genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  51  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14353684--14353757	12	6.1	12	76	13	62	14	8	5	71	1.28
14355373--14355437	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
14356855--14356901	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
14358430--14358501	29	2.5	29	76	14	78	75	2	15	6	1.14
14359521--14359626	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
14360030--14360083	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
14360030--14360103	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
14360030--14360094	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
14361708--14361767	13	4.4	14	74	17	54	70	3	8	18	1.27
14361745--14361819	29	2.6	29	78	12	82	70	6	13	9	1.32
14362835--14362868	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
14364132--14364185	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
14364132--14364205	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
14364132--14364196	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
14367043--14367089	20	2.3	20	88	0	76	27	36	14	21	1.93
14367851--14367947	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
14370647--14370717	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
14370657--14370706	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
14370767--14370797	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
14372977--14373073	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
14382214--14382287	13	5.5	13	71	14	53	71	6	5	16	1.26
14382225--14382287	29	2.2	28	83	13	83	71	6	6	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14383201--14383256	5	11.0	5	76	14	53	75	1	17	5	1.09
14383188--14383238	26	2.0	26	81	14	61	72	3	19	3	1.16
14383304--14383334	12	2.6	12	94	0	53	48	12	12	25	1.77
14383337--14383361	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
14383331--14383386	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
14383337--14383418	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
14388899--14388958	20	3.0	20	84	15	72	28	26	13	31	1.94
14388899--14388955	10	5.7	10	74	13	55	29	28	14	28	1.95
14389950--14389997	20	2.4	20	92	0	78	25	33	16	25	1.96
14391461--14391521	29	2.1	29	85	8	81	75	4	14	4	1.14
14391413--14391494	39	2.1	38	82	10	96	73	6	8	12	1.25
14404006--14404125	48	2.5	48	82	2	145	27	21	15	35	1.93
14408287--14408400	48	2.4	46	80	2	120	29	21	14	34	1.93
14416701--14416924	46	4.7	47	75	13	158	28	18	29	24	1.98
14420962--14421080	41	2.9	41	94	0	202	15	36	22	25	1.93
14422689--14422750	30	2.1	30	81	6	72	29	22	11	37	1.89
14425388--14425528	40	3.5	40	87	2	169	24	19	29	26	1.99
14433115--14433261	40	3.7	40	86	2	190	25	21	27	25	1.99
14436803--14436870	27	2.5	27	85	0	91	38	17	17	26	1.92
14440615--14440838	40	5.6	40	85	8	294	26	26	22	24	2.00
14440615--14440838	83	2.8	80	87	6	301	26	26	22	24	2.00
14448280--14448503	40	5.6	40	83	6	274	26	26	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14448293--14448503	83	2.6	80	85	3	280	26	27	23	22	2.00
14449185--14449213	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
14450534--14450595	27	2.2	28	88	2	90	35	30	12	20	1.91
14450534--14450631	29	3.5	28	84	5	110	33	28	14	23	1.94
14450533--14450631	28	3.5	28	84	5	103	33	29	14	23	1.94
14455992--14456169	27	6.6	27	82	6	171	30	28	15	25	1.96
14460258--14460435	27	6.6	27	83	3	196	30	28	15	26	1.96
14460279--14460434	82	1.9	81	89	1	240	30	28	15	26	1.96
14465271--14465340	27	2.5	28	95	2	124	32	27	12	27	1.93
14471441--14471558	27	4.4	27	90	0	182	33	18	22	24	1.97
14472835--14472953	29	4.2	29	75	10	102	27	26	13	31	1.94
14474650--14474758	28	3.7	28	69	11	83	22	17	25	34	1.95
14474678--14474750	33	2.2	34	80	2	85	21	16	24	36	1.94
14474646--14474770	61	2.0	61	90	3	198	23	18	25	32	1.97
14474654--14474810	61	2.6	61	82	2	163	23	21	26	29	1.99
14478194--14478231	16	2.3	17	86	13	53	39	0	10	50	1.37
14481286--14481327	20	2.2	20	87	12	61	57	4	16	21	1.58
14481776--14481805	16	1.9	16	93	6	53	26	0	23	50	1.50
14487104--14487255	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
14487104--14487255	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
14489873--14489914	16	2.6	16	75	14	50	38	9	19	33	1.84
14492937--14492981	22	2.0	22	100	0	90	31	8	26	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14493080--14493185	28	3.8	28	83	2	106	31	14	26	28	1.95
14495356--14495492	26	5.2	26	77	6	125	31	35	15	18	1.92
14496248--14496337	38	2.4	38	94	1	155	33	11	13	42	1.79
14506981--14507024	22	2.0	23	90	4	72	40	0	2	56	1.11
14513571--14513645	21	3.5	21	83	5	71	20	36	29	14	1.92
14513590--14513645	21	2.7	21	91	0	85	17	35	32	14	1.90
14515677--14515957	48	5.8	48	79	1	258	25	28	16	29	1.96
14515677--14515956	96	2.9	96	88	1	389	25	28	16	29	1.96
14515677--14515952	144	1.9	146	82	3	351	25	28	16	29	1.97
14517539--14517755	46	4.7	44	76	10	177	24	28	18	27	1.98
14517497--14517755	140	1.8	140	82	5	335	25	28	18	27	1.98
14518326--14518422	34	2.8	35	83	6	119	28	22	20	27	1.99
14518324--14518413	35	2.6	34	82	6	110	26	25	20	27	1.99
14518829--14518928	27	3.7	28	81	7	127	23	15	20	42	1.89
14518839--14518939	27	3.7	26	81	7	96	23	16	18	40	1.91
14518839--14518955	54	2.2	53	81	7	137	26	16	17	40	1.90
14521580--14521627	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
14521740--14521839	24	4.2	24	92	1	157	31	22	21	26	1.98
14522052--14522132	31	2.6	31	86	5	110	33	17	25	23	1.96
14531960--14531990	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14531957--14531996	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
14532191--14532436	55	4.6	55	79	7	224	22	23	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14532230--14532430	108	1.8	110	86	4	291	23	24	17	34	1.96
14537498--14537534	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
14551928--14551970	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
14552436--14552502	27	2.5	28	90	7	111	28	11	28	31	1.92
14560009--14560051	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
14560487--14560583	27	3.5	28	88	5	126	25	13	27	32	1.93
14560515--14560598	27	3.0	27	87	5	96	30	11	23	33	1.91
14579397--14579440	22	1.9	24	86	9	65	43	2	11	43	1.53
14580478--14580502	11	2.3	11	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14581715--14581800	45	1.9	44	88	2	127	24	12	25	37	1.91
14586627--14586657	16	1.9	16	93	0	53	41	3	6	48	1.45
14585704--14586922	608	2.0	608	98	0	2375	35	19	9	35	1.84
14588699--14588760	15	4.1	14	74	12	52	54	17	12	14	1.70
14593832--14593929	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
14604340--14604423	41	2.2	38	87	12	127	41	25	1	32	1.63
14604349--14604432	41	2.0	41	100	0	168	39	23	2	34	1.68
14615953--14615990	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
14615954--14615992	20	2.0	20	94	0	69	20	17	33	28	1.96
14617416--14617453	10	3.8	10	83	13	51	28	31	18	21	1.97
14617414--14617452	20	2.0	20	94	0	69	28	33	17	20	1.96
14619872--14619965	47	2.0	47	95	0	170	28	11	24	35	1.91
14625699--14625917	40	5.5	39	86	4	244	22	23	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14625699--14625917	81	2.7	79	84	5	262	22	23	28	26	1.99
14627625--14627706	42	1.9	42	83	11	105	36	25	13	24	1.92
14627625--14627753	44	3.0	41	80	13	111	34	25	15	24	1.94
14630713--14630800	46	1.9	46	83	0	113	26	19	25	29	1.98
14636406--14636494	27	3.3	27	88	0	106	29	14	16	39	1.89
14636510--14636682	26	6.5	27	82	5	201	30	11	17	39	1.86
14636510--14636682	53	3.3	54	83	6	194	30	11	17	39	1.86
14636997--14637062	28	2.4	28	92	0	105	25	33	16	24	1.96
14639977--14640065	27	3.3	27	83	0	97	29	14	16	39	1.89
14640017--14640322	27	11.4	27	79	6	273	32	10	19	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255