genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56179748--56179829	38	2.2	38	100	0	164	36	4	25	32	1.77
56185841--56185870	15	2.0	15	93	0	51	16	6	23	53	1.66
56188510--56188660	74	2.0	75	90	1	241	42	10	23	23	1.85
56189992--56190048	30	1.9	30	85	0	78	35	12	24	28	1.91
56193552--56193727	46	3.8	46	76	7	194	20	21	30	28	1.98
56193548--56193720	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
56196646--56196725	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
56196638--56196716	30	2.6	31	80	11	92	12	18	13	54	1.71
56202711--56202775	3	22.0	3	83	9	80	35	1	0	63	1.04
56203163--56203202	18	2.2	19	86	4	55	30	0	10	60	1.30
56203159--56203230	30	2.4	29	84	4	90	30	4	8	56	1.48
56204880--56204961	24	3.4	24	71	19	71	2	29	1	67	1.11
56210504--56210552	22	2.1	23	82	14	57	30	8	6	55	1.54
56213264--56213295	12	2.4	14	90	10	50	50	9	0	40	1.35
56213915--56213949	18	1.9	18	94	0	61	42	0	2	54	1.15
56214192--56214237	22	2.1	22	88	8	67	73	0	0	26	0.83
56215654--56215831	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
56215675--56215830	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
56223708--56223885	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
56223729--56223884	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
56227505--56227680	63	2.8	62	86	1	235	26	22	26	25	2.00
56234229--56234277	15	3.2	15	85	5	71	40	2	0	57	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56236771--56236803	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
56237634--56237665	6	5.3	6	100	0	64	68	0	0	31	0.90
56237813--56237921	41	2.6	41	82	4	112	37	23	19	19	1.94
56237843--56237939	41	2.4	41	87	0	149	38	21	19	20	1.94
56238097--56238148	14	3.7	14	76	7	52	28	0	23	48	1.51
56238186--56238314	7	18.1	7	70	6	80	22	0	39	37	1.54
56238241--56238314	22	3.4	22	76	9	71	22	0	39	37	1.55
56238934--56238965	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
56239255--56239363	37	2.9	37	83	5	148	12	47	11	27	1.77
56241304--56241379	38	2.0	38	97	0	143	30	13	23	32	1.93
56242563--56242707	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
56255608--56255786	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
56257969--56258502	47	11.1	47	87	5	726	30	12	30	26	1.93
56257969--56258502	145	3.7	144	89	5	792	30	12	30	26	1.93
56258188--56258263	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
56258476--56258566	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
56258715--56258821	37	2.9	37	90	0	160	25	15	30	28	1.96
56260075--56260506	40	10.8	40	93	0	702	22	21	29	25	1.99
56260718--56260826	57	1.9	57	84	1	146	24	20	27	27	1.99
56262278--56262456	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
56264639--56265316	98	7.0	96	87	5	926	30	12	30	26	1.93
56264639--56265316	47	14.1	47	86	5	917	30	12	30	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56264639--56265316	145	4.7	145	91	4	1059	30	12	30	26	1.93
56265002--56265077	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
56265290--56265380	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
56265530--56265671	37	3.8	37	96	0	248	24	18	31	25	1.97
56266558--56266684	47	2.7	45	83	13	152	22	29	18	29	1.97
56290730--56290899	93	1.8	93	90	0	277	30	28	19	21	1.97
56290724--56290894	46	3.7	44	72	16	150	31	28	18	21	1.97
56298252--56298339	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
56307178--56307244	30	2.2	30	91	0	107	14	23	35	25	1.94
56308206--56308246	21	2.0	20	86	13	57	53	0	21	24	1.46
56319542--56319615	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
56334142--56334326	40	4.7	40	80	6	189	25	22	27	25	2.00
56334195--56334359	79	2.1	79	82	6	192	27	20	26	25	1.99
56341983--56342167	40	4.7	40	81	6	207	24	22	27	25	2.00
56341984--56342165	79	2.3	81	80	7	203	25	22	27	24	2.00
56342036--56342190	79	2.0	79	81	7	181	26	20	27	25	1.99
56344586--56344617	11	2.9	11	95	0	55	59	9	25	6	1.52
56351636--56351896	46	5.6	47	77	11	227	26	18	29	25	1.98
56351636--56351895	94	2.8	94	86	4	332	26	18	29	25	1.98
56352143--56352233	46	2.0	46	100	0	182	27	10	13	48	1.75
56356275--56356572	149	2.0	148	94	1	526	32	18	18	31	1.94
56359055--56359128	27	2.7	27	82	0	76	32	21	9	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56359080--56359144	27	2.4	27	92	0	112	26	20	9	44	1.81
56359148--56359274	27	4.7	27	80	4	96	41	20	9	28	1.83
56359176--56359412	54	4.4	54	77	4	208	41	19	8	30	1.81
56359143--56359298	81	1.9	81	84	7	210	42	19	9	28	1.82
56359176--56359382	27	7.6	27	78	5	157	41	19	7	30	1.80
56359176--56359382	110	1.9	108	81	2	252	41	19	7	30	1.80
56359210--56359409	110	1.8	110	80	2	240	41	18	9	31	1.81
56359403--56359480	27	2.9	27	74	11	79	37	21	20	20	1.95
56360144--56360174	16	1.9	16	100	0	62	9	6	45	38	1.63
56360280--56360349	25	2.8	25	93	0	113	27	22	22	27	1.99
56360279--56360362	25	3.4	24	86	4	98	29	20	22	27	1.98
56360280--56360374	50	1.9	50	80	8	113	28	22	23	26	1.99
56360569--56360650	31	2.7	30	90	7	130	29	15	26	28	1.96
56369000--56369186	94	2.0	94	86	4	261	33	11	29	25	1.91
56369000--56369146	47	3.1	47	97	0	267	34	10	28	25	1.90
56369170--56369342	46	3.8	46	92	0	283	34	8	32	24	1.86
56372116--56372287	35	4.9	35	80	0	155	17	14	27	40	1.89
56372145--56372279	70	1.9	71	86	1	191	17	14	27	40	1.88
56374973--56375087	23	4.9	24	74	12	89	33	16	20	28	1.95
56375011--56375065	22	2.5	22	82	11	67	25	21	21	30	1.98
56375678--56375727	21	2.4	21	90	3	75	40	16	0	44	1.47
56380794--56380839	24	1.9	24	82	8	58	30	19	8	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56382965--56383018	27	2.0	28	85	3	74	29	14	12	42	1.83
56383796--56383832	18	2.1	18	94	0	65	43	5	8	43	1.57
56383800--56383839	18	2.2	18	86	0	53	37	7	5	50	1.53
56409142--56409173	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
56412757--56412803	18	2.7	18	80	3	51	19	40	27	12	1.88
56436398--56436641	50	5.1	48	68	22	147	32	20	20	26	1.97
56436362--56436594	44	5.0	44	69	22	154	31	19	20	28	1.97
56436362--56436653	94	3.1	94	88	0	422	31	20	20	27	1.97
56436903--56436943	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
56439475--56439567	10	9.1	10	73	12	73	33	0	2	64	1.06
56439465--56439549	20	4.1	20	76	14	84	35	0	2	62	1.08
56439474--56439564	19	5.0	18	71	15	71	35	0	2	62	1.07
56439510--56439555	24	1.9	24	86	8	67	43	0	2	54	1.12
56439478--56439608	20	6.9	19	71	17	80	34	0	4	61	1.17
56439677--56439706	9	3.3	9	90	0	51	30	10	13	46	1.75
56442479--56442574	28	3.4	29	88	4	151	33	22	12	31	1.91
56442479--56442602	29	4.4	28	84	7	153	33	22	12	30	1.92
56457902--56458081	56	3.2	56	92	0	290	33	23	15	26	1.95
56462053--56462096	20	2.2	20	87	0	61	61	4	18	15	1.50
56468960--56469002	18	2.4	18	100	0	86	46	6	9	37	1.63
56469604--56469652	17	2.7	18	84	6	64	73	10	0	16	1.09
56469884--56469921	17	2.2	17	86	9	51	81	5	7	5	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56486631--56487285	94	7.0	94	80	5	583	35	17	18	27	1.94
56486761--56487194	50	9.2	50	64	23	138	35	17	19	27	1.94
56486668--56487199	281	1.9	281	81	3	658	35	17	19	27	1.95
56486684--56487285	281	2.1	281	78	3	638	35	17	19	27	1.94
56489107--56489139	12	2.9	12	86	13	52	24	6	6	63	1.40
56493297--56493335	14	3.0	13	82	10	53	61	10	10	17	1.55
56504819--56504843	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
56507731--56507821	27	3.4	26	86	3	119	31	17	21	28	1.96
56507731--56507843	54	2.1	54	80	3	120	33	17	19	29	1.95
56516069--56516361	50	5.8	50	79	5	288	24	17	27	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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