genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77504676--77504784	37	2.9	37	91	0	173	24	18	30	26	1.98
77508095--77508127	16	2.0	17	88	5	50	9	12	15	63	1.51
77508312--77508345	12	2.8	12	100	0	68	8	32	0	58	1.29
77510829--77510868	3	13.3	3	83	0	53	60	2	5	32	1.32
77510978--77511036	23	2.6	23	80	0	73	59	3	6	30	1.40
77511138--77511218	12	6.7	12	72	17	53	62	2	2	32	1.21
77511168--77511216	26	2.0	25	84	8	64	63	2	0	34	1.06
77510947--77511186	3	81.7	3	66	16	65	61	5	7	25	1.43
77511953--77512001	22	2.2	22	77	0	53	30	44	4	20	1.70
77512636--77513487	87	9.9	86	85	5	1044	19	22	21	35	1.96
77512726--77513479	44	17.5	44	66	7	312	19	22	22	35	1.96
77512640--77513479	169	4.9	169	87	4	1051	19	22	21	36	1.96
77513480--77513765	44	6.5	44	69	11	183	28	23	15	32	1.95
77513480--77513759	132	2.1	132	89	0	434	28	23	15	32	1.95
77513755--77513978	88	2.6	88	90	0	351	27	29	17	25	1.98
77513827--77513970	47	3.2	47	65	18	124	29	29	17	23	1.97
77514088--77514212	61	2.0	64	89	7	195	36	12	17	32	1.88
77521874--77521980	26	4.2	26	95	1	189	36	25	6	31	1.81
77526526--77526656	60	2.2	60	98	0	253	30	43	9	16	1.80
77528364--77528472	26	4.2	26	95	1	191	35	25	6	32	1.81
77532307--77532346	3	13.3	3	83	0	53	60	2	5	32	1.32
77532455--77532508	23	2.3	23	83	0	72	57	3	7	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77532621--77532677	12	4.7	11	77	16	51	64	1	3	29	1.20
77532425--77532666	3	81.7	3	65	16	51	61	4	8	25	1.43
77533423--77533466	22	2.0	22	82	8	54	36	31	6	25	1.82
77542698--77542746	26	2.0	25	88	8	73	65	8	6	20	1.41
77543284--77543317	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
77543647--77543729	43	1.9	43	82	2	103	25	26	16	31	1.97
77543609--77544096	261	1.9	261	88	2	739	27	22	16	33	1.96
77543953--77544684	198	3.6	205	93	2	1237	28	21	18	31	1.97
77544648--77545165	44	11.8	43	77	10	410	27	24	17	30	1.97
77544648--77545076	132	3.3	132	90	1	632	27	24	17	30	1.97
77546023--77546081	7	8.7	7	80	10	61	3	10	1	84	0.80
77546046--77546093	19	2.5	19	86	3	60	4	8	0	87	0.66
77546023--77546091	8	8.6	8	81	12	63	2	11	1	84	0.81
77546045--77546092	9	5.6	9	80	5	55	4	8	0	87	0.66
77551724--77551784	19	3.3	19	90	6	99	36	16	9	37	1.82
77551914--77551955	1	42.0	1	95	0	75	0	0	2	97	0.16
77552802--77552857	28	2.0	28	96	0	103	39	23	0	37	1.55
77553249--77553360	54	2.1	53	83	9	138	43	0	21	33	1.59
77553672--77553733	17	3.6	17	79	12	81	35	4	33	25	1.78
77553670--77553752	35	2.4	35	100	0	166	34	4	33	26	1.78
77553689--77553751	18	3.6	18	79	12	85	34	4	36	23	1.76
77553669--77553762	18	5.4	17	74	13	84	35	4	31	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77556979--77557017	18	2.2	18	85	0	51	64	5	0	30	1.15
77556942--77557016	26	2.9	25	75	13	80	61	4	0	34	1.15
77557045--77557085	2	20.5	2	84	0	55	51	0	7	41	1.30
77557047--77557085	16	2.4	16	95	0	69	51	0	7	41	1.31
77557355--77557440	43	2.0	43	97	0	163	45	9	10	34	1.71
77574506--77574559	27	2.0	28	82	10	69	64	7	7	20	1.43
77575031--77575091	19	3.3	19	90	6	99	36	16	9	37	1.82
77576945--77577006	29	2.1	29	82	5	72	22	33	25	17	1.96
77578968--77579010	23	1.9	22	86	13	61	30	9	13	46	1.75
77578968--77579010	22	1.9	23	81	13	54	30	9	13	46	1.75
77588782--77588828	21	2.2	21	85	7	60	59	4	4	31	1.36
77589065--77589133	3	22.0	3	78	11	68	62	2	2	31	1.25
77589599--77589639	11	3.6	11	83	6	55	75	0	24	0	0.80
77589604--77589645	21	2.0	20	86	13	59	73	0	26	0	0.83
77590812--77590927	44	2.6	44	84	0	151	29	27	21	21	1.99
77591285--77591319	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
77591033--77591375	181	1.9	182	87	3	503	33	19	16	30	1.94
77590995--77591378	88	4.3	88	75	12	320	33	19	16	29	1.94
77591290--77591576	100	3.0	98	83	9	314	36	18	16	28	1.93
77591494--77591804	73	4.2	73	84	4	417	33	21	16	28	1.95
77591494--77591804	148	2.1	147	84	3	419	33	21	16	28	1.95
77591712--77591888	93	1.9	90	89	5	275	38	20	15	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77592661--77592767	44	2.6	40	81	13	110	16	23	14	45	1.84
77592702--77592778	41	1.9	40	86	5	111	14	19	14	51	1.75
77603997--77604040	21	2.0	22	83	12	56	43	2	4	50	1.35
77605479--77605531	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
77607014--77607095	26	3.2	26	89	0	137	35	26	6	31	1.81
77612272--77612312	17	2.2	20	87	12	61	0	14	2	82	0.76
77616143--77616189	21	2.2	21	85	7	60	59	4	4	31	1.36
77616440--77616506	30	2.2	30	81	10	73	59	2	5	31	1.36
77628523--77628589	3	22.3	3	81	6	82	29	4	2	62	1.29
77629025--77629057	15	2.1	16	88	11	50	36	6	3	54	1.41
77629023--77629057	17	2.1	17	94	0	61	37	5	2	54	1.39
77630267--77630296	15	1.9	16	93	6	53	20	6	3	70	1.25
77633496--77633688	96	2.0	96	97	0	368	36	11	16	35	1.85
77635896--77635941	14	3.2	14	87	3	56	73	4	2	19	1.10
77643467--77643515	25	2.0	25	95	0	89	30	2	12	55	1.48
77643472--77643531	25	2.4	25	83	8	68	31	1	15	51	1.53
77644054--77644087	16	2.1	16	88	5	50	61	0	2	35	1.11
77644186--77644235	23	2.1	24	85	10	68	46	2	2	50	1.24
77646868--77646907	21	1.9	21	84	0	53	22	57	15	5	1.57
77647850--77647888	3	13.0	3	83	0	51	28	2	0	69	1.02
77648574--77648676	38	2.8	36	76	16	95	35	12	0	50	1.47
77659355--77659732	81	4.7	80	92	3	607	34	4	11	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77659355--77659732	160	2.4	162	91	2	629	34	4	11	50	1.59
77660557--77660596	19	2.0	19	90	9	62	30	0	0	70	0.88
77666932--77666988	29	2.0	29	82	6	71	40	10	8	40	1.71
77668899--77668925	14	1.9	14	100	0	54	40	0	7	51	1.30
77684719--77685083	186	2.0	188	82	5	447	35	12	12	39	1.82
77685511--77685555	20	2.3	19	84	3	54	28	2	2	66	1.15
77685568--77685640	28	2.6	29	82	8	89	26	5	2	65	1.27
77685568--77685641	29	2.6	27	75	14	69	25	5	2	66	1.27
77687181--77687240	21	2.7	23	81	18	67	45	0	0	55	0.99
77687181--77687248	24	3.0	23	77	14	63	42	0	0	57	0.98
77687871--77687904	16	2.1	17	89	10	54	76	2	0	20	0.92
77687902--77688003	30	3.4	30	82	5	118	30	22	3	43	1.71
77688253--77688302	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
77688256--77688298	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
77688368--77688418	3	16.3	3	92	8	84	68	0	31	0	0.90
77688536--77688601	30	2.2	29	84	13	80	69	22	6	1	1.19
77688551--77688620	15	4.6	15	74	12	54	65	21	11	1	1.32
77688733--77688826	15	6.0	15	79	8	98	78	0	20	1	0.81
77688734--77688826	8	11.8	8	75	11	84	79	0	19	1	0.79
77688734--77688829	23	4.4	22	73	18	76	79	0	19	1	0.80
77689402--77689558	17	9.1	17	79	7	165	29	12	10	47	1.74
77689418--77689557	35	4.1	35	80	6	155	30	12	10	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77689408--77689558	52	2.9	50	83	13	164	29	12	11	47	1.76
77689519--77689645	38	3.4	37	71	17	111	34	10	12	42	1.77
77694901--77695109	52	4.1	51	83	9	266	35	14	22	27	1.93
77694887--77695110	98	2.3	98	90	0	358	34	14	22	27	1.94
77695073--77695218	37	4.0	37	91	1	233	36	15	21	25	1.93
77704525--77704750	122	1.9	121	83	4	294	30	13	21	34	1.92
77704264--77705066	190	4.2	191	98	0	1518	30	13	20	35	1.92
77705024--77705273	91	2.8	90	83	8	316	27	18	18	35	1.94
77705380--77705597	54	4.1	55	87	9	308	29	16	16	37	1.91
77705839--77705873	14	2.4	15	90	4	54	68	2	0	28	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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