genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  26  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7075217--7075388	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
7075210--7075385	46	3.8	46	77	12	198	28	28	21	21	1.98
7075259--7075397	47	3.0	46	74	16	135	29	28	19	23	1.98
7079954--7079986	11	2.8	12	81	9	50	60	0	6	33	1.21
7080714--7080745	16	2.0	16	93	0	55	34	25	9	31	1.87
7081363--7081392	13	2.2	14	94	5	53	73	6	13	6	1.24
7081688--7081963	136	2.0	135	92	2	464	38	14	17	29	1.90
7095207--7095251	19	2.4	19	85	10	58	64	2	0	33	1.06
7095276--7095344	33	2.1	33	94	0	120	59	2	14	23	1.49
7098220--7098268	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
7100794--7101183	174	2.3	173	92	4	641	58	9	7	25	1.55
7103999--7104070	36	1.9	36	83	8	90	33	6	4	55	1.46
7104148--7104333	60	3.1	60	95	1	331	37	8	1	52	1.41
7106054--7106099	13	3.5	13	81	0	65	30	13	17	39	1.87
7106047--7106099	26	2.0	26	100	0	106	35	11	15	37	1.83
7108306--7108335	15	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
7109629--7109708	36	2.2	36	97	2	151	31	2	20	46	1.64
7110004--7110037	17	2.0	17	88	0	50	47	0	23	29	1.52
7122145--7122320	89	2.0	89	80	2	201	36	16	10	36	1.83
7122334--7122391	21	2.8	21	97	0	107	37	10	13	37	1.79
7122401--7122662	90	2.9	88	82	6	287	34	10	18	36	1.85
7122953--7122990	16	2.4	16	86	8	51	55	2	2	39	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7123340--7123628	67	4.3	67	70	1	220	33	23	17	25	1.96
7125391--7125430	19	2.1	19	95	0	71	25	5	10	60	1.49
7125538--7125575	16	2.4	16	86	8	51	55	2	2	39	1.28
7125925--7126213	67	4.3	67	70	2	204	33	23	17	24	1.97
7133983--7134069	44	2.0	44	100	0	174	36	11	2	49	1.52
7136743--7136773	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
7140103--7140437	159	2.0	159	87	5	472	24	20	14	41	1.88
7141170--7141197	11	2.5	11	100	0	56	60	7	7	25	1.48
7142167--7142218	26	2.0	27	81	11	63	19	17	9	53	1.70
7142342--7142394	26	2.0	28	88	7	83	15	24	11	49	1.77
7146302--7146373	36	2.0	36	89	5	110	41	6	5	45	1.54
7149212--7149279	28	2.4	28	76	11	66	17	2	29	50	1.61
7153453--7153494	20	2.1	20	95	0	75	30	19	16	33	1.94
7156068--7156166	26	3.8	25	79	12	110	8	0	32	59	1.26
7156070--7156166	25	3.7	26	82	11	126	7	0	31	60	1.24
7156074--7156143	28	2.3	31	88	11	110	5	0	28	65	1.15
7156297--7156391	26	3.6	25	82	13	100	63	28	0	8	1.24
7156280--7156357	24	3.2	24	75	12	70	57	28	1	12	1.43
7156323--7156388	30	2.2	30	94	5	116	63	30	0	6	1.18
7164145--7165552	703	2.0	703	99	0	2753	30	16	22	30	1.96
7165525--7165571	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
7169870--7170623	46	16.4	46	62	20	173	27	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7169762--7170737	134	7.1	134	83	8	1200	27	19	22	30	1.98
7170073--7170458	95	4.0	95	91	2	630	29	18	22	30	1.97
7170153--7170318	50	3.4	50	68	17	150	30	16	24	28	1.96
7173610--7173870	40	6.6	40	87	4	343	26	22	26	23	2.00
7176134--7176176	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
7181726--7181976	40	6.3	40	88	5	341	26	21	26	25	2.00
7184437--7184482	19	2.4	19	100	0	92	34	8	0	56	1.30
7189079--7189170	47	2.0	46	83	10	116	31	3	4	60	1.32
7189007--7189313	134	2.3	131	83	5	411	31	3	5	58	1.38
7188986--7189422	3	144.7	3	68	18	148	30	4	4	59	1.39
7189474--7189546	3	24.3	3	70	10	51	30	5	1	63	1.26
7192186--7192235	12	4.5	11	76	19	50	78	2	0	20	0.86
7192184--7192219	14	2.6	14	91	4	56	75	2	0	22	0.94
7192187--7192232	22	2.0	23	87	12	67	76	2	0	21	0.90
7192195--7192235	21	2.0	20	90	9	66	78	0	0	21	0.76
7192834--7192955	3	40.0	3	69	12	61	31	5	4	58	1.43
7193388--7193443	30	2.0	27	86	10	76	35	5	3	55	1.40
7196895--7196927	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
7197223--7197484	92	2.9	92	89	0	382	20	23	13	41	1.88
7197213--7197484	46	5.9	46	88	1	341	20	23	14	41	1.89
7201959--7202013	23	2.4	23	75	6	58	41	0	0	58	0.98
7201970--7202022	19	2.8	19	78	16	56	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7202388--7202429	19	2.1	21	82	8	52	47	2	2	47	1.28
7213198--7214236	132	7.9	133	85	5	1258	28	26	18	27	1.98
7213955--7214234	45	6.3	44	64	14	130	30	24	17	28	1.97
7220077--7220116	20	2.0	20	95	0	71	32	25	32	10	1.89
7228345--7228400	30	2.0	27	86	10	76	35	5	3	55	1.40
7233730--7233791	30	2.0	31	90	3	99	29	3	9	58	1.46
7238459--7238495	7	5.3	7	100	0	74	56	0	0	43	0.99
7241875--7241938	5	13.0	5	75	20	55	18	1	0	79	0.81
7241881--7241930	20	2.6	20	84	6	68	18	2	0	80	0.82
7242896--7243108	118	1.8	118	93	0	372	22	17	30	29	1.97
7243239--7243286	18	2.7	18	80	9	53	79	0	4	16	0.89
7243251--7243303	17	3.2	16	86	2	61	81	0	9	9	0.89
7243261--7243304	17	2.6	17	89	3	63	79	0	13	6	0.92
7248207--7248278	25	3.0	25	86	6	87	37	16	23	22	1.94
7248420--7248456	2	19.0	2	84	15	51	48	2	0	48	1.15
7251519--7251746	50	4.5	50	92	0	366	37	15	21	25	1.93
7251755--7251830	31	2.5	31	86	0	107	27	23	25	23	2.00
7251788--7251876	46	1.9	46	84	4	117	28	22	22	26	1.99
7251726--7251900	77	2.3	77	91	0	278	27	20	24	27	1.99
7251834--7251892	31	1.9	31	85	0	82	27	15	27	30	1.96
7251831--7251900	31	2.3	30	78	7	77	27	18	24	30	1.98
7257844--7257906	31	2.0	31	100	0	126	46	6	12	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7272830--7273232	62	7.0	61	69	19	285	32	15	18	33	1.93
7276220--7276291	21	3.3	21	79	13	58	51	4	15	29	1.62
7276259--7276303	21	2.1	21	91	0	72	42	4	20	33	1.72
7276407--7276488	26	3.0	26	86	12	112	64	0	13	21	1.28
7276360--7276477	49	2.4	51	80	9	122	61	0	13	24	1.38
7276407--7276523	53	2.2	53	83	8	141	60	0	11	26	1.37
7276386--7276521	27	5.1	26	80	8	141	60	0	12	26	1.37
7276588--7276675	42	2.0	44	81	12	103	63	0	12	23	1.28
7276687--7276780	5	17.6	5	72	16	57	58	1	20	20	1.45
7276722--7276760	16	2.4	16	91	0	60	56	2	20	20	1.54
7276731--7276764	16	2.1	16	100	0	68	58	0	17	23	1.38
7276735--7276770	16	2.3	15	90	4	54	61	0	16	22	1.35
7276883--7276962	11	7.3	11	73	5	63	22	20	0	57	1.41
7276884--7276967	16	5.1	16	78	4	78	25	19	0	55	1.42
7276879--7276923	21	2.1	21	83	0	54	20	13	0	66	1.24
7276884--7276962	5	14.6	5	73	15	59	22	20	0	56	1.42
7276955--7277042	22	4.0	21	71	7	59	28	7	1	62	1.30
7277125--7277231	27	4.0	27	82	6	128	28	14	0	57	1.44
7277121--7277233	54	2.1	54	86	6	158	28	13	0	57	1.42
7277196--7277307	48	2.3	49	81	7	129	25	15	1	57	1.48
7277164--7277304	27	5.5	25	71	17	103	24	15	1	58	1.46
7277273--7277371	44	2.3	44	84	8	141	25	17	2	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7280392--7280825	109	4.0	107	82	2	501	33	18	16	31	1.93
7280428--7280825	217	1.8	216	85	1	555	33	18	17	30	1.94
7280757--7280879	55	2.3	55	90	2	187	34	21	15	28	1.94
7281329--7281375	18	2.4	21	83	13	57	42	2	0	55	1.12
7281329--7281370	20	2.0	21	86	13	61	40	2	0	57	1.12
7283755--7283829	18	4.3	18	88	11	120	36	9	16	38	1.80
7283764--7283830	33	2.0	33	100	0	134	37	8	14	38	1.78
7287202--7287231	14	2.1	14	93	0	51	43	6	0	50	1.28
7290509--7290585	6	12.3	6	80	15	61	81	0	14	3	0.82
7290509--7290585	7	11.1	7	83	10	79	81	0	14	3	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255