genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80750643--80750688	20	2.3	20	84	0	56	71	8	10	8	1.30
80751373--80751399	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
80757329--80757436	26	4.2	26	86	0	162	30	7	24	37	1.83
80761643--80761691	16	3.0	16	79	8	55	46	0	2	51	1.12
80762036--80762074	18	2.2	18	85	0	51	53	0	0	46	1.00
80772531--80772568	17	2.2	17	90	4	58	60	0	0	39	0.97
80776553--80776740	59	3.2	59	65	11	141	40	3	3	52	1.35
80776542--80776830	119	2.4	120	91	2	483	42	2	4	50	1.34
80776662--80776717	15	3.5	18	75	24	63	41	0	0	58	0.98
80776616--80776798	56	3.1	58	65	23	137	41	2	6	50	1.39
80776782--80776816	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
80776770--80777044	147	1.9	149	95	1	500	47	2	3	46	1.35
80776929--80776963	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
80777125--80777219	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
80777200--80777251	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
80790387--80790553	79	2.1	79	88	0	244	22	33	7	36	1.83
80804143--80804180	19	2.0	20	85	15	53	34	5	5	55	1.45
80805080--80805127	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
80805076--80805131	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
80805076--80805127	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
80805283--80805347	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
80805438--80805496	22	2.6	23	79	15	68	57	5	3	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80806038--80806106	30	2.3	30	97	0	129	20	4	49	26	1.67
80806798--80806847	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
80806827--80807070	73	3.3	73	82	5	292	35	20	16	27	1.94
80806827--80807050	74	3.0	72	85	4	304	33	21	16	27	1.95
80807058--80807084	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
80807106--80807213	54	2.0	55	87	1	155	38	19	12	28	1.89
80807072--80807415	128	2.7	127	85	6	462	37	20	16	25	1.93
80807292--80807468	72	2.4	72	88	0	255	32	22	15	29	1.95
80811394--80811420	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
80827431--80827469	19	2.1	18	85	4	51	41	0	10	48	1.37
80828344--80828454	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
80831128--80831335	106	2.0	106	89	3	321	36	14	14	34	1.88
80834058--80834090	9	3.3	10	91	8	50	36	0	0	63	0.95
80835914--80835942	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
80835915--80835948	15	2.3	15	89	0	50	70	0	5	23	1.09
80836708--80836740	4	8.2	4	100	0	66	27	0	24	48	1.51
80839152--80839183	2	16.5	2	93	6	57	50	50	0	0	1.00
80840052--80840126	37	2.0	37	100	0	150	44	8	21	26	1.80
80842049--80842097	16	3.0	16	76	11	55	67	0	2	30	1.02
80843423--80843459	19	2.1	18	90	10	58	37	0	8	54	1.30
80846055--80846097	19	2.2	20	88	8	63	67	0	0	32	0.91
80846047--80846091	10	4.5	11	76	18	53	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80851023--80851059	14	2.5	16	87	12	53	45	0	0	54	1.00
80851702--80851798	48	2.0	48	100	0	194	42	22	6	28	1.78
80860512--80860536	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
80861292--80861330	16	2.5	16	95	4	71	46	5	12	35	1.65
80869338--80869369	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
80869577--80869696	47	2.5	49	79	5	136	40	4	14	40	1.65
80873202--80873247	18	2.6	17	76	6	56	45	0	4	50	1.21
80873536--80873631	43	2.2	44	88	3	142	41	3	11	43	1.56
80885091--80885130	15	2.6	15	84	4	53	30	2	0	67	1.04
80889644--80889676	15	2.1	16	94	5	59	33	6	0	60	1.21
80890079--80890122	21	2.3	18	84	11	52	20	6	9	63	1.46
80891030--80891143	60	1.9	59	94	1	201	34	14	6	45	1.69
80896314--80896361	24	2.0	24	87	0	69	22	18	8	50	1.74
80903918--80903970	25	2.1	25	83	13	65	35	3	1	58	1.27
80904029--80904059	16	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
80907840--80907902	13	4.8	13	74	18	58	47	22	0	30	1.51
80912877--80913091	107	2.0	107	97	0	403	43	14	9	31	1.78
80913330--80913357	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
80916415--80916557	67	2.1	69	80	7	159	56	2	3	37	1.28
80916496--80916555	21	3.2	17	74	21	57	63	0	1	35	1.05
80922155--80922202	5	9.6	5	82	17	64	39	0	0	60	0.97
80922154--80922195	13	3.3	13	93	6	77	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80923923--80924061	45	2.9	49	78	11	144	19	20	18	41	1.91
80923946--80924050	45	2.3	45	90	0	156	19	20	19	41	1.90
80924224--80924523	18	16.3	18	73	8	192	36	11	14	38	1.82
80924483--80924522	17	2.3	17	86	4	53	35	10	17	37	1.83
80925160--80925294	59	2.3	60	76	12	145	22	16	18	42	1.89
80926951--80927128	3	58.3	3	75	10	94	32	9	1	56	1.41
80927307--80927348	22	1.9	22	85	9	59	23	9	7	59	1.53
80927303--80927372	25	2.6	27	75	6	72	24	8	4	62	1.42
80927325--80927407	40	2.1	40	84	8	107	26	9	1	62	1.33
80927453--80927589	3	43.0	3	76	16	93	33	1	4	60	1.25
80927606--80927672	7	9.3	7	74	11	55	29	1	2	65	1.16
80929136--80929243	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
80933158--80933196	20	2.0	20	84	0	51	30	5	2	61	1.31
80933214--80933336	26	4.8	26	82	4	144	30	3	5	60	1.35
80933214--80933331	53	2.3	50	82	8	148	30	3	5	60	1.37
80933281--80933374	49	1.9	49	80	8	111	29	5	3	61	1.33
80933469--80933542	26	2.8	26	79	4	78	35	8	1	55	1.38
80935167--80935222	21	2.6	22	78	13	55	53	5	5	35	1.47
80935267--80935306	18	2.2	19	86	4	55	60	5	0	35	1.19
80935267--80935312	13	3.2	14	82	11	58	58	6	0	34	1.24
80935406--80935449	19	2.4	19	88	7	65	61	2	0	36	1.09
80935810--80935842	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80935810--80935843	14	2.4	14	95	5	59	70	0	0	29	0.87
80936405--80936439	16	2.2	16	89	0	52	11	0	2	85	0.69
80937638--80937672	18	1.9	18	88	0	52	45	8	8	37	1.65
80940206--80940250	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
80942402--80942485	26	3.2	26	91	0	132	32	4	26	36	1.77
80945355--80945463	13	7.6	14	68	24	50	50	0	1	46	1.18
80945407--80945443	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
80945451--80945510	22	2.8	22	85	5	70	51	0	0	48	1.00
80946125--80946197	31	2.4	31	83	4	94	32	8	10	47	1.68
80954772--80954803	17	1.9	16	93	6	55	84	0	3	12	0.74
80961429--80961575	75	2.0	75	91	2	244	44	14	17	23	1.86
80972239--80972297	29	2.0	29	96	0	109	42	16	1	38	1.59
80980097--80980137	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
80983851--80983886	17	2.1	17	100	0	72	36	11	5	47	1.63
80984771--80984805	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
80988250--80988314	22	2.7	25	77	22	77	58	7	4	29	1.46
80988327--80988402	11	6.5	11	75	14	62	52	3	3	39	1.38
80988288--80988411	13	9.9	13	70	20	52	54	5	3	36	1.40
80993660--80993722	28	2.2	28	85	0	81	31	30	6	31	1.83
80994216--80994301	44	2.0	43	86	8	122	45	24	8	22	1.79
80997590--80997671	26	3.2	26	91	0	128	32	6	23	37	1.79
80999284--80999449	27	6.2	26	81	7	179	18	22	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80999284--80999449	54	3.1	54	89	1	244	18	22	22	36	1.95
81001743--81001825	24	3.7	23	66	12	64	46	22	10	19	1.80
81001738--81001822	44	1.9	44	87	0	125	45	22	10	21	1.82
81002066--81002152	40	2.1	41	85	2	113	65	9	2	22	1.33
81003931--81003964	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
81004088--81004149	30	2.1	29	93	3	106	58	14	3	24	1.51
81004319--81004352	17	2.0	17	94	0	59	23	32	11	32	1.91
81008362--81008467	21	5.0	21	74	4	79	18	21	16	43	1.88
81016627--81016668	21	2.0	21	90	4	66	0	28	0	71	0.86
81016639--81016675	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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