genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66990666--66990889	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
66995885--66996035	72	2.1	71	91	2	241	30	29	17	23	1.97
66995885--66996072	72	2.6	71	86	7	227	30	30	17	20	1.96
66995954--66996177	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
67007318--67007667	131	2.7	129	80	7	400	35	20	18	24	1.95
67012435--67012623	68	2.8	68	82	4	195	33	17	19	29	1.95
67015784--67016295	47	10.6	47	86	7	675	32	8	29	30	1.86
67015784--67016295	96	5.3	96	87	7	750	32	8	29	30	1.86
67015982--67016008	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
67015936--67016055	59	2.0	60	95	1	215	31	6	26	35	1.82
67015790--67016295	202	2.6	200	91	5	822	32	8	29	30	1.86
67020268--67020311	20	2.2	20	100	0	88	29	18	4	47	1.68
67023788--67023854	32	2.2	29	84	7	80	37	13	5	43	1.69
67025017--67025075	21	2.9	21	80	14	61	22	5	0	72	1.03
67026847--67026917	25	2.8	25	89	4	99	50	1	1	46	1.18
67030816--67030860	24	2.0	24	86	8	67	46	0	0	53	1.00
67035715--67035741	14	1.9	14	100	0	54	77	0	14	7	0.97
67036500--67036551	19	2.8	18	77	8	59	51	0	0	48	1.00
67036541--67036589	19	2.6	19	77	6	55	34	2	6	57	1.35
67037500--67037569	9	7.8	9	96	0	113	22	10	28	38	1.87
67038349--67038699	173	2.0	173	99	0	693	36	9	15	39	1.79
67054742--67054781	12	3.2	12	82	6	53	77	2	10	10	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67061515--67061565	25	2.0	25	92	0	84	37	23	21	17	1.94
67062795--67062991	48	4.1	48	82	2	200	26	21	22	28	1.99
67063647--67063674	11	2.5	11	100	0	56	53	25	0	21	1.46
67066583--67066785	101	2.0	101	97	0	379	33	16	18	32	1.93
67071112--67071199	44	2.0	44	93	0	149	20	19	28	31	1.97
67076814--67076855	21	2.1	21	86	8	61	26	11	40	21	1.88
67081428--67081571	72	2.0	72	98	0	279	39	18	21	20	1.92
67086439--67086466	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
67088735--67088773	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
67088734--67088773	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
67091661--67091697	18	2.0	19	89	5	58	45	0	8	45	1.32
67107674--67107718	22	2.0	22	82	0	54	37	15	28	17	1.91
67124573--67124610	20	1.9	20	84	10	51	73	2	5	18	1.14
67133175--67133351	87	2.0	87	97	0	336	31	15	13	39	1.86
67137070--67137247	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
67137091--67137246	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
67145154--67145331	27	6.6	27	82	3	178	30	28	14	26	1.95
67145175--67145330	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
67151843--67151972	47	2.8	47	85	2	163	22	16	27	33	1.95
67174161--67174388	40	5.7	40	95	0	375	21	27	21	29	1.98
67177568--67177628	29	2.1	28	82	11	70	42	1	22	32	1.64
67179623--67179837	94	2.3	94	80	4	238	23	27	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67179623--67179837	48	4.6	47	76	10	190	23	27	18	30	1.98
67181090--67181144	29	1.9	28	85	10	76	23	20	21	34	1.97
67190199--67190270	34	2.1	34	85	10	94	29	20	23	26	1.99
67192893--67193066	47	3.7	48	81	6	187	27	17	31	24	1.97
67192893--67193066	94	1.8	94	85	8	246	27	17	31	24	1.97
67194125--67194178	22	2.5	22	93	3	92	20	37	20	22	1.95
67208245--67208293	21	2.3	21	79	10	55	57	22	6	14	1.59
67227451--67227518	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
67227340--67227667	174	1.9	174	98	0	629	31	24	14	29	1.94
67227627--67227698	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
67230100--67230130	10	3.1	10	95	0	53	45	0	9	45	1.36
67234419--67234482	28	2.3	26	79	15	67	50	6	0	43	1.27
67236861--67236920	29	2.1	29	100	0	120	26	20	13	40	1.89
67239867--67239898	6	5.3	6	96	0	55	12	53	3	31	1.54
67251067--67251118	26	2.0	26	100	0	104	23	26	15	34	1.94
67262735--67262787	21	2.7	20	80	11	65	75	0	13	11	1.05
67275521--67275578	26	2.1	27	81	12	66	31	15	1	51	1.53
67276075--67276406	128	2.6	125	83	6	373	28	16	18	35	1.94
67276122--67276406	127	2.2	127	83	5	362	27	18	18	35	1.95
67277706--67277770	9	7.2	9	94	0	94	23	10	26	40	1.87
67277931--67277955	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
67294327--67294474	60	2.4	62	81	4	174	30	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67304342--67304375	17	1.9	18	88	5	52	61	0	14	23	1.33
67305594--67305679	30	2.9	30	78	3	84	39	3	12	44	1.60
67308357--67308390	17	2.1	16	88	5	50	70	0	14	14	1.17
67316885--67317011	49	2.6	50	86	6	179	25	29	17	26	1.97
67319906--67319938	16	2.1	16	100	0	66	30	30	12	27	1.92
67329096--67329129	16	2.1	16	88	0	50	29	29	32	8	1.87
67341686--67341777	28	3.3	28	92	3	150	31	7	27	33	1.85
67350187--67350285	43	2.3	43	81	10	105	22	22	30	25	1.99
67350223--67350358	50	3.0	43	77	14	139	24	21	31	22	1.98
67350230--67350331	50	2.0	50	94	0	177	20	22	32	24	1.98
67350279--67350438	40	3.9	41	74	5	144	25	20	30	23	1.99
67356379--67356624	122	2.0	122	99	0	483	30	11	22	34	1.90
67362603--67362660	21	2.9	21	92	5	93	43	18	25	12	1.85
67365850--67365917	21	3.2	21	67	19	52	19	17	16	47	1.83
67365917--67365971	21	2.7	20	75	5	65	18	27	18	36	1.94
67365904--67366000	41	2.3	41	82	1	113	15	22	18	43	1.88
67371838--67372008	46	3.7	46	78	10	186	23	20	26	29	1.99
67371833--67372003	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
67386366--67386403	12	3.0	13	84	7	51	63	0	0	36	0.95
67386367--67386407	13	3.2	13	86	6	57	65	0	0	34	0.93
67386802--67386850	13	3.8	13	78	5	55	40	26	0	32	1.56
67393815--67393857	22	2.0	21	82	13	52	41	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67395456--67395526	37	1.9	37	97	0	133	38	2	22	36	1.69
67396916--67396954	21	1.9	20	84	5	51	41	20	10	28	1.85
67397401--67397530	47	2.8	47	81	0	161	30	27	16	25	1.96
67398860--67398973	51	2.2	51	82	11	128	52	0	2	43	1.21
67399403--67399445	18	2.4	18	92	0	77	25	16	18	39	1.91
67403927--67404281	46	7.5	48	73	10	220	27	18	29	25	1.98
67410851--67410991	62	2.3	62	86	2	185	31	25	19	22	1.98
67410946--67410989	23	1.9	23	95	0	79	36	27	15	20	1.93
67411083--67411235	83	1.8	83	85	0	216	40	19	11	28	1.86
67411083--67411237	42	3.7	42	89	1	204	40	19	10	29	1.86
67414286--67414312	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
67415417--67415443	13	2.1	13	100	0	54	22	29	7	40	1.81
67418196--67418315	37	3.2	36	75	14	102	24	14	13	48	1.79
67419670--67419715	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
67419983--67420019	11	3.4	11	100	0	74	29	0	8	62	1.24
67422644--67422855	35	6.1	35	84	2	255	30	12	20	35	1.90
67431601--67431633	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
67431758--67431822	30	2.1	32	88	5	98	58	10	3	27	1.47
67441695--67441734	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
67447092--67447144	24	2.2	24	86	0	70	32	7	9	50	1.62
67451220--67451292	36	2.0	36	89	0	110	27	30	20	21	1.98
67451226--67451287	18	3.5	17	70	16	54	27	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67451431--67451483	24	2.2	24	82	0	61	32	7	9	50	1.62
67451450--67451991	268	2.0	268	93	0	913	32	10	12	43	1.78
67454312--67454495	92	2.0	92	97	0	350	31	19	9	39	1.83
67462052--67462095	20	2.1	21	88	12	65	45	6	2	45	1.42
67465512--67465564	5	10.0	5	84	11	70	20	0	1	77	0.87
67465512--67465554	23	1.9	23	90	4	70	20	0	2	76	0.89
67465510--67465570	18	3.5	17	80	17	72	24	0	1	73	0.92
67465521--67465570	23	2.2	23	85	7	66	26	0	0	74	0.83
67472072--67472101	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
67472585--67472617	9	3.7	9	95	0	57	12	39	0	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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