genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19401217--19401380	43	3.8	43	80	9	156	24	16	25	33	1.96
19401217--19401378	86	1.9	86	83	6	213	24	16	25	33	1.96
19407292--19407498	27	7.6	27	90	3	306	26	14	28	30	1.95
19407292--19407498	55	3.8	55	95	0	351	26	14	28	30	1.95
19415674--19415789	37	3.1	37	94	0	196	25	31	18	24	1.98
19415910--19416243	47	7.0	49	92	3	531	28	30	9	31	1.88
19415910--19416243	96	3.5	96	90	4	532	28	30	9	31	1.88
19419567--19419680	40	2.8	40	86	0	156	26	30	20	22	1.98
19419613--19419755	40	3.6	41	83	3	150	25	27	20	25	1.99
19419658--19419755	39	2.5	40	86	5	135	25	27	19	27	1.99
19420107--19420185	29	2.7	29	88	2	113	27	31	15	25	1.95
19420167--19420269	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
19422014--19422129	37	3.1	37	93	0	187	25	31	19	24	1.98
19422248--19422727	47	10.1	47	93	1	771	28	30	8	32	1.88
19433368--19433479	54	2.1	54	86	3	154	36	25	23	15	1.93
19433368--19433479	27	4.1	27	79	7	120	36	25	23	15	1.93
19435479--19435728	68	3.8	65	76	8	240	32	14	29	23	1.95
19437052--19437222	93	1.8	93	93	2	299	29	29	20	21	1.98
19437044--19437219	46	3.8	46	80	14	209	30	28	19	20	1.97
19441698--19441833	37	3.7	37	96	0	245	25	32	18	24	1.97
19441977--19442314	48	7.0	48	95	0	604	31	27	5	34	1.81
19449480--19449507	13	2.2	13	100	0	56	17	39	21	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19449844--19449882	18	2.2	18	86	4	53	56	7	7	28	1.55
19454632--19454656	8	3.1	8	100	0	50	52	24	0	24	1.48
19454276--19454747	236	2.0	235	96	0	863	32	25	17	24	1.97
19455027--19455079	26	2.0	25	86	13	72	54	11	0	33	1.36
19456679--19456733	18	3.0	18	84	10	76	76	3	5	14	1.10
19456704--19456745	22	1.9	22	90	0	66	78	0	2	19	0.86
19456683--19456743	19	3.3	18	80	13	70	78	1	3	16	0.96
19459018--19459289	46	5.9	48	74	14	182	22	30	18	28	1.97
19459017--19459288	93	2.9	92	79	12	231	22	30	18	28	1.97
19461703--19461974	40	6.8	40	86	2	368	26	28	20	24	1.99
19461683--19461970	120	2.4	120	94	0	488	27	28	20	23	1.99
19464478--19464550	16	4.3	16	77	16	60	58	4	0	36	1.17
19464477--19464591	11	10.7	11	73	17	82	57	5	0	36	1.27
19464509--19464557	9	5.8	9	76	13	59	57	2	0	40	1.10
19464491--19464563	20	3.7	19	84	10	78	58	2	0	38	1.12
19464469--19464596	49	2.7	47	79	14	145	57	5	0	36	1.28
19464697--19464819	27	5.0	25	70	16	87	55	5	6	32	1.49
19465024--19465091	12	5.4	12	73	23	52	61	2	2	32	1.26
19465220--19465256	19	2.0	20	89	10	60	59	0	5	35	1.20
19465348--19465489	3	47.3	3	68	13	62	58	2	6	32	1.38
19472261--19472866	204	3.0	204	99	0	1185	37	12	17	33	1.86
19474446--19474511	30	2.2	30	97	0	123	25	34	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19477646--19477886	3	80.0	3	72	10	125	60	3	7	28	1.41
19479408--19479695	44	6.5	45	70	14	147	29	22	17	30	1.97
19482866--19482907	21	2.0	20	86	13	57	28	7	16	47	1.73
19485462--19485570	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
19496303--19496534	3	75.7	3	71	13	152	59	2	7	31	1.37
19497320--19497346	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
19500050--19500112	29	2.2	29	94	2	110	14	28	9	47	1.75
19502417--19502587	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
19502412--19502584	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
19503007--19503066	30	2.0	30	86	0	84	31	23	8	36	1.84
19509996--19510166	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
19509991--19510163	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
19510583--19510642	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
19512816--19512845	15	2.0	15	93	0	51	56	6	0	36	1.26
19516479--19516568	45	2.0	45	100	0	180	44	20	4	31	1.71
19516922--19516948	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
19517428--19517462	16	2.2	16	89	0	52	28	25	5	40	1.78
19528734--19528905	46	3.7	46	79	13	199	29	29	20	20	1.98
19528739--19528909	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
19529323--19529382	29	2.0	30	90	3	95	30	25	8	36	1.85
19531571--19531600	15	2.0	15	93	0	51	56	6	0	36	1.26
19535253--19535342	45	2.0	45	100	0	180	44	20	4	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19535699--19535727	15	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
19535954--19536069	58	2.0	59	83	9	152	43	0	3	51	1.24
19536221--19536255	16	2.2	16	89	0	52	28	25	5	40	1.78
19536479--19536527	24	2.0	24	84	7	64	36	2	2	59	1.21
19536512--19536549	16	2.5	15	87	8	51	63	5	0	31	1.17
19544254--19544280	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
19545679--19545872	92	2.1	92	87	5	277	44	4	4	46	1.43
19545850--19545948	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
19545905--19545938	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
19545910--19545957	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
19546007--19546046	16	2.5	17	76	15	50	47	0	0	52	1.00
19546123--19546157	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19546123--19546164	17	2.5	17	85	14	52	45	0	0	54	0.99
19546111--19546381	143	1.9	147	93	4	478	46	2	3	46	1.34
19546266--19546300	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19546462--19546555	44	2.1	44	86	3	127	32	26	5	35	1.79
19546547--19546589	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
19547367--19547450	39	2.2	38	85	4	114	36	10	8	44	1.70
19553411--19553480	30	2.2	32	83	11	92	54	1	0	44	1.09
19554288--19554344	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
19557622--19557678	29	2.0	29	85	0	78	61	0	5	33	1.18
19557759--19557835	13	5.6	13	71	18	50	62	1	5	31	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19557785--19557889	38	2.9	36	80	12	117	60	0	6	31	1.28
19557798--19557851	22	2.5	22	82	11	58	61	0	9	29	1.27
19559653--19560298	206	3.1	205	91	0	979	28	22	17	31	1.97
19573148--19573196	21	2.3	22	82	10	66	46	0	0	53	1.00
19573158--19573209	21	2.5	22	78	18	65	51	0	1	46	1.12
19579508--19579552	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
19581396--19581761	46	8.0	46	90	0	491	40	13	24	21	1.89
19583974--19584139	43	3.9	43	81	2	174	31	24	15	28	1.95
19584582--19584640	28	2.1	28	93	0	100	23	15	16	44	1.86
19591703--19591875	43	4.0	43	76	9	174	31	24	14	29	1.94
19592827--19592877	20	2.7	20	84	6	70	33	11	21	33	1.90
19595017--19595070	21	2.5	21	78	6	63	44	1	1	51	1.22
19595047--19595109	30	2.0	32	81	6	76	36	3	1	58	1.23
19601234--19601523	115	2.5	115	88	3	406	30	19	6	43	1.77
19601234--19601522	58	5.0	56	89	4	398	30	19	6	43	1.76
19603742--19603828	24	3.6	24	73	6	77	28	16	24	31	1.96
19604396--19604855	229	2.0	229	99	0	911	35	13	11	39	1.81
19619873--19620045	46	3.7	46	79	10	199	23	21	26	28	1.99
19619870--19620040	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
19627199--19627479	49	5.9	49	74	13	219	28	18	29	23	1.98
19627231--19627402	93	1.8	92	86	9	251	29	19	27	23	1.98
19632806--19633024	63	3.5	63	79	3	208	26	17	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19635863--19635929	36	1.9	35	84	6	91	32	14	16	35	1.90
19635921--19635946	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
19646602--19646651	18	2.8	18	84	3	66	14	30	0	56	1.39
19646620--19646686	30	2.2	30	86	0	89	13	23	0	62	1.30
19646644--19646695	18	2.9	18	82	0	59	13	19	1	65	1.36
19646662--19646686	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
19646755--19646814	16	3.9	15	71	18	52	3	13	5	78	1.04
19646755--19646812	29	2.0	28	83	9	73	3	13	5	77	1.07
19649958--19650146	40	4.7	40	93	0	315	30	25	20	23	1.99
19652874--19652916	21	2.1	20	86	4	59	41	20	18	18	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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