genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76628058--76628229	93	1.8	93	93	0	299	26	30	22	19	1.98
76628050--76628225	46	3.8	46	81	10	214	27	30	22	19	1.98
76628101--76628244	46	3.1	45	74	11	139	29	29	20	20	1.98
76631431--76631551	64	1.9	64	85	0	170	33	17	19	29	1.94
76636916--76637012	48	2.0	48	97	0	185	28	20	15	35	1.93
76642814--76643212	131	3.0	132	79	3	354	36	17	18	28	1.93
76645296--76645342	19	2.6	17	78	15	51	10	14	51	23	1.74
76646643--76646683	13	3.1	13	92	3	64	19	4	0	75	0.98
76647530--76647582	20	2.7	19	77	5	54	18	7	5	67	1.35
76648608--76649070	255	1.8	256	91	0	775	31	13	17	38	1.88
76650793--76650839	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
76652249--76652360	27	4.2	26	83	7	125	16	23	22	37	1.94
76654798--76654872	30	2.5	30	82	4	89	16	24	32	28	1.96
76654848--76654952	30	3.5	30	70	5	79	19	24	32	23	1.97
76658479--76658518	15	2.6	15	92	4	62	70	5	0	25	1.08
76660255--76660322	28	2.4	29	82	7	86	29	30	13	26	1.94
76664011--76664085	28	2.6	29	85	8	100	29	30	13	26	1.94
76664011--76664097	29	3.0	30	80	14	103	27	32	14	25	1.95
76677362--76677457	45	2.1	45	84	0	120	44	15	14	25	1.84
76682169--76682194	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
76692848--76692889	22	2.0	21	85	4	57	28	2	2	66	1.16
76700474--76700653	19	9.9	19	84	10	243	37	11	15	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76700474--76700653	35	5.0	35	91	3	261	37	11	15	35	1.83
76701139--76701196	17	3.6	16	77	17	66	34	1	0	63	1.04
76701132--76701197	17	3.9	17	69	25	50	36	1	0	62	1.05
76706060--76706116	9	5.5	11	85	10	52	85	3	7	3	0.80
76706042--76706117	29	2.8	27	79	16	86	82	3	9	3	0.91
76706049--76706109	10	5.5	11	79	11	54	86	3	6	3	0.76
76706078--76706117	9	4.1	10	90	9	57	92	0	7	0	0.38
76706078--76706109	1	32.0	1	93	0	55	96	0	3	0	0.20
76706081--76706142	7	7.8	9	80	12	50	82	0	17	0	0.67
76707003--76707554	206	2.7	205	86	2	773	31	17	21	29	1.96
76713413--76713457	23	2.0	23	82	8	56	15	4	2	77	1.02
76720167--76720214	20	2.5	19	83	16	71	25	4	4	66	1.27
76721893--76721971	6	13.3	6	91	1	97	15	6	1	77	1.03
76728006--76728074	29	2.5	28	83	9	79	55	1	7	36	1.37
76728036--76728075	9	4.4	9	81	12	55	57	0	2	40	1.12
76728180--76728260	10	8.3	10	80	10	69	59	0	2	38	1.11
76728178--76728245	31	2.4	28	82	9	84	60	0	1	38	1.06
76728496--76728582	19	4.6	19	68	19	58	40	2	2	55	1.25
76729509--76729825	128	2.5	128	83	0	366	35	18	17	28	1.93
76734995--76735043	25	1.9	25	84	12	64	30	4	12	53	1.57
76736155--76736199	23	2.0	23	90	0	72	51	0	2	46	1.13
76736153--76736262	36	3.2	32	73	20	89	47	2	1	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76736157--76736206	23	2.2	23	81	0	55	54	4	2	40	1.31
76736464--76736525	29	2.1	28	85	11	81	30	0	12	56	1.37
76736462--76736525	31	2.1	29	88	5	92	31	0	12	56	1.37
76737806--76737843	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
76737820--76737844	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
76737869--76737895	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
76745744--76745922	73	2.5	72	90	4	279	45	10	6	38	1.63
76749190--76749222	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76752119--76752176	6	9.8	6	84	3	82	81	1	3	13	0.91
76752120--76752175	17	3.2	17	89	2	76	80	1	3	14	0.93
76752139--76752184	23	2.0	23	91	0	74	76	0	10	13	1.03
76754330--76754364	15	2.3	15	90	0	52	8	31	28	31	1.87
76757548--76757580	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76762766--76762824	20	2.9	19	75	9	55	3	35	0	61	1.13
76763029--76763104	14	5.8	12	75	14	62	14	9	2	73	1.18
76763060--76763116	23	2.5	23	83	8	80	14	7	5	73	1.21
76765284--76765500	39	5.5	39	82	1	272	28	18	25	27	1.98
76765284--76765500	78	2.8	78	88	0	308	28	18	25	27	1.98
76773050--76773266	39	5.5	39	83	1	263	28	18	25	28	1.98
76773050--76773266	78	2.8	78	86	0	290	28	18	25	28	1.98
76775045--76775093	20	2.5	20	96	0	89	34	32	12	20	1.90
76781239--76781319	27	3.1	26	78	8	76	43	11	14	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76783756--76783799	23	1.9	23	85	0	61	47	4	6	40	1.50
76786128--76786205	17	4.4	17	70	20	70	43	1	3	51	1.28
76786184--76786298	62	1.9	62	87	5	173	41	2	5	50	1.38
76786524--76786557	15	2.2	15	89	5	50	0	29	0	70	0.87
76792780--76793012	73	3.2	73	88	0	340	60	3	8	27	1.43
76793860--76793909	22	2.3	22	85	0	64	22	4	10	64	1.41
76794218--76794259	7	6.4	7	86	10	54	23	0	2	73	0.94
76794215--76794270	21	2.7	21	81	15	71	23	0	3	73	0.99
76796801--76796856	15	3.8	15	81	13	71	28	17	1	51	1.56
76797601--76797633	17	1.9	17	100	0	66	36	15	0	48	1.45
76797605--76797644	17	2.4	17	87	4	55	45	12	2	40	1.56
76797854--76797892	17	2.5	15	83	8	51	41	0	0	58	0.98
76801357--76801397	22	1.9	21	85	5	55	65	0	4	29	1.13
76804034--76804069	18	2.0	18	94	0	63	38	8	16	36	1.79
76806165--76806205	12	3.3	13	83	6	50	58	7	14	19	1.59
76809563--76809650	37	2.4	37	80	0	104	25	9	23	42	1.83
76821405--76821911	254	2.0	254	92	0	834	40	16	18	24	1.90
76823503--76825224	614	2.8	609	84	5	2246	35	14	16	33	1.90
76828091--76828284	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
76828163--76828238	22	3.3	22	66	28	59	30	11	31	26	1.92
76828242--76828550	48	6.4	48	92	1	503	34	9	26	28	1.88
76828197--76828690	96	5.0	96	86	9	656	34	9	27	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76828488--76828612	62	2.0	62	95	0	223	32	10	28	28	1.90
76828440--76828660	110	2.0	110	99	0	433	32	9	28	28	1.89
76828550--76828690	48	2.9	48	97	0	264	33	9	29	28	1.88
76828399--76828690	158	1.8	158	97	0	548	33	9	28	28	1.88
76828837--76828945	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
76829827--76829874	20	2.6	19	87	12	73	22	14	4	58	1.54
76829828--76829866	20	2.0	20	100	0	78	25	17	5	51	1.66
76830333--76830374	21	2.0	21	85	0	57	59	0	2	38	1.10
76830762--76830792	15	2.1	15	100	0	62	19	35	19	25	1.95
76831948--76832022	36	2.2	34	81	11	84	52	5	10	32	1.59
76842223--76842328	49	2.2	49	84	3	133	32	29	16	22	1.95
76849196--76849225	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
76849414--76849661	50	5.0	49	78	5	257	29	25	18	25	1.98
76849475--76849656	101	1.8	101	88	0	283	29	24	19	26	1.98
76853107--76853141	5	7.4	5	87	12	56	42	0	0	57	0.99
76853097--76853140	13	3.5	13	79	14	56	38	0	0	61	0.96
76853096--76853141	18	2.6	18	92	0	74	39	0	0	60	0.97
76853107--76853152	23	2.0	23	82	0	56	50	0	2	47	1.13
76853141--76853194	17	3.2	16	80	12	56	74	1	11	12	1.16
76855166--76855232	31	2.2	31	86	0	89	22	17	17	41	1.90
76855302--76855398	43	2.3	43	75	8	101	25	32	18	22	1.97
76855528--76855581	6	8.7	6	76	15	56	74	3	1	20	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76855528--76855605	31	2.5	31	82	15	90	70	2	2	24	1.12
76858598--76858652	2	27.5	2	84	0	74	50	41	0	7	1.30
76858598--76858650	12	4.4	12	92	0	88	50	41	0	7	1.30
76860924--76860952	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
76861739--76861768	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
76862044--76862075	7	4.6	7	100	0	64	40	46	0	12	1.42
76862044--76862083	21	1.9	21	90	10	64	37	47	0	15	1.45
76862149--76862189	14	2.7	15	88	7	57	39	39	0	21	1.54
76862533--76862573	15	2.9	14	82	7	55	48	26	2	21	1.63
76862700--76862812	38	2.7	44	74	17	130	18	0	30	51	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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