genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11008753--11008862	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
11012777--11012843	33	2.0	33	97	0	125	43	5	20	29	1.76
11013869--11013928	31	1.9	31	96	0	111	40	13	15	31	1.85
11016587--11016668	43	1.9	42	82	7	103	56	12	12	19	1.67
11018449--11018485	20	1.9	19	89	10	58	40	0	27	32	1.57
11019870--11019939	35	2.0	35	100	0	140	42	11	8	37	1.72
11027128--11027216	36	2.5	36	88	0	133	20	10	28	41	1.84
11038926--11038967	19	2.1	21	91	8	70	11	7	4	76	1.15
11043771--11043822	22	2.3	22	86	3	68	59	5	9	25	1.51
11044849--11045369	132	4.0	132	83	4	604	35	18	18	27	1.95
11049741--11049847	55	1.9	55	87	7	155	30	14	14	41	1.85
11050127--11050157	16	1.9	16	93	0	53	70	3	0	25	1.02
11051599--11051623	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
11051998--11052029	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
11052226--11052278	26	2.0	27	81	3	63	45	5	1	47	1.37
11052683--11052719	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
11060241--11060281	18	2.3	18	87	4	57	46	0	0	53	1.00
11061822--11061983	42	3.7	42	81	9	164	29	25	14	29	1.95
11061890--11062027	50	2.9	48	83	6	154	30	26	13	30	1.93
11061905--11062077	47	3.6	48	81	6	156	30	26	14	28	1.95
11062096--11062244	31	4.8	31	88	3	228	26	27	18	26	1.98
11062220--11062396	50	3.5	50	91	0	282	26	22	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11063587--11063815	105	2.2	105	96	0	415	38	21	5	34	1.76
11069108--11069239	44	2.9	45	84	5	158	31	8	6	53	1.55
11070221--11070246	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
11073130--11073170	20	2.0	20	95	0	73	21	9	7	60	1.52
11074551--11074611	30	2.1	29	87	3	86	36	21	14	27	1.93
11076834--11077186	126	2.8	126	87	2	512	28	18	17	36	1.93
11077385--11077414	7	4.1	7	95	4	51	43	40	0	16	1.48
11077749--11077836	19	4.7	20	86	12	125	44	22	0	32	1.53
11077749--11077836	39	2.4	35	88	7	122	44	22	0	32	1.53
11077931--11077981	15	3.4	15	75	20	52	50	27	0	21	1.48
11078368--11078399	12	2.7	12	100	0	64	46	6	0	46	1.27
11078862--11078933	32	2.2	33	82	2	83	44	5	5	44	1.50
11083226--11083402	90	2.0	91	81	7	209	40	17	8	33	1.80
11083514--11083589	30	2.5	28	81	12	80	60	3	0	35	1.15
11083546--11083638	48	1.9	48	83	12	120	61	2	2	34	1.20
11083762--11083792	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
11083851--11083964	10	11.9	9	68	13	59	27	5	1	65	1.23
11083867--11083946	41	2.0	41	80	14	94	30	6	2	61	1.34
11083852--11083940	31	3.0	29	75	16	83	28	6	1	64	1.26
11083851--11083932	21	4.0	20	69	20	53	26	7	1	64	1.27
11083923--11083957	17	1.9	17	88	11	52	31	0	2	65	1.07
11086115--11086153	16	2.4	16	80	20	53	51	10	0	38	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11087075--11087208	15	8.3	15	66	19	56	50	4	1	44	1.31
11087157--11087208	22	2.3	22	83	3	59	46	3	1	48	1.31
11090934--11091001	24	2.8	23	77	16	66	27	14	4	52	1.61
11092262--11092296	12	2.9	12	86	0	52	40	17	25	17	1.90
11092905--11092950	22	2.1	22	84	8	58	23	19	0	56	1.42
11100362--11100532	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
11100357--11100529	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
11102915--11102962	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
11105919--11106090	46	3.7	46	75	10	179	29	26	20	23	1.99
11105924--11106094	93	1.8	93	91	0	279	29	27	20	22	1.99
11114769--11114877	33	3.3	33	88	0	146	18	36	26	18	1.94
11120624--11120679	29	1.9	29	88	0	85	26	35	17	19	1.94
11128625--11128689	34	1.9	34	90	6	105	24	23	24	27	2.00
11128924--11128991	34	2.0	34	100	0	136	41	17	14	26	1.88
11129156--11129194	17	2.2	19	86	9	55	17	38	30	12	1.88
11136206--11136258	25	2.1	25	96	0	97	32	13	28	26	1.93
11136846--11136884	16	2.6	16	92	8	64	46	0	15	38	1.46
11136883--11136941	29	2.0	29	100	0	118	30	10	6	52	1.61
11136998--11137166	63	2.7	62	84	8	195	41	1	2	53	1.26
11139602--11139696	28	3.4	28	82	7	122	40	12	14	32	1.84
11160129--11160162	13	2.8	12	87	12	52	8	11	8	70	1.34
11170670--11170890	46	4.7	46	73	7	144	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11179195--11179225	5	6.2	5	96	0	53	61	0	0	38	0.96
11185249--11185275	13	2.1	13	100	0	54	22	33	22	22	1.97
11189288--11189555	46	5.6	48	75	14	209	22	28	20	29	1.98
11189431--11189604	46	3.8	45	76	15	124	21	27	21	29	1.98
11193359--11193406	25	2.0	25	83	4	62	56	12	16	14	1.68
11194569--11194595	8	3.4	8	100	0	54	77	0	11	11	0.99
11207383--11207436	19	2.9	19	76	13	67	29	20	12	37	1.90
11215393--11215439	25	1.9	25	82	4	60	34	14	25	25	1.94
11215492--11215551	10	5.8	10	76	7	57	31	21	15	31	1.94
11215478--11215552	11	7.1	11	76	7	66	32	18	16	33	1.93
11215478--11215542	32	2.0	32	82	5	78	30	18	16	33	1.94
11215495--11215552	21	2.7	22	86	5	75	29	22	15	32	1.95
11220746--11220807	26	2.4	26	89	2	90	41	3	19	35	1.67
11239573--11239799	50	4.5	50	93	0	364	35	14	22	27	1.93
11239775--11239985	31	6.8	31	90	2	325	27	18	26	26	1.98
11240007--11240132	49	2.6	49	88	3	177	28	14	26	30	1.95
11240837--11240876	18	2.1	18	86	9	53	35	10	17	37	1.83
11244324--11244381	29	2.0	29	100	0	116	41	10	13	34	1.79
11255607--11255658	27	1.9	27	100	0	104	44	0	21	34	1.52
11255615--11255671	27	2.1	27	83	3	71	47	1	21	29	1.61
11263107--11263157	19	2.7	19	85	8	61	52	7	0	39	1.30
11263598--11263636	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11267781--11267956	46	3.8	46	76	7	185	22	19	27	30	1.98
11267778--11267948	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.98
11276654--11276682	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
11277872--11277924	22	2.4	23	81	9	65	47	5	7	39	1.56
11280585--11280629	20	2.3	20	88	3	65	24	17	31	26	1.97
11284291--11284345	20	2.8	19	80	2	65	25	14	25	34	1.94
11286092--11286169	38	2.1	37	84	9	106	23	7	6	62	1.45
11286143--11286225	25	3.4	24	82	14	82	28	6	0	65	1.17
11286143--11286290	71	2.1	70	80	12	160	28	8	0	62	1.28
11285987--11286330	3	110.3	3	69	14	155	28	9	2	60	1.39
11288445--11288479	18	1.9	18	88	0	52	48	8	0	42	1.33
11291608--11291645	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
11297119--11297148	12	2.4	13	94	5	53	76	0	0	23	0.78
11298370--11298409	15	2.6	16	84	8	55	5	20	5	70	1.26
11298377--11298424	15	3.1	15	82	11	53	6	16	8	68	1.35
11310046--11310074	6	5.0	6	91	8	51	86	0	13	0	0.58
11310434--11310462	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
11310640--11310691	26	2.0	26	100	0	104	50	0	11	38	1.39
11310988--11311013	6	4.3	6	100	0	52	30	69	0	0	0.89
11311018--11311049	6	5.3	6	100	0	64	34	15	0	50	1.45
11312050--11312099	24	2.1	24	85	7	66	58	8	14	20	1.61
11316309--11316403	42	2.2	43	83	1	120	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11316265--11316421	43	3.7	42	73	12	124	26	17	24	31	1.97
11322134--11322193	30	2.0	30	83	6	77	38	8	25	28	1.84
11322843--11323035	49	3.9	49	82	2	233	25	19	25	30	1.98
11322843--11323035	100	1.9	100	92	0	323	25	19	25	30	1.98
11325137--11325248	51	2.2	51	93	0	188	31	16	24	28	1.96
11335805--11335832	12	2.3	12	100	0	56	35	0	0	64	0.94
11336772--11337294	162	3.2	162	89	3	766	35	17	19	27	1.94
11341507--11341545	20	2.0	20	89	0	60	33	10	25	30	1.89
11341877--11341919	20	2.2	20	100	0	86	39	34	4	20	1.74
11346695--11346724	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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