genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  178  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58776240--58777041	286	2.8	284	85	0	1046	30	18	21	28	1.97
58776769--58776893	45	2.8	44	80	2	133	30	19	21	28	1.97
58776253--58777041	429	1.8	429	83	0	1049	30	18	22	28	1.97
58777090--58777123	15	2.3	15	100	0	68	32	29	0	38	1.58
58778118--58778142	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
58784668--58784738	35	2.0	35	100	0	142	46	5	11	36	1.63
58784679--58784735	17	3.3	17	68	22	55	45	5	8	40	1.58
58794798--58794990	95	2.1	93	96	2	350	41	11	7	39	1.70
58805593--58805665	27	2.7	27	80	2	83	15	27	21	35	1.93
58808241--58808271	12	2.6	12	94	0	53	12	19	41	25	1.87
58822066--58822137	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
58822283--58822467	48	3.8	48	89	4	282	30	26	6	36	1.82
58822283--58822466	98	1.9	98	91	4	302	29	26	6	36	1.82
58822389--58822630	47	5.1	47	87	2	290	26	28	10	34	1.90
58822530--58822601	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
58822552--58822631	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
58832004--58832178	46	3.8	46	77	8	183	22	28	22	26	1.99
58832005--58832173	94	1.8	92	89	2	266	23	27	21	27	1.99
58832893--58832917	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
58838493--58838818	131	2.5	131	98	0	625	31	20	14	33	1.93
58843734--58843773	16	2.5	16	95	0	71	67	7	5	20	1.34
58858986--58859161	48	3.7	47	85	7	191	23	32	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58858994--58859299	46	6.5	46	75	12	232	24	30	18	26	1.98
58858894--58859299	94	4.3	92	73	14	296	25	29	18	26	1.98
58859929--58859974	22	2.1	22	95	0	83	43	28	4	23	1.73
58860201--58860226	9	2.9	9	100	0	52	46	53	0	0	1.00
58866811--58866987	48	3.6	50	77	8	150	23	29	19	27	1.98
58866862--58867029	48	3.6	46	81	10	150	25	29	17	27	1.98
58866905--58867067	48	3.5	44	81	12	143	24	30	19	25	1.98
58876783--58876816	18	1.9	17	88	5	50	58	23	5	11	1.55
58879529--58879575	23	2.0	24	87	4	69	59	6	2	31	1.34
58880521--58880560	20	2.0	20	100	0	80	35	0	30	35	1.58
58888995--58889045	25	2.0	25	96	0	93	35	15	21	27	1.94
58891925--58891979	27	2.1	26	83	10	67	32	0	7	60	1.24
58893567--58893609	16	2.6	16	81	3	50	81	0	11	6	0.87
58893597--58893621	9	2.8	9	100	0	50	84	0	16	0	0.63
58895317--58895391	34	2.2	33	81	6	87	41	16	13	29	1.86
58895326--58895392	34	2.0	34	87	0	98	44	14	11	28	1.81
58896587--58896692	55	1.9	55	83	7	135	19	34	24	20	1.96
58904223--58904343	55	2.2	54	82	8	138	23	33	21	21	1.97
58910199--58910240	14	3.0	14	83	10	50	38	0	2	59	1.10
58918638--58918676	14	2.9	13	81	7	51	23	5	0	71	1.05
58920965--58921201	48	4.9	48	76	6	203	23	29	18	28	1.98
58928607--58928879	48	5.7	48	77	6	239	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58928605--58928879	96	2.9	94	76	10	279	22	28	19	29	1.98
58941204--58941244	22	1.9	21	85	5	55	36	14	21	26	1.93
58943553--58943811	128	2.0	128	86	1	358	37	14	18	29	1.91
58947944--58948247	46	6.5	46	76	10	201	27	18	28	25	1.98
58958712--58958862	43	3.5	43	79	6	180	33	25	14	25	1.94
58960725--58960765	12	3.4	12	90	6	57	21	0	7	70	1.11
58960734--58960782	21	2.4	20	86	3	62	24	0	4	71	1.03
58967388--58967523	68	2.0	68	98	0	263	38	16	11	34	1.84
58969364--58969408	21	2.1	21	84	8	56	60	6	24	8	1.51
58971296--58971337	21	2.0	21	95	0	75	33	9	26	30	1.88
58972867--58972981	30	3.8	30	92	0	194	25	49	3	21	1.65
58973461--58973592	25	5.5	23	69	13	72	34	3	3	58	1.32
58973538--58973596	25	2.4	25	82	0	73	35	3	1	59	1.24
58973659--58973714	19	2.9	19	79	12	69	32	5	5	57	1.44
58973660--58973714	20	2.8	20	81	10	69	32	5	5	56	1.45
58973835--58973868	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
58973835--58973868	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
58973835--58973875	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
58982172--58982346	70	2.5	69	84	2	208	29	14	22	33	1.94
58982364--58982705	72	4.5	75	86	6	440	32	14	20	32	1.93
58982996--58983220	73	3.1	72	81	4	254	30	15	21	32	1.95
58982992--58983191	73	2.8	71	84	2	256	31	14	21	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58983211--58983245	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
58983064--58983560	162	3.0	162	85	4	617	27	16	21	34	1.95
58982851--58983595	235	3.2	232	80	10	693	27	16	22	33	1.95
58983226--58983387	73	2.2	74	88	2	236	24	18	22	35	1.96
58983375--58983402	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
58983300--58983560	77	3.1	88	81	11	271	28	16	20	34	1.95
58983389--58983595	77	2.7	76	88	6	296	31	15	20	32	1.94
58984308--58984482	30	5.8	30	93	0	296	25	49	3	22	1.65
58984308--58984482	60	2.9	60	98	0	332	25	49	3	22	1.65
58984962--58985043	23	3.5	23	72	12	62	35	3	3	57	1.34
58984968--58985189	25	8.7	25	65	18	93	33	4	4	57	1.41
58985027--58985152	29	4.4	28	71	15	89	31	4	5	57	1.42
58985163--58985218	19	2.8	20	81	8	69	32	5	5	57	1.44
58985345--58985378	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
58985345--58985378	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
58985345--58985385	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
58986660--58986684	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
58993970--58994017	11	4.4	11	81	0	60	60	0	12	27	1.32
58994459--58994524	26	2.6	25	75	17	66	45	0	7	46	1.31
58995069--58995111	23	2.0	21	81	9	50	23	9	0	67	1.19
58995209--58995238	15	2.0	15	100	0	60	60	20	0	20	1.37
58996088--58996197	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58997807--58997948	27	5.3	27	82	4	144	19	24	21	34	1.96
58998010--58998049	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
58999721--58999801	40	2.0	40	100	0	162	27	7	34	30	1.84
59002991--59003120	46	2.8	49	78	14	157	29	29	20	20	1.98
59002996--59003139	46	3.1	44	75	15	132	28	29	20	21	1.98
59005649--59005784	26	5.2	26	95	1	220	34	5	22	36	1.79
59006958--59006989	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
59007449--59007548	26	3.8	26	85	12	134	15	24	22	39	1.92
59007610--59007649	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
59009238--59009297	28	2.0	29	87	9	86	63	1	0	35	1.05
59009238--59009326	30	3.0	28	80	11	90	58	2	0	39	1.11
59009239--59009328	29	3.0	29	79	10	94	57	2	0	40	1.11
59012131--59012175	17	2.7	18	83	13	60	37	0	0	62	0.96
59016344--59016391	21	2.2	21	85	3	60	50	6	4	39	1.47
59017539--59017629	39	2.3	39	84	0	119	39	17	21	20	1.92
59017569--59017854	93	3.1	92	87	3	394	39	17	21	22	1.92
59017822--59018035	54	4.0	53	80	3	225	39	14	20	25	1.91
59018045--59018195	78	1.9	78	89	0	230	39	17	19	23	1.92
59018336--59018456	42	3.0	41	78	6	120	38	12	24	24	1.90
59019414--59019536	43	2.9	43	81	2	131	27	17	24	30	1.97
59021337--59021558	42	5.4	42	75	7	184	40	14	23	21	1.90
59021342--59021558	84	2.6	84	81	5	228	41	14	23	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59021591--59021770	54	3.3	54	80	0	207	40	16	17	25	1.90
59021651--59022008	147	2.4	150	79	1	362	39	15	19	25	1.91
59022055--59022263	42	5.0	42	75	3	161	40	12	24	22	1.89
59022096--59022259	84	2.0	84	82	2	204	40	12	24	23	1.88
59022268--59022415	54	2.7	54	85	0	179	38	14	19	27	1.90
59022437--59022551	54	2.1	54	85	0	149	42	15	16	25	1.87
59031460--59031501	21	2.0	21	86	4	59	57	7	2	33	1.39
59034836--59034904	36	1.9	36	85	5	95	53	0	4	42	1.20
59034979--59035025	19	2.4	18	80	13	58	46	17	10	25	1.79
59054798--59054915	43	2.8	42	83	5	121	33	23	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255