genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034487--2034537	6	8.0	6	80	10	57	76	1	1	19	0.98
2045119--2045216	31	3.2	31	94	0	160	21	27	27	23	1.99
2045584--2045653	34	2.1	34	100	0	140	35	30	2	31	1.72
2050747--2050784	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
2056365--2056432	30	2.3	30	100	0	136	26	32	29	11	1.92
2059119--2059165	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
2063492--2063652	40	4.0	40	91	0	223	21	22	29	26	1.99
2063859--2063913	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
2063897--2063992	28	3.4	28	70	5	95	19	18	30	31	1.96
2063896--2064019	56	2.2	56	98	0	239	19	17	32	30	1.95
2063925--2064019	28	3.4	28	69	5	84	18	16	33	30	1.94
2065089--2065135	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
2074857--2074937	30	2.6	30	86	3	81	28	24	13	33	1.93
2074861--2075069	32	6.6	32	85	1	278	31	22	13	32	1.92
2075943--2076184	32	7.6	32	86	3	310	32	21	13	32	1.92
2075949--2076184	96	2.5	95	89	3	350	32	21	13	32	1.92
2085764--2085820	30	1.9	30	85	0	78	10	28	35	26	1.89
2086620--2086747	4	32.0	4	100	0	256	25	0	25	50	1.50
2087027--2087083	30	1.9	30	85	0	78	12	29	33	24	1.92
2087883--2087921	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
2088915--2088975	7	9.7	6	77	10	52	75	0	3	21	0.94
2088931--2088972	22	1.9	21	90	9	66	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088935--2088975	14	3.1	14	90	10	61	78	0	0	21	0.76
2095784--2095970	72	2.6	73	82	1	214	22	17	30	29	1.97
2095784--2095995	72	2.9	72	76	8	207	24	16	29	29	1.97
2096245--2096272	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
2100660--2100686	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
2103780--2103852	31	2.4	31	88	0	101	19	30	30	20	1.97
2104878--2105121	32	7.6	32	85	2	319	32	22	13	31	1.92
2104884--2105121	96	2.5	96	88	2	361	32	21	13	31	1.92
2114350--2114583	3	75.7	3	68	12	57	58	2	9	28	1.44
2115132--2115156	13	1.9	13	100	0	50	8	56	32	4	1.47
2115689--2115734	24	2.0	24	87	12	69	10	2	43	43	1.51
2115984--2116111	42	3.1	42	88	2	186	29	21	17	31	1.96
2146341--2146396	23	2.4	23	100	0	112	35	0	0	64	0.94
2146476--2146520	22	2.0	22	82	0	54	66	2	2	28	1.15
2153356--2153414	31	2.0	29	86	6	82	40	6	1	50	1.39
2153619--2153660	21	2.0	22	90	4	68	50	30	2	16	1.58
2153626--2153699	28	2.6	28	72	8	69	47	29	4	18	1.67
2153726--2153763	13	2.8	14	88	4	51	42	28	7	21	1.81
2154023--2154071	22	2.1	24	81	7	57	51	12	8	28	1.68
2154524--2155034	228	2.3	223	86	3	704	31	15	28	24	1.95
2154859--2156578	222	7.9	202	79	13	1609	30	15	27	26	1.96
2155057--2156751	228	7.5	228	87	2	2550	30	15	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155059--2156751	450	3.8	450	94	0	3025	30	15	27	26	1.96
2160334--2160406	20	3.7	19	77	15	78	56	6	0	36	1.26
2160351--2160406	27	2.1	27	83	6	69	55	7	0	37	1.27
2160334--2160410	19	4.1	19	79	15	72	55	6	0	37	1.26
2160387--2160437	26	2.0	26	84	0	66	52	5	0	41	1.25
2162321--2162347	14	1.9	14	100	0	54	55	0	22	22	1.44
2162552--2162609	17	3.4	17	75	0	62	44	15	10	29	1.79
2163412--2163533	43	2.9	43	91	1	192	27	32	16	22	1.96
2169785--2169827	14	3.0	14	80	6	50	51	27	0	20	1.48
2170089--2170225	41	3.3	41	87	6	206	16	21	26	35	1.95
2170203--2170271	27	2.7	27	84	8	92	10	17	21	50	1.75
2170261--2170349	40	2.1	42	85	6	119	17	15	21	44	1.86
2170658--2170740	36	2.4	36	88	8	118	44	15	3	36	1.64
2171050--2171087	19	2.0	19	94	0	67	34	15	15	34	1.90
2172714--2172769	27	2.1	27	96	0	103	42	12	26	17	1.85
2185365--2185405	21	2.0	21	90	0	64	31	19	26	21	1.97
2188912--2188951	20	2.1	19	90	4	62	35	7	5	52	1.51
2192204--2192301	27	3.5	28	87	2	126	31	27	13	27	1.94
2194192--2194237	24	1.9	24	90	0	74	15	21	26	36	1.93
2197290--2197328	20	1.9	21	94	5	71	35	20	7	35	1.81
2197447--2197480	14	2.3	15	90	5	52	55	0	5	38	1.24
2198571--2198602	15	2.1	15	100	0	64	43	18	12	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201593--2201747	43	3.6	43	89	1	240	10	23	32	32	1.89
2201721--2201817	45	2.2	45	84	3	124	20	21	27	29	1.98
2207033--2207174	56	2.6	55	76	6	160	26	28	28	15	1.96
2213457--2213668	32	6.6	32	82	0	253	31	21	13	34	1.91
2219861--2220037	17	9.9	18	88	4	236	37	14	11	36	1.83
2219861--2220030	35	4.8	35	92	3	261	37	14	12	36	1.83
2219861--2220037	52	3.3	53	87	7	243	37	14	11	36	1.83
2220428--2220535	26	4.2	26	92	0	189	32	8	25	34	1.86
2222021--2222073	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
2223455--2224455	207	4.8	207	94	0	1691	28	22	18	29	1.97
2224461--2224749	84	3.4	83	85	9	395	23	22	22	31	1.99
2224512--2224738	43	5.3	43	68	16	157	24	20	22	32	1.98
2225694--2225726	14	2.4	14	90	5	50	6	12	0	81	0.85
2225698--2225745	19	2.5	19	83	10	53	4	12	2	81	0.93
2231500--2231626	18	6.9	18	90	3	184	37	15	10	36	1.82
2249042--2249085	18	2.4	18	80	0	52	50	13	2	34	1.55
2249409--2249491	36	2.4	36	83	4	107	44	15	6	33	1.71
2251491--2251546	27	2.1	27	100	0	112	41	12	28	17	1.86
2255560--2255601	20	2.0	21	90	4	68	38	19	2	40	1.64
2257236--2257437	43	4.7	43	81	6	221	32	23	16	27	1.96
2260387--2260457	30	2.4	30	83	4	81	25	11	15	47	1.78
2261652--2261681	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262579--2262603	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
2271848--2271907	19	3.5	19	65	25	60	36	20	13	30	1.90
2271763--2272047	32	8.9	32	89	0	417	35	21	12	30	1.91
2279429--2279496	13	5.4	13	75	19	56	63	1	1	33	1.13
2279468--2279571	35	2.9	35	81	9	104	60	0	7	30	1.31
2281138--2281194	20	2.8	20	94	0	96	33	21	8	36	1.84
2281155--2281193	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
2284573--2284627	20	2.7	21	72	16	53	38	3	5	52	1.42
2285300--2285382	35	2.3	36	82	12	91	43	30	1	25	1.62
2285322--2285397	14	5.2	14	69	13	55	40	34	1	23	1.63
2287392--2287542	43	3.5	43	87	3	214	33	22	16	27	1.95
2290195--2290253	29	2.0	29	83	6	75	50	6	13	28	1.67
2291596--2291637	21	2.0	20	82	13	50	35	23	19	21	1.96
2301863--2302080	32	6.8	32	80	0	238	31	20	14	33	1.92
2301905--2302080	96	1.8	96	87	0	262	30	20	14	34	1.92
2320139--2320174	18	1.9	18	88	5	54	61	25	0	13	1.33
2321301--2321340	21	1.9	21	85	10	55	37	15	7	40	1.75
2337794--2337834	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2346242--2346292	10	5.4	9	77	13	50	21	1	1	74	1.02
2346240--2346279	17	2.4	16	83	8	53	22	2	0	75	0.93
2346322--2346394	20	3.7	19	82	10	85	32	0	9	57	1.31
2346308--2346393	39	2.1	42	83	12	108	36	0	8	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2346258--2346396	20	6.7	21	72	17	78	33	0	7	58	1.25
2351931--2351970	20	2.0	20	85	9	55	72	0	15	12	1.12
2367005--2367220	107	2.0	108	94	0	380	43	5	8	42	1.58
2368449--2368490	22	2.0	20	90	9	66	38	0	0	61	0.96
2373162--2373194	8	4.1	8	96	0	57	33	0	0	66	0.92
2373639--2373667	7	4.1	7	100	0	58	44	13	0	41	1.44
2381921--2381950	6	4.8	6	95	4	51	46	3	0	50	1.18
2382526--2382575	19	2.6	19	83	3	55	44	0	2	54	1.11
2390917--2391046	68	2.0	64	86	8	181	33	9	9	48	1.67
2391662--2391695	17	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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