genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394023--2394076	22	2.7	22	78	18	64	37	0	0	62	0.95
2394025--2394087	13	4.4	14	78	20	51	33	0	0	66	0.92
2394033--2394087	13	4.6	12	77	20	53	32	0	0	67	0.91
2394437--2394481	19	2.4	19	92	0	72	15	6	26	51	1.68
2398803--2398878	40	1.9	40	83	5	100	65	7	3	22	1.35
2407430--2407494	10	6.5	10	75	15	55	30	1	3	64	1.18
2407694--2407723	14	2.1	14	93	0	51	50	20	0	30	1.49
2408005--2408040	15	2.4	15	90	0	54	38	13	19	27	1.90
2410641--2410674	12	2.8	12	86	0	50	64	0	11	23	1.26
2411606--2411668	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
2411635--2411664	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
2412172--2412204	9	3.9	9	84	15	52	0	9	0	90	0.44
2412172--2412202	16	1.9	16	100	0	62	0	9	0	90	0.46
2412230--2412408	96	1.9	97	90	1	288	31	27	17	23	1.97
2413131--2413181	18	2.9	17	85	5	59	78	0	1	19	0.85
2413134--2413181	11	4.2	11	77	17	53	79	0	2	18	0.84
2418634--2418667	12	2.8	12	86	0	50	64	0	11	23	1.26
2419594--2419656	28	2.3	26	76	10	63	52	11	0	36	1.37
2425621--2425666	18	2.6	17	83	10	56	26	2	4	67	1.21
2425908--2425945	17	2.3	16	90	4	58	36	0	5	57	1.21
2425939--2425976	19	2.0	19	94	0	67	31	13	5	50	1.63
2426050--2426094	13	3.6	12	81	6	54	31	2	11	55	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426050--2426099	23	2.1	25	81	7	59	30	4	10	56	1.51
2426443--2426494	21	2.5	21	75	12	52	26	3	5	63	1.34
2429026--2429052	14	1.9	14	100	0	54	37	11	29	22	1.89
2429325--2429353	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
2429379--2429432	18	3.1	18	72	5	56	44	0	3	51	1.19
2432354--2432407	22	2.7	21	78	18	62	37	0	0	62	0.95
2432356--2432417	13	4.4	14	78	21	51	33	0	0	66	0.92
2433736--2433793	19	3.3	19	65	30	56	53	1	3	41	1.28
2433729--2433796	33	2.1	33	100	0	136	54	2	2	39	1.31
2439407--2439436	5	5.8	5	96	4	51	83	0	0	16	0.65
2445364--2445481	31	3.8	31	90	0	182	26	18	27	27	1.98
2445511--2445758	49	5.3	46	83	6	155	28	12	27	31	1.93
2445546--2445757	49	4.5	49	87	5	264	29	13	26	30	1.94
2445687--2445801	42	2.7	42	86	6	162	32	13	26	28	1.93
2448367--2448417	14	3.5	14	82	10	66	60	1	29	7	1.36
2448367--2448426	30	2.0	30	93	0	102	63	3	25	8	1.38
2448532--2448567	10	3.6	10	88	11	56	61	0	27	11	1.30
2450298--2450334	19	2.0	19	89	5	58	43	5	2	48	1.40
2451104--2451143	20	2.0	20	90	0	62	65	2	0	32	1.06
2451361--2451414	20	2.8	19	75	8	56	38	0	3	57	1.17
2451426--2451476	23	2.3	22	80	12	59	35	0	3	60	1.15
2454138--2454249	17	6.4	18	73	13	90	43	12	15	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454150--2454212	16	3.8	16	81	6	63	49	11	12	26	1.74
2454115--2454250	17	7.9	17	71	11	80	41	11	13	33	1.80
2454115--2454255	18	8.3	16	70	17	72	40	10	13	35	1.79
2454199--2454285	19	4.7	19	71	13	74	34	12	12	40	1.81
2454155--2454296	36	4.1	35	76	11	114	39	11	11	36	1.79
2454876--2454929	10	5.2	10	80	14	56	0	22	0	77	0.76
2454874--2454926	14	3.8	13	85	14	63	0	20	0	79	0.74
2455480--2455580	30	3.4	29	72	11	80	46	1	21	29	1.62
2455495--2455596	30	3.4	30	82	2	125	45	3	21	29	1.70
2455592--2455626	14	2.4	15	90	4	54	25	0	2	71	1.00
2455868--2456183	54	5.9	54	92	4	509	37	18	16	28	1.92
2455868--2456183	107	3.0	106	91	4	505	37	18	16	28	1.92
2456270--2456302	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
2456263--2456310	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
2456298--2456462	87	1.9	87	82	7	210	35	18	20	26	1.95
2456381--2456758	73	5.2	73	91	3	606	35	17	17	29	1.93
2456385--2456758	72	5.2	72	91	3	594	35	17	17	30	1.93
2456385--2456758	145	2.6	145	92	3	621	35	17	17	30	1.93
2456633--2457433	145	6.0	125	83	9	423	35	17	15	30	1.92
2456758--2457311	72	7.7	72	93	2	909	34	18	16	31	1.92
2456758--2458209	145	9.8	144	72	13	909	34	17	16	30	1.92
2456758--2457311	217	2.6	217	94	2	947	34	18	16	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2457188--2457433	123	2.0	126	87	4	365	37	17	14	30	1.90
2457315--2457655	72	4.8	72	90	2	510	36	17	15	30	1.91
2457529--2458599	123	8.0	126	83	9	629	35	18	15	29	1.92
2457655--2458209	72	7.7	72	93	2	884	34	18	16	30	1.93
2458544--2458775	122	1.9	126	85	4	328	33	23	14	28	1.94
2464794--2464905	17	6.4	18	73	13	90	43	12	15	28	1.83
2464806--2464868	16	3.8	16	81	6	63	49	11	12	26	1.74
2464771--2464906	17	7.9	17	71	11	80	41	11	13	33	1.80
2464771--2464911	18	8.3	16	70	17	72	40	10	13	35	1.79
2464855--2464940	18	4.8	18	72	13	70	34	12	12	39	1.82
2464802--2464940	53	2.7	53	77	6	124	41	11	12	34	1.80
2465517--2465543	11	2.5	11	100	0	54	22	7	0	70	1.12
2465541--2465594	10	5.2	10	80	14	56	0	22	0	77	0.76
2465539--2465591	14	3.8	13	85	14	63	0	20	0	79	0.74
2466145--2466245	30	3.4	29	72	11	80	46	1	21	29	1.62
2466160--2466261	30	3.4	30	82	2	125	45	3	21	29	1.70
2466257--2466291	14	2.4	15	90	4	54	28	0	2	68	1.04
2466674--2466706	15	2.1	16	88	5	50	72	0	9	18	1.10
2467674--2467711	19	2.0	19	94	0	67	26	2	21	50	1.62
2468021--2468317	114	2.6	113	81	6	348	36	11	18	34	1.86
2474763--2474788	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
2477824--2477903	29	2.6	30	86	5	99	32	1	12	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477823--2477914	29	3.1	29	82	7	87	32	1	11	54	1.44
2480498--2480542	19	2.3	20	85	11	58	55	8	0	35	1.31
2481957--2482043	45	1.9	46	81	6	106	54	3	4	37	1.38
2492682--2492911	118	1.9	118	91	0	379	30	30	16	22	1.96
2493693--2493808	42	2.8	42	87	0	160	25	13	32	27	1.94
2493915--2493966	7	7.9	7	85	14	67	76	0	1	21	0.87
2493906--2493967	27	2.4	26	86	7	92	77	0	1	20	0.85
2498382--2498413	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
2514225--2514269	20	2.2	21	88	4	65	48	8	2	40	1.47
2517991--2518027	6	6.2	6	93	0	65	0	62	0	37	0.96
2518181--2518226	6	7.7	6	100	0	92	32	67	0	0	0.91
2528405--2528486	15	4.9	15	72	24	58	26	0	3	69	1.05
2528439--2528490	23	2.3	23	87	9	72	25	0	3	71	1.03
2529009--2529060	14	3.6	14	80	12	61	78	0	5	15	0.92
2542052--2542445	136	2.9	136	79	7	442	36	8	9	45	1.67
2550938--2550988	23	2.2	23	92	0	93	29	31	19	19	1.97
2553237--2553284	20	2.3	21	76	16	55	54	10	8	27	1.63
2555890--2556208	137	2.3	138	83	6	398	37	7	10	44	1.68
2556532--2556570	20	1.9	21	89	5	62	43	2	0	53	1.14
2556930--2556979	20	2.6	20	90	6	77	52	6	0	42	1.26
2557076--2557149	38	2.1	37	85	10	100	50	9	9	31	1.67
2562561--2562642	41	2.0	41	97	0	155	32	13	14	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570562--2570597	18	2.0	18	88	0	54	25	5	2	66	1.27
2572944--2572985	18	2.3	18	80	8	50	61	2	7	28	1.35
2573323--2573370	21	2.4	19	78	21	53	60	6	0	33	1.22
2573404--2573475	32	2.4	30	83	6	92	56	4	2	36	1.33
2573406--2573481	30	2.5	29	76	18	82	56	5	2	35	1.36
2573401--2573480	26	2.9	27	77	18	83	57	5	2	35	1.34
2573539--2573564	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2574955--2575028	37	2.0	36	89	2	112	13	2	47	36	1.57
2575736--2575901	37	4.5	37	98	0	305	25	19	17	37	1.94
2575865--2576231	52	7.2	52	85	7	470	28	22	14	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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