genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80270092--80270154	4	15.8	4	100	0	126	25	0	23	50	1.49
80271514--80271558	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
80271781--80271852	33	2.1	35	89	5	112	26	6	20	45	1.76
80275495--80275536	5	8.0	5	86	5	57	76	4	0	19	0.96
80275494--80275538	22	2.1	21	91	4	72	73	4	0	22	1.01
80278807--80278855	11	4.3	11	79	7	53	8	10	0	81	0.87
80285996--80286037	19	2.3	19	91	4	68	73	2	0	23	0.94
80286281--80286313	15	2.1	17	88	11	52	63	0	15	21	1.30
80295311--80295342	7	4.6	7	96	0	55	3	15	9	71	1.24
80296901--80296956	17	3.3	17	81	13	71	69	3	1	25	1.14
80296901--80296985	35	2.5	34	81	10	95	67	2	3	27	1.19
80296900--80297003	7	14.3	7	72	19	63	67	1	3	26	1.18
80297078--80297125	18	2.6	19	83	9	55	68	4	2	25	1.18
80297208--80297250	23	2.0	22	82	17	54	67	0	4	27	1.10
80302491--80302556	32	2.1	32	100	0	132	19	9	28	42	1.82
80315769--80315829	13	4.7	13	81	0	77	24	8	27	39	1.84
80316034--80316129	34	2.9	33	70	22	76	48	1	3	46	1.24
80317917--80317976	28	2.2	26	79	8	66	36	1	5	56	1.31
80318069--80318121	26	2.0	26	82	7	63	32	9	1	56	1.42
80334172--80334232	21	2.9	22	86	13	76	62	0	8	29	1.24
80334214--80334239	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
80334298--80334389	3	31.3	3	69	16	50	61	3	4	30	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80334342--80334406	26	2.5	26	76	14	71	60	1	0	38	1.07
80335523--80335575	22	2.4	22	90	0	88	11	5	54	28	1.58
80338434--80338562	50	2.5	51	86	5	172	37	17	20	24	1.94
80338538--80338717	31	5.8	31	90	2	263	27	18	27	26	1.98
80338742--80338906	47	3.7	46	83	6	169	29	16	25	29	1.97
80338839--80338950	42	2.7	43	87	4	156	31	16	25	27	1.96
80339876--80339916	15	2.7	15	82	17	50	39	4	7	48	1.52
80341020--80341083	29	2.2	29	85	0	83	39	0	0	60	0.97
80341022--80341072	15	3.5	15	74	15	52	37	0	0	62	0.95
80342264--80342329	25	2.5	25	85	7	69	56	1	1	40	1.18
80349600--80349641	18	2.3	19	88	12	61	26	2	4	66	1.23
80362322--80362351	10	3.1	10	95	4	53	33	26	0	40	1.57
80366226--80366263	13	2.9	13	80	11	51	63	0	0	36	0.95
80367517--80367910	132	3.0	131	80	6	438	35	18	19	26	1.95
80367541--80367912	131	2.8	130	80	5	408	34	18	18	27	1.95
80370357--80370420	32	2.0	32	100	0	128	12	18	50	18	1.78
80374026--80374236	31	6.8	31	91	0	296	28	19	26	26	1.99
80374352--80374462	42	2.6	42	84	7	136	32	14	25	27	1.94
80376528--80376622	44	2.1	44	96	1	172	30	5	10	53	1.57
80380346--80380589	131	1.9	130	86	2	355	37	18	17	26	1.93
80381819--80381855	9	4.1	9	86	13	58	10	2	0	86	0.67
80382044--80382104	28	2.2	27	82	8	70	57	1	19	21	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80382613--80382690	39	2.0	41	82	10	99	33	3	5	57	1.39
80383679--80384178	130	3.8	130	78	6	449	34	18	18	28	1.95
80388519--80389044	131	4.0	132	77	8	479	27	18	17	36	1.93
80388519--80389046	262	2.0	259	80	5	600	27	18	17	36	1.93
80388526--80389061	259	2.1	258	80	6	582	27	18	17	36	1.93
80389668--80389737	11	6.0	11	79	11	77	37	2	7	52	1.44
80389659--80389753	24	3.7	25	71	18	70	36	3	5	54	1.39
80389732--80389809	14	6.0	13	71	15	63	35	3	0	60	1.15
80389683--80389812	11	10.5	11	71	20	53	36	3	2	58	1.26
80389749--80389809	26	2.4	25	89	5	88	34	4	0	60	1.18
80389835--80389878	23	1.9	23	85	0	61	29	11	4	54	1.56
80390123--80390181	25	2.3	25	80	8	66	25	3	10	61	1.44
80391871--80391913	17	2.4	18	80	7	52	48	6	9	34	1.62
80392439--80392492	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
80392501--80392554	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
80392942--80392998	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
80403228--80403289	26	2.3	27	91	2	99	58	0	24	17	1.39
80403228--80403299	26	2.7	27	84	4	92	56	0	23	19	1.41
80404860--80404905	3	15.0	3	95	4	83	34	0	0	65	0.93
80404904--80404935	3	10.7	3	100	0	64	0	0	31	68	0.90
80408770--80408808	19	2.1	19	90	0	60	74	2	0	23	0.94
80408793--80408878	40	2.1	42	85	10	115	60	4	4	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80412798--80412852	26	2.1	26	86	10	76	69	5	12	12	1.35
80413734--80413818	19	3.9	20	67	28	57	24	4	4	65	1.31
80413678--80413866	63	3.1	62	81	12	205	24	6	5	63	1.39
80413964--80413988	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
80414034--80414088	3	18.3	3	79	7	58	34	0	3	61	1.13
80427782--80428707	217	4.3	209	73	18	719	23	12	19	43	1.86
80433359--80433429	32	2.2	32	87	7	99	39	11	9	39	1.74
80438415--80438470	11	4.9	11	80	8	58	33	0	1	64	1.04
80438410--80438470	24	2.6	24	87	7	81	36	0	1	62	1.05
80440603--80440817	46	4.7	46	94	1	324	40	14	23	21	1.91
80441430--80441581	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
80441498--80441766	46	5.6	46	83	10	331	27	22	14	34	1.94
80441541--80441760	52	4.3	52	83	8	290	27	22	14	35	1.93
80441498--80441766	98	2.7	98	92	0	448	27	22	14	34	1.94
80443016--80443218	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
80442950--80443218	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
80443182--80443364	37	5.0	37	95	1	316	37	16	21	24	1.93
80444619--80444762	49	2.9	49	91	1	216	22	14	30	31	1.94
80447956--80448158	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
80447890--80448158	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
80448122--80448304	37	5.0	37	95	1	316	37	16	21	24	1.93
80451392--80451758	46	7.6	49	86	9	424	34	14	22	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80451392--80451758	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	29	1.93
80451406--80451758	196	1.8	196	92	0	598	34	14	22	28	1.93
80451722--80451867	37	4.0	37	90	5	226	36	16	21	25	1.94
80456821--80456883	17	3.7	17	67	0	54	47	0	0	52	1.00
80456824--80456888	34	1.9	34	96	0	121	44	0	0	55	0.99
80466488--80466627	50	2.8	50	98	0	271	25	10	20	42	1.84
80469065--80469090	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
80470158--80470183	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
80474170--80474203	17	1.9	18	88	5	52	35	0	2	61	1.11
80477091--80477120	4	7.5	4	92	0	51	3	23	0	73	0.98
80483528--80483565	15	2.6	15	95	4	69	28	15	13	42	1.85
80487447--80487512	22	3.0	22	86	2	96	39	9	13	37	1.77
80488487--80488566	29	2.6	30	88	5	108	52	11	1	35	1.45
80489570--80489641	30	2.3	31	81	11	85	38	11	9	40	1.74
80490839--80490869	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
80493366--80493405	20	2.0	20	86	13	57	62	12	17	7	1.52
80494681--80494719	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
80494956--80495070	38	2.9	40	74	5	117	23	18	27	30	1.97
80520231--80520302	18	4.0	18	90	0	117	27	23	16	31	1.96
80520234--80520302	36	1.9	36	96	0	129	28	24	14	31	1.95
80528702--80528727	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
80534229--80534404	46	3.8	46	78	12	189	19	19	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80534225--80534397	93	1.9	93	92	0	292	20	20	30	28	1.97
80535967--80535992	9	2.9	9	100	0	52	42	23	0	34	1.54
80539745--80539803	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
80539869--80539933	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
80539844--80539956	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65
80539856--80539950	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
80539957--80540102	9	15.6	9	90	5	211	22	9	30	36	1.86
80540262--80540286	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
80542047--80542104	30	2.0	29	89	3	89	10	13	15	60	1.59
80542051--80542105	15	3.8	14	81	9	65	9	12	16	61	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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