genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72985221--72985258	18	2.1	18	85	9	51	60	5	5	28	1.40
72986221--72986246	12	2.2	12	100	0	52	80	0	19	0	0.71
72993634--72993731	42	2.3	42	84	5	135	27	1	15	56	1.46
72993634--72993773	42	3.3	42	80	4	122	27	0	14	57	1.42
72995039--72995073	18	1.9	18	94	0	61	74	0	25	0	0.82
72997129--72997311	46	4.0	46	96	0	303	39	13	24	22	1.90
72997143--72997364	46	4.7	46	90	3	275	40	14	23	21	1.89
72999878--72999949	20	3.7	20	75	19	71	51	2	1	44	1.24
73004996--73005042	22	2.1	22	92	0	76	38	0	21	40	1.53
73004996--73005049	22	2.3	24	84	6	67	37	0	22	40	1.54
73014711--73014749	20	2.0	20	94	0	69	5	10	10	74	1.21
73019371--73019478	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
73023074--73023100	12	2.2	12	100	0	54	0	33	0	66	0.92
73023172--73023198	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
73023161--73023199	13	2.9	13	82	17	53	58	0	2	38	1.12
73029623--73029648	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
73032074--73032126	23	2.3	23	84	9	65	35	18	24	20	1.95
73032137--73032188	24	2.2	24	83	13	63	32	19	26	21	1.97
73035458--73035611	77	2.0	78	90	1	247	26	29	22	22	1.99
73035456--73035614	39	4.1	39	87	3	232	26	30	22	21	1.99
73036545--73036623	34	2.3	34	80	0	86	37	16	6	39	1.74
73043746--73044037	29	10.3	29	86	4	416	34	13	28	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73043880--73043928	23	2.1	23	96	0	89	36	10	28	24	1.88
73043746--73044015	110	2.4	110	87	3	378	34	13	28	23	1.92
73043776--73044037	139	1.9	139	91	1	436	34	12	29	23	1.92
73044030--73044193	33	5.0	33	84	1	213	33	10	21	33	1.89
73044030--73044189	65	2.4	65	86	1	230	33	10	22	33	1.87
73044031--73044235	98	2.1	99	77	4	227	35	13	22	28	1.92
73050991--73051051	24	2.5	25	89	2	88	47	6	18	27	1.73
73053248--73053299	14	3.7	14	78	0	50	59	3	11	25	1.49
73058968--73059062	46	2.1	46	100	0	190	41	23	10	25	1.86
73061542--73061593	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
73061536--73061593	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
73061620--73061650	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
73063391--73063432	18	2.3	18	91	0	66	16	28	9	45	1.79
73063866--73064166	54	5.3	54	69	18	207	42	2	8	46	1.48
73064018--73064203	61	3.2	60	70	20	174	43	2	7	46	1.46
73063817--73064200	116	3.3	116	93	0	626	40	3	8	47	1.50
73067222--73067504	126	2.3	125	91	0	458	26	20	19	33	1.97
73067581--73067610	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47
73067585--73067790	96	2.1	96	82	7	256	41	17	1	38	1.59
73067780--73067817	16	2.4	16	91	8	60	57	23	0	18	1.40
73069609--73069658	19	2.7	18	78	6	55	44	2	8	46	1.44
73070096--73070165	32	2.3	32	82	7	83	42	5	7	44	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73075328--73075368	18	2.3	19	80	16	52	75	7	14	2	1.12
73076284--73076629	45	7.6	45	80	6	293	27	23	18	29	1.98
73076310--73076563	134	1.9	135	89	0	393	27	26	18	27	1.98
73081722--73081746	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73083890--73084092	46	4.4	46	97	0	370	39	13	24	22	1.90
73084056--73084122	30	2.2	30	94	0	116	40	14	23	20	1.90
73084010--73084168	76	2.1	76	98	0	309	40	13	23	22	1.89
73084086--73084328	46	5.3	46	85	2	301	41	15	22	19	1.89
73083890--73084323	122	3.3	130	83	10	481	41	14	23	20	1.89
73084086--73084323	91	2.6	92	84	5	286	42	15	22	19	1.89
73083891--73084346	137	3.4	137	82	10	406	41	14	22	20	1.89
73084609--73084641	17	2.0	17	88	5	50	51	0	12	36	1.39
73085377--73085556	12	14.8	12	68	15	50	64	2	6	26	1.30
73085426--73085785	3	120.0	3	66	12	96	62	3	7	26	1.39
73085417--73085479	34	2.0	31	81	12	74	65	1	6	26	1.26
73090379--73090510	66	2.0	66	96	0	246	41	18	13	25	1.88
73092004--73092059	29	2.0	29	82	3	69	44	5	1	48	1.36
73092295--73092339	17	2.6	18	82	7	56	71	2	0	26	0.98
73097853--73097903	26	1.9	26	84	4	66	25	1	1	70	1.08
73100059--73100141	28	2.9	27	75	18	71	59	2	3	34	1.28
73100102--73100150	9	5.6	9	83	7	57	63	0	0	36	0.95
73100102--73100154	19	3.0	19	73	15	60	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73100102--73100150	8	5.6	8	83	11	53	63	0	0	36	0.95
73100950--73100974	13	1.9	13	100	0	50	12	16	8	64	1.49
73105526--73105576	21	2.4	21	83	3	57	62	11	0	25	1.29
73112488--73112565	22	3.6	22	70	14	56	71	5	20	2	1.17
73112494--73112548	15	3.7	15	76	13	51	69	5	23	1	1.19
73114896--73114934	17	2.3	18	82	13	55	48	0	10	41	1.37
73123873--73123899	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
73125875--73125904	2	15.5	2	93	6	53	0	50	0	50	1.00
73129266--73129309	20	2.3	20	84	7	56	31	2	11	54	1.48
73130215--73130289	36	2.1	35	80	9	80	26	13	13	46	1.80
73132096--73132146	23	2.2	23	96	0	93	11	35	3	49	1.58
73138699--73138823	31	4.1	31	69	3	101	26	12	15	46	1.80
73138689--73138890	91	2.2	91	79	6	221	29	12	13	45	1.80
73146909--73146938	15	1.9	15	93	6	51	26	0	0	73	0.84
73147982--73148255	46	6.0	46	92	0	413	22	25	14	37	1.93
73150357--73150393	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
73156524--73156607	42	2.0	42	100	0	168	23	16	33	26	1.96
73156981--73157027	21	2.2	22	81	11	53	78	8	12	0	0.95
73157496--73157563	8	8.8	8	76	9	52	80	4	0	14	0.85
73157531--73157579	18	2.6	19	87	3	64	83	0	6	10	0.80
73157504--73157579	19	4.1	18	80	11	73	80	2	3	13	0.96
73157496--73157563	27	2.5	27	83	4	93	80	4	0	14	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73157496--73157578	31	2.6	31	80	18	82	79	3	3	13	1.00
73158763--73159192	44	9.8	44	69	13	170	29	22	22	25	1.99
73158667--73159482	176	4.6	177	90	0	1253	30	21	21	25	1.98
73158667--73159482	351	2.3	351	90	1	1238	30	21	21	25	1.98
73159291--73159394	43	2.4	43	83	6	120	31	23	18	26	1.97
73161094--73161140	19	2.3	20	89	7	69	14	2	6	76	1.08
73164792--73164833	21	2.0	21	81	9	50	42	7	4	45	1.52
73165330--73165368	17	2.3	17	86	8	53	23	0	7	69	1.14
73169675--73169708	17	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
73181278--73181328	15	3.4	15	88	0	57	33	3	1	60	1.26
73181287--73181328	15	2.8	15	92	0	66	35	2	0	61	1.09
73182718--73182749	4	7.8	4	93	6	55	0	21	0	78	0.76
73183318--73183365	17	2.6	18	83	12	62	31	0	14	54	1.41
73183332--73183364	17	1.9	17	100	0	66	24	0	21	54	1.45
73184772--73184806	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
73184938--73184987	17	3.1	16	80	16	59	64	0	10	26	1.25
73184907--73185021	43	2.6	42	81	14	135	60	0	8	29	1.32
73184908--73185062	14	10.8	14	72	24	87	61	1	7	28	1.34
73184944--73185076	29	4.5	30	71	11	103	62	2	7	27	1.34
73186353--73186552	97	2.1	97	96	2	370	43	4	12	40	1.62
73186661--73186705	23	2.0	24	86	8	67	42	11	11	35	1.76
73188670--73188696	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73190526--73190584	29	2.0	29	96	0	109	45	22	15	16	1.84
73196822--73196854	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
73196977--73197039	30	2.1	30	88	11	94	57	9	3	30	1.46
73197069--73197111	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
73197076--73197117	11	3.8	11	80	0	57	54	9	14	21	1.68
73200984--73201286	3	100.7	3	70	6	130	32	8	1	58	1.38
73201203--73201298	12	7.8	12	69	9	50	31	10	1	57	1.39
73201279--73201312	15	2.2	16	90	10	54	20	5	5	67	1.33
73201312--73201418	8	13.0	8	70	16	51	21	4	2	71	1.18
73213001--73213209	44	4.8	43	73	11	133	30	20	21	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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