genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29003897--29003930	14	2.4	14	100	0	68	20	29	5	44	1.75
29007830--29007932	41	2.5	41	83	0	134	27	15	26	31	1.96
29007943--29008044	43	2.4	43	89	0	159	28	17	24	29	1.97
29010656--29010704	24	2.0	24	100	0	98	20	20	12	46	1.82
29011314--29011363	16	3.1	16	80	11	66	50	26	4	20	1.66
29013724--29013892	93	1.8	93	87	2	250	29	27	20	22	1.98
29013719--29013891	46	3.8	45	76	11	163	30	27	20	22	1.98
29019779--29019831	24	2.2	24	93	0	88	9	43	32	15	1.78
29022269--29022412	46	3.1	44	75	15	132	29	29	20	20	1.98
29023705--29023747	16	2.7	16	85	0	59	51	18	18	11	1.76
29029738--29029912	46	3.8	45	78	10	192	29	28	20	21	1.98
29029745--29029916	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
29029789--29029932	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
29031273--29031358	28	3.0	28	80	9	102	27	15	30	26	1.96
29031642--29031693	27	2.0	26	81	7	61	42	25	17	15	1.88
29046637--29046679	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
29047117--29047211	27	3.4	28	88	5	122	26	12	27	33	1.92
29047145--29047227	27	3.0	27	85	5	78	31	12	24	32	1.91
29049596--29049864	96	2.9	97	80	11	289	24	30	18	26	1.98
29049596--29049958	46	7.7	49	76	10	278	24	29	18	27	1.98
29049791--29049961	94	1.8	92	85	7	238	23	28	18	28	1.98
29049593--29049958	140	2.6	141	77	11	372	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29054365--29054461	28	3.4	29	80	7	101	31	26	13	27	1.94
29061017--29061333	47	6.6	47	88	5	463	32	8	30	29	1.87
29061029--29061278	51	5.1	51	89	7	417	32	8	28	30	1.87
29061017--29061333	98	3.3	98	93	1	516	32	8	30	29	1.87
29061452--29061530	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
29063394--29063496	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
29063478--29063551	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
29063867--29064046	40	4.5	40	83	2	202	25	22	27	25	2.00
29067498--29067814	47	6.6	47	88	5	463	32	8	30	29	1.87
29067510--29067759	51	5.1	51	89	7	417	32	8	28	30	1.87
29067498--29067814	98	3.3	98	93	1	516	32	8	30	29	1.87
29067933--29068011	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
29070071--29070373	79	3.8	80	90	5	422	25	21	27	26	1.99
29070071--29070373	40	7.7	40	90	5	422	25	21	27	26	1.99
29070123--29070406	79	3.6	80	88	3	380	26	20	27	26	1.99
29077023--29077047	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
29078125--29078346	40	5.7	40	84	10	257	25	22	27	24	2.00
29078125--29078346	77	2.8	80	84	10	278	25	22	27	24	2.00
29082687--29082746	27	2.2	28	85	5	79	36	20	26	16	1.93
29102601--29102785	40	4.7	40	81	7	209	23	23	28	25	2.00
29102601--29102783	79	2.3	81	84	7	232	23	23	27	25	2.00
29102602--29102818	79	2.7	79	77	11	230	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29109536--29109585	25	2.0	25	88	7	75	50	6	18	26	1.69
29113122--29113221	48	2.1	48	94	0	173	22	19	15	44	1.87
29116882--29116970	29	3.1	29	77	3	81	40	22	23	13	1.89
29116951--29117005	18	3.1	18	83	0	65	38	20	25	16	1.92
29120711--29120831	46	2.6	46	84	7	138	25	28	18	28	1.98
29131399--29131452	24	2.3	22	75	12	54	31	22	5	40	1.77
29135645--29135707	26	2.4	26	81	5	74	28	12	17	41	1.86
29137738--29137923	41	4.6	41	89	3	252	24	24	26	24	2.00
29137740--29137893	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
29143987--29144027	20	2.2	20	86	8	59	58	0	24	17	1.38
29145246--29145400	41	3.8	41	88	5	235	24	24	25	25	2.00
29148817--29148863	25	1.9	25	86	4	69	29	12	17	40	1.86
29150124--29150172	21	2.3	22	93	6	84	40	2	12	44	1.53
29159041--29159154	38	3.0	38	88	0	174	28	26	14	30	1.95
29168531--29168590	30	2.0	30	81	12	70	30	1	26	41	1.65
29174550--29174734	79	2.3	82	85	7	247	26	28	22	23	1.99
29174531--29174734	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
29179558--29179738	40	4.6	38	76	6	150	25	27	23	24	2.00
29192991--29193173	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
29192989--29193173	40	4.7	40	80	10	209	25	28	22	23	1.99
29199427--29199609	40	4.6	39	78	8	158	25	27	22	24	2.00
29206003--29206036	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29210390--29210438	23	2.1	23	82	14	57	63	4	0	32	1.13
29210740--29210782	20	2.2	20	100	0	86	32	18	13	34	1.90
29215888--29216038	43	3.5	43	80	4	171	33	20	13	32	1.91
29233106--29233245	43	3.3	43	79	4	149	30	26	15	27	1.96
29233881--29233919	20	2.0	20	90	5	62	51	15	10	23	1.73
29238118--29238150	10	3.2	10	95	4	57	69	12	0	18	1.18
29239010--29239115	50	2.1	50	82	3	133	26	21	18	33	1.97
29239010--29239115	25	4.2	25	81	8	117	26	21	18	33	1.97
29242798--29242870	26	2.8	26	93	0	128	28	24	21	24	1.99
29243092--29243216	39	3.5	35	89	8	141	35	16	24	24	1.95
29243109--29243217	39	2.8	39	95	1	202	36	14	22	25	1.93
29248513--29248555	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
29254922--29255120	48	4.1	48	92	2	335	35	5	26	32	1.80
29254925--29255117	98	2.0	98	95	0	350	35	5	26	32	1.80
29255267--29255338	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
29256137--29256499	48	7.5	48	92	1	609	36	5	26	31	1.80
29256645--29256715	36	1.9	37	91	2	117	22	18	30	28	1.97
29258221--29258362	41	3.5	41	86	0	185	33	16	28	21	1.95
29261016--29261115	39	2.6	38	87	1	137	50	8	5	37	1.54
29266189--29266245	28	2.0	28	96	0	105	43	19	14	22	1.86
29271744--29271783	18	2.2	19	86	8	57	20	45	25	10	1.81
29272740--29272785	13	3.5	13	78	3	56	54	0	43	2	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29275952--29276081	64	2.0	64	93	0	224	40	24	8	26	1.83
29285397--29285543	46	3.2	44	75	11	127	27	31	17	23	1.96
29287588--29287621	16	2.0	18	88	11	54	58	20	5	14	1.57
29297331--29297362	16	2.0	16	93	0	55	12	12	40	34	1.81
29297347--29297434	40	2.2	40	89	4	133	22	20	29	27	1.99
29299609--29299786	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
29307816--29307993	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
29317049--29317233	40	4.7	40	80	7	200	23	21	28	26	1.99
29317102--29317266	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
29319820--29319871	26	2.0	26	92	0	86	36	21	21	21	1.95
29326555--29326687	69	1.9	70	90	1	214	33	13	16	36	1.88
29327442--29327791	40	8.9	39	85	3	371	21	22	28	28	1.99
29327462--29327752	79	3.7	79	83	5	345	21	21	28	27	1.99
29327465--29327752	119	2.4	119	91	2	470	21	22	28	28	1.99
29327440--29327802	39	9.2	39	85	3	154	21	22	27	28	1.99
29331000--29331263	40	6.6	40	89	2	352	24	20	28	27	1.99
29331000--29331298	120	2.5	120	83	3	345	25	20	28	26	1.99
29333374--29333530	43	3.7	42	83	10	194	31	27	18	22	1.97
29333374--29333533	86	1.9	85	84	8	218	31	27	18	22	1.97
29353269--29353461	40	4.9	40	93	1	327	22	28	22	26	1.99
29362833--29363050	79	2.7	79	82	8	239	25	27	22	24	1.99
29362847--29363050	40	5.1	40	83	8	247	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29365665--29365843	85	2.1	85	98	0	349	38	7	27	26	1.84
29367009--29367193	40	4.7	40	80	7	191	23	21	28	25	1.99
29367063--29367226	79	2.1	79	82	6	199	25	20	28	26	1.99
29373588--29373717	39	3.0	44	61	26	105	39	10	23	26	1.88
29373588--29373765	85	2.1	85	97	0	338	38	8	25	26	1.86
29373626--29373756	41	3.1	41	62	25	92	40	7	22	29	1.82
29374772--29374822	21	2.4	22	96	3	95	41	19	9	29	1.84
29374951--29375135	40	4.7	40	82	7	200	23	22	28	25	1.99
29375004--29375168	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
29382064--29382248	79	2.3	80	80	8	216	24	28	23	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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