genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17160759--17160838	30	2.5	31	88	6	117	11	15	2	71	1.25
17160762--17160838	31	2.4	33	87	8	115	11	12	2	72	1.22
17160876--17160916	12	3.5	11	86	6	55	12	2	7	78	1.06
17160876--17160916	11	3.4	12	90	10	66	12	2	7	78	1.06
17163765--17163832	25	2.8	24	77	6	66	73	2	17	5	1.16
17171350--17171396	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
17173067--17173172	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
17173236--17173291	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
17173235--17173291	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
17173298--17173356	18	3.3	18	80	0	73	5	16	6	71	1.26
17173253--17173356	6	16.8	6	70	4	64	6	19	3	70	1.26
17174545--17174574	12	2.5	12	94	0	51	10	3	6	80	1.01
17175966--17176012	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
17177430--17177517	30	2.9	30	70	6	88	28	27	15	28	1.96
17180174--17180276	30	3.5	30	68	6	75	29	23	15	32	1.95
17181965--17182098	48	2.8	48	80	5	164	23	30	20	25	1.99
17184255--17184314	29	2.0	29	84	12	77	35	16	1	46	1.57
17187049--17187089	23	1.9	20	85	14	55	48	14	0	36	1.44
17189555--17189601	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
17192159--17192243	18	4.6	17	71	16	62	51	2	28	17	1.58
17192219--17192324	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
17193993--17194039	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17195543--17195618	12	5.5	13	71	23	50	69	5	9	15	1.32
17201893--17201917	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
17205259--17205376	12	9.8	12	68	18	50	70	3	18	7	1.26
17205276--17205379	18	5.6	18	75	5	82	71	3	18	6	1.24
17205272--17205379	6	17.7	6	70	6	74	71	3	18	6	1.23
17205340--17205377	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
17205341--17205391	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
17205394--17205456	33	1.9	33	87	6	92	53	4	26	14	1.60
17212388--17212701	47	6.7	47	98	0	574	32	8	28	29	1.88
17212388--17212794	141	3.0	140	90	5	628	32	9	29	29	1.88
17212664--17212733	32	2.2	32	94	2	124	32	11	30	25	1.91
17212617--17212779	79	2.1	78	94	2	283	32	10	29	27	1.90
17212695--17212794	46	2.1	47	94	3	175	32	9	30	29	1.88
17212964--17213042	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
17215016--17215069	15	3.8	14	76	11	56	74	1	22	1	1.02
17222361--17222387	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
17224587--17224727	24	5.9	24	84	3	176	20	12	32	34	1.90
17230984--17231017	11	3.1	11	100	0	68	55	0	0	44	0.99
17232038--17232077	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
17234634--17234686	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
17241788--17241843	24	2.4	23	72	3	58	21	3	33	41	1.70
17280242--17280497	40	6.4	39	90	4	313	24	21	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17280242--17280471	120	1.9	120	88	7	351	23	21	27	26	1.99
17292308--17292439	50	2.7	50	83	3	169	26	28	18	26	1.98
17292665--17292718	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
17294365--17294481	41	3.1	40	71	27	128	23	0	26	49	1.56
17294382--17294441	31	2.0	30	93	3	102	21	1	25	51	1.57
17299380--17299689	40	7.7	40	88	3	406	24	29	20	24	1.99
17307213--17307486	40	6.7	41	89	4	362	24	29	21	24	1.99
17323414--17323485	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
17326101--17326208	29	3.5	30	66	25	80	23	14	18	43	1.87
17326091--17326221	65	2.0	65	96	0	244	24	13	18	43	1.86
17333590--17333686	44	2.3	42	77	13	101	31	23	19	24	1.98
17338230--17338364	43	3.1	43	96	0	252	28	34	25	11	1.90
17341551--17342216	40	16.6	40	93	1	1120	27	19	27	24	1.99
17344173--17344298	46	2.7	46	95	0	216	28	27	23	20	1.99
17344175--17344317	46	3.1	45	87	4	146	27	28	22	20	1.99
17355162--17355332	46	3.7	46	76	14	181	21	22	27	28	1.99
17375047--17375252	40	5.2	40	86	1	272	24	22	26	26	2.00
17377491--17377564	34	2.2	34	85	2	96	22	22	24	29	1.99
17380336--17380553	40	5.5	40	90	2	316	25	23	27	24	2.00
17383438--17383484	20	2.3	21	77	7	60	36	12	14	36	1.85
17383929--17383982	24	2.2	24	86	0	81	29	22	1	46	1.62
17393574--17393849	140	2.0	140	93	0	471	30	23	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17394443--17394518	38	2.0	38	86	2	107	38	21	17	23	1.93
17399633--17399667	18	1.9	18	88	0	52	11	0	34	54	1.37
17404933--17405088	29	5.3	29	81	2	188	22	24	14	38	1.92
17404933--17405083	58	2.6	58	90	2	241	22	24	13	39	1.91
17412585--17412615	13	2.4	13	94	0	53	9	0	48	41	1.36
17412704--17412733	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
17412926--17413020	44	2.1	45	84	1	129	23	26	15	34	1.95
17413015--17414546	132	11.6	132	94	0	2562	26	24	18	30	1.98
17414467--17414949	132	3.7	132	89	0	682	26	23	17	32	1.97
17413123--17414715	88	18.1	88	72	9	640	26	24	18	30	1.98
17414864--17414962	44	2.2	45	81	3	119	28	27	16	28	1.97
17414974--17415462	205	2.4	205	91	0	789	29	21	18	31	1.97
17415607--17415731	61	2.0	64	87	7	186	36	12	17	33	1.87
17419927--17419977	24	2.1	24	85	7	68	9	23	15	50	1.73
17422917--17423052	3	45.3	3	72	10	55	58	2	8	30	1.41
17422942--17423026	33	2.3	39	82	11	110	52	0	11	35	1.38
17423011--17423052	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
17423402--17423501	22	4.5	22	76	7	96	10	0	54	36	1.34
17423402--17423514	13	9.9	13	76	20	87	9	0	53	36	1.34
17423439--17423466	9	3.1	9	100	0	56	0	0	64	35	0.94
17423402--17423501	44	2.3	43	79	5	119	10	0	54	36	1.34
17423599--17423628	15	1.9	16	93	6	53	10	3	33	53	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17429775--17429834	30	2.0	30	83	0	75	28	23	6	41	1.79
17431436--17431587	49	3.0	49	83	3	187	25	18	25	31	1.97
17431444--17431576	50	2.7	49	86	1	167	26	20	22	30	1.98
17436694--17436946	43	6.0	43	74	3	192	28	28	18	23	1.98
17436667--17436877	86	2.5	86	82	4	248	27	26	19	26	1.99
17436677--17436946	84	3.2	83	79	4	256	28	29	17	24	1.97
17442646--17442685	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
17450415--17450478	30	2.1	30	100	0	128	31	17	26	25	1.97
17450458--17450570	53	2.1	53	83	3	138	30	15	24	29	1.96
17453872--17453946	9	8.6	9	76	8	66	34	1	17	46	1.56
17453845--17453914	36	1.9	36	97	0	131	35	0	17	47	1.48
17454334--17454399	34	1.9	35	84	9	91	56	3	1	39	1.24
17455899--17455946	25	1.9	25	100	0	96	58	0	8	33	1.28
17460263--17460341	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
17460382--17460673	49	6.1	49	91	4	454	28	30	8	31	1.88
17460382--17460673	96	3.0	97	90	5	443	28	30	8	31	1.88
17464307--17464522	40	5.4	40	93	0	364	24	27	22	25	2.00
17464307--17464861	120	4.5	120	87	8	744	24	28	22	24	2.00
17464510--17464536	14	1.9	14	100	0	54	18	22	29	29	1.97
17464470--17464576	54	2.0	54	98	0	205	23	27	24	25	2.00
17464524--17464861	40	8.4	40	90	3	504	24	28	22	23	1.99
17465170--17465248	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17467144--17467222	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
17467263--17467650	49	8.1	49	91	2	603	28	30	8	31	1.87
17467263--17467650	97	4.0	97	92	2	615	28	30	8	31	1.87
17467552--17467634	27	3.3	27	62	16	68	33	27	4	33	1.78
17472484--17472651	48	3.5	48	77	4	162	28	19	27	24	1.98
17472670--17472802	49	2.7	49	83	2	160	30	21	26	21	1.98
17476183--17476327	47	3.1	47	86	2	204	33	11	28	26	1.91
17476286--17476432	50	3.0	50	93	3	244	37	8	24	29	1.84
17476582--17476690	37	2.9	37	93	0	182	22	20	30	26	1.98
17478094--17478160	23	3.2	23	62	24	56	25	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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