genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21611631--21611765	49	2.8	47	83	8	139	25	29	17	27	1.97
21619223--21619308	24	3.5	24	76	3	82	29	26	17	26	1.98
21619174--21619308	49	2.8	47	82	8	130	25	28	17	28	1.97
21621851--21622028	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21621872--21622027	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21629810--21629987	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21629831--21629986	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21637361--21637456	28	3.4	28	89	1	129	26	13	28	32	1.94
21649150--21649256	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
21649404--21649547	50	2.9	48	86	8	191	30	26	6	36	1.83
21649404--21649594	100	1.9	96	85	7	258	29	26	8	36	1.86
21649558--21649629	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
21649462--21649658	47	4.1	47	86	3	225	27	27	9	35	1.87
21652754--21653024	40	6.8	40	91	0	409	24	27	22	25	2.00
21652754--21653017	119	2.2	120	90	0	413	24	27	23	24	2.00
21654290--21654402	37	3.1	37	93	0	190	27	30	19	23	1.98
21654579--21654613	15	2.3	15	95	0	61	40	20	0	40	1.52
21654548--21654747	50	4.0	52	79	11	195	29	25	8	36	1.86
21654704--21654775	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
21654608--21654804	47	4.1	47	85	3	216	27	27	9	35	1.87
21658246--21658311	33	2.0	33	82	8	80	31	22	19	25	1.98
21660007--21660041	17	2.0	18	94	5	63	22	42	22	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21665878--21665928	22	2.3	22	82	0	57	41	19	21	17	1.91
21666133--21666197	22	3.0	22	71	13	62	32	21	24	21	1.98
21666339--21666461	41	3.0	40	82	4	149	29	27	20	22	1.98
21666721--21666833	27	4.1	27	72	15	79	35	14	13	37	1.85
21666795--21666881	27	3.2	27	80	0	93	33	9	17	40	1.81
21666867--21666918	27	1.9	27	84	0	68	34	11	19	34	1.88
21666944--21666979	18	1.9	19	88	5	56	25	2	27	44	1.68
21666963--21667024	26	2.3	27	91	5	108	30	6	22	40	1.79
21667021--21667124	27	3.9	27	87	0	136	29	21	17	31	1.96
21670282--21670404	41	3.0	41	91	0	183	26	29	22	21	1.99
21670663--21670922	27	9.6	27	75	10	172	30	9	19	40	1.84
21670909--21670948	18	2.2	18	95	0	71	30	2	22	45	1.66
21670917--21670992	25	3.0	25	84	9	91	28	5	21	44	1.73
21670989--21671092	27	3.9	27	87	2	138	29	22	15	32	1.94
21674026--21674087	22	2.8	23	85	7	83	30	20	25	22	1.98
21674234--21674354	41	3.0	41	87	2	154	28	27	20	23	1.99
21674603--21674753	27	5.6	27	81	3	153	30	7	19	42	1.79
21674603--21674744	54	2.6	54	84	2	169	30	7	19	42	1.79
21674603--21674798	81	2.4	81	82	3	207	30	8	19	41	1.81
21674603--21674798	54	3.6	53	78	5	162	30	8	19	41	1.81
21674593--21674798	27	7.6	27	78	2	137	32	8	18	39	1.82
21674808--21674876	25	2.6	26	81	9	86	30	7	18	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21674871--21674967	27	3.6	27	84	0	113	29	18	16	35	1.93
21678769--21678928	40	4.0	40	84	3	198	29	26	22	21	1.99
21680470--21680522	23	2.5	21	85	11	56	11	20	5	62	1.49
21680467--21680513	23	2.0	23	100	0	94	12	21	8	57	1.62
21688246--21688698	47	9.6	47	92	1	710	29	29	8	32	1.86
21690340--21690435	40	2.4	40	89	3	140	34	26	15	23	1.95
21700552--21700725	46	3.8	45	76	9	172	30	27	18	22	1.98
21700560--21700730	93	1.8	93	91	2	281	29	27	19	22	1.98
21701149--21701208	30	2.0	30	83	0	75	33	25	5	36	1.78
21708067--21708241	46	3.8	45	77	7	181	29	28	20	22	1.98
21708075--21708245	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
21708665--21708724	30	2.0	30	86	0	84	31	25	3	40	1.72
21710531--21710656	47	2.7	44	80	13	139	21	27	20	30	1.98
21712215--21712284	24	3.0	23	72	16	65	31	15	24	28	1.96
21715764--21715961	43	4.6	43	91	0	315	31	32	24	12	1.92
21715954--21716028	38	2.0	38	91	0	123	32	26	20	21	1.97
21720198--21720322	43	2.9	42	91	4	196	29	32	24	13	1.93
21729589--21729663	29	2.6	29	91	2	125	24	13	28	34	1.93
21747416--21747849	45	9.8	43	76	15	345	30	12	30	26	1.93
21747404--21747849	87	5.0	88	76	15	379	30	12	30	26	1.93
21747417--21747844	133	3.2	134	73	14	413	30	13	30	25	1.93
21747823--21747913	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21748048--21748141	37	2.6	37	96	1	172	24	19	30	25	1.98
21749332--21749723	40	9.8	40	91	0	613	26	21	26	26	1.99
21753700--21754184	47	10.1	47	86	5	637	31	12	29	26	1.93
21753700--21754184	98	5.0	94	89	3	646	31	12	29	26	1.93
21753700--21754184	145	3.3	145	89	3	708	31	12	29	26	1.93
21753919--21753994	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
21754158--21754248	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
21759366--21759422	18	3.4	16	77	17	55	17	3	1	77	1.00
21759378--21759464	12	7.5	11	77	13	63	18	5	1	74	1.07
21759387--21759464	5	14.8	5	73	21	54	17	5	1	75	1.05
21759378--21759444	6	10.8	6	77	6	62	16	5	1	76	1.06
21762908--21762968	29	2.1	28	87	3	86	29	14	29	26	1.95
21762915--21763031	29	4.0	29	78	4	119	27	14	30	27	1.95
21765121--21765152	15	2.1	15	94	0	55	43	6	12	37	1.68
21765294--21765354	29	2.1	29	100	0	122	29	13	6	50	1.66
21776413--21776482	25	2.8	24	77	10	61	54	0	4	41	1.20
21776429--21776483	17	3.3	17	76	19	53	52	0	5	41	1.24
21782978--21783032	26	2.1	26	100	0	110	12	16	29	41	1.85
21787181--21787244	30	2.2	29	88	2	92	26	17	20	35	1.94
21788808--21788975	40	4.2	40	80	8	130	27	27	20	24	1.99
21788845--21789028	40	4.6	40	80	7	187	27	27	21	23	1.99
21796727--21796894	40	4.2	40	82	8	139	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796764--21796947	40	4.6	40	81	7	196	27	27	21	23	1.99
21796727--21796947	80	2.8	79	78	12	220	26	27	21	24	1.99
21805134--21805297	39	4.2	39	93	0	274	24	23	29	23	1.99
21807468--21807509	21	2.0	21	100	0	84	19	9	19	52	1.72
21813476--21813538	30	2.1	30	84	3	81	31	22	7	38	1.83
21822974--21823025	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
21822955--21823094	67	2.1	68	87	2	201	19	29	21	30	1.97
21823062--21823121	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
21823845--21823955	48	2.3	48	90	3	179	27	30	18	24	1.97
21838174--21838432	40	6.5	40	91	3	371	23	22	28	25	1.99
21840568--21840689	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
21840540--21842371	47	38.6	47	91	4	2477	28	29	9	33	1.88
21840540--21842371	96	19.3	94	91	3	2477	28	29	9	33	1.88
21841809--21841891	38	2.2	38	100	0	166	26	31	12	30	1.92
21843637--21843815	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.85
21846278--21846362	27	3.2	26	83	5	98	16	25	22	35	1.95
21849959--21850057	29	3.5	29	77	4	112	30	12	28	29	1.93
21849959--21850081	57	2.2	57	88	1	176	27	13	29	29	1.94
21849980--21850075	28	3.4	28	81	2	120	29	14	29	27	1.95
21869346--21869426	27	3.0	27	96	0	153	8	18	9	62	1.51
21869351--21869422	14	5.3	14	65	18	53	6	18	9	65	1.44
21872450--21872511	14	4.6	14	77	16	53	37	1	0	61	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21872442--21872475	16	2.0	18	88	11	54	29	2	0	67	1.05
21872460--21872508	27	1.9	26	88	12	75	36	2	0	61	1.08
21874366--21874422	25	2.3	25	75	0	60	22	22	14	40	1.90
21883166--21883384	60	3.7	60	81	3	237	30	18	13	37	1.90
21885946--21886159	46	4.6	46	81	10	265	28	28	21	21	1.99
21886584--21886642	30	2.0	30	89	0	91	28	25	8	37	1.85
21891390--21891439	25	2.0	25	84	0	64	34	22	16	28	1.95
21891476--21891542	20	3.3	20	87	0	98	34	10	20	34	1.87
21891592--21891734	24	6.0	24	84	4	173	30	23	20	26	1.98
21891591--21891713	47	2.6	47	85	1	174	31	22	18	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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