genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75033743--75033907	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
75033757--75034174	18	21.6	19	66	24	82	32	0	20	46	1.56
75033788--75034193	26	16.1	26	87	6	579	32	0	20	46	1.56
75033788--75034193	51	8.0	51	88	6	571	32	0	20	46	1.56
75033963--75034189	19	12.5	19	67	23	100	32	0	19	46	1.56
75034261--75034373	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
75034230--75034375	73	2.0	73	100	0	292	41	6	1	50	1.37
75036207--75036523	115	2.8	114	92	1	544	38	17	15	28	1.91
75036272--75036350	40	2.0	40	84	0	104	34	18	16	30	1.94
75036427--75036598	75	2.3	74	95	2	308	39	18	13	27	1.89
75036312--75036690	189	2.0	189	89	1	580	39	18	14	26	1.90
75036687--75036971	114	2.5	115	81	2	324	31	22	17	28	1.96
75037476--75037649	7	25.1	7	66	15	51	39	39	4	17	1.68
75037555--75037626	21	3.1	21	76	19	72	38	44	4	12	1.62
75037555--75037611	27	2.1	27	100	0	114	38	47	3	10	1.55
75038081--75038218	73	1.9	72	86	4	197	30	19	21	28	1.98
75038118--75038444	113	2.9	114	84	2	408	29	23	21	25	1.99
75038412--75038564	39	3.8	40	80	3	141	21	19	21	37	1.95
75041432--75041464	15	2.1	16	94	5	59	51	12	12	24	1.73
75042727--75042761	4	9.2	4	87	12	56	74	0	25	0	0.82
75043696--75043740	23	2.0	23	86	4	65	62	0	26	11	1.29
75043967--75044000	11	3.0	11	87	8	50	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75043967--75043999	12	2.8	12	90	4	50	27	0	0	72	0.85
75056306--75056418	37	3.1	37	65	16	101	36	2	7	53	1.45
75056283--75056434	71	2.1	71	96	0	277	35	1	8	53	1.43
75056288--75056397	34	3.1	34	66	16	98	34	0	9	55	1.38
75056314--75056445	37	3.6	38	68	14	98	39	3	6	50	1.44
75060593--75060628	3	12.0	3	87	0	54	0	36	2	61	1.11
75062880--75062925	20	2.3	20	81	7	58	71	2	0	26	0.97
75063404--75063480	28	2.8	25	78	16	82	32	3	0	63	1.12
75063394--75063487	10	10.1	9	68	18	50	34	3	1	61	1.19
75067245--75067284	18	2.2	18	86	0	53	35	2	7	55	1.42
75067274--75067336	23	2.8	23	83	11	69	38	4	1	55	1.31
75067383--75067471	47	1.9	45	90	4	142	29	10	2	58	1.43
75067370--75067454	3	28.0	3	73	15	68	30	8	2	58	1.40
75067870--75067900	14	2.2	14	94	0	53	61	0	16	22	1.34
75067925--75068007	4	20.2	4	73	9	60	65	4	25	4	1.33
75070209--75070275	9	7.7	9	72	12	50	32	8	1	56	1.39
75073008--75073050	21	2.0	21	100	0	86	48	13	13	23	1.79
75074485--75074526	15	2.8	15	81	0	57	73	2	4	19	1.12
75076344--75076368	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
75076470--75076690	46	4.8	46	92	1	327	21	23	14	40	1.90
75080563--75080602	20	1.9	22	85	10	57	57	2	7	32	1.40
75082786--75082821	18	2.0	18	89	10	56	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75084965--75084991	11	2.5	11	100	0	54	40	25	7	25	1.82
75089656--75089746	44	2.1	44	93	0	155	28	30	20	19	1.97
75091169--75091215	24	2.0	24	95	0	85	31	23	17	27	1.96
75095688--75095771	32	2.6	32	81	5	107	26	3	19	51	1.63
75097021--75097062	17	2.6	16	88	3	57	52	0	0	47	1.00
75097153--75097183	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
75099683--75099728	20	2.3	20	84	0	56	19	0	21	58	1.39
75102394--75102432	20	2.0	20	89	0	60	23	0	2	74	0.94
75110625--75110655	14	2.2	14	94	0	53	58	6	3	32	1.40
75111133--75111304	84	2.0	84	96	0	317	41	16	11	30	1.83
75113119--75113202	31	2.6	31	81	14	100	39	3	5	51	1.44
75113319--75113386	30	2.3	31	82	12	81	50	8	4	36	1.54
75113509--75113561	24	2.3	23	83	9	63	45	3	0	50	1.19
75114242--75114270	7	4.1	7	100	0	58	86	0	13	0	0.58
75116601--75116752	43	3.5	43	82	3	173	33	24	14	27	1.94
75116586--75116742	86	1.8	85	84	9	212	33	25	14	26	1.95
75117294--75117369	30	2.4	32	75	16	77	48	15	2	32	1.59
75123761--75123872	19	5.8	19	86	9	156	35	10	16	36	1.84
75123751--75123858	36	2.9	35	76	20	103	37	10	16	36	1.83
75126555--75126608	3	18.0	3	92	0	90	1	29	1	66	1.12
75126864--75126905	22	1.9	22	90	0	66	9	4	45	40	1.58
75127917--75128100	92	2.0	92	100	0	368	46	14	16	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75128183--75128240	20	2.8	20	81	2	71	24	6	10	58	1.55
75128492--75128625	21	6.3	21	75	10	103	19	8	14	58	1.61
75128558--75128659	45	2.3	44	84	1	123	23	5	13	56	1.59
75135983--75136101	44	2.8	41	81	11	123	24	15	26	34	1.94
75141989--75142033	22	2.2	20	84	15	56	71	0	8	20	1.12
75145176--75145200	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
75146811--75146883	35	2.1	35	97	0	137	43	6	8	41	1.61
75147829--75147872	6	7.3	6	81	0	52	63	13	2	20	1.40
75147826--75147872	24	2.0	24	91	0	76	59	12	4	23	1.51
75147852--75148144	147	2.0	147	85	4	394	38	12	12	35	1.82
75149224--75149271	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
75149258--75149301	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
75149266--75149330	28	2.3	27	76	10	67	49	10	0	40	1.38
75149296--75149326	16	1.9	16	93	0	53	38	9	0	51	1.35
75151164--75151225	30	2.1	30	96	0	115	45	0	16	38	1.47
75152655--75152696	18	2.3	19	80	16	52	28	30	0	40	1.57
75154040--75154101	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
75159373--75159405	12	2.6	13	95	4	59	24	48	21	6	1.72
75168208--75168235	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
75174024--75174092	2	34.5	2	100	0	138	49	0	50	0	1.00
75174092--75174117	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
75192153--75192190	10	3.6	11	79	13	53	71	0	0	28	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75192150--75192189	20	2.0	20	100	0	80	65	0	0	35	0.93
75192148--75192199	22	2.4	21	87	3	68	63	0	1	34	1.06
75192116--75192184	35	2.0	35	85	0	93	55	1	0	43	1.08
75195031--75195075	22	2.0	23	86	4	65	37	22	4	35	1.74
75195264--75195288	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
75195681--75195712	11	2.9	11	100	0	64	43	18	0	37	1.51
75195846--75195957	48	2.3	47	86	8	154	37	8	3	50	1.51
75196962--75196994	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
75197588--75197631	18	2.4	18	88	0	61	22	25	9	43	1.82
75201106--75201485	126	3.0	126	86	1	541	30	18	15	36	1.92
75202027--75202096	19	3.8	19	83	11	101	44	21	0	34	1.53
75202166--75202216	22	2.3	22	93	0	84	47	29	0	23	1.52
75205942--75206046	23	4.6	23	75	8	88	25	19	18	37	1.94
75205932--75206019	45	1.9	47	86	4	126	25	21	19	34	1.96
75213501--75213605	23	4.5	22	73	16	70	25	21	19	33	1.97
75216683--75216744	20	3.3	20	64	25	53	33	11	25	29	1.91
75216686--75216759	36	2.1	36	97	0	139	36	10	24	28	1.89
75219950--75220010	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
75226965--75227072	26	4.2	26	92	0	180	36	24	8	31	1.85
75228868--75228998	19	6.8	19	69	3	82	16	15	29	38	1.90
75228859--75228998	58	2.4	58	84	0	181	17	16	28	37	1.91
75232623--75232658	15	2.4	15	95	0	63	44	19	11	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75235667--75235723	29	1.9	30	85	3	80	56	19	3	21	1.57
75236434--75236558	55	2.3	55	82	0	160	13	19	32	34	1.91
75238406--75238672	18	14.4	18	68	12	112	35	13	13	37	1.84
75238485--75238677	72	2.7	70	75	5	181	36	12	12	37	1.82
75239037--75239070	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
75240495--75240546	15	3.6	14	78	17	52	7	13	3	75	1.17
75240639--75240701	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
75246062--75246123	28	2.2	28	88	0	88	33	30	6	29	1.83
75246373--75246435	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
75246553--75246588	5	7.2	5	87	12	56	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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