52	40	8	25	25	1.84
27810676--27810722	22	2.1	22	84	0	58	29	36	17	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27811760--27811791	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
27815809--27815963	42	3.7	42	83	1	184	30	23	14	31	1.94
27819142--27819872	47	15.6	47	92	3	1215	29	29	8	33	1.86
27819142--27819872	190	3.9	189	95	2	1219	29	29	8	33	1.86
27824214--27824260	21	2.2	21	88	0	67	14	29	25	29	1.95
27830009--27830110	34	3.2	34	67	25	105	50	9	16	22	1.74
27829997--27830118	60	2.0	60	98	0	235	50	10	15	22	1.75
27839917--27839981	30	2.1	31	91	2	105	40	10	7	41	1.69
27839993--27840042	25	1.9	25	84	8	64	66	4	2	28	1.21
27843172--27843231	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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