genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78474201--78474230	14	2.1	14	93	0	51	63	3	6	26	1.35
78474843--78474875	11	3.1	11	86	8	50	15	0	6	78	0.93
78477489--78477540	24	2.2	24	100	0	104	38	5	11	44	1.65
78477565--78477661	26	3.6	27	74	13	85	58	4	5	31	1.39
78477561--78477661	54	1.9	52	85	4	139	58	4	4	31	1.41
78477561--78477643	26	3.1	26	77	10	87	59	4	6	30	1.43
78477702--78477781	26	3.0	27	75	12	76	62	6	5	26	1.40
78479191--78479464	33	8.2	33	74	7	196	23	14	25	35	1.94
78479161--78479342	99	1.8	99	86	2	267	21	15	28	34	1.94
78479173--78479381	99	2.1	99	80	5	235	22	16	25	34	1.95
78479371--78479457	35	2.6	32	75	12	84	24	11	25	39	1.89
78481857--78481895	21	1.9	21	94	5	71	33	10	25	30	1.89
78484324--78484438	44	2.6	44	83	2	140	35	13	22	28	1.92
78484324--78484457	46	3.0	45	80	4	135	35	13	23	27	1.93
78485249--78485274	11	2.4	11	100	0	52	50	23	0	26	1.50
78490315--78490912	88	6.8	85	86	4	674	33	20	23	21	1.97
78490315--78490912	174	3.4	171	85	4	752	33	20	23	21	1.97
78490924--78491048	45	2.8	45	85	4	171	28	18	24	28	1.98
78492536--78492601	24	2.7	26	77	15	79	27	6	6	60	1.44
78496901--78497039	60	2.3	60	83	6	174	29	19	24	26	1.98
78498504--78498721	33	6.6	33	72	3	161	24	15	25	34	1.94
78498524--78498720	99	2.0	99	85	2	270	24	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78498643--78498801	81	2.0	81	87	0	228	24	16	25	32	1.96
78498734--78499142	33	12.7	33	71	9	216	24	15	24	35	1.94
78498720--78499132	99	4.3	99	78	8	427	23	15	24	35	1.94
78498794--78498959	90	1.8	90	90	0	269	25	18	24	31	1.97
78500303--78500360	19	3.1	19	82	9	66	56	6	0	36	1.26
78502898--78502941	22	2.0	22	100	0	88	50	9	18	22	1.75
78503201--78503256	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
78503207--78503270	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
78503199--78503277	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
78503789--78503838	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
78505760--78505802	22	2.0	22	81	9	52	46	4	16	32	1.67
78507473--78507524	17	3.0	17	83	5	68	40	7	13	38	1.73
78507465--78507536	19	3.9	19	85	10	105	38	8	15	37	1.77
78507497--78507559	23	3.0	22	84	11	71	36	7	17	38	1.79
78508931--78508960	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
78511471--78511610	39	3.6	39	86	3	201	15	25	21	37	1.92
78513919--78513947	15	1.9	15	100	0	58	17	13	27	41	1.87
78513921--78514067	33	4.5	33	77	6	118	20	14	25	39	1.91
78513920--78513974	15	3.5	15	76	13	56	20	10	27	41	1.85
78513969--78514227	84	3.1	84	78	0	275	19	19	27	33	1.96
78514333--78514466	51	2.6	51	90	0	196	27	21	23	27	1.99
78514455--78514496	18	2.4	18	80	4	50	21	21	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78514329--78514511	51	3.6	51	81	1	188	24	20	24	30	1.99
78515806--78515850	20	2.3	20	80	3	56	20	15	4	60	1.52
78515861--78515945	20	4.4	19	78	10	84	23	7	3	65	1.33
78515882--78515945	19	3.4	17	78	18	65	21	6	3	68	1.26
78515838--78515945	38	2.8	38	80	9	119	23	9	4	62	1.43
78517394--78517428	13	2.7	13	95	0	61	20	11	25	42	1.85
78518357--78518399	7	6.1	7	82	17	54	41	2	2	53	1.26
78520228--78520487	33	7.9	33	74	0	178	20	15	26	36	1.93
78520237--78520426	99	1.9	99	84	2	256	21	13	26	38	1.91
78520438--78520535	51	1.9	51	85	4	135	20	19	25	34	1.96
78520474--78520823	33	10.6	32	80	6	254	21	19	26	31	1.98
78520356--78520577	117	1.9	117	81	1	266	19	17	26	36	1.94
78520360--78520604	117	2.1	117	79	1	258	20	17	27	34	1.95
78520474--78520823	66	5.3	66	77	2	328	21	19	26	31	1.98
78520570--78520634	18	3.8	18	74	13	66	18	20	32	29	1.96
78520639--78520696	18	3.4	18	72	13	68	25	24	24	25	2.00
78520705--78520769	18	3.8	17	76	12	62	23	13	27	35	1.93
78520477--78520826	99	3.5	99	79	3	337	21	19	27	31	1.98
78520473--78520823	132	2.7	131	84	3	470	21	19	26	31	1.97
78520642--78520861	99	2.2	99	85	0	296	23	18	26	31	1.97
78520894--78521042	51	2.9	51	84	2	183	26	20	23	29	1.99
78520996--78521066	33	2.2	33	86	0	97	23	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78521010--78521090	33	2.5	33	85	0	99	22	18	25	33	1.97
78523559--78523719	46	3.5	47	87	1	218	19	22	14	42	1.89
78526712--78526760	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
78526724--78526787	25	2.9	23	80	17	66	65	9	0	25	1.22
78528114--78528155	21	2.0	21	85	0	57	76	16	0	7	1.00
78531678--78531823	48	3.0	48	89	0	229	36	6	25	31	1.82
78531964--78532034	37	1.9	37	94	0	124	22	19	32	25	1.98
78533662--78533778	50	2.3	49	73	15	114	31	6	5	56	1.48
78533765--78533858	48	2.0	48	85	4	127	28	5	4	61	1.37
78533767--78533873	26	4.2	27	71	17	88	28	5	4	61	1.38
78536359--78536421	21	3.1	20	78	17	67	42	3	0	53	1.16
78536368--78536418	9	5.4	10	77	11	54	45	1	0	52	1.12
78536375--78536417	5	9.0	5	80	10	54	41	2	0	55	1.12
78537426--78537459	13	2.6	13	85	0	50	47	0	2	50	1.16
78538818--78539101	33	8.6	33	76	0	244	21	15	25	38	1.93
78538819--78539071	99	2.6	99	81	2	292	20	16	26	36	1.93
78539082--78539374	18	17.6	18	66	16	76	21	18	27	32	1.96
78539091--78539383	33	8.9	32	76	5	208	21	18	27	32	1.97
78539006--78539179	84	2.1	84	86	2	242	21	17	24	36	1.94
78539094--78539383	132	2.2	132	93	0	463	22	18	27	31	1.97
78539049--78539203	84	1.9	83	83	4	197	22	16	25	35	1.94
78538940--78539251	150	2.1	150	79	1	329	20	17	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78539090--78539407	99	3.2	99	83	0	314	22	17	27	33	1.96
78539133--78539422	33	8.8	32	74	4	166	22	17	26	33	1.96
78539166--78539407	66	3.7	65	74	5	234	22	17	27	32	1.96
78539133--78539445	99	3.2	99	81	0	268	22	17	27	32	1.96
78539478--78539626	51	2.9	51	86	0	217	25	22	24	28	1.99
78539580--78539677	33	3.0	33	87	0	124	23	18	25	32	1.97
78541673--78541789	50	2.3	49	76	12	121	45	5	11	37	1.64
78544689--78544784	33	2.9	33	76	6	104	11	28	32	28	1.91
78545051--78545273	48	4.5	48	89	3	284	15	21	37	25	1.93
78545028--78545258	54	4.5	54	82	12	288	17	21	35	25	1.95
78545126--78545290	48	3.6	43	84	4	152	19	23	36	20	1.95
78547014--78547063	22	2.3	21	80	10	55	28	8	2	62	1.35
78547977--78548013	13	2.8	14	76	16	51	51	8	0	40	1.32
78558348--78558390	22	2.0	22	86	8	63	46	0	0	53	1.00
78564858--78564894	18	2.0	19	89	5	58	2	10	18	67	1.32
78572580--78572626	21	2.1	21	84	7	58	44	0	12	42	1.42
78572701--78572758	24	2.5	23	80	5	64	55	0	0	44	0.99
78584292--78584822	44	12.2	44	88	3	790	30	17	31	21	1.96
78586108--78586142	8	4.4	8	100	0	70	51	0	0	48	1.00
78588998--78589106	43	2.5	43	100	0	218	30	33	26	10	1.89
78589099--78589532	38	11.3	38	87	2	616	29	25	23	22	1.99
78589098--78589531	116	3.7	116	94	0	744	29	25	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78589099--78589532	78	5.6	76	86	3	616	29	25	23	22	1.99
78605033--78605075	16	2.7	15	86	10	59	6	6	2	83	0.88
78605888--78606229	3	112.3	3	66	13	94	27	9	3	59	1.44
78605941--78605981	16	2.7	14	88	11	55	24	17	0	58	1.38
78605917--78606081	89	1.8	89	85	3	231	28	12	1	57	1.45
78606044--78606103	28	2.2	26	82	5	66	28	6	3	61	1.37
78606069--78606141	22	3.4	22	81	5	78	27	9	5	57	1.52
78610552--78610756	27	7.6	27	76	2	155	40	20	9	29	1.83
78610545--78610702	81	2.0	81	89	2	246	41	20	8	29	1.83
78610614--78610772	54	3.0	54	80	3	151	40	20	9	30	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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