genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65058786--65058923	49	2.7	51	88	2	208	27	25	20	26	1.99
65061075--65061107	9	3.8	9	88	4	50	57	0	3	39	1.14
65065338--65065373	17	2.1	17	89	0	54	75	11	0	13	1.06
65076545--65076805	47	5.6	47	93	0	414	31	12	29	26	1.93
65076514--65076825	94	3.3	94	89	0	455	30	11	30	27	1.91
65076562--65076635	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
65076514--65076825	47	6.6	47	90	0	383	30	11	30	27	1.91
65082233--65082403	69	2.5	68	83	4	202	40	15	19	25	1.90
65086908--65086954	20	2.3	21	78	7	53	59	17	4	19	1.53
65087059--65087117	31	1.9	31	85	0	82	30	16	16	35	1.92
65088993--65089205	47	4.6	48	75	10	160	25	30	16	27	1.97
65089089--65089256	46	3.6	45	77	9	176	25	27	17	29	1.97
65096684--65096709	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
65108697--65108758	28	2.1	28	94	5	106	41	0	6	51	1.27
65109897--65109997	47	2.1	47	85	3	132	23	17	20	37	1.94
65110052--65110200	39	3.8	39	81	1	174	43	10	10	36	1.72
65126275--65126308	16	2.2	15	89	5	50	67	0	0	32	0.91
65128160--65128247	25	3.5	25	76	3	79	25	17	19	38	1.92
65130864--65131015	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
65130864--65131015	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
65142293--65142332	18	2.2	18	100	0	80	27	32	25	15	1.95
65159140--65159673	27	19.8	27	82	5	533	27	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65159678--65159873	27	7.3	27	84	0	248	34	18	20	26	1.96
65159678--65159873	54	3.6	54	86	2	277	34	18	20	26	1.96
65160073--65160153	27	3.0	28	85	7	96	19	22	20	37	1.95
65160465--65160539	27	2.8	27	86	6	91	17	24	21	37	1.94
65160656--65160842	6	30.8	6	71	18	138	21	17	12	48	1.80
65160656--65160842	85	2.2	85	92	1	313	21	17	12	48	1.80
65160656--65160863	30	7.1	30	80	11	207	21	17	12	48	1.80
65161731--65161782	23	2.3	23	83	9	63	21	11	3	63	1.43
65164867--65164990	49	2.5	49	84	2	160	29	20	29	21	1.98
65186151--65186276	47	2.7	47	81	14	152	27	19	30	21	1.98
65186151--65186417	48	5.7	45	72	16	154	26	19	28	24	1.99
65186151--65186463	49	6.6	49	73	9	202	27	19	27	25	1.99
65188661--65188759	42	2.3	42	82	1	117	34	22	17	26	1.95
65188651--65188802	43	3.6	42	79	6	137	32	24	17	25	1.97
65188704--65188802	44	2.3	42	81	10	112	34	24	17	24	1.96
65189819--65189853	18	1.9	18	94	0	61	42	22	14	20	1.88
65195764--65195801	16	2.4	16	95	0	67	31	15	5	47	1.68
65206868--65206904	19	1.9	19	94	0	65	37	8	0	54	1.30
65210617--65210657	22	1.9	21	90	5	64	65	0	2	31	1.05
65212012--65212038	14	1.9	14	100	0	54	22	7	18	51	1.70
65212213--65212328	44	2.6	44	77	5	126	32	23	18	25	1.97
65216973--65217028	29	1.9	29	100	0	112	14	25	10	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65224831--65224871	22	1.9	21	90	5	64	65	0	2	31	1.05
65226299--65226325	14	1.9	14	100	0	54	14	7	18	59	1.58
65227300--65227341	22	2.0	22	95	4	77	52	2	4	40	1.35
65227991--65228081	35	2.6	35	83	13	107	35	0	3	61	1.12
65228011--65228062	20	2.3	23	81	15	65	38	0	1	59	1.08
65228043--65228100	12	4.8	12	76	19	59	39	0	0	60	0.97
65228020--65228097	35	2.2	35	88	11	115	39	0	0	60	0.97
65228034--65228107	9	8.0	9	71	21	55	41	0	0	58	0.98
65228053--65228107	21	2.5	22	91	8	85	41	0	0	58	0.98
65228189--65228253	22	3.2	20	85	12	87	43	0	1	55	1.09
65228180--65228268	23	4.1	22	77	16	80	40	0	1	58	1.05
65228202--65228298	32	3.1	31	85	7	126	42	1	0	56	1.06
65228332--65228377	24	1.9	24	82	8	58	21	0	4	73	1.00
65237060--65237311	41	6.2	41	90	0	346	34	23	21	19	1.96
65237050--65237311	123	2.1	122	88	2	382	35	23	20	19	1.95
65237399--65237439	22	1.9	22	90	5	66	46	36	0	17	1.48
65238819--65238852	13	2.6	13	95	0	59	35	38	0	26	1.57
65238881--65238910	14	2.1	14	100	0	60	46	40	0	13	1.43
65238978--65239007	14	2.1	14	100	0	60	26	36	0	36	1.57
65241619--65241648	5	6.0	5	92	0	51	43	0	0	56	0.99
65243095--65243141	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
65243159--65243203	20	2.2	20	100	0	90	44	0	4	51	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65243608--65243666	24	2.6	23	76	10	59	40	16	18	23	1.91
65245041--65245076	13	2.7	14	87	12	58	61	0	0	38	0.96
65245053--65245110	21	2.7	21	78	2	62	56	3	0	39	1.16
65245172--65245290	21	5.5	21	77	13	116	56	3	0	40	1.16
65245172--65245275	42	2.4	43	85	4	129	55	2	0	41	1.14
65245252--65245277	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
65245279--65245331	24	2.2	24	87	9	74	75	7	1	15	1.11
65245279--65245316	13	3.1	13	85	11	53	73	7	0	18	1.06
65245293--65245368	11	6.2	12	72	14	57	77	5	3	13	1.08
65245339--65245375	19	1.9	19	89	10	58	81	5	5	8	0.99
65246344--65246429	43	2.0	43	97	0	163	38	11	6	43	1.68
65249330--65249364	17	2.1	17	94	0	61	11	0	5	82	0.82
65252031--65252065	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
65252110--65252167	26	2.3	26	84	3	73	32	1	1	63	1.14
65253059--65253091	15	2.1	16	88	5	50	18	0	6	75	1.00
65254994--65255064	21	3.4	21	73	13	74	49	0	1	49	1.09
65255621--65255645	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
65256611--65256697	44	2.0	43	86	4	122	24	18	28	28	1.98
65262857--65262910	19	2.8	19	78	13	56	77	0	12	9	0.98
65269939--65269987	22	2.2	23	92	3	82	69	0	28	2	1.00
65270380--65270418	6	6.5	6	87	0	60	17	17	12	51	1.76
65273860--65273898	20	1.9	21	89	5	62	43	2	7	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65289415--65289455	21	2.0	21	100	0	82	29	2	24	43	1.67
65289458--65289491	17	1.9	18	88	5	52	32	2	8	55	1.45
65290345--65290470	55	2.3	55	86	4	175	29	30	19	19	1.97
65291324--65291488	47	3.5	46	76	10	174	24	29	18	27	1.98
65291231--65291496	94	2.9	91	80	8	272	24	28	18	28	1.98
65292807--65292834	13	2.2	13	100	0	56	28	0	21	50	1.49
65295712--65295863	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
65295712--65295863	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
65300865--65301088	40	5.7	40	84	5	240	24	20	28	26	1.99
65300939--65301121	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
65319315--65319466	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
65319315--65319466	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
65327256--65327407	27	5.6	27	93	3	241	28	13	28	30	1.94
65327256--65327407	55	2.8	55	93	0	250	28	13	28	30	1.94
65329706--65329741	5	7.2	5	100	0	72	58	0	0	41	0.98
65330076--65330116	9	4.4	9	87	6	64	53	14	0	31	1.41
65336106--65336149	6	7.0	6	92	7	70	15	4	0	79	0.89
65336112--65336156	12	3.8	12	88	2	56	17	4	0	77	0.92
65336112--65336159	18	2.8	17	87	3	69	18	4	0	77	0.93
65340010--65340042	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
65342356--65342396	22	1.9	21	90	5	64	51	0	0	48	1.00
65346345--65346369	13	1.9	13	100	0	50	4	40	32	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65349030--65349063	16	2.1	17	88	5	52	35	14	0	50	1.44
65359079--65359117	17	2.3	17	90	0	60	46	2	2	48	1.29
65359088--65359199	58	1.9	58	81	3	136	53	2	1	41	1.25
65359141--65359304	72	2.3	72	87	5	224	50	3	2	43	1.33
65359177--65359326	72	2.1	73	91	2	250	49	3	2	44	1.33
65359382--65359443	17	3.5	17	70	12	54	58	0	1	40	1.08
65360567--65360599	12	2.8	12	90	4	50	48	3	15	33	1.60
65374407--65374521	57	2.0	57	100	0	230	39	29	10	20	1.86
65377353--65377460	26	4.2	26	90	2	155	33	7	23	36	1.83
65377353--65377460	52	2.1	52	91	0	171	33	7	23	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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