genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22958709--22958777	30	2.3	30	89	0	111	24	27	28	18	1.98
22960240--22960321	27	3.0	27	75	3	92	35	28	12	24	1.91
22960196--22960321	55	2.3	57	86	4	168	32	26	12	28	1.93
22960219--22960307	28	3.2	28	74	3	90	31	26	14	26	1.95
22960240--22960323	28	3.0	28	77	1	98	35	27	11	25	1.91
22963115--22963170	18	3.1	18	75	10	69	39	16	21	23	1.92
22963489--22963602	27	4.2	27	74	8	90	21	20	19	38	1.93
22963557--22963639	27	3.1	26	82	6	78	27	16	19	36	1.93
22966708--22966766	18	3.3	18	74	9	57	38	15	22	23	1.92
22967098--22967213	27	4.3	26	81	6	117	20	18	18	42	1.90
22970194--22970250	18	3.2	17	80	7	69	42	17	17	22	1.89
22970597--22970699	27	3.8	28	84	7	126	21	17	21	39	1.92
22970608--22970710	27	3.8	27	84	5	127	24	17	20	37	1.93
22975018--22975194	38	4.7	38	94	0	291	31	25	22	20	1.98
22984676--22984944	48	5.6	48	83	0	322	25	17	30	26	1.98
22984667--22984972	144	2.1	144	78	4	321	26	18	28	26	1.98
22988851--22988891	12	3.7	12	75	18	52	51	19	0	29	1.47
22988849--22988892	21	2.1	21	100	0	88	52	18	0	29	1.46
22989124--22989395	40	6.8	40	85	4	352	25	27	22	24	1.99
22989104--22989391	120	2.4	120	92	0	470	26	28	21	23	1.99
22994399--22994583	40	4.6	39	81	5	185	23	22	27	26	2.00
22994399--22994581	79	2.3	81	81	7	205	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22994452--22994615	79	2.1	78	80	7	181	25	21	26	26	1.99
23003947--23004214	40	6.7	40	92	2	441	25	27	22	24	2.00
23003914--23004214	120	2.5	118	90	4	480	25	27	22	24	2.00
23012022--23012289	40	6.7	40	93	2	459	25	27	22	24	2.00
23011989--23012289	120	2.5	118	91	4	489	24	26	22	25	2.00
23013418--23013528	47	2.3	49	90	7	174	17	21	10	50	1.76
23026277--23026323	24	2.0	24	86	0	67	68	2	12	17	1.31
23045294--23045555	130	2.0	130	96	0	488	15	26	19	37	1.92
23052194--23052331	40	3.5	40	85	4	174	24	26	23	25	2.00
23060304--23060509	40	5.2	40	89	1	308	27	27	21	23	1.99
23069889--23069933	20	2.4	19	82	10	56	11	24	35	28	1.90
23069898--23069949	20	2.6	20	96	0	95	13	28	34	23	1.92
23071934--23071963	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
23072163--23072456	50	5.8	50	79	5	279	32	24	16	26	1.96
23072216--23072405	101	1.9	101	88	0	290	31	24	18	25	1.98
23072167--23072452	151	1.9	150	87	2	392	32	25	16	25	1.96
23076777--23076996	41	5.3	41	91	4	327	19	20	24	35	1.96
23076777--23077005	84	2.8	81	88	5	325	19	19	24	36	1.95
23085344--23085427	41	2.0	41	97	0	159	28	29	13	28	1.94
23091015--23091077	30	2.1	30	96	0	117	26	14	9	49	1.74
23091438--23091465	11	2.5	11	100	0	56	57	10	0	32	1.33
23103571--23103659	43	2.1	43	100	0	178	26	8	16	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23103578--23103649	24	3.2	24	63	25	66	29	8	18	44	1.78
23106953--23107324	185	2.0	187	88	3	554	35	14	24	25	1.94
23110134--23110275	61	2.3	61	81	4	169	39	6	11	42	1.67
23110973--23111032	16	3.5	17	74	19	54	41	5	1	51	1.33
23110964--23111032	34	2.1	33	86	8	95	43	4	1	50	1.30
23111180--23111213	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
23112238--23112270	5	6.4	5	93	6	57	39	0	0	60	0.97
23112703--23112736	14	2.4	14	80	0	50	73	0	5	20	1.04
23113582--23113611	11	2.6	12	89	10	53	33	0	0	66	0.92
23119621--23119654	4	8.8	4	93	6	61	76	0	0	23	0.79
23122649--23122701	21	2.3	23	78	15	56	47	3	0	49	1.19
23122665--23122693	12	2.4	12	100	0	58	37	0	0	62	0.96
23122813--23122870	10	6.0	10	75	15	59	29	3	1	65	1.19
23122834--23122867	9	3.7	9	84	7	50	29	0	0	70	0.87
23129020--23129066	25	1.9	24	86	4	67	21	29	8	40	1.83
23133288--23133385	44	2.3	43	80	8	101	30	21	17	30	1.96
23136504--23136749	49	4.9	50	82	2	307	26	18	26	28	1.98
23142960--23143008	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
23147984--23148023	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
23153716--23153746	14	2.2	14	94	0	53	54	0	0	45	0.99
23162526--23162565	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
23165954--23166111	42	3.7	43	77	13	134	24	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23169447--23169495	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
23170044--23170100	27	2.1	27	96	0	105	31	12	5	50	1.62
23176607--23176878	46	5.7	49	79	11	252	26	17	31	24	1.97
23176616--23176931	46	6.6	48	79	8	228	25	17	31	25	1.97
23177995--23178034	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
23183280--23183338	31	1.9	31	96	0	109	54	10	6	28	1.59
23183281--23183338	12	5.2	12	70	19	54	53	10	6	29	1.61
23191233--23191302	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
23191233--23191330	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
23193955--23193988	18	1.9	18	94	5	61	47	8	14	29	1.75
23204254--23204383	46	2.8	49	82	10	157	30	29	20	20	1.98
23223025--23223071	23	2.0	23	87	0	67	27	6	23	42	1.78
23224166--23224204	15	2.6	15	87	0	51	53	7	28	10	1.62
23224179--23224215	15	2.5	15	95	0	65	40	13	29	16	1.86
23224665--23225300	212	3.0	210	95	1	1164	35	7	20	36	1.82
23229373--23229442	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
23232922--23232965	22	2.0	22	86	0	61	40	2	4	52	1.34
23238985--23239109	29	4.3	29	87	1	171	28	29	14	28	1.95
23239320--23239350	8	3.9	8	95	0	53	6	25	25	41	1.79
23246319--23246405	28	3.1	29	83	3	97	31	31	11	26	1.91
23246463--23246497	18	2.0	18	88	5	54	20	42	22	14	1.88
23246679--23246727	25	2.0	25	87	0	71	42	8	18	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23254596--23254655	25	2.4	26	76	15	63	60	1	3	35	1.23
23257036--23257207	93	1.8	93	94	0	308	29	29	20	21	1.98
23257029--23257204	46	3.8	46	79	12	207	30	28	19	21	1.98
23264600--23264771	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
23264593--23264768	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
23264644--23264787	46	3.1	45	76	16	145	29	27	20	22	1.98
23268621--23268840	47	4.7	48	77	9	161	28	19	30	21	1.98
23285708--23285735	12	2.3	12	100	0	56	7	28	28	35	1.84
23287568--23287666	49	2.0	49	100	0	198	28	12	14	45	1.80
23298300--23298415	46	2.6	45	83	8	130	22	26	22	28	1.99
23298337--23298459	46	2.7	46	78	7	117	23	30	20	26	1.99
23303777--23304008	40	5.8	40	90	3	297	27	28	20	24	1.99
23309032--23309178	37	4.0	37	90	0	231	26	31	17	25	1.97
23309319--23309558	48	5.0	48	90	2	358	31	24	7	36	1.82
23309319--23309544	94	2.4	93	88	4	328	30	24	7	37	1.83
23314012--23314371	47	7.6	47	94	1	576	28	29	8	33	1.86
23316060--23316084	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23316930--23317116	58	3.3	57	85	6	231	29	28	17	24	1.97
23316933--23317091	29	5.5	29	71	12	114	29	27	18	23	1.98
23317248--23317423	43	4.1	43	96	0	325	30	32	24	12	1.92
23319119--23319267	37	4.0	37	92	0	244	27	30	18	23	1.98
23319407--23319647	48	5.0	48	91	0	376	31	24	7	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23323219--23323244	13	2.0	13	100	0	52	0	38	23	38	1.55
23324210--23324384	92	1.9	96	85	4	250	22	30	20	26	1.98
23325765--23325819	29	1.9	28	88	3	83	36	25	18	20	1.94
23336664--23336710	22	2.0	24	84	8	62	74	0	17	8	1.05
23336660--23336712	22	2.4	21	74	17	54	67	0	20	11	1.21
23341224--23341328	43	2.5	42	81	3	129	28	17	24	29	1.97
23350069--23350107	5	7.6	5	88	5	60	76	2	20	0	0.90
23357206--23357439	55	4.4	54	76	8	205	35	16	24	23	1.95
23357213--23357415	108	1.9	110	84	6	279	33	16	25	24	1.96
23357658--23357688	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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