genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   

This is table  183  of  255  ( 30512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60400035--60400419	38	10.1	38	89	0	500	19	21	23	35	1.96
60407480--60407540	25	2.5	25	78	7	72	44	19	21	14	1.86
60410201--60410282	41	2.0	41	90	4	130	31	8	12	47	1.71
60411653--60411894	118	2.1	118	95	0	439	40	14	16	28	1.88
60417354--60417392	19	2.1	19	85	9	53	46	0	0	53	1.00
60417367--60417423	25	2.4	25	91	8	93	57	0	0	42	0.98
60420481--60420639	44	3.7	41	75	15	153	23	19	26	30	1.98
60426643--60426802	80	2.0	80	96	0	293	44	8	16	30	1.78
60426664--60426785	40	3.0	40	64	17	108	45	8	18	27	1.77
60426673--60426798	37	3.2	37	63	20	94	43	7	19	29	1.78
60431592--60431616	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
60438143--60438278	50	2.7	49	82	7	159	19	26	17	36	1.94
60438175--60438289	49	2.3	50	82	7	144	20	27	17	34	1.95
60438125--60438352	25	9.2	25	66	17	107	20	27	18	34	1.96
60438344--60438402	28	2.1	28	96	0	109	33	18	20	27	1.96
60441903--60441958	23	2.3	24	81	6	60	37	10	0	51	1.37
60442529--60442579	26	2.0	26	92	0	84	50	7	1	39	1.42
60444649--60444747	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
60451180--60451208	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
60452449--60452547	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
60455689--60455730	21	2.0	21	90	4	68	52	0	16	30	1.44
60456463--60456595	65	2.0	66	81	7	155	31	14	24	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60456430--60456591	33	4.9	33	82	3	148	33	12	23	30	1.92
60456502--60456618	33	3.6	32	81	7	128	31	15	25	27	1.96
60465483--60465524	21	2.0	20	86	4	57	50	0	16	33	1.46
60466209--60466315	33	3.3	33	85	5	128	36	10	22	30	1.88
60466259--60466420	65	2.5	66	78	3	175	33	14	24	27	1.94
60466202--60466368	33	5.1	32	80	4	118	33	10	22	32	1.89
60466288--60466414	66	1.9	65	80	4	148	32	14	24	28	1.95
60467765--60467850	25	3.5	24	71	9	66	31	15	29	24	1.95
60468676--60468706	7	4.4	7	95	0	53	3	12	0	83	0.75
60470037--60470100	30	2.1	30	83	11	78	62	3	1	32	1.20
60470064--60470101	20	1.9	19	89	5	58	63	0	0	36	0.95
60471531--60471603	16	4.2	17	81	11	69	21	1	26	50	1.57
60471541--60471603	17	3.6	18	83	12	78	20	1	28	49	1.58
60471556--60471603	19	2.7	17	87	9	69	18	2	31	47	1.60
60472842--60472889	21	2.3	21	88	0	69	20	16	35	27	1.94
60472854--60472894	21	2.0	21	90	0	64	17	17	39	26	1.91
60482175--60482234	30	2.0	30	87	6	86	46	13	13	26	1.80
60498770--60498954	91	2.0	91	100	0	370	38	9	22	29	1.86
60502913--60503137	40	5.6	40	86	5	303	25	27	22	24	2.00
60507571--60507615	11	4.1	11	97	0	72	22	26	0	51	1.49
60507574--60507613	6	7.2	6	78	16	50	20	30	0	50	1.49
60507574--60507622	11	4.5	11	89	5	55	22	30	0	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60507574--60507622	22	2.2	22	88	0	71	22	30	0	46	1.52
60510491--60510529	19	2.1	19	95	0	69	28	12	30	28	1.93
60511675--60511870	96	2.0	97	90	1	304	39	16	13	30	1.87
60513866--60514027	43	3.8	42	76	9	168	23	18	26	31	1.97
60535538--60535582	6	7.5	6	87	9	56	71	17	0	11	1.14
60538680--60538741	11	5.5	11	94	1	88	85	14	0	0	0.60
60538682--60538741	22	2.7	22	92	2	102	85	15	0	0	0.61
60539917--60539984	30	2.3	30	97	0	127	38	17	11	32	1.86
60540866--60540919	27	2.0	27	96	0	99	25	35	12	25	1.92
60541423--60541493	35	2.0	35	86	0	97	36	8	23	30	1.85
60547047--60547240	47	4.1	47	91	0	298	33	10	28	27	1.90
60547076--60547194	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
60547210--60547590	48	7.8	48	88	6	570	35	6	26	31	1.81
60547210--60547587	98	3.9	98	96	0	695	35	6	26	31	1.82
60547737--60547845	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
60551203--60551272	28	2.5	28	90	4	106	28	12	25	32	1.93
60554098--60554369	48	5.7	48	81	4	307	26	20	29	23	1.99
60554098--60554369	96	2.8	96	83	1	341	26	20	29	23	1.99
60559984--60560018	17	2.1	17	100	0	70	37	5	34	22	1.78
60562376--60562705	48	6.9	48	74	5	274	26	17	29	26	1.98
60564399--60564520	60	2.0	60	95	0	217	28	15	25	30	1.96
60564493--60564563	35	2.0	35	89	5	108	36	9	23	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60565574--60565605	4	8.2	4	93	6	57	46	28	0	25	1.53
60573039--60573087	24	2.0	24	84	7	64	57	4	0	38	1.18
60575461--60575564	22	4.7	22	78	0	109	42	18	25	14	1.88
60576517--60576556	20	2.1	19	95	4	71	45	7	0	47	1.31
60576518--60576556	10	3.8	11	83	16	57	46	7	0	46	1.31
60586780--60586859	35	2.3	35	82	8	101	31	31	0	37	1.58
60590766--60590817	24	2.2	24	92	0	86	46	7	19	26	1.77
60590773--60590820	24	2.0	24	100	0	96	45	8	20	25	1.79
60596882--60596919	20	1.9	20	88	0	58	34	18	0	47	1.49
60623997--60624164	48	3.5	48	86	0	228	23	30	20	25	1.98
60623949--60624179	48	4.8	49	76	7	179	24	30	17	26	1.97
60629510--60629604	46	2.1	46	88	4	138	31	22	9	36	1.86
60631652--60631737	36	2.5	34	90	3	136	36	1	15	47	1.53
60631651--60631705	27	2.0	27	82	6	67	34	1	14	49	1.54
60631789--60631813	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
60643149--60643240	27	3.4	27	86	0	130	30	22	15	31	1.95
60645735--60645770	18	2.0	18	88	0	54	44	2	19	33	1.65
60657153--60657203	27	2.0	27	88	7	79	27	15	41	15	1.88
60657366--60657504	41	3.4	41	79	6	147	17	21	17	43	1.87
60658327--60658386	22	2.7	22	84	0	66	11	30	16	41	1.84
60659412--60659450	19	2.0	20	85	5	53	23	5	23	48	1.70
60662540--60662760	28	7.9	28	91	0	327	37	11	23	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60666651--60666699	23	2.2	23	82	10	57	59	0	14	26	1.36
60679348--60679377	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
60681073--60681296	46	4.8	46	76	10	224	22	19	27	30	1.98
60693851--60694002	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
60693851--60694002	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
60693954--60694114	69	2.3	69	97	1	304	27	13	24	34	1.93
60702091--60702242	27	5.6	27	91	3	223	28	12	28	30	1.93
60702091--60702242	55	2.8	55	91	0	232	28	12	28	30	1.93
60702194--60702354	69	2.3	69	97	1	304	27	13	24	34	1.93
60709144--60709236	29	3.2	28	67	8	71	24	17	22	35	1.95
60711688--60711857	42	4.0	42	86	0	232	32	28	17	21	1.96
60717254--60717333	39	2.0	40	90	2	126	41	10	21	27	1.85
60723759--60723786	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
60730369--60730394	12	2.2	12	100	0	52	57	7	7	26	1.54
60732905--60732929	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
60737593--60737641	25	2.0	25	100	0	98	16	4	30	48	1.64
60741874--60741901	8	3.5	8	100	0	56	25	10	0	64	1.26
60749427--60749514	42	2.0	44	85	12	121	34	26	15	23	1.95
60756259--60756301	10	4.1	10	80	11	50	55	27	2	13	1.51
60762205--60762453	27	9.2	27	88	0	363	38	20	9	31	1.84
60762213--60762534	27	11.9	27	78	7	206	38	19	10	31	1.85
60762239--60762534	81	3.7	80	83	5	256	38	19	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60762416--60762572	81	1.9	81	82	5	192	37	19	10	32	1.86
60762448--60762572	27	4.6	27	74	4	90	38	20	9	32	1.85
60762564--60762995	27	16.0	27	89	0	585	36	19	21	23	1.95
60763240--60763291	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60767765--60767885	39	3.1	39	85	3	156	32	28	21	18	1.96
60779400--60779522	27	4.6	27	81	4	140	30	26	13	28	1.94
60781937--60782121	40	4.7	40	80	7	200	23	22	27	25	2.00
60781992--60782154	79	2.1	79	81	9	190	25	20	28	25	1.99
60790114--60790298	40	4.6	39	84	5	212	23	22	28	25	2.00
60790114--60790296	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255