genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72167484--72167680	69	2.8	69	85	6	243	32	14	23	28	1.94
72167484--72167680	36	5.6	35	72	11	136	32	14	23	28	1.94
72169372--72169424	22	2.4	22	96	0	97	26	15	16	41	1.88
72175476--72175573	42	2.3	42	87	0	142	23	34	24	17	1.96
72176633--72176673	20	2.0	21	90	4	66	75	0	24	0	0.80
72176634--72176680	21	2.2	21	85	7	60	74	2	21	2	1.03
72176706--72176788	40	2.1	40	100	0	166	28	12	13	45	1.79
72178589--72178816	46	5.0	46	90	1	305	38	14	24	23	1.91
72190593--72190638	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
72190600--72190644	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
72207288--72207335	21	2.3	20	82	10	60	43	0	2	54	1.12
72209335--72209505	43	4.0	43	74	8	168	25	16	25	32	1.97
72212571--72212711	48	3.0	46	84	6	174	45	2	3	48	1.31
72212607--72212641	15	2.4	15	90	4	54	48	0	0	51	1.00
72214478--72214516	18	2.2	18	90	0	60	12	15	30	41	1.85
72221281--72221307	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
72222399--72223109	355	2.0	355	99	0	1395	40	19	10	30	1.84
72223269--72223452	99	1.9	99	85	0	260	34	28	12	24	1.92
72223260--72223464	99	2.1	98	80	3	230	35	25	11	27	1.91
72224657--72224774	10	11.7	10	84	13	72	66	0	0	33	0.98
72224657--72224748	5	19.0	5	90	9	147	61	0	0	38	0.96
72224650--72224763	15	7.1	15	74	19	81	64	0	0	34	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72227621--72227647	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
72230166--72230200	11	3.1	11	91	4	52	20	8	8	62	1.49
72236736--72236799	32	2.0	32	93	0	110	35	6	18	39	1.76
72247378--72247428	21	2.3	23	70	12	54	43	39	5	11	1.66
72248628--72248680	3	17.3	3	77	11	54	33	3	1	60	1.26
72259869--72259905	17	2.1	17	90	5	56	43	0	0	56	0.99
72259910--72259975	20	3.3	20	76	4	62	37	0	6	56	1.24
72259908--72259952	19	2.4	18	82	7	54	44	0	2	53	1.13
72259944--72259981	19	2.0	19	90	10	60	28	0	7	63	1.23
72260047--72260354	152	2.0	155	92	2	523	35	18	6	39	1.77
72280377--72280440	24	2.7	24	87	0	83	37	4	9	48	1.56
72284169--72284221	24	2.2	24	83	6	63	35	5	13	45	1.67
72285661--72285721	30	2.1	30	81	3	70	37	16	16	29	1.91
72294857--72294899	15	2.8	16	79	10	54	2	27	0	69	1.00
72296727--72296771	6	7.8	6	90	9	67	26	0	2	71	0.98
72297633--72297662	15	1.9	16	93	6	53	16	23	6	53	1.66
72297755--72297785	8	3.9	8	100	0	62	90	0	9	0	0.46
72300369--72300451	25	3.3	25	68	0	85	18	18	27	36	1.94
72300333--72300480	50	3.0	50	90	2	208	18	18	26	35	1.95
72302998--72303067	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
72302226--72304322	877	2.4	877	85	4	2730	38	16	13	31	1.87
72304719--72304765	15	3.3	14	82	11	60	29	19	19	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72304762--72304831	13	5.2	13	69	6	50	25	11	27	35	1.90
72304747--72304878	41	3.2	41	93	2	210	28	15	22	32	1.95
72304874--72305051	24	7.5	24	71	9	105	35	14	17	32	1.89
72304880--72305051	47	3.7	47	77	9	147	36	13	18	32	1.89
72305033--72305228	58	3.4	58	79	9	195	38	10	17	33	1.85
72305069--72305252	58	3.2	58	86	0	251	38	9	17	34	1.83
72305243--72305277	18	1.9	18	94	0	61	37	11	20	31	1.88
72307788--72307827	22	1.9	21	90	10	64	65	5	0	30	1.14
72308436--72308473	19	2.1	19	85	9	53	36	0	2	60	1.11
72308676--72308717	22	1.9	22	85	0	57	26	2	9	61	1.39
72309396--72309512	53	2.2	53	96	1	218	51	11	5	31	1.61
72314484--72314508	3	8.3	3	100	0	50	36	64	0	0	0.94
72326893--72326980	30	2.9	30	76	14	83	26	3	4	65	1.27
72326897--72326990	48	2.0	48	80	4	109	26	3	5	64	1.30
72327108--72327252	43	3.5	43	78	11	167	24	20	28	25	1.99
72328794--72328833	21	1.9	21	90	10	64	17	15	20	47	1.83
72330253--72330305	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
72331773--72331878	25	4.2	26	87	3	162	36	27	4	31	1.77
72331780--72331878	51	1.9	51	93	4	173	37	27	4	31	1.75
72337318--72337370	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
72338857--72338938	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
72345831--72346059	114	2.0	114	99	0	449	30	13	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72346778--72346817	19	2.0	20	85	4	55	45	5	7	42	1.54
72348797--72348845	24	2.0	24	92	4	80	53	8	14	24	1.68
72349440--72349527	44	2.0	44	97	0	167	34	17	14	34	1.90
72349968--72350060	43	2.2	43	84	5	125	5	21	20	52	1.66
72358796--72358905	45	2.5	44	77	4	105	24	24	12	38	1.90
72360490--72360571	42	1.9	42	87	7	121	50	3	21	24	1.65
72363840--72363913	36	2.1	36	97	0	139	31	17	4	47	1.66
72365188--72365257	12	6.2	12	73	14	60	2	18	2	75	1.05
72365224--72365263	21	1.9	21	85	10	55	5	15	0	80	0.88
72371770--72371923	70	2.2	70	83	6	188	44	16	7	30	1.76
72371817--72371931	35	3.3	36	81	6	137	44	18	6	30	1.76
72378871--72378895	8	3.1	8	100	0	50	52	24	0	24	1.48
72379093--72379246	35	4.4	35	72	12	104	44	20	7	27	1.79
72382223--72382292	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
72382212--72382314	33	3.0	33	74	9	82	45	0	4	48	1.30
72383540--72383566	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
72383546--72383649	45	2.3	45	90	3	156	23	17	17	42	1.89
72386944--72386981	19	2.0	19	100	0	76	36	5	15	42	1.70
72387060--72387172	29	3.9	30	75	4	88	38	21	15	23	1.92
72394242--72394299	28	2.1	28	96	0	107	31	17	8	43	1.79
72396615--72396687	26	2.8	26	77	4	76	28	16	12	42	1.84
72396835--72396884	6	8.3	6	84	0	55	18	22	2	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72396835--72396884	12	4.2	12	81	0	64	18	22	2	58	1.49
72396835--72396884	24	2.1	24	88	0	73	18	22	2	58	1.49
72398861--72398924	27	2.4	27	84	5	67	20	28	18	32	1.96
72398876--72398936	27	2.3	27	85	0	77	21	24	18	36	1.95
72399142--72399231	44	2.1	43	82	2	108	23	23	11	42	1.86
72399987--72400031	18	2.5	19	82	10	58	35	0	4	60	1.17
72406280--72406317	17	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
72406773--72406828	26	2.1	28	83	6	71	30	3	0	66	1.09
72407444--72407483	5	7.8	5	84	15	55	20	0	2	77	0.88
72407444--72407474	14	2.1	14	94	5	53	19	0	0	80	0.71
72408653--72408701	21	2.4	21	82	3	64	67	0	4	28	1.09
72411352--72411417	28	2.3	29	87	5	100	57	3	1	37	1.23
72424101--72424143	22	1.9	23	85	4	61	48	0	0	51	1.00
72424719--72424776	31	1.9	31	92	3	100	34	10	8	46	1.69
72433726--72433817	47	2.0	47	91	0	148	29	15	15	40	1.87
72433786--72433933	52	2.7	53	83	10	167	32	11	10	45	1.74
72434723--72434778	22	2.6	22	82	2	60	37	3	14	44	1.62
72437704--72437745	23	1.9	21	85	9	57	35	0	11	52	1.38
72444198--72444268	22	3.3	22	82	3	74	14	11	43	30	1.80
72448617--72448711	48	2.0	48	91	0	154	30	23	18	27	1.98
72448688--72448732	21	2.1	22	91	4	74	28	15	22	33	1.95
72448638--72448776	69	2.0	70	92	1	235	28	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72448617--72448828	117	1.8	117	91	0	352	28	24	20	27	1.99
72448710--72448876	48	3.5	48	93	0	282	27	23	20	28	1.99
72455066--72455205	48	2.9	48	92	0	235	25	20	26	27	1.99
72457323--72457358	18	2.0	18	94	0	63	19	27	19	33	1.96
72464284--72464443	3	53.3	3	75	11	114	60	3	6	30	1.39
72468975--72469082	26	4.2	26	95	0	189	36	25	6	32	1.81
72470435--72470467	6	5.5	6	96	0	57	15	18	12	54	1.71
72476830--72476856	14	1.9	14	100	0	54	14	11	0	74	1.08
72480922--72480982	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
72483070--72483388	46	7.0	46	89	2	457	21	22	13	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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