genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65695531--65695574	11	4.0	11	96	0	70	59	9	13	18	1.60
65695620--65695667	23	2.2	22	85	7	62	45	14	14	25	1.83
65695706--65695735	14	2.1	15	93	6	53	0	43	0	56	0.99
65699007--65699171	43	3.8	43	75	10	149	24	16	25	32	1.96
65704969--65705080	25	4.5	25	80	0	98	38	21	14	25	1.91
65706839--65707019	90	2.0	90	100	0	362	15	15	29	39	1.88
65709623--65709649	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
65710096--65710193	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
65710124--65710206	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
65716995--65717047	27	2.0	27	88	7	81	32	7	18	41	1.79
65717928--65718023	27	3.4	28	89	2	131	27	12	28	32	1.93
65717928--65718038	27	4.0	27	82	6	89	28	11	26	33	1.91
65730093--65730141	24	1.9	27	88	12	77	40	4	6	48	1.47
65734764--65734790	12	2.2	12	100	0	54	62	7	7	22	1.46
65745165--65745223	27	2.1	29	81	6	68	11	10	5	72	1.25
65745254--65745310	23	2.6	21	78	13	60	42	0	5	52	1.24
65745272--65745399	22	5.8	22	71	17	95	39	0	0	59	1.09
65745284--65745384	33	3.0	32	90	8	148	38	0	0	59	1.11
65745341--65745399	20	2.8	20	80	12	66	38	0	0	61	0.96
65745330--65745388	14	4.9	13	76	21	58	38	0	0	61	0.96
65745290--65745401	33	3.3	33	82	8	102	41	0	0	57	1.11
65745349--65745399	21	2.4	21	90	6	77	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65745349--65745407	21	2.8	21	84	7	75	42	0	0	57	0.98
65745362--65745793	159	2.7	160	97	1	803	42	3	3	51	1.32
65745672--65745708	12	2.9	14	80	19	53	37	2	0	59	1.12
65746242--65746309	21	3.1	21	85	6	82	55	1	0	42	1.08
65746256--65746354	21	5.0	20	70	21	75	56	2	0	41	1.11
65746307--65746385	23	3.5	21	80	13	86	51	5	0	43	1.23
65746299--65746400	46	2.2	47	84	5	136	56	3	0	39	1.18
65746444--65746477	16	2.1	16	89	10	52	82	0	11	5	0.83
65749729--65749788	24	2.5	24	86	5	77	21	43	5	30	1.74
65752191--65752359	92	1.8	91	85	10	234	26	27	17	28	1.97
65774587--65774650	26	2.3	28	78	7	69	12	10	4	71	1.27
65774587--65774650	27	2.3	29	78	10	71	12	10	4	71	1.27
65774680--65774736	23	2.6	21	78	13	60	42	0	5	52	1.24
65774698--65774744	22	2.1	23	92	4	78	40	0	2	57	1.11
65774710--65774809	34	3.0	32	88	11	148	39	1	1	59	1.11
65774733--65774776	20	2.1	21	80	16	56	36	2	2	59	1.23
65774698--65774809	33	3.2	33	86	11	154	39	0	0	58	1.10
65774766--65774823	21	2.8	22	85	10	70	37	0	0	62	0.96
65774768--65774823	22	2.8	20	84	12	71	37	0	0	62	0.95
65774755--65774813	14	4.9	13	76	21	58	38	0	0	61	0.96
65774774--65774831	21	2.8	21	82	10	66	41	0	0	58	0.98
65774879--65774954	20	3.5	21	78	18	84	39	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65774787--65775212	158	2.7	159	94	3	747	42	3	3	51	1.32
65775093--65775129	12	2.9	14	80	19	53	37	2	0	59	1.12
65774787--65775267	158	3.1	157	89	5	708	41	3	2	52	1.32
65775659--65775725	21	3.1	21	83	8	73	55	1	0	43	1.09
65775673--65775731	21	2.9	20	85	9	75	57	3	0	38	1.15
65775733--65775801	23	3.0	23	79	8	86	52	4	0	43	1.21
65775733--65775826	46	2.1	46	81	2	109	56	3	1	39	1.22
65775861--65775894	16	2.1	16	89	10	52	82	0	11	5	0.83
65779139--65779198	24	2.5	24	86	5	77	21	43	5	30	1.74
65781600--65781768	92	1.8	91	85	10	234	26	27	17	28	1.97
65790562--65790782	46	4.7	47	80	9	197	25	29	18	26	1.98
65799743--65799814	25	2.9	25	80	13	85	33	0	1	65	1.02
65799743--65799807	26	2.4	25	82	10	76	32	0	1	66	1.01
65800016--65800051	17	2.1	17	90	10	56	5	27	30	36	1.80
65800143--65800209	11	6.6	10	73	19	50	70	0	29	0	0.88
65800156--65800207	17	2.8	20	77	17	56	71	0	28	0	0.87
65800143--65800207	23	2.8	23	81	11	71	69	0	30	0	0.89
65806694--65806738	24	1.9	23	86	4	63	15	17	17	48	1.81
65806805--65806934	27	4.8	27	86	0	143	28	26	24	20	1.99
65806970--65807029	28	2.2	27	85	8	77	68	1	0	30	0.99
65806970--65807029	27	2.2	28	85	8	79	68	1	0	30	0.99
65808520--65808549	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65811558--65811599	10	4.3	10	81	3	50	76	2	0	21	0.90
65812054--65812096	19	2.3	19	87	0	59	16	4	2	76	1.05
65815562--65815707	29	5.2	28	75	8	109	66	3	2	27	1.21
65815564--65815707	9	15.4	9	69	18	73	65	3	2	27	1.22
65815619--65815707	20	4.7	19	75	13	76	68	3	3	24	1.20
65818706--65818923	40	5.5	40	89	4	309	23	23	27	24	2.00
65834477--65834531	26	2.1	26	96	0	101	30	5	27	36	1.79
65834494--65834568	37	2.0	37	97	0	141	30	9	24	36	1.87
65837268--65837302	16	2.2	15	90	10	52	62	5	2	28	1.32
65841561--65841616	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
65850769--65851215	44	10.2	44	88	0	646	31	15	28	24	1.95
65850769--65851215	132	3.4	132	92	0	727	31	15	28	24	1.95
65859651--65859695	22	2.0	22	95	0	81	22	11	33	33	1.89
65864802--65864861	30	2.0	30	100	0	120	26	26	20	26	1.99
65865274--65865303	10	3.0	10	90	0	51	30	23	0	46	1.52
65866880--65866945	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
65866897--65866994	19	5.2	19	90	7	155	35	16	9	38	1.80
65866897--65866994	36	2.6	37	88	9	144	35	16	9	38	1.80
65867326--65867417	44	2.1	44	83	6	114	26	23	15	34	1.94
65867687--65868299	84	7.3	84	86	4	801	25	20	23	30	1.98
65867941--65868166	41	5.4	41	68	20	144	25	21	22	30	1.98
65868109--65868246	41	3.3	41	66	15	111	24	21	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65869248--65869318	7	9.9	7	78	15	58	2	15	0	81	0.80
65869247--65869319	8	9.9	8	74	14	50	2	15	0	82	0.79
65873271--65873297	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
65875404--65875588	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	26	1.99
65875404--65875583	79	2.3	80	83	7	224	23	22	28	25	1.99
65875405--65875621	79	2.7	78	74	12	192	24	21	27	26	1.99
65883420--65883480	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65886965--65887157	80	2.4	80	82	5	221	27	29	19	23	1.98
65886935--65887104	40	4.3	40	91	0	234	27	28	20	23	1.99
65887089--65887166	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
65894871--65895063	80	2.4	80	82	5	221	27	29	19	23	1.98
65894841--65895010	40	4.3	40	91	0	234	27	28	20	23	1.99
65894995--65895072	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
65900392--65900783	208	1.9	207	90	0	631	31	19	23	25	1.98
65900695--65900989	78	3.8	78	85	3	405	31	18	24	25	1.98
65901003--65901202	45	4.5	45	87	1	267	33	15	28	24	1.95
65901003--65901202	89	2.2	90	88	3	305	33	15	28	24	1.95
65901521--65901611	19	4.9	19	89	8	152	36	10	16	36	1.84
65901521--65901611	35	2.5	37	89	8	141	36	10	16	36	1.84
65908078--65908271	43	4.6	43	79	8	202	29	26	14	28	1.96
65916315--65916375	28	2.2	28	85	5	88	31	29	13	26	1.93
65923190--65923221	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65923933--65923987	28	2.0	28	85	7	76	32	25	12	29	1.93
65933176--65933341	46	3.6	45	86	4	199	19	21	13	46	1.83
65936492--65936575	41	2.0	42	81	11	100	30	9	4	54	1.53
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65940694--65940863	85	2.0	86	82	3	209	26	15	24	33	1.95
65948517--65948541	10	2.5	10	100	0	50	8	0	8	84	0.79
65949576--65949615	16	2.4	16	83	4	53	72	10	7	10	1.28
65954431--65954512	39	2.1	40	90	2	130	30	18	20	30	1.96
65954486--65954586	40	2.5	40	88	3	150	23	18	27	29	1.98
65957768--65957831	33	2.0	33	87	3	94	34	20	23	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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