genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21891890--21891953	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
21893928--21893959	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
21894154--21894541	50	7.7	50	75	4	350	31	25	17	25	1.97
21894357--21894546	101	1.9	101	87	0	281	30	25	19	25	1.98
21894157--21894548	151	2.6	151	91	0	624	31	25	17	25	1.97
21894896--21894942	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
21897667--21897731	30	2.2	29	81	13	71	21	16	4	56	1.58
21900582--21900627	23	2.0	23	95	0	83	45	13	10	30	1.77
21909096--21909175	30	2.7	30	78	7	90	55	16	17	11	1.70
21909096--21909170	15	5.0	15	77	6	71	54	17	17	10	1.70
21912108--21912247	46	3.1	45	74	10	115	30	27	18	22	1.97
21928067--21928101	16	2.2	16	94	0	61	25	0	28	45	1.54
21932240--21932425	48	3.9	47	74	6	176	26	20	29	23	1.99
21932250--21932424	96	1.8	96	83	4	237	27	20	28	23	1.99
21946938--21946984	19	2.4	19	85	3	58	34	8	8	48	1.64
21947902--21947958	18	3.2	18	94	0	105	21	47	10	21	1.80
21948522--21948562	21	2.0	21	85	9	57	51	0	19	29	1.47
21949598--21949782	43	4.3	43	85	0	253	24	15	27	32	1.95
21949761--21950072	56	5.6	56	88	1	448	26	13	25	34	1.92
21952076--21952121	18	2.6	18	89	0	74	41	15	19	23	1.89
21952470--21952595	27	4.7	27	86	2	173	42	18	13	26	1.87
21954253--21954285	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21956968--21957146	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
21958314--21958496	40	4.6	40	83	9	214	24	22	28	25	1.99
21958365--21958529	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
21960219--21960349	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
21960232--21960332	30	3.2	30	67	26	82	42	16	16	23	1.88
21960654--21960700	16	3.1	15	83	16	62	27	0	0	72	0.85
21963507--21963538	16	2.0	16	100	0	64	12	18	18	50	1.78
21964214--21964296	43	1.9	43	85	9	116	28	20	20	30	1.98
21967573--21967928	43	8.3	43	89	1	482	26	15	26	30	1.96
21967907--21968177	56	4.8	56	81	2	303	28	15	23	32	1.95
21967907--21968177	112	2.4	112	82	1	337	28	15	23	32	1.95
21974835--21974863	12	2.5	12	94	5	51	31	10	13	44	1.78
21978977--21979037	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
21979945--21980044	50	2.0	50	100	0	200	32	20	28	20	1.97
21983349--21983412	32	2.0	32	87	0	92	34	25	12	28	1.92
21984788--21984963	46	3.8	46	75	10	187	22	19	28	30	1.98
21984784--21984955	93	1.8	93	91	0	281	22	19	29	29	1.98
21991743--21991920	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21991764--21991919	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21991743--21991934	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
21996819--21996857	20	1.9	21	84	5	53	30	2	17	48	1.61
21998197--21998249	26	2.0	26	82	7	63	7	20	39	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22008026--22008063	19	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
22010785--22010938	47	3.3	47	93	0	263	29	29	6	33	1.83
22012790--22012814	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
22017948--22018171	40	5.6	39	87	4	256	25	22	26	25	2.00
22017951--22018194	79	3.1	78	81	7	226	25	22	25	26	2.00
22026055--22026285	40	5.8	39	84	6	245	23	22	27	26	1.99
22026054--22026278	80	2.8	80	83	3	276	23	22	27	26	1.99
22026053--22026301	79	3.1	79	80	6	229	24	22	27	26	2.00
22031346--22031435	46	2.0	45	82	2	108	27	22	14	35	1.93
22036906--22037045	29	4.9	29	81	2	131	28	15	29	27	1.96
22038938--22039105	40	4.2	40	82	8	139	26	27	20	25	1.99
22038975--22039158	40	4.6	40	81	7	196	27	27	21	24	1.99
22038938--22039158	80	2.8	79	78	12	220	26	27	21	24	1.99
22047032--22047137	27	3.9	27	85	2	124	33	16	25	24	1.96
22047025--22047138	55	2.1	55	88	6	171	34	18	24	22	1.96
22050226--22050373	29	5.2	29	84	3	158	29	14	31	24	1.95
22051423--22051457	18	2.0	18	88	5	54	37	17	17	28	1.92
22055866--22055909	23	1.9	23	81	9	54	29	20	27	22	1.99
22066058--22066185	28	4.5	28	86	2	166	28	12	26	32	1.93
22074111--22074238	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
22074111--22074238	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
22091847--22092251	27	15.0	27	85	0	513	36	18	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22101331--22101805	236	2.0	236	97	0	905	29	26	17	26	1.97
22113418--22113642	40	5.7	40	86	5	271	24	26	22	26	2.00
22113418--22113642	79	2.8	79	82	7	276	24	26	22	26	2.00
22113412--22113642	119	1.9	120	83	7	301	24	26	22	26	2.00
22128583--22128642	27	2.3	26	82	2	66	21	23	21	33	1.97
22135840--22135982	40	3.6	40	90	1	198	23	22	26	27	2.00
22137921--22138462	276	2.0	277	89	2	840	29	24	12	33	1.92
22142709--22142751	18	2.4	18	96	0	77	41	0	16	41	1.48
22143830--22143871	18	2.3	19	80	8	52	59	16	4	19	1.54
22153550--22153724	46	3.8	45	80	7	208	27	29	21	21	1.99
22153558--22153729	93	1.8	93	94	0	308	26	29	22	21	1.99
22153555--22153744	46	4.1	44	71	18	118	27	28	21	22	1.99
22155899--22155987	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
22155899--22155978	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
22155910--22155987	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
22158921--22159096	46	3.8	46	77	10	196	27	28	20	23	1.99
22162884--22162909	12	2.2	12	100	0	52	38	0	7	53	1.30
22183821--22183859	18	2.2	18	95	0	69	33	12	15	38	1.85
22202284--22202982	349	2.0	349	100	0	1398	34	11	22	31	1.90
22204240--22204516	40	6.9	40	91	0	446	27	20	28	24	1.99
22212364--22212487	48	2.6	48	84	2	151	27	32	15	25	1.95
22212364--22212548	96	1.9	96	84	4	248	29	30	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22217834--22217946	42	2.7	43	80	5	122	29	18	23	28	1.98
22221563--22221827	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
22229908--22229934	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
22230413--22230590	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22230414--22230569	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22230410--22230590	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22238160--22238186	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
22238665--22238842	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22238666--22238821	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22238662--22238842	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22245650--22246067	221	1.9	221	96	0	773	36	7	14	40	1.75
22248334--22248401	23	3.0	23	93	0	118	42	13	19	25	1.87
22256059--22256453	47	8.4	47	92	0	583	32	8	29	29	1.87
22259764--22259788	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
22261149--22261267	47	2.5	47	91	2	195	29	25	19	26	1.98
22269146--22269297	42	3.6	43	76	11	143	24	17	26	32	1.97
22269216--22269307	43	2.2	42	82	9	107	23	18	26	31	1.97
22270682--22270716	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
22271181--22271327	28	5.1	27	81	11	143	27	29	13	29	1.94
22272780--22272812	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
22276676--22276854	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	26	1.86
22279036--22279422	47	8.1	47	87	4	531	30	12	30	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22279036--22279422	98	4.0	97	90	3	588	30	12	30	26	1.93
22279396--22279486	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
22279036--22279471	145	3.0	140	83	6	466	30	12	30	26	1.93
22279631--22279775	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
22281025--22281216	40	4.8	40	87	0	285	23	21	28	26	1.99
22281428--22281536	57	1.9	57	86	1	155	23	18	28	29	1.98
22282986--22283164	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
22285349--22285834	47	10.1	47	83	6	578	30	12	30	26	1.93
22285349--22285834	94	5.0	99	88	3	694	30	12	30	26	1.93
22285808--22285898	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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