genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71895678--71895822	54	2.7	54	88	2	229	42	9	20	27	1.83
71895804--71895863	27	2.2	27	81	0	66	33	10	18	38	1.84
71897298--71897329	7	4.2	8	92	8	50	87	0	0	12	0.54
71897299--71897325	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
71897299--71897329	15	2.1	15	94	5	55	87	0	0	12	0.55
71897911--71898025	31	3.7	31	89	1	178	29	25	16	28	1.97
71898049--71898182	42	3.2	42	92	0	223	33	18	14	33	1.91
71899536--71899685	27	5.5	27	78	4	122	28	27	16	28	1.97
71899557--71899712	27	5.7	27	76	13	108	29	26	16	27	1.97
71901852--71902013	81	2.0	81	89	2	245	25	20	18	34	1.96
71901853--71902020	54	3.1	54	91	1	257	27	20	17	35	1.95
71901853--71902020	27	6.2	27	87	2	221	27	20	17	35	1.95
71902005--71902239	27	8.7	26	78	10	129	29	6	22	40	1.80
71902002--71902240	81	2.9	81	82	6	216	30	7	22	40	1.81
71902059--71902243	54	3.4	52	83	6	217	29	7	22	41	1.81
71902059--71902248	27	7.0	27	83	5	195	29	7	22	40	1.82
71902113--71902274	54	3.0	54	80	6	159	30	8	21	40	1.82
71902059--71902248	81	2.3	81	83	2	256	29	7	22	40	1.82
71916012--71916041	13	2.4	12	89	10	51	16	0	36	46	1.47
71918689--71918732	23	1.9	23	86	9	63	52	11	2	34	1.50
71957609--71957739	68	1.9	68	95	0	235	32	17	26	23	1.97
71958808--71958842	17	2.1	17	100	0	70	34	5	22	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71960729--71960790	10	6.1	10	84	1	61	25	4	1	67	1.19
71960731--71960788	30	1.9	30	86	6	82	24	5	1	68	1.19
71964497--71964597	4	24.8	4	73	18	59	26	1	0	70	1.04
71964498--71964591	7	13.3	7	72	16	70	27	2	1	69	1.07
71964477--71964559	10	7.9	10	75	19	62	20	3	1	74	1.03
71964498--71964597	25	4.0	24	78	18	105	27	2	1	70	1.05
71964476--71964559	32	2.7	29	80	12	78	20	3	1	75	1.03
71964497--71964576	25	3.2	25	87	7	110	26	1	1	71	1.01
71965494--71965675	96	1.9	97	89	3	287	27	14	25	32	1.95
71965687--71965725	10	4.0	10	90	3	62	87	0	12	0	0.55
71965687--71965725	20	2.0	20	94	0	69	87	0	12	0	0.55
71966343--71966386	10	4.4	10	88	0	52	27	4	0	68	1.09
71972627--71972679	23	2.4	22	84	6	70	43	18	5	32	1.74
71973507--71973549	19	2.3	19	95	0	77	9	16	0	74	1.06
71981009--71981060	25	2.1	25	92	0	86	34	11	26	26	1.91
71981319--71981424	44	2.5	40	75	21	101	35	25	5	33	1.80
71981331--71981424	44	2.1	44	90	7	145	35	26	6	31	1.82
71981414--71981457	16	2.8	16	89	6	63	31	22	2	43	1.66
71983040--71983088	24	2.1	24	84	3	64	40	10	16	32	1.82
71983120--71983219	22	4.4	22	75	10	85	34	9	18	39	1.82
71983131--71983223	46	2.0	46	87	0	132	35	10	17	36	1.84
71983123--71983219	23	4.3	23	75	6	81	32	9	18	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71983131--71983241	46	2.4	46	82	8	120	35	10	18	36	1.85
71983269--71983618	54	6.5	54	84	1	380	39	13	21	24	1.90
71983269--71983561	161	1.8	162	88	0	453	38	14	22	24	1.91
71983270--71983615	161	2.1	162	84	1	444	39	13	21	25	1.90
71984595--71984637	22	1.9	23	85	4	61	58	0	18	23	1.40
72007317--72007392	35	2.2	35	90	0	116	27	15	13	43	1.84
72008200--72008263	31	2.1	31	100	0	128	53	12	15	18	1.73
72010255--72010292	19	2.0	19	94	0	67	31	7	26	34	1.85
72016272--72016345	24	3.1	23	67	21	62	39	4	9	47	1.55
72016730--72016770	19	2.0	22	86	13	61	24	4	19	51	1.66
72017271--72017322	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
72017355--72017397	13	3.2	13	79	20	52	44	0	0	55	0.99
72017355--72017391	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
72017415--72017458	22	2.0	22	86	0	61	47	0	0	52	1.00
72017858--72017913	25	2.2	25	93	3	94	48	8	5	37	1.58
72018208--72018274	29	2.4	28	73	9	64	44	5	13	35	1.68
72022515--72022559	18	2.5	18	78	7	56	31	13	26	28	1.94
72026170--72026340	46	3.7	45	75	16	172	29	28	20	21	1.98
72026763--72026822	30	2.0	30	86	0	84	28	25	8	38	1.84
72032836--72032878	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
72033730--72033899	46	3.7	46	75	14	179	29	28	20	21	1.98
72033735--72033904	93	1.8	92	91	3	279	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72038582--72038617	17	2.1	17	100	0	72	38	25	0	36	1.56
72039442--72039489	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
72040376--72040417	19	2.2	19	100	0	84	14	9	0	76	1.02
72041503--72041558	27	2.1	27	89	0	85	19	17	17	44	1.87
72047598--72047645	14	3.4	14	91	0	69	50	4	12	33	1.59
72048857--72048933	38	2.0	38	92	0	127	64	12	6	15	1.46
72051646--72051714	27	2.6	27	83	0	84	34	21	26	17	1.95
72054636--72054673	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
72061252--72061311	31	1.9	31	86	6	86	48	10	13	28	1.74
72064102--72064137	17	2.1	17	90	10	56	69	2	0	27	1.02
72069926--72069981	24	2.3	24	96	0	103	30	0	35	33	1.58
72074142--72074191	25	2.1	25	82	14	61	52	12	0	36	1.39
72077042--72077073	15	2.1	15	94	0	55	28	21	6	43	1.77
72077972--72078018	17	2.5	19	83	13	53	53	4	0	42	1.20
72086226--72086281	22	2.5	22	76	0	58	62	19	7	10	1.50
72089811--72089854	19	2.3	19	80	0	61	38	0	0	61	0.96
72093590--72093658	35	2.0	35	97	0	129	37	5	13	43	1.67
72094177--72094210	17	2.0	17	88	0	50	35	5	17	41	1.74
72094896--72094933	10	3.8	10	83	13	51	23	7	2	65	1.32
72098504--72098919	46	9.2	45	82	7	466	19	20	15	43	1.87
72098504--72098920	182	2.3	183	87	3	601	19	21	15	43	1.87
72098571--72098918	91	3.8	91	92	0	588	18	21	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72101019--72101066	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
72108335--72108373	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
72108836--72108925	27	3.2	27	82	7	101	33	24	23	18	1.97
72108836--72108925	28	3.2	26	82	7	99	33	24	23	18	1.97
72109031--72109095	28	2.3	28	89	0	94	30	7	29	32	1.85
72110163--72110195	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
72111190--72111233	23	1.9	23	90	0	70	29	38	4	27	1.76
72116592--72116676	24	3.5	24	75	10	84	34	21	24	20	1.97
72116843--72116905	25	2.5	25	84	0	72	34	20	30	14	1.92
72117500--72117538	19	2.1	19	100	0	78	30	15	20	33	1.94
72118367--72118401	17	2.0	18	88	5	54	11	37	31	20	1.88
72119164--72119188	8	3.1	8	100	0	50	36	52	0	12	1.39
72120066--72120093	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
72126164--72126202	18	2.2	19	90	9	64	74	0	23	2	0.94
72126163--72126202	19	2.1	19	90	4	62	75	0	22	2	0.93
72136047--72136097	22	2.4	21	75	9	50	23	0	7	68	1.15
72136079--72136126	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
72135972--72136131	44	3.8	40	69	18	101	29	0	5	65	1.18
72136361--72136409	20	2.5	20	90	3	82	42	4	12	40	1.61
72136913--72136981	3	23.3	3	76	8	70	1	28	1	68	1.07
72140141--72140204	18	3.5	19	81	10	71	64	9	1	25	1.33
72140396--72140433	17	2.2	18	85	4	51	26	2	5	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72140914--72140965	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
72140908--72140965	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
72140992--72141022	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
72142641--72142711	30	2.4	30	81	11	83	35	43	14	7	1.72
72142762--72142804	18	2.4	18	92	0	68	16	27	11	44	1.82
72143188--72144031	116	7.3	116	95	0	1496	40	4	9	46	1.55
72147047--72147570	126	4.2	126	90	1	816	27	21	17	33	1.96
72147655--72147863	96	2.2	97	83	7	273	40	18	1	39	1.60
72164473--72164527	23	2.3	23	96	3	101	54	3	10	30	1.52
72166746--72166772	12	2.2	12	100	0	54	14	11	29	44	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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