genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  246  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79982118--79982172	29	2.0	27	89	7	83	38	5	7	49	1.54
79982673--79982724	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
79984642--79984693	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
79986185--79986255	29	2.4	30	83	4	90	42	12	12	32	1.81
79987820--79987861	15	2.8	15	78	10	50	0	19	4	76	0.96
79993919--79994052	44	3.0	45	78	4	126	34	13	24	27	1.93
79997332--79997361	7	4.3	7	95	0	51	23	43	16	16	1.87
79997363--79997423	32	1.9	32	86	0	86	19	26	22	31	1.98
79998068--79998117	24	2.1	24	96	0	91	38	16	10	36	1.82
80002235--80002270	17	2.1	17	94	0	63	25	0	0	75	0.81
80008568--80008601	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
80011729--80011767	17	2.3	17	86	8	53	48	2	43	5	1.38
80012072--80012103	4	8.0	4	92	0	55	21	0	3	75	0.95
80013114--80013150	14	2.8	13	84	8	56	37	2	0	59	1.12
80015450--80015508	21	2.9	19	75	20	57	59	1	0	38	1.08
80015449--80015506	24	2.3	25	82	5	73	62	1	0	36	1.06
80016000--80016030	10	3.1	10	95	0	53	22	0	6	70	1.09
80016501--80016536	17	2.2	17	90	5	56	30	11	11	47	1.74
80017559--80017594	10	3.6	10	100	0	72	30	8	19	41	1.81
80018175--80018210	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
80019495--80019537	21	2.1	20	82	4	50	37	0	20	41	1.53
80020984--80021061	25	3.0	26	84	7	104	53	5	7	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80021242--80021304	23	2.9	22	86	9	76	55	4	1	38	1.31
80021242--80021292	23	2.3	23	89	3	77	54	5	1	37	1.36
80021273--80021384	12	9.6	12	68	25	55	60	2	2	33	1.25
80021319--80021410	24	3.7	23	73	16	76	59	5	2	32	1.32
80021323--80021409	27	3.3	27	73	15	83	60	4	2	32	1.29
80021524--80021562	18	2.1	19	90	4	62	58	0	0	41	0.98
80021595--80021652	26	2.2	26	82	11	66	62	3	3	31	1.29
80021605--80021669	15	4.3	14	77	13	58	64	3	3	29	1.23
80021721--80021778	21	2.8	20	85	12	73	60	1	8	29	1.36
80021721--80021783	22	3.0	21	77	15	67	60	1	7	30	1.35
80021805--80021852	21	2.3	21	83	16	57	56	10	0	33	1.34
80022021--80022099	3	26.7	3	69	7	54	63	2	3	30	1.25
80022009--80022053	20	2.2	20	92	0	72	60	4	4	31	1.37
80022071--80022114	15	3.0	15	86	3	54	70	0	4	25	1.06
80022545--80022601	30	1.9	30	85	3	80	31	15	3	49	1.62
80023956--80024057	49	2.1	49	81	0	114	24	13	27	34	1.93
80030294--80030345	17	3.1	16	73	15	52	44	0	9	46	1.36
80048598--80048697	44	2.2	45	84	7	123	31	23	12	34	1.91
80048614--80048702	46	2.0	44	89	8	135	29	25	12	32	1.92
80052106--80052194	46	2.0	45	88	4	135	33	13	24	28	1.93
80052108--80052210	44	2.3	45	84	3	127	34	13	22	29	1.92
80059272--80059374	44	2.3	45	83	3	118	29	21	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80064116--80064147	16	2.1	15	94	5	55	34	0	0	65	0.93
80076126--80076192	34	2.0	34	90	0	107	22	13	13	50	1.76
80082004--80082034	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
80082002--80082035	17	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
80082153--80082184	13	2.3	15	89	10	50	50	0	0	50	1.00
80089406--80089435	15	2.0	15	100	0	60	26	26	33	13	1.93
80092497--80092533	14	2.6	15	83	12	51	43	8	0	48	1.32
80092548--80092735	61	3.1	61	68	14	181	43	2	5	48	1.39
80092609--80092654	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
80092504--80092772	120	2.2	120	92	3	445	42	2	5	49	1.39
80092549--80092732	57	3.1	58	66	25	139	42	2	5	48	1.39
80092986--80093053	16	4.2	16	92	0	109	35	35	0	29	1.58
80103210--80103331	42	2.8	42	92	3	190	36	18	30	13	1.90
80107062--80107130	33	2.1	33	97	0	129	44	5	7	42	1.56
80118251--80119451	132	9.1	132	95	0	2060	27	17	25	29	1.98
80122541--80122677	51	2.7	52	79	6	138	40	8	15	35	1.77
80131311--80131340	15	2.1	14	93	6	51	63	13	10	13	1.52
80133705--80133764	28	2.1	28	90	0	93	31	6	30	31	1.83
80139600--80139659	28	2.1	28	84	0	75	28	6	30	35	1.83
80143815--80143917	53	1.9	53	84	0	134	33	23	16	26	1.95
80144255--80144352	19	5.2	19	91	7	155	37	9	16	36	1.80
80144245--80144332	36	2.5	36	89	10	121	38	9	14	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80144274--80144330	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
80150136--80150249	51	2.2	52	83	7	135	39	5	14	41	1.68
80150691--80150727	19	1.9	19	88	0	56	48	5	5	40	1.49
80154163--80154351	86	2.2	85	81	4	211	40	9	7	42	1.65
80154368--80154476	10	10.5	10	69	12	60	63	0	0	35	1.01
80154730--80154801	27	2.7	27	84	0	90	27	2	2	66	1.19
80154908--80155074	91	1.9	87	85	7	228	46	7	10	35	1.67
80165342--80165367	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
80171748--80171790	20	2.2	20	91	0	68	53	2	13	30	1.53
80174398--80174443	4	11.5	4	86	9	67	47	23	2	26	1.63
80174848--80174906	29	2.0	29	100	0	118	55	10	6	27	1.58
80183462--80183539	38	2.1	38	100	0	156	55	15	17	11	1.69
80203828--80203878	26	2.0	26	88	7	77	39	11	0	49	1.40
80204028--80204167	74	1.9	74	87	0	208	27	16	15	40	1.88
80206536--80206560	12	2.1	12	100	0	50	16	32	16	36	1.90
80208105--80208139	18	1.9	18	88	0	52	25	20	14	40	1.90
80212467--80212533	25	2.8	24	76	17	75	65	0	32	1	1.02
80219161--80219226	33	2.0	34	82	5	82	15	15	4	65	1.43
80223262--80223289	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
80228020--80228062	4	10.8	4	94	0	77	27	0	23	48	1.51
80233581--80233613	12	2.6	13	90	4	50	0	12	21	66	1.23
80236134--80236573	125	3.4	125	83	5	486	38	19	15	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80236677--80236730	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
80236930--80236999	21	3.6	20	74	16	67	68	0	5	25	1.11
80236938--80236990	15	3.3	15	85	12	70	67	0	5	26	1.12
80236932--80237018	44	2.0	44	84	13	117	66	0	6	26	1.16
80238061--80238162	43	2.3	44	86	1	134	22	17	25	34	1.96
80238100--80238271	87	2.0	87	81	2	202	20	22	22	33	1.97
80238308--80238871	133	4.2	133	87	2	792	32	21	18	27	1.97
80238661--80239050	178	2.2	179	91	2	624	32	22	18	26	1.97
80238840--80239197	134	2.7	134	90	2	544	31	22	18	27	1.97
80239297--80239423	64	2.0	64	93	0	218	35	15	19	29	1.93
80241026--80241073	12	4.2	11	76	7	51	2	8	6	83	0.88
80243478--80243523	19	2.4	19	85	7	58	43	13	21	21	1.86
80245053--80245492	125	3.4	125	81	5	450	38	19	15	27	1.92
80245853--80245905	15	3.3	15	87	12	79	66	0	7	26	1.18
80245847--80245933	44	2.0	43	80	17	99	64	1	8	26	1.28
80248523--80248595	32	2.3	32	85	2	103	27	10	8	53	1.64
80249557--80249591	17	2.0	18	88	5	54	57	0	5	37	1.23
80251825--80251903	19	4.4	19	87	9	76	39	12	12	35	1.81
80251833--80251903	19	3.8	19	90	7	101	39	11	14	35	1.81
80252199--80252232	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
80252932--80252996	21	3.2	20	82	8	78	46	13	26	13	1.81
80261243--80261346	26	4.0	26	91	0	172	36	24	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80263081--80263207	42	3.0	42	85	6	170	29	26	13	29	1.94
80263166--80263289	47	2.7	46	85	5	160	29	27	15	27	1.96
80263314--80263431	31	3.8	32	89	4	172	27	27	17	27	1.98
80263407--80263535	50	2.5	51	87	5	190	26	21	15	36	1.93
80266384--80266813	105	4.2	103	81	11	454	53	15	1	29	1.51
80266384--80266813	208	2.1	204	80	10	484	53	15	1	29	1.51
80267107--80267153	21	2.2	23	85	11	64	0	25	0	74	0.82
80267431--80267479	26	2.0	24	84	15	64	53	0	4	42	1.20
80268175--80268240	31	2.2	30	84	10	89	33	13	13	39	1.84
80268183--80268242	31	2.0	30	93	3	102	30	13	13	43	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255