genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62777981--62778095	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
62779379--62779708	80	4.1	80	95	0	552	25	21	26	25	2.00
62779357--62779708	40	8.8	40	89	0	497	25	21	26	25	2.00
62818126--62818698	296	1.9	296	92	1	952	32	20	12	33	1.91
62824193--62824259	25	2.7	25	95	0	116	26	14	34	23	1.94
62824228--62824330	49	2.1	49	84	10	131	33	20	25	21	1.97
62824193--62824290	25	4.0	25	83	1	108	28	17	31	22	1.96
62824263--62824403	73	1.9	72	80	5	158	34	21	22	20	1.97
62824308--62824441	25	5.3	26	70	13	102	35	21	23	19	1.96
62824371--62824452	26	3.2	26	74	8	80	37	19	25	17	1.93
62829630--62829671	22	2.0	22	85	4	59	38	2	0	59	1.10
62830311--62830445	50	2.7	50	93	2	218	28	26	17	26	1.98
62831787--62831933	74	2.0	74	98	0	285	39	24	9	26	1.86
62837237--62837291	22	2.5	22	85	5	76	74	0	9	16	1.06
62837249--62837292	5	8.2	5	83	14	52	77	0	4	18	0.94
62837257--62837312	17	3.4	17	82	5	60	80	1	8	8	0.98
62839081--62839153	36	2.0	36	100	0	146	39	13	13	32	1.84
62844056--62844238	94	1.9	93	80	10	212	22	30	20	26	1.98
62848471--62848520	6	8.3	6	100	0	100	16	0	16	68	1.22
62851365--62851434	25	2.8	25	91	0	113	25	21	25	27	1.99
62851480--62851519	10	3.9	10	80	6	53	30	17	20	32	1.95
62851559--62851609	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62852713--62852749	5	7.2	5	87	6	56	83	0	16	0	0.64
62852707--62852746	16	2.4	17	88	12	57	82	0	17	0	0.67
62859266--62859304	11	3.5	11	83	16	53	79	0	20	0	0.73
62859266--62859304	17	2.3	17	91	8	62	79	0	20	0	0.73
62862167--62862219	24	2.2	25	93	3	90	54	3	9	32	1.50
62864634--62864780	46	3.2	44	80	13	147	27	17	29	25	1.97
62868319--62868367	25	2.0	25	83	0	62	32	14	18	34	1.91
62870360--62870398	16	2.4	16	95	0	69	15	41	15	28	1.87
62874128--62874176	21	2.3	21	89	0	71	22	22	38	16	1.92
62874237--62874364	65	2.0	65	85	0	175	23	25	33	17	1.96
62883936--62884013	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
62883966--62884293	174	1.9	174	96	0	611	30	14	24	30	1.95
62890644--62890881	109	2.2	108	88	3	361	30	20	14	34	1.92
62892752--62892790	17	2.2	18	86	4	53	41	2	2	53	1.28
62894527--62894641	27	4.2	27	77	12	101	26	23	15	33	1.95
62896448--62896569	43	2.8	43	89	0	190	25	18	26	30	1.98
62906017--62906199	40	4.6	40	80	9	196	26	27	20	25	1.99
62906017--62906199	79	2.3	80	83	7	221	26	27	20	25	1.99
62913778--62913962	79	2.3	82	85	7	247	25	27	22	24	2.00
62913759--62913962	40	5.1	40	82	8	247	25	26	22	25	2.00
62917713--62917749	2	19.0	2	88	5	58	48	2	0	48	1.15
62923408--62923448	16	2.6	16	96	0	73	14	36	0	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62925818--62925870	23	2.3	23	80	6	63	47	3	3	45	1.39
62928839--62928884	23	2.0	23	95	0	83	34	0	10	54	1.36
62929675--62929705	10	3.1	10	90	0	53	32	0	16	51	1.44
62931185--62931360	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
62931182--62931353	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
62938281--62938340	29	2.0	30	83	3	77	41	6	20	31	1.78
62938758--62938933	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
62938755--62938926	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
62945995--62946167	46	3.8	45	79	12	210	20	20	30	28	1.98
62946401--62946438	20	1.9	20	84	10	51	18	0	18	63	1.32
62963847--62963980	54	2.5	53	86	1	178	26	23	20	29	1.99
62967178--62967371	42	4.6	42	81	1	201	44	15	23	16	1.85
62972921--62972971	21	2.4	21	84	15	61	25	3	7	62	1.40
62979454--62979605	71	2.1	71	97	0	286	46	21	7	25	1.77
62982271--62982342	37	1.9	37	94	0	126	20	26	20	31	1.98
63000808--63000946	40	3.5	40	74	8	115	33	25	14	26	1.94
63001805--63001910	4	26.2	4	75	12	83	1	20	4	72	1.12
63001917--63001953	5	7.6	5	93	6	67	59	0	0	40	0.97
63001917--63001961	22	2.0	22	91	8	72	57	0	0	42	0.98
63002356--63002406	21	2.4	22	87	6	70	49	1	9	39	1.47
63002378--63002433	10	5.5	10	72	10	51	58	1	5	33	1.31
63005548--63005582	17	2.0	17	88	5	52	40	0	25	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63008069--63008171	47	2.2	48	89	5	156	23	28	20	28	1.99
63030212--63030383	47	3.7	44	80	6	173	24	29	18	28	1.98
63030213--63030383	93	1.8	94	83	6	231	24	29	17	28	1.97
63047370--63047432	29	2.2	30	80	8	76	39	19	12	28	1.88
63047386--63047603	57	3.8	57	82	0	258	32	24	14	27	1.95
63047386--63047623	114	2.1	113	83	2	289	32	24	14	28	1.95
63047553--63047627	28	2.7	28	79	4	89	30	22	16	30	1.95
63054145--63054209	15	4.4	15	76	16	64	9	15	13	61	1.56
63056276--63056347	22	3.4	22	67	27	64	45	1	22	30	1.61
63056261--63056347	42	2.1	42	97	0	165	44	2	19	33	1.63
63056878--63057067	50	3.8	49	82	2	211	25	18	26	29	1.98
63059578--63059628	20	2.6	19	78	6	57	58	1	0	39	1.09
63059609--63059644	17	2.2	16	90	9	56	58	0	0	41	0.98
63065524--63065576	27	1.9	28	88	11	83	24	0	9	66	1.21
63065535--63065576	9	4.8	9	86	13	61	23	0	7	69	1.13
63065535--63065576	18	2.4	17	92	7	75	23	0	7	69	1.13
63065520--63065583	27	2.3	27	80	17	78	25	0	9	65	1.22
63078544--63078593	26	1.9	26	91	0	82	30	22	24	24	1.99
63079017--63079079	19	3.2	20	70	17	69	58	7	1	31	1.36
63079904--63080023	62	1.9	62	89	0	186	30	17	30	22	1.97
63080263--63080338	36	2.1	35	97	2	143	30	7	19	42	1.80
63080627--63080671	18	2.5	18	85	7	56	8	0	11	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63081182--63081233	26	2.0	27	85	11	72	38	13	5	42	1.68
63084945--63085085	51	2.8	50	82	3	194	27	26	21	24	1.99
63086706--63086755	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
63088530--63088584	21	2.6	21	91	0	92	29	21	16	32	1.95
63093593--63093657	27	2.4	27	82	2	78	16	26	21	35	1.95
63107442--63107478	19	1.9	19	88	0	56	18	18	0	62	1.34
63115245--63115307	26	2.4	26	89	0	90	30	31	15	22	1.95
63120224--63120257	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
63120321--63120354	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
63122755--63122818	29	2.2	29	91	2	103	51	3	1	43	1.26
63125871--63126048	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63125872--63126027	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63125868--63126048	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63133780--63133957	27	6.6	27	83	3	196	27	14	28	29	1.95
63133781--63133936	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63133777--63133957	82	2.2	81	82	2	211	27	14	27	29	1.96
63137563--63137607	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
63137657--63137690	12	2.8	12	91	8	52	76	0	23	0	0.79
63137614--63137685	31	2.3	31	73	4	74	70	4	22	2	1.17
63137649--63137689	16	2.6	16	78	17	50	75	0	24	0	0.80
63140313--63140365	25	2.2	25	82	3	63	26	24	22	26	2.00
63148084--63148150	25	2.7	25	80	0	71	28	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63148264--63148319	20	2.7	19	81	10	58	50	8	3	37	1.51
63156080--63156217	42	3.3	41	83	6	152	27	22	18	31	1.97
63158762--63158840	28	2.8	28	80	0	86	30	24	10	35	1.88
63161051--63161098	24	2.0	24	95	0	87	37	12	2	47	1.53
63161088--63161142	27	2.0	27	85	0	74	49	10	7	32	1.65
63161536--63161587	26	2.0	26	100	0	104	26	11	26	34	1.91
63162643--63162675	13	2.5	14	85	14	52	60	0	24	15	1.35
63162643--63162675	7	5.0	7	89	10	52	60	0	24	15	1.35
63162588--63162704	62	1.9	62	79	13	134	51	5	16	26	1.67
63163891--63163929	6	6.3	6	84	3	51	2	17	0	79	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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