genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59361296--59361386	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
59361201--59361494	120	2.5	119	89	6	445	50	5	2	41	1.40
59361455--59361493	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
59361460--59361493	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
59361526--59361720	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
59364205--59364229	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
59366015--59366151	72	2.0	72	86	5	201	40	3	5	50	1.44
59367301--59367598	149	2.0	149	97	0	560	35	11	18	34	1.86
59371958--59372003	22	2.1	22	84	8	58	76	2	6	15	1.09
59371958--59372002	23	2.0	22	82	4	54	77	2	6	13	1.05
59373100--59373133	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
59390295--59390389	21	4.7	21	77	3	88	1	51	6	41	1.34
59390295--59390416	39	3.0	41	86	9	148	1	53	5	39	1.35
59390295--59390357	18	3.3	18	79	12	81	1	52	6	39	1.37
59390298--59390391	24	4.4	22	74	17	99	1	51	5	42	1.31
59390353--59390419	21	3.3	20	72	19	68	1	55	5	37	1.34
59392489--59392625	70	2.0	70	100	0	274	59	11	5	24	1.52
59392495--59392603	33	3.2	33	63	27	82	57	11	5	24	1.55
59393542--59393566	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
59393711--59393758	25	2.0	25	84	12	64	47	2	2	47	1.25
59394765--59394843	30	2.6	30	70	7	79	46	5	7	40	1.54
59395874--59395936	32	2.0	32	84	6	83	41	9	6	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59400724--59400764	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
59404767--59404811	19	2.3	20	88	7	74	51	6	11	31	1.63
59405317--59405358	6	6.5	6	86	13	57	78	2	0	19	0.86
59405317--59405358	14	3.2	12	84	15	57	78	2	0	19	0.86
59405312--59405358	20	2.4	19	89	10	76	74	2	0	23	0.93
59418832--59419005	46	3.7	46	74	15	142	27	20	29	21	1.98
59421142--59421259	27	4.4	27	72	7	96	30	22	7	38	1.82
59421149--59421254	54	2.0	54	83	3	133	32	23	8	35	1.85
59430549--59430600	25	2.1	25	100	0	104	40	28	7	23	1.82
59430815--59430868	24	2.3	25	75	12	60	31	18	5	44	1.73
59435423--59435919	108	4.9	103	80	8	511	40	14	14	31	1.85
59436230--59436403	86	2.0	87	92	2	289	31	17	13	37	1.89
59436315--59436521	96	2.1	98	76	15	223	35	14	12	37	1.83
59436607--59436981	103	3.7	98	88	7	513	29	15	14	41	1.86
59436606--59436981	99	3.7	100	89	7	498	28	15	14	41	1.86
59438788--59438829	17	2.4	17	88	4	57	66	0	4	28	1.12
59438788--59438829	6	7.2	6	81	5	50	66	0	4	28	1.12
59442092--59442242	43	3.5	42	78	8	153	26	18	24	30	1.98
59442092--59442201	44	2.5	42	76	12	116	25	20	24	30	1.99
59449817--59449841	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
59454434--59454476	21	2.0	21	100	0	86	30	23	13	32	1.93
59460437--59460476	19	2.1	19	86	9	55	57	5	5	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59466016--59466173	43	3.7	43	76	12	139	29	25	18	25	1.98
59476421--59476576	42	3.7	42	74	10	147	32	25	17	25	1.97
59477965--59478001	16	2.2	17	81	18	51	27	18	2	51	1.60
59491555--59491683	48	2.7	48	80	1	134	31	31	15	22	1.95
59496168--59496361	85	2.3	85	91	0	316	23	30	21	24	1.99
59497218--59497434	46	4.7	44	77	12	193	24	29	18	26	1.98
59499638--59499747	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
59500924--59500959	8	4.5	8	89	0	54	52	19	22	5	1.66
59511365--59511438	21	3.6	21	75	1	78	20	20	18	40	1.92
59511437--59511503	21	3.2	21	80	0	71	19	19	11	49	1.79
59511450--59511540	43	2.1	42	81	2	101	16	20	15	47	1.83
59512492--59512583	47	2.0	44	93	6	157	39	14	13	33	1.84
59522324--59522593	47	5.8	46	76	8	228	24	30	17	27	1.97
59522325--59522593	94	2.9	94	76	14	279	24	30	17	27	1.97
59537090--59537136	22	2.1	22	88	0	67	51	23	6	19	1.70
59537714--59537795	40	2.0	40	95	0	146	20	14	17	47	1.82
59548258--59548308	25	2.0	25	100	0	102	19	19	7	52	1.70
59548521--59548554	16	2.1	17	88	5	52	8	14	0	76	1.01
59548534--59548564	14	2.2	14	94	0	53	3	16	0	80	0.83
59558511--59558577	33	2.0	33	100	0	134	44	2	11	40	1.56
59558620--59558666	18	2.7	18	90	9	71	82	8	0	8	0.83
59561293--59561655	131	2.8	130	78	3	345	27	19	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59569744--59569872	50	2.5	51	88	2	197	34	15	23	26	1.94
59569848--59570058	31	6.8	31	87	0	278	28	18	26	27	1.98
59570080--59570249	47	3.6	48	84	6	186	27	15	27	30	1.96
59570074--59570291	47	4.7	48	82	7	168	29	14	25	30	1.95
59574112--59574219	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
59575790--59575930	54	2.6	53	91	4	228	17	24	23	34	1.96
59575790--59575948	27	5.9	27	82	11	184	18	24	22	34	1.96
59579735--59579761	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
59579776--59579813	18	2.2	18	85	4	51	50	2	0	47	1.15
59579783--59579830	18	2.6	18	80	9	53	50	6	0	43	1.27
59587245--59587302	9	5.8	10	78	19	50	65	0	34	0	0.93
59587479--59587602	60	2.1	60	92	3	205	33	1	12	52	1.48
59587801--59587830	15	1.9	16	93	6	53	40	0	6	53	1.27
59589856--59589949	33	2.8	33	87	4	109	13	44	13	27	1.82
59590143--59590375	78	3.1	76	84	7	319	28	7	9	54	1.59
59592042--59592294	68	3.9	64	78	10	201	24	29	16	29	1.96
59596285--59596350	23	2.9	23	90	0	105	51	36	3	9	1.49
59596496--59596554	24	2.5	24	80	17	63	28	23	0	47	1.52
59597188--59597460	92	3.0	92	90	0	411	21	24	14	39	1.91
59597188--59597461	46	6.0	46	90	0	361	21	24	14	39	1.91
59599623--59599659	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
59600153--59600278	63	2.0	63	100	0	252	31	19	1	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59601002--59601055	3	18.0	3	81	14	67	62	1	0	35	1.06
59606647--59606706	29	2.1	29	87	6	86	66	6	0	26	1.16
59611863--59611917	5	10.8	5	76	18	51	43	1	3	50	1.30
59611915--59611962	16	3.1	15	79	8	60	68	6	4	20	1.28
59612701--59612749	11	4.5	11	80	14	57	42	0	8	48	1.32
59614535--59614574	20	2.0	20	85	9	55	62	0	2	35	1.09
59617664--59617710	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
59626243--59626290	23	2.1	23	96	0	87	39	8	18	33	1.81
59626845--59626945	42	2.4	43	79	1	114	31	10	22	34	1.89
59638837--59639008	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
59638830--59639005	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
59641242--59641298	13	4.4	13	78	13	55	17	1	7	73	1.14
59641261--59641308	15	3.2	15	83	13	55	18	0	8	72	1.08
59655425--59655464	20	2.0	21	85	14	57	35	0	17	47	1.48
59658230--59658397	40	4.2	40	81	4	97	25	27	23	23	2.00
59658253--59658397	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
59659585--59659660	38	2.0	38	97	0	143	32	23	13	30	1.93
59662122--59662299	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
59662122--59662299	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
59694946--59695334	50	7.7	50	75	4	325	29	26	17	25	1.98
59694949--59695341	151	2.6	151	87	0	554	29	26	18	25	1.98
59695158--59695388	101	2.3	101	83	0	273	32	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59703248--59703628	48	7.9	48	80	4	367	27	27	17	27	1.98
59703248--59703628	96	3.9	96	89	0	546	27	27	17	27	1.98
59703248--59703628	144	2.6	145	80	6	434	27	27	17	27	1.98
59704407--59704443	18	2.1	18	94	0	65	51	5	18	24	1.67
59705598--59705658	30	2.0	30	83	0	77	42	3	24	29	1.70
59711025--59711089	28	2.3	28	89	0	94	20	44	18	16	1.87
59717025--59717397	48	7.7	48	80	4	367	27	27	17	27	1.97
59717025--59717397	96	3.9	96	88	1	523	27	27	17	27	1.97
59721829--59721861	12	2.8	12	95	0	57	33	12	18	36	1.88
59723383--59723431	24	2.0	24	96	0	89	42	10	20	26	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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