genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81895099--81895145	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
81901940--81902009	32	2.2	32	78	0	77	31	5	8	54	1.54
81902399--81902443	10	4.7	10	81	8	58	66	0	0	33	0.92
81902399--81902456	3	18.7	3	82	7	71	63	0	3	32	1.11
81903586--81903760	87	2.0	90	84	6	232	26	17	9	46	1.79
81903586--81903709	31	4.2	31	70	12	107	27	17	7	47	1.74
81903586--81903760	31	5.9	30	64	16	96	26	17	9	46	1.79
81906107--81906197	47	1.9	47	84	6	121	60	3	1	35	1.20
81906232--81906257	11	2.4	11	100	0	52	26	38	7	26	1.83
81910122--81910154	5	6.6	5	92	0	57	75	0	3	21	0.93
81910415--81910482	22	3.1	22	77	12	68	47	0	1	51	1.09
81912520--81912605	39	2.2	39	83	4	102	36	0	3	60	1.14
81912612--81912667	18	3.4	16	79	13	60	58	0	1	39	1.08
81912620--81912649	9	3.3	9	100	0	60	53	0	0	46	1.00
81913257--81913388	65	2.0	66	97	1	248	36	14	12	37	1.83
81921071--81921105	16	2.1	17	89	5	54	51	0	2	45	1.16
81929590--81929614	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
81935603--81935649	16	2.9	16	75	12	51	51	10	10	27	1.70
81942074--81942164	26	3.5	26	71	5	94	46	0	3	50	1.17
81942334--81942390	16	3.6	16	82	0	78	29	24	7	38	1.82
81942879--81942931	27	1.9	28	88	3	81	66	5	0	28	1.15
81942889--81942933	8	5.2	8	82	15	54	66	2	0	31	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81943070--81943188	55	2.2	53	85	5	152	28	12	22	36	1.91
81943070--81943199	51	2.5	53	83	5	156	30	12	20	36	1.90
81943957--81944008	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
81945928--81945979	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
81948322--81948360	17	2.3	17	100	0	78	25	5	10	58	1.51
81950872--81950909	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
81951790--81951829	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
81952501--81952556	28	2.0	28	89	0	85	66	3	1	28	1.19
81954556--81954612	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
81955070--81955191	40	3.2	38	82	15	144	36	13	9	40	1.78
81955080--81955182	18	5.5	18	80	11	109	34	12	11	40	1.80
81955575--81955927	83	4.2	83	93	0	598	26	20	21	32	1.97
81955851--81956105	119	2.1	119	91	0	411	29	18	19	33	1.95
81956062--81956148	43	2.0	43	100	0	174	33	11	22	32	1.90
81955943--81956267	162	2.0	162	97	0	614	30	16	19	32	1.94
81955851--81956386	281	1.9	281	94	0	946	29	18	19	33	1.95
81956105--81956493	119	3.3	119	96	0	697	30	18	17	33	1.94
81956479--81956672	44	4.4	44	73	8	180	26	23	15	34	1.95
81957529--81957561	7	4.7	7	89	10	50	0	12	0	87	0.53
81963888--81963948	17	3.5	17	82	4	86	36	9	11	42	1.74
81968234--81968309	39	1.9	39	89	0	116	46	9	0	44	1.35
81968420--81968450	11	2.7	11	95	5	53	90	0	9	0	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81968417--81968450	16	2.1	16	94	0	59	91	0	8	0	0.43
81970343--81970423	34	2.4	34	91	2	126	30	23	19	25	1.98
81973099--81973208	26	4.2	25	91	6	175	33	4	22	39	1.75
81973142--81973208	13	5.2	13	67	25	52	32	4	20	41	1.73
81974693--81974745	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
81976272--81976352	40	2.0	40	92	2	137	45	7	1	45	1.39
81976512--81976607	50	1.9	50	95	0	174	50	9	15	25	1.74
81980542--81980571	10	3.0	10	95	0	51	86	0	10	3	0.67
81983092--81983329	121	2.0	121	82	5	293	20	18	29	31	1.96
81985832--81985871	18	2.2	18	90	0	62	35	25	0	40	1.56
81990665--81990795	65	2.0	65	100	0	262	49	16	12	21	1.78
81990779--81990937	76	2.1	76	98	0	309	42	5	28	23	1.75
81993625--81993657	16	2.0	17	88	5	50	36	6	12	45	1.66
81993702--81993734	17	2.0	17	88	5	50	45	12	3	39	1.57
81998303--81998345	19	2.4	18	81	11	54	13	11	4	69	1.33
82009182--82009241	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
82009725--82009785	17	3.5	17	82	4	86	36	9	11	42	1.74
82010915--82010988	30	2.5	30	86	0	112	20	9	28	41	1.83
82016531--82016560	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57
82016529--82016559	15	2.1	15	93	0	53	90	0	9	0	0.46
82018450--82018530	34	2.4	34	91	2	126	30	23	19	25	1.98
82019477--82019522	19	2.4	19	82	10	58	71	0	26	2	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82021165--82021274	26	4.2	25	91	6	175	33	4	22	39	1.75
82021208--82021274	13	5.2	13	67	25	52	32	4	20	41	1.73
82022760--82022812	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
82024338--82024418	40	2.0	40	92	2	137	45	7	1	45	1.39
82024587--82024682	50	1.9	50	95	0	174	50	9	15	25	1.74
82028423--82028626	67	3.0	66	93	2	338	28	11	23	35	1.90
82049186--82049934	132	5.7	132	94	0	1257	28	17	24	28	1.97
82049186--82049934	263	2.8	264	93	0	1259	28	17	24	28	1.97
82049191--82049934	88	8.5	89	71	7	500	28	17	24	28	1.97
82062710--82062749	16	2.4	16	95	4	71	25	0	0	75	0.81
82062702--82062758	25	2.3	24	82	17	64	24	1	0	73	0.92
82062713--82062763	9	5.9	8	82	17	50	25	3	0	70	1.04
82063390--82063439	23	2.2	23	85	7	66	52	4	0	44	1.20
82065096--82065129	17	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
82065078--82065133	28	2.0	28	83	13	71	62	0	0	37	0.95
82068854--82068886	2	17.0	2	93	6	59	0	0	48	51	1.00
82070035--82070092	30	2.0	29	82	3	71	44	5	8	41	1.57
82073196--82073272	38	2.0	38	100	0	154	40	12	10	36	1.78
82075362--82075413	25	2.1	25	85	7	70	48	13	3	34	1.61
82078314--82078381	24	3.0	22	75	19	68	32	1	10	55	1.42
82078467--82078511	21	2.0	22	83	8	56	42	11	4	42	1.60
82078605--82078645	21	2.0	20	85	4	55	29	4	9	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82082637--82082677	12	3.3	12	86	3	55	24	21	7	46	1.77
82082638--82082673	4	9.0	4	87	0	54	25	22	2	50	1.63
82090928--82091036	54	2.0	54	90	0	173	31	13	15	39	1.87
82091158--82091412	102	2.7	90	76	13	192	26	16	20	37	1.93
82091312--82091693	166	2.3	159	80	7	401	26	16	18	38	1.92
82091637--82091669	13	2.5	13	95	0	57	18	12	0	69	1.18
82091419--82091658	85	2.9	81	75	3	221	25	16	20	37	1.93
82093652--82093696	21	2.0	22	83	8	56	40	11	4	44	1.60
82097600--82097672	31	2.4	29	79	18	87	41	4	8	46	1.53
82098570--82098613	21	2.1	21	83	8	54	31	2	0	65	1.05
82109716--82109827	58	1.9	58	89	7	174	38	20	19	21	1.94
82110908--82110978	32	2.2	33	80	14	85	35	7	1	56	1.35
82110972--82111024	27	2.0	27	84	0	70	58	5	3	32	1.39
82111842--82111949	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
82115145--82115178	17	2.0	17	88	11	52	44	0	17	38	1.49
82116104--82116161	29	2.0	30	89	3	91	50	3	3	43	1.36
82117191--82117235	22	2.0	22	86	0	63	37	24	4	33	1.76
82118201--82118240	19	2.1	19	100	0	80	57	15	5	22	1.57
82119908--82119982	36	2.1	35	83	7	98	18	2	16	62	1.44
82129144--82129194	24	2.1	24	85	0	66	11	7	15	64	1.48
82130922--82130965	20	2.2	20	91	0	70	59	4	2	34	1.30
82134938--82134978	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82146007--82146035	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
82146000--82146037	16	2.4	16	86	0	58	71	0	0	28	0.87
82151246--82151968	378	1.9	377	84	3	981	23	31	9	34	1.88
82153664--82153815	76	2.0	76	100	0	304	43	17	13	26	1.85
82158252--82158303	23	2.2	23	96	3	95	42	0	7	50	1.31
82160943--82161003	28	2.2	28	91	2	97	44	1	3	50	1.28
82163327--82163416	36	2.5	36	88	0	126	18	23	28	28	1.98
82164505--82164655	75	2.0	76	98	1	295	47	14	14	23	1.81
82168492--82168533	20	2.1	20	86	8	59	38	4	2	54	1.34
82171916--82172050	69	2.0	69	100	0	270	30	5	25	38	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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