genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  88  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26891711--26891905	38	5.1	37	86	3	237	20	19	23	37	1.94
26891711--26891905	76	2.6	76	86	0	282	20	19	23	37	1.94
26897037--26897069	15	2.1	16	94	5	59	30	24	15	30	1.95
26899066--26899214	42	3.5	42	78	9	149	28	20	24	26	1.99
26904798--26904837	17	2.4	17	95	0	71	47	20	5	27	1.70
26908653--26908692	8	5.0	8	84	0	53	50	22	22	5	1.68
26912875--26912920	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
26912913--26913091	60	3.0	61	80	11	185	27	19	25	27	1.99
26912949--26913054	28	3.7	27	73	21	81	26	18	28	26	1.98
26913670--26913703	17	2.0	17	94	0	59	41	14	11	32	1.82
26918384--26918509	56	2.2	56	82	0	162	34	24	12	27	1.92
26919645--26919673	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
26922132--26922316	40	4.7	40	83	7	209	23	21	28	27	1.99
26922187--26922349	79	2.1	79	83	6	206	25	20	28	25	1.99
26937595--26937770	27	6.6	27	82	6	187	30	28	15	26	1.96
26937616--26937769	81	1.9	80	88	6	231	29	28	15	25	1.96
26937595--26937769	53	3.3	53	80	10	196	30	28	15	25	1.96
26945690--26945867	27	6.6	27	83	6	198	30	28	15	26	1.96
26946350--26946376	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
26951064--26951089	12	2.2	12	100	0	52	34	15	26	23	1.94
26959587--26959759	93	1.9	93	91	0	283	28	28	20	22	1.99
26959580--26959755	46	3.8	46	79	12	198	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26959631--26959774	46	3.1	46	72	21	129	29	27	19	23	1.98
26970110--26970152	10	4.2	10	82	5	50	0	13	6	79	0.93
26970110--26970152	21	2.1	20	83	12	52	0	13	6	79	0.93
26972790--26972827	20	1.9	20	84	10	51	26	31	10	31	1.90
26982249--26982503	127	2.0	127	100	0	510	32	24	10	31	1.90
26982729--26982788	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
26982743--26982805	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
26985562--26985657	49	2.0	49	97	0	183	40	14	15	29	1.87
27001721--27001808	44	2.0	44	84	0	113	29	29	17	23	1.97
27003725--27003955	40	5.8	40	88	1	295	22	27	25	25	2.00
27007534--27007570	18	2.1	18	89	0	56	10	0	16	72	1.10
27009592--27009742	43	3.5	44	81	4	182	27	14	25	32	1.95
27012467--27012496	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
27012685--27013040	183	2.0	181	90	1	559	20	13	10	55	1.68
27016173--27017149	47	20.6	47	93	2	1639	33	8	29	29	1.87
27016173--27017149	190	5.1	190	94	0	1688	33	8	29	29	1.87
27016999--27017074	22	3.3	22	64	10	62	30	10	31	27	1.90
27018603--27019125	40	13.1	40	91	0	762	21	21	30	26	1.98
27018650--27018717	23	3.2	23	60	23	58	20	23	32	23	1.98
27019134--27019160	8	3.4	8	100	0	54	22	25	29	22	1.99
27020278--27020421	47	3.1	47	89	0	216	31	9	31	26	1.89
27022798--27022841	18	2.4	18	100	0	88	34	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27022798--27022841	9	4.9	9	77	0	52	34	11	22	31	1.90
27028600--27028813	27	8.0	28	84	9	268	40	17	14	27	1.89
27028598--27028815	81	2.7	80	86	4	298	40	17	14	27	1.89
27028805--27029122	27	11.9	26	84	7	365	16	20	21	41	1.91
27028778--27028948	81	2.1	82	77	5	177	22	18	20	39	1.93
27031342--27031373	17	1.9	16	93	6	55	78	3	0	18	0.89
27035381--27035594	27	8.0	27	84	4	245	41	20	7	31	1.79
27035390--27035594	54	3.8	54	89	1	288	41	20	6	31	1.78
27035390--27035647	81	3.2	79	81	7	261	41	20	7	30	1.80
27035390--27035647	54	4.8	54	83	4	254	41	20	7	30	1.80
27035390--27035703	27	11.7	27	80	2	224	40	20	7	31	1.81
27035690--27035905	27	8.0	27	84	2	256	36	18	20	25	1.95
27035687--27035910	81	2.8	80	84	4	297	36	18	19	25	1.94
27035687--27035909	54	4.1	54	85	1	295	36	18	19	25	1.95
27036264--27036323	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
27036442--27036514	6	11.8	6	78	16	78	17	20	15	46	1.84
27036445--27036509	25	2.6	25	95	0	112	16	21	16	44	1.86
27036442--27036514	25	2.6	28	79	18	89	17	20	15	46	1.84
27039060--27039113	24	2.3	23	78	6	54	72	1	20	5	1.14
27039077--27039143	28	2.4	28	83	11	84	68	0	25	5	1.12
27047551--27047604	22	2.5	22	78	3	56	18	29	31	20	1.96
27052043--27052119	38	2.0	38	100	0	154	25	18	11	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27054175--27054239	32	2.0	32	96	0	121	21	7	10	60	1.55
27057726--27057949	40	5.7	40	84	6	262	26	26	21	25	2.00
27070729--27070768	21	1.9	21	89	0	62	35	0	25	40	1.56
27076030--27076054	11	2.3	11	100	0	50	16	0	16	68	1.22
27080616--27080669	13	4.2	13	97	2	101	31	0	24	44	1.54
27083184--27083208	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
27083921--27084129	47	4.5	47	74	8	155	30	19	28	22	1.98
27084018--27084129	48	2.3	47	83	7	136	33	18	27	20	1.96
27083931--27084297	198	1.9	198	89	0	581	29	19	27	23	1.98
27085665--27085735	16	4.4	16	78	0	79	35	7	28	29	1.83
27085721--27085809	44	2.0	46	86	8	130	32	6	23	37	1.81
27090114--27090317	55	3.8	55	72	3	155	21	25	17	36	1.95
27097229--27097294	21	3.1	21	82	6	71	39	4	0	56	1.20
27104525--27104674	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
27104549--27104732	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
27115590--27115632	21	2.0	21	82	8	52	60	4	0	34	1.17
27117502--27117587	43	2.0	43	84	8	113	27	29	18	24	1.98
27119837--27120005	35	4.8	35	80	0	185	28	9	20	41	1.83
27119837--27120005	70	2.4	69	84	5	207	28	9	20	41	1.83
27124754--27124834	27	3.0	26	85	5	90	35	22	23	18	1.95
27125283--27125346	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
27125326--27125655	27	12.3	27	87	0	428	25	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27125639--27125818	27	6.7	27	77	9	172	31	9	18	40	1.83
27125343--27125736	54	7.3	52	83	6	355	27	17	18	37	1.93
27125614--27125818	80	2.6	79	81	7	200	31	10	18	40	1.84
27125639--27125818	53	3.4	54	79	5	195	31	9	18	40	1.83
27127516--27127608	39	2.4	39	94	0	159	23	30	21	24	1.99
27131269--27131309	20	2.0	20	95	0	73	39	29	17	14	1.89
27131367--27131407	20	2.0	20	95	0	73	41	26	14	17	1.88
27131247--27131485	98	2.4	98	91	0	379	33	27	19	19	1.96
27131842--27132145	27	11.3	27	86	1	331	25	20	18	36	1.94
27132129--27132306	27	6.7	27	73	12	118	29	8	21	40	1.83
27134464--27134544	27	3.0	26	82	5	81	35	22	24	17	1.95
27134566--27134804	98	2.4	98	88	0	343	32	28	20	19	1.97
27135162--27135383	27	8.2	27	87	4	286	25	19	17	36	1.94
27135162--27135410	81	3.1	81	84	2	259	26	18	17	37	1.93
27135178--27135410	54	4.3	54	81	9	253	26	17	18	37	1.93
27135367--27135546	27	6.7	27	77	11	158	30	10	19	40	1.84
27135379--27135553	53	3.3	54	81	9	173	31	10	18	39	1.85
27140016--27140224	35	6.0	35	79	0	220	27	10	21	41	1.85
27140016--27140219	105	1.9	104	83	5	259	28	9	20	41	1.83
27152789--27153063	48	5.8	48	87	1	374	25	18	29	26	1.98
27161046--27161369	48	6.8	48	92	0	506	24	17	30	27	1.98
27164974--27165124	27	5.6	27	81	4	169	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27164975--27165124	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	29	1.96
27164974--27165124	55	2.8	53	81	4	167	27	15	28	29	1.96
27165056--27165135	27	2.9	27	84	1	70	26	15	28	30	1.96
27173080--27173257	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27173081--27173236	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27173077--27173257	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27173162--27173268	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
27174641--27174686	22	2.0	23	91	8	76	10	30	28	30	1.91
27177559--27177731	93	1.9	93	91	0	283	27	28	22	21	1.99
27177552--27177727	46	3.8	46	77	10	178	28	28	22	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255