genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68214942--68215008	23	3.1	23	75	18	63	31	8	0	59	1.28
68216575--68216637	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
68228919--68228970	26	2.0	26	88	0	77	32	28	11	26	1.91
68239935--68240007	38	1.9	38	83	10	96	35	2	8	53	1.45
68241615--68241652	20	2.0	20	89	5	60	36	2	0	60	1.11
68248575--68248618	19	2.3	20	84	7	56	56	6	2	34	1.38
68250004--68250054	13	3.9	13	81	0	66	35	23	7	33	1.84
68250082--68250250	91	1.8	92	87	3	252	28	14	20	36	1.92
68253817--68253872	20	2.7	21	84	10	71	60	1	0	37	1.07
68253951--68254013	24	2.6	23	90	7	90	55	3	4	36	1.37
68255684--68255799	41	2.8	41	93	0	187	30	25	15	28	1.96
68255647--68255831	41	4.6	39	80	6	154	33	25	15	25	1.95
68260529--68260591	30	2.1	30	88	5	92	25	3	17	53	1.58
68260716--68260749	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
68264653--68264708	11	5.1	11	80	6	53	57	7	3	32	1.43
68264656--68264711	27	2.1	27	93	0	94	58	5	5	30	1.42
68271290--68271461	46	3.7	46	78	11	165	25	27	18	29	1.98
68271290--68271461	93	1.8	94	81	8	217	25	27	18	29	1.98
68271385--68271560	46	3.8	46	74	19	159	23	28	18	28	1.98
68272276--68272317	22	1.9	22	95	0	75	59	19	9	11	1.59
68272390--68272445	11	5.1	11	80	6	53	57	7	3	32	1.43
68272393--68272448	27	2.1	27	93	0	94	58	5	5	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68278215--68278339	46	2.7	46	81	5	126	21	29	20	28	1.98
68280791--68280842	17	2.9	17	81	10	59	40	9	15	34	1.80
68280814--68280856	23	1.9	23	86	13	63	41	6	11	39	1.68
68285193--68285265	27	2.7	27	93	0	119	42	23	5	28	1.76
68285248--68285658	27	15.3	27	89	0	599	34	18	20	25	1.96
68285902--68285954	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98
68286073--68286160	6	14.3	6	72	17	56	19	21	13	45	1.84
68286081--68286140	19	3.6	18	69	30	60	16	25	16	41	1.89
68286081--68286151	31	2.3	31	92	0	115	18	23	14	43	1.86
68286805--68286883	41	2.0	41	84	2	106	32	29	12	25	1.93
68310382--68310455	18	4.3	17	77	6	69	64	0	2	32	1.07
68316974--68317012	20	2.0	20	89	0	60	76	2	10	10	1.10
68319114--68319232	46	2.6	46	89	2	168	27	20	30	21	1.98
68319107--68319273	46	3.6	46	83	4	167	28	20	28	22	1.99
68342845--68344005	580	2.0	578	91	2	1873	33	14	18	33	1.91
68347302--68347344	22	2.0	22	100	0	86	39	32	18	9	1.83
68357733--68357811	39	2.0	39	90	0	122	45	7	13	32	1.72
68358709--68358798	4	22.2	4	71	28	50	23	1	2	73	1.01
68358709--68358798	12	7.8	11	71	24	62	23	1	2	73	1.01
68358894--68358932	12	3.3	11	86	13	51	0	12	2	84	0.72
68360957--68361059	52	2.0	52	94	0	179	26	21	15	36	1.93
68361231--68361274	20	2.2	20	91	0	70	25	11	13	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68362525--68362575	20	2.5	20	75	15	59	35	3	19	41	1.70
68362715--68362875	20	8.0	22	96	2	170	42	0	0	57	0.98
68362738--68362875	5	27.6	5	100	0	276	39	0	0	60	0.97
68362975--68363015	21	2.0	21	85	0	55	41	2	4	51	1.36
68363029--68363075	19	2.5	19	86	6	69	72	4	14	8	1.24
68363760--68363860	47	2.1	47	98	0	193	39	0	18	41	1.51
68363777--68363849	21	3.2	21	66	23	58	36	0	19	43	1.51
68364546--68364657	18	6.2	18	83	4	118	34	12	16	35	1.87
68364546--68364657	36	3.1	36	83	5	145	34	12	16	35	1.87
68367523--68367698	46	3.8	46	77	14	200	21	20	28	30	1.98
68367520--68367690	93	1.8	93	93	2	299	21	21	28	28	1.98
68375099--68375227	46	2.8	46	94	2	215	19	20	28	31	1.97
68377251--68377428	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68377252--68377407	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68377248--68377428	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68380468--68380553	18	4.9	18	73	15	74	58	1	2	38	1.19
68380461--68380623	69	2.3	69	83	5	195	57	1	4	36	1.28
68380545--68380580	15	2.5	15	86	4	56	66	0	0	33	0.92
68380440--68380568	51	2.5	52	81	12	174	58	1	3	37	1.23
68380534--68380576	20	2.1	21	86	4	61	67	0	0	32	0.91
68380499--68380603	36	3.0	35	74	13	101	59	0	3	37	1.16
68380695--68380726	14	2.4	14	90	10	50	28	3	0	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68389051--68389130	37	2.2	37	88	0	115	27	31	17	23	1.97
68389249--68389616	47	7.7	47	95	1	603	29	28	8	33	1.87
68389249--68389595	192	1.8	190	94	1	622	29	28	8	33	1.86
68391805--68391983	85	2.1	85	96	0	331	25	27	8	38	1.85
68393608--68393949	40	8.8	40	89	5	515	26	28	21	24	1.99
68393829--68393941	23	5.4	23	59	23	61	24	27	23	24	2.00
68395165--68395243	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
68395362--68395680	47	6.7	47	94	2	532	29	29	8	33	1.87
68395362--68395680	143	2.3	143	92	3	540	29	29	8	33	1.87
68397870--68398048	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
68401283--68401331	24	2.0	24	100	0	98	34	16	32	16	1.91
68403347--68403391	21	2.1	21	83	0	54	20	6	13	60	1.55
68413517--68413577	27	2.2	27	83	11	79	60	1	0	37	1.07
68413958--68414032	26	2.8	27	81	6	89	29	0	5	65	1.15
68422349--68422466	43	2.8	42	79	2	155	31	22	14	31	1.94
68429347--68429481	42	3.2	42	82	4	155	14	21	17	45	1.84
68429422--68429507	21	4.1	21	76	0	73	12	26	20	39	1.89
68437218--68437267	19	2.6	19	96	0	91	18	32	34	16	1.92
68440006--68440223	40	5.5	40	85	4	248	25	28	23	22	1.99
68440006--68440223	80	2.7	79	86	7	282	25	28	23	22	1.99
68442079--68442145	35	1.9	35	96	0	125	34	19	7	38	1.80
68456811--68456873	24	2.6	24	100	0	126	22	14	33	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68456911--68456970	24	2.5	24	86	5	77	21	15	30	33	1.94
68464538--68464598	24	2.5	24	86	5	79	21	14	29	34	1.93
68467049--68467130	42	2.0	42	82	0	101	21	31	21	24	1.98
68468435--68468491	25	2.3	25	87	0	87	31	14	22	31	1.93
68472754--68472794	20	2.0	20	86	9	57	58	2	4	34	1.32
68472822--68472866	22	2.0	22	91	8	74	53	0	2	44	1.13
68474122--68474147	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
68478422--68478452	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
68478418--68478482	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
68478478--68478509	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
68479220--68479257	17	2.1	19	90	9	62	26	13	5	55	1.59
68484895--68484964	30	2.3	30	85	9	88	21	2	2	72	1.10
68484898--68484964	15	4.7	14	73	14	57	20	2	2	73	1.10
68486819--68486849	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
68486815--68486879	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
68487631--68487668	18	2.1	18	90	9	60	26	13	2	57	1.49
68496214--68496358	43	3.4	43	76	12	145	28	28	16	26	1.97
68504719--68504746	11	2.5	11	100	0	56	21	25	21	32	1.98
68506922--68506986	32	2.0	32	93	0	112	13	18	21	46	1.84
68508029--68508054	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
68512875--68512914	21	1.9	21	94	0	71	22	12	10	55	1.67
68518270--68518301	17	1.9	17	93	6	57	53	3	0	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68518444--68518470	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68518528--68518613	44	2.0	44	88	0	127	46	2	9	41	1.48
68518220--68518692	260	1.8	258	83	6	623	47	6	7	38	1.59
68518708--68518748	6	6.8	6	94	0	73	48	14	2	34	1.57
68518899--68518928	15	2.0	15	93	0	51	30	3	13	53	1.56
68518964--68519005	21	2.0	21	85	0	57	45	0	0	54	0.99
68527890--68528152	46	5.7	46	90	0	375	22	23	14	39	1.91
68527890--68528201	138	2.3	130	86	5	401	22	23	14	38	1.92
68528115--68528190	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
68531861--68531906	22	2.1	22	91	0	74	41	10	10	36	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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