genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7838651--7838713	28	2.3	27	78	5	74	61	1	3	33	1.21
7838948--7839004	22	2.8	19	85	15	71	31	3	1	63	1.22
7840647--7840684	19	2.1	19	85	5	51	50	5	10	34	1.59
7840820--7840849	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
7840824--7840875	15	3.6	15	79	7	54	71	0	9	19	1.13
7840819--7840858	18	2.2	18	86	8	55	70	0	7	22	1.12
7848820--7848860	6	7.0	6	81	13	50	48	0	31	19	1.49
7851757--7851799	19	2.4	17	84	7	50	55	2	0	41	1.12
7852486--7852542	30	1.9	30	88	0	87	29	14	17	38	1.89
7853641--7853721	19	4.2	19	91	3	126	38	11	16	34	1.84
7855416--7855566	53	2.8	53	90	4	223	26	16	27	29	1.97
7862990--7863064	19	3.8	19	78	13	73	82	0	13	4	0.80
7862990--7863055	25	2.8	24	84	6	80	84	0	12	3	0.72
7863960--7864482	44	11.9	44	73	11	340	30	17	25	27	1.97
7864049--7864482	132	3.3	132	90	2	633	29	17	25	27	1.97
7864426--7864518	44	2.1	44	91	0	150	31	16	27	24	1.96
7863956--7864495	88	6.1	87	78	9	431	29	17	25	27	1.97
7864505--7865219	205	3.5	205	93	0	1198	29	18	23	28	1.97
7865292--7865398	45	2.4	45	88	1	162	34	14	28	23	1.93
7865759--7865856	19	5.2	19	88	7	146	38	10	15	35	1.81
7865749--7865856	36	2.9	35	74	20	94	38	10	14	36	1.80
7866341--7866393	21	2.3	23	78	9	56	24	5	9	60	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7866367--7866420	26	2.1	26	82	6	65	27	3	7	61	1.40
7868225--7868275	6	8.5	6	74	8	50	0	21	1	76	0.88
7874744--7874773	15	1.9	16	93	6	53	53	33	3	10	1.51
7876033--7876100	12	5.7	11	76	13	55	33	5	2	57	1.38
7876265--7876343	2	41.5	2	72	14	51	40	1	2	55	1.21
7876287--7876380	9	9.8	10	72	22	60	35	2	2	60	1.20
7876262--7876330	9	7.4	9	76	20	63	42	1	1	55	1.18
7876291--7876377	14	6.4	14	68	19	51	34	2	2	60	1.22
7876332--7876417	25	3.6	25	69	23	78	33	5	3	56	1.40
7876314--7876417	45	2.2	45	80	12	113	33	4	2	58	1.34
7876682--7876733	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
7877556--7877798	132	1.8	132	84	0	335	27	16	18	37	1.92
7879460--7879687	46	5.0	46	89	1	305	21	22	14	40	1.90
7891158--7891206	24	2.0	24	100	0	98	51	12	8	28	1.68
7892811--7892888	6	13.0	6	75	5	68	73	2	6	17	1.17
7892821--7892889	30	2.4	28	83	9	93	72	1	7	18	1.15
7900396--7900501	26	4.1	26	90	2	169	31	7	25	35	1.84
7900396--7900501	51	2.1	52	92	1	178	31	7	25	35	1.84
7901954--7902017	27	2.3	28	76	10	69	31	25	12	31	1.92
7902123--7902255	27	5.0	27	83	9	157	21	24	21	33	1.97
7902120--7902228	54	2.0	53	98	1	209	18	25	22	33	1.97
7902120--7902255	54	2.5	54	90	3	186	20	24	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7903201--7903632	215	2.0	215	99	0	855	33	17	12	36	1.88
7908433--7908493	12	5.1	12	78	7	61	45	13	26	14	1.81
7908431--7908509	36	2.2	36	84	4	106	44	11	27	16	1.82
7920933--7921002	35	2.0	35	91	0	113	54	5	8	31	1.54
7924298--7924355	27	2.1	27	83	0	71	25	1	1	70	1.06
7924978--7925011	14	2.6	13	90	9	52	52	0	0	47	1.00
7925961--7926018	26	2.2	26	90	0	89	36	5	22	36	1.77
7929558--7929689	69	1.9	69	81	7	162	56	2	0	40	1.17
7929728--7929767	20	2.0	20	90	0	62	50	0	2	47	1.14
7934233--7934278	17	2.8	17	86	3	67	43	17	17	21	1.88
7938239--7938284	18	2.6	17	90	10	74	34	10	13	41	1.79
7940459--7940521	13	4.8	13	76	0	63	31	6	25	36	1.81
7942645--7942687	22	2.0	22	86	9	61	32	4	0	62	1.15
7943027--7943063	7	5.4	7	87	6	58	40	0	0	59	0.97
7943015--7943063	20	2.5	20	96	0	89	36	0	0	63	0.95
7943016--7943100	29	3.1	28	77	12	86	34	0	1	64	1.01
7943139--7943187	23	2.1	23	88	0	71	24	6	4	65	1.33
7943386--7943431	22	2.1	22	84	8	58	28	10	0	60	1.30
7956397--7956815	44	9.6	44	72	12	310	30	19	22	27	1.98
7956445--7956885	87	5.1	84	75	11	399	30	19	21	28	1.98
7956380--7956885	174	2.9	175	93	2	849	30	19	21	28	1.97
7956396--7956865	44	10.8	43	71	13	300	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958662--7958703	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
7960039--7960071	17	1.9	17	93	0	57	45	6	6	42	1.53
7961991--7962058	22	3.0	22	81	10	84	44	19	20	16	1.87
7963227--7963260	17	2.0	17	94	0	59	32	11	23	32	1.91
7967555--7967631	40	1.9	40	89	5	120	29	12	31	25	1.93
7968319--7968361	12	3.6	12	78	12	52	20	4	16	58	1.56
7973715--7974021	162	1.9	164	79	7	356	35	17	17	28	1.93
7975212--7975882	162	4.1	162	91	0	1009	36	16	19	27	1.93
7977883--7977973	24	3.5	24	77	21	101	41	0	28	29	1.56
7977886--7977953	32	2.1	33	97	2	129	41	0	27	30	1.56
7978446--7978499	24	2.2	24	100	0	108	42	0	25	31	1.55
7985333--7985416	30	2.7	31	83	5	109	59	2	1	36	1.18
7987001--7987072	29	2.5	28	86	4	99	36	0	44	19	1.51
7998258--7998360	18	5.7	18	76	0	98	35	17	13	33	1.89
7998258--7998369	36	3.1	35	80	2	116	34	17	14	33	1.90
7999782--7999843	28	2.2	28	85	5	90	48	6	0	45	1.28
8000159--8000206	20	2.4	20	74	22	55	39	18	4	37	1.70
8001030--8001080	16	3.4	16	73	15	63	23	7	5	62	1.44
8001021--8001081	29	2.1	28	93	3	104	21	6	4	67	1.33
8009126--8009308	24	7.2	24	70	15	118	58	5	7	28	1.48
8009119--8009308	26	7.4	26	71	10	131	58	5	7	27	1.48
8009342--8009401	26	2.4	26	86	5	79	61	3	1	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009382--8009501	50	2.4	50	84	4	152	60	3	9	26	1.42
8009382--8009506	25	4.9	26	69	12	80	61	3	8	26	1.41
8011177--8011214	18	2.1	18	100	0	76	42	0	0	57	0.98
8013007--8013048	21	2.0	21	90	9	68	23	4	0	71	1.05
8013027--8013080	26	2.1	25	83	10	65	27	5	3	62	1.34
8013559--8013629	27	2.6	28	76	12	78	54	1	1	42	1.17
8013674--8013707	14	2.6	14	90	9	54	50	0	5	44	1.26
8014024--8014066	21	2.0	21	100	0	86	32	18	9	39	1.83
8020037--8020110	38	2.0	37	82	12	89	55	2	6	35	1.41
8024525--8024558	17	2.1	15	89	10	50	0	23	2	73	0.97
8028831--8028868	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
8033372--8033581	41	5.1	40	86	4	278	33	22	24	19	1.97
8033738--8033815	14	5.2	14	73	14	66	26	1	25	46	1.61
8033870--8033966	14	6.7	15	67	20	64	22	0	38	39	1.55
8033853--8033967	7	16.1	7	69	13	58	22	0	39	38	1.54
8034636--8034665	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
8036706--8036749	21	2.0	22	82	4	54	27	9	15	47	1.76
8038043--8038183	43	3.3	42	85	3	192	22	14	30	31	1.94
8042089--8042142	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
8042175--8042211	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
8042219--8042264	20	2.2	22	88	7	69	54	0	0	45	0.99
8042881--8042987	52	2.1	52	100	0	214	49	10	9	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8043747--8043877	65	2.0	65	98	0	253	33	16	16	33	1.91
8048621--8048672	25	2.0	26	96	3	97	51	15	5	26	1.65
8049279--8049346	9	7.3	9	73	17	50	50	0	4	45	1.22
8055729--8055789	24	2.6	23	76	7	59	57	9	6	26	1.55
8060391--8060459	25	2.7	26	80	4	79	21	24	15	37	1.93
8060553--8060613	25	2.4	25	81	5	70	22	29	21	26	1.99
8066054--8066079	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
8066446--8066598	83	1.9	82	88	4	236	34	18	18	27	1.95
8067189--8067213	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8071622--8071647	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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