genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51977721--51977815	29	3.3	29	79	8	88	29	32	13	24	1.93
51986900--51987063	46	3.5	46	76	11	199	29	28	18	22	1.98
51986882--51987021	47	3.0	47	73	12	153	27	29	18	24	1.98
51986882--51987071	93	2.0	93	95	0	344	27	28	18	24	1.98
51996038--51996488	227	2.0	228	86	2	638	36	19	9	34	1.84
52000550--52000814	93	2.8	93	95	1	478	27	29	20	22	1.98
52000596--52000764	47	3.6	47	76	10	202	27	28	20	23	1.98
52000542--52000809	46	5.8	45	75	11	274	28	28	20	22	1.98
52013887--52014006	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
52015599--52015772	47	3.7	47	88	1	233	31	9	31	27	1.88
52015893--52015971	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
52017821--52018199	40	9.5	40	84	4	360	24	21	27	25	1.99
52019390--52019504	56	2.2	52	92	7	187	44	9	24	21	1.82
52021094--52021316	47	4.7	47	89	1	313	31	8	31	28	1.88
52021141--52021219	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
52021435--52021513	37	2.1	37	85	0	104	25	18	29	26	1.98
52027833--52028044	40	5.3	40	87	6	234	23	19	27	29	1.98
52036059--52036269	40	5.3	40	86	4	221	23	19	27	29	1.98
52040361--52040421	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
52048277--52048408	41	3.1	41	62	28	96	37	9	26	26	1.88
52048276--52048454	85	2.1	85	96	0	331	36	8	28	26	1.86
52050645--52050769	25	5.2	25	59	24	63	27	12	32	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52050644--52050881	47	5.1	47	94	0	386	31	12	31	25	1.92
52050855--52050945	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
52050644--52050930	141	2.0	140	83	5	357	31	11	31	25	1.92
52051097--52051219	42	3.0	42	84	11	193	24	21	30	22	1.99
52051088--52051237	37	3.9	37	86	8	210	24	20	30	24	1.99
52053164--52053319	27	5.7	27	81	4	179	25	14	28	30	1.95
52053164--52053319	82	1.9	81	86	3	224	25	14	28	30	1.95
52053163--52053340	27	6.6	27	80	3	169	25	14	28	31	1.95
52061171--52061271	27	3.7	27	85	0	121	26	16	28	27	1.97
52061170--52061292	54	2.3	55	81	4	142	26	16	28	29	1.97
52072814--52072984	45	3.9	45	84	3	197	26	26	22	25	2.00
52075766--52075827	30	2.1	30	100	0	124	62	6	17	12	1.50
52077174--52077319	50	3.0	49	88	1	211	26	17	26	29	1.98
52086116--52086338	48	4.7	47	80	5	234	26	18	28	26	1.98
52086116--52086295	96	1.9	96	87	2	263	24	18	30	26	1.98
52104127--52104215	24	3.6	24	71	15	74	68	1	2	28	1.08
52104132--52104173	6	7.0	6	78	10	50	76	0	0	23	0.79
52116839--52116892	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
52117145--52117332	49	3.8	49	82	2	259	25	18	26	29	1.98
52117140--52117332	100	1.9	100	94	0	341	25	18	26	29	1.98
52117370--52118142	385	2.0	385	100	0	1546	39	7	19	33	1.79
52123360--52123584	49	4.5	50	74	8	199	28	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52131107--52131135	12	2.4	12	100	0	58	20	37	0	41	1.53
52134656--52134680	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
52139908--52139995	5	16.8	5	73	19	65	17	4	1	77	1.00
52139904--52139995	6	16.0	6	72	10	68	17	4	1	77	0.99
52139920--52139970	17	3.1	16	83	10	68	15	3	1	78	0.99
52139904--52139993	38	2.4	38	80	10	96	17	4	1	76	1.01
52143501--52143678	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
52143522--52143677	82	1.9	81	88	3	233	30	28	14	26	1.95
52155746--52155977	48	4.9	48	73	6	175	26	17	28	27	1.98
52155756--52155974	95	2.3	96	80	2	235	26	17	28	26	1.98
52157997--52158110	23	5.0	23	73	8	81	23	22	18	35	1.96
52158277--52158322	20	2.3	20	88	0	65	32	2	26	39	1.68
52158308--52158405	20	4.9	20	73	5	65	37	10	16	35	1.82
52159757--52160012	55	4.8	53	79	8	236	36	16	24	21	1.94
52170222--52170358	46	3.0	46	84	0	184	26	30	8	35	1.85
52170332--52170761	47	9.1	47	90	2	635	26	29	10	32	1.91
52170444--52170521	25	3.2	25	66	23	76	30	32	8	28	1.88
52173279--52173422	39	3.7	39	89	0	207	30	27	22	19	1.98
52175396--52175482	45	2.0	44	81	6	104	24	12	27	35	1.92
52178103--52178127	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
52178287--52178365	9	8.8	9	97	0	131	37	29	10	22	1.87
52194623--52194778	27	5.7	27	81	4	179	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52194623--52194778	82	1.9	81	86	3	224	25	16	28	30	1.96
52194622--52194799	27	6.6	27	80	3	169	24	15	28	30	1.96
52200166--52200321	27	5.7	27	83	4	188	25	15	28	30	1.96
52200166--52200321	82	1.9	81	88	3	233	25	15	28	30	1.96
52200165--52200342	27	6.6	27	81	3	178	25	15	28	30	1.95
52202495--52202575	29	2.9	28	78	8	76	24	34	14	25	1.94
52202523--52202610	29	3.0	29	83	0	86	26	32	14	26	1.95
52209332--52209365	16	2.1	16	88	0	50	58	20	5	14	1.57
52215700--52215785	43	2.0	44	82	15	108	66	2	11	19	1.34
52224426--52224541	55	2.1	55	83	3	144	18	28	28	25	1.98
52226605--52226658	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
52231387--52231432	24	2.0	23	86	4	65	23	4	41	30	1.74
52233861--52233916	28	2.0	28	100	0	112	28	17	10	42	1.83
52234124--52234161	3	12.7	3	94	0	67	68	0	31	0	0.90
52239220--52239301	43	1.9	43	89	0	128	29	32	24	13	1.93
52239294--52239373	38	2.1	38	88	0	115	28	28	23	18	1.98
52241186--52241370	40	4.6	40	80	7	214	24	23	27	24	2.00
52241186--52241370	80	2.3	81	86	6	243	24	23	27	24	2.00
52244600--52244784	40	4.7	40	78	7	173	24	27	22	25	2.00
52251851--52252035	40	4.7	40	80	6	198	25	28	21	23	1.99
52263409--52263593	40	4.6	40	81	7	223	24	23	27	24	2.00
52263409--52263593	80	2.3	81	86	4	250	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52275803--52275987	40	4.6	40	78	7	205	25	22	27	24	2.00
52275803--52275987	80	2.3	81	85	6	234	25	22	27	24	2.00
52285569--52285740	93	1.8	93	90	2	274	27	27	22	22	1.99
52285562--52285742	46	3.9	46	75	5	186	28	27	21	22	1.99
52294734--52294809	26	2.9	26	78	3	82	42	23	17	17	1.89
52296258--52296300	16	2.6	17	86	13	63	69	9	16	4	1.31
52296256--52296301	17	2.9	15	82	17	58	65	13	15	6	1.46
52301483--52301517	17	2.1	16	89	5	52	17	20	14	48	1.81
52302404--52302470	26	2.6	26	79	9	82	43	20	17	17	1.88
52302874--52303181	155	2.0	155	90	0	490	25	30	18	24	1.98
52304216--52304266	24	2.1	24	82	7	59	19	39	3	37	1.70
52308640--52308668	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
52310447--52310476	14	2.1	14	100	0	60	33	33	6	26	1.83
52328978--52329030	22	2.4	22	96	0	97	28	3	33	33	1.75
52329502--52329936	50	8.6	50	77	3	390	27	18	24	28	1.98
52329506--52329937	151	2.9	151	88	1	634	27	18	24	29	1.98
52329704--52329885	101	1.8	101	87	2	276	28	20	24	26	1.99
52330146--52330175	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
52331050--52331086	16	2.3	16	95	0	65	18	13	24	43	1.86
52336518--52336964	50	8.9	50	77	5	409	26	17	24	30	1.97
52336518--52336958	151	2.9	151	89	2	643	26	18	24	31	1.97
52336518--52336964	101	4.4	98	76	10	366	26	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52341334--52341410	27	2.8	28	94	4	138	20	16	33	28	1.95
52342600--52342633	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
52343444--52343547	54	1.9	54	86	0	145	16	25	29	27	1.97
52344837--52345007	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
52344841--52345012	46	3.7	46	78	13	199	22	21	27	28	1.99
52352421--52352591	93	1.8	93	92	0	288	21	22	28	28	1.99
52352425--52352596	46	3.7	46	74	13	172	21	22	27	29	1.99
52358709--52358900	81	2.4	81	84	0	233	32	23	18	26	1.97
52358712--52358896	40	4.6	40	83	1	208	32	23	18	25	1.97
52362322--52362519	99	2.0	99	91	0	324	26	10	21	41	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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