genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16715901--16717216	454	2.9	453	92	1	2174	28	10	22	38	1.87
16718134--16718169	17	2.1	18	89	5	56	41	19	0	38	1.52
16720725--16720808	43	2.0	43	92	0	141	21	20	29	28	1.98
16722740--16722781	19	2.1	21	86	8	61	35	0	28	35	1.58
16723042--16723082	4	10.2	4	83	0	55	41	0	7	51	1.30
16723042--16723088	12	3.9	12	97	0	85	40	2	8	48	1.45
16726937--16726983	20	2.4	19	79	6	58	55	4	2	38	1.31
16731438--16731547	31	3.5	31	94	0	193	27	25	17	30	1.97
16731572--16731662	42	2.2	42	85	0	128	35	19	14	30	1.92
16731795--16731930	26	5.3	26	89	3	190	28	23	19	27	1.99
16731795--16731930	52	2.7	51	90	5	215	28	23	19	27	1.99
16731980--16732042	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
16731993--16732035	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
16732866--16732921	27	2.1	26	86	3	76	39	12	10	37	1.78
16732931--16733026	27	3.6	26	76	10	79	29	7	17	45	1.75
16733058--16733357	27	11.1	27	86	1	377	39	6	23	30	1.80
16733343--16733457	27	4.3	27	76	9	92	28	6	21	43	1.76
16733058--16733357	54	5.6	54	90	0	422	39	6	23	30	1.80
16733398--16733457	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
16735778--16735869	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
16736008--16736136	26	5.1	26	80	6	142	27	21	20	29	1.98
16736002--16736137	52	2.7	48	81	13	159	27	22	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16736186--16736248	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
16736199--16736241	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
16738069--16738175	27	3.9	27	75	13	92	34	9	15	40	1.80
16738152--16738270	27	4.4	27	71	7	82	32	10	18	38	1.84
16738260--16738564	27	11.3	27	83	0	358	39	6	23	30	1.79
16738260--16738564	54	5.6	54	88	0	394	39	6	23	30	1.79
16740961--16741052	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
16741184--16741317	25	5.3	26	81	6	136	27	23	20	28	1.99
16741201--16741317	51	2.3	51	86	5	166	27	23	23	26	2.00
16741367--16741429	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
16741380--16741422	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
16741906--16741934	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
16743231--16743337	27	3.9	27	75	9	90	35	9	15	39	1.80
16743229--16743432	27	7.5	27	69	10	85	34	10	16	38	1.84
16743422--16743720	27	11.1	27	83	0	348	40	6	23	30	1.79
16743422--16743720	54	5.6	54	88	0	393	40	6	23	30	1.79
16746129--16746220	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
16746353--16746487	26	5.3	26	80	4	145	27	25	20	26	1.99
16746353--16746487	51	2.7	49	85	11	184	27	25	20	26	1.99
16746537--16746599	20	3.4	19	79	20	71	31	19	11	38	1.86
16746550--16746592	16	2.7	15	89	10	68	34	20	9	34	1.85
16746834--16747111	27	10.3	27	83	2	290	40	7	22	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16746834--16747111	54	5.1	54	85	2	355	40	7	22	29	1.81
16747105--16747202	27	3.7	27	79	6	94	28	8	25	37	1.84
16751857--16751940	26	3.2	26	93	0	141	33	5	25	35	1.80
16753726--16754012	137	2.1	137	97	0	538	24	18	25	32	1.97
16757781--16757864	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
16759632--16759915	137	2.1	137	95	0	505	25	18	25	31	1.97
16764932--16764969	18	2.1	18	85	9	51	39	10	13	36	1.79
16771866--16771902	6	6.2	6	90	0	56	18	21	13	45	1.84
16771775--16771882	51	2.1	51	82	6	128	14	19	23	42	1.88
16772154--16772204	18	2.8	18	85	11	52	41	11	11	35	1.78
16772746--16772793	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
16772810--16772898	42	2.1	42	93	0	151	29	5	14	50	1.65
16781070--16781111	21	2.0	21	85	0	57	26	16	38	19	1.92
16785398--16785485	42	2.1	42	93	0	149	29	3	15	51	1.60
16787298--16787342	24	1.9	23	81	4	54	46	2	8	42	1.47
16789376--16789406	6	5.2	6	100	0	62	67	0	32	0	0.91
16800729--16800772	20	2.1	21	91	4	72	25	4	4	65	1.30
16817916--16818178	40	6.6	41	84	7	238	24	20	27	26	1.99
16817916--16818178	80	3.3	80	85	3	318	24	20	27	26	1.99
16817916--16818178	120	2.2	120	82	3	307	24	20	27	26	1.99
16817969--16818213	80	3.1	80	86	1	251	25	20	28	25	1.99
16825884--16825988	40	2.6	40	86	3	122	25	21	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16832749--16832800	25	2.1	25	92	0	86	38	23	15	23	1.92
16835044--16835076	16	2.1	16	100	0	66	57	6	0	36	1.23
16835918--16835942	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
16852340--16852797	94	4.9	94	83	8	501	27	20	29	22	1.98
16852340--16852803	47	9.9	45	73	14	332	28	20	29	22	1.98
16852976--16854718	874	2.0	874	99	0	3441	25	17	24	33	1.96
16864600--16864845	40	6.2	40	92	0	402	22	21	26	29	1.99
16868300--16868471	40	4.3	40	86	6	199	26	27	20	25	1.99
16868300--16868524	80	2.8	79	83	6	267	25	27	21	24	1.99
16868302--16868517	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	25	1.99
16868300--16868524	79	2.8	79	82	5	247	25	27	21	24	1.99
16873352--16873712	47	7.7	45	73	17	194	28	21	27	22	1.99
16873355--16873712	94	3.8	92	79	11	381	28	21	27	22	1.99
16873352--16873713	141	2.6	136	80	9	374	28	21	27	22	1.99
16876664--16876807	24	6.0	24	72	11	91	22	21	20	36	1.96
16876674--16876778	23	4.5	24	70	17	67	20	20	20	39	1.93
16876847--16876899	27	2.0	27	100	0	106	26	22	18	32	1.97
16886251--16886398	43	3.5	42	74	10	140	27	18	26	28	1.98
16892693--16892767	25	3.0	25	74	18	66	30	17	25	26	1.97
16893801--16893906	27	4.0	26	85	6	122	37	20	22	18	1.94
16894210--16894288	27	3.0	26	81	5	86	35	20	22	21	1.96
16894516--16894630	27	4.3	27	88	0	158	26	20	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16906046--16906124	37	2.1	37	92	0	131	25	32	18	22	1.97
16906243--16906778	47	11.2	47	93	2	883	29	28	8	33	1.87
16906243--16906778	96	5.6	94	92	3	883	29	28	8	33	1.87
16906243--16906778	143	3.7	143	96	1	950	29	28	8	33	1.87
16909668--16910049	40	9.6	40	83	5	339	25	28	21	24	1.99
16909672--16910049	120	3.2	117	80	6	377	25	28	21	24	1.99
16911905--16911983	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
16912102--16912445	47	7.2	47	92	2	535	29	28	9	33	1.88
16912102--16912445	96	3.6	96	94	0	566	29	28	9	33	1.88
16912102--16912445	143	2.4	141	91	2	544	29	28	9	33	1.88
16915783--16915807	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
16917694--16917760	28	2.4	28	82	0	71	31	10	28	29	1.90
16917778--16917846	16	4.3	16	92	0	111	39	2	34	23	1.70
16917825--16917922	44	2.2	44	89	5	144	30	5	29	34	1.79
16918079--16918113	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
16918157--16918206	26	2.0	26	84	4	66	48	4	4	44	1.40
16918059--16918351	120	2.5	119	92	2	475	48	4	2	44	1.36
16918194--16918230	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
16918314--16918350	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
16918333--16918500	47	3.7	46	72	18	161	46	2	2	47	1.33
16918392--16918534	44	3.2	43	71	20	139	48	2	2	46	1.25
16918358--16918573	91	2.4	91	91	0	342	45	3	2	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16918414--16918558	47	3.2	45	71	16	136	48	2	2	46	1.28
16924643--16924925	40	7.1	40	86	2	401	28	26	20	24	1.99
16925926--16925971	24	1.9	24	82	8	58	43	23	6	26	1.78
16926320--16926347	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
16927099--16927310	28	7.5	28	67	15	130	17	18	33	29	1.95
16927126--16927323	29	7.0	28	69	3	144	18	18	33	29	1.95
16927097--16927324	57	4.0	57	92	0	375	18	17	34	29	1.94
16932278--16932341	28	2.3	28	80	0	65	32	14	25	28	1.94
16932295--16932356	28	2.2	28	82	0	79	38	9	20	30	1.85
16939185--16939235	21	2.5	21	90	3	77	50	9	1	37	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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