genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22285349--22285843	147	3.4	140	82	7	447	30	12	30	26	1.93
22286045--22286189	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
22299265--22299308	22	2.0	22	82	8	54	20	6	20	52	1.69
22299832--22299981	75	2.0	75	100	0	300	25	16	26	32	1.96
22300234--22300426	27	7.1	27	78	4	158	38	21	11	27	1.88
22300245--22300425	81	2.2	81	82	3	213	40	20	11	27	1.87
22306204--22306279	38	2.0	38	92	0	125	32	11	23	31	1.91
22307470--22307614	40	3.6	40	83	4	175	26	24	24	23	2.00
22309913--22309988	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
22311177--22311321	40	3.6	40	82	4	166	26	23	26	24	2.00
22313793--22313959	43	3.9	44	77	9	166	35	26	15	22	1.94
22317282--22317388	43	2.5	43	77	7	119	26	18	25	29	1.98
22318978--22319037	30	2.0	31	83	3	77	16	23	16	43	1.87
22322774--22322803	15	2.0	15	93	0	51	70	0	23	6	1.11
22328375--22328473	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
22331966--22332024	30	1.9	31	86	3	84	15	20	18	45	1.85
22335413--22335564	43	3.6	43	80	10	161	26	26	20	25	1.99
22350113--22350253	40	3.5	40	83	4	167	24	24	26	24	2.00
22354056--22354139	39	2.2	39	93	0	141	23	22	25	28	1.99
22358302--22358482	80	2.3	80	83	9	219	27	28	21	23	1.99
22358298--22358482	40	4.6	40	82	6	189	28	27	21	23	1.99
22375304--22375335	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22375543--22375576	13	2.6	13	90	0	50	26	38	26	8	1.85
22382527--22382558	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
22386898--22386931	13	2.6	13	100	0	68	50	5	0	44	1.26
22395377--22395597	40	5.6	40	79	7	202	23	21	27	27	1.99
22403307--22403485	40	4.6	38	78	10	150	23	20	28	27	1.99
22403422--22403521	38	2.6	39	84	6	114	25	22	27	26	2.00
22419934--22420038	29	3.7	29	78	12	101	26	27	16	29	1.97
22419944--22420023	29	2.7	30	86	7	110	25	27	17	30	1.97
22420116--22420161	19	2.4	19	96	0	83	15	39	15	30	1.88
22421593--22421624	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
22421911--22421954	22	2.0	22	81	0	52	36	27	4	31	1.77
22422708--22422745	12	3.2	12	88	0	58	78	0	2	18	0.86
22426179--22426262	41	2.0	41	97	0	159	36	13	17	32	1.88
22426651--22426912	50	5.2	50	91	0	398	44	20	10	24	1.83
22427742--22427771	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
22434555--22434814	50	5.2	50	89	2	407	41	20	11	26	1.86
22437584--22437698	44	2.7	41	78	11	115	24	19	23	33	1.97
22445297--22445461	43	3.9	41	77	10	163	23	17	26	32	1.96
22451545--22451640	48	2.0	48	100	0	192	37	8	14	39	1.76
22462968--22463056	28	3.2	28	86	0	115	20	13	37	29	1.91
22463376--22463632	27	9.7	27	78	9	251	40	19	8	31	1.82
22463376--22463605	53	4.3	53	81	6	254	40	20	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463375--22463605	80	2.9	80	86	1	322	40	20	8	30	1.82
22463588--22463645	27	2.1	27	96	0	107	39	12	13	34	1.82
22476888--22476943	15	3.7	15	83	7	78	10	16	12	60	1.58
22476886--22476943	30	1.9	30	89	6	91	10	15	15	58	1.62
22479374--22479498	46	2.7	46	84	10	141	21	22	28	28	1.99
22489263--22489323	21	2.8	21	95	5	104	42	1	3	52	1.27
22489874--22490281	208	2.0	206	90	3	649	33	31	8	26	1.86
22490739--22491369	211	3.0	208	89	3	967	33	30	8	27	1.86
22491584--22491630	19	2.3	21	86	13	64	14	40	0	44	1.46
22491827--22492454	211	3.0	209	88	2	931	32	29	8	29	1.87
22492910--22493552	210	3.0	209	86	5	867	33	30	8	28	1.87
22493335--22493362	13	2.2	13	100	0	56	21	39	7	32	1.80
22494033--22494429	209	1.9	210	91	1	654	32	30	8	28	1.87
22493120--22495300	874	2.5	876	86	3	2952	28	27	10	34	1.89
22494884--22495519	211	3.0	209	83	5	774	33	29	8	27	1.87
22495104--22498781	877	4.2	872	84	4	4540	27	26	10	35	1.89
22496876--22497275	211	1.9	207	85	7	556	32	29	10	28	1.89
22497959--22499414	632	2.3	632	97	0	2702	26	25	10	37	1.89
22499231--22499626	210	1.9	209	90	2	634	33	30	8	28	1.86
22500085--22500713	210	3.0	211	85	2	847	33	30	8	27	1.86
22501169--22501800	211	3.0	210	92	1	1014	33	30	7	27	1.85
22502272--22502675	211	1.9	210	91	3	661	31	30	9	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22501380--22503813	876	2.8	870	87	3	3413	26	27	10	35	1.89
22503154--22503548	212	1.9	211	88	2	607	31	28	10	29	1.90
22503889--22503914	12	2.2	12	100	0	52	46	38	7	7	1.61
22503985--22504128	13	11.6	13	72	23	116	36	49	0	13	1.48
22503994--22504043	9	5.1	9	77	17	55	36	50	0	14	1.43
22503985--22504128	22	6.4	22	72	19	102	36	49	0	13	1.48
22504003--22504122	48	2.6	44	79	12	143	37	49	0	12	1.47
22504495--22504536	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
22504895--22504928	17	1.9	18	88	5	52	17	2	8	70	1.25
22507384--22507430	19	2.5	19	89	6	69	29	21	6	42	1.77
22512094--22512576	205	2.4	205	92	0	804	29	19	21	29	1.97
22512588--22513346	44	17.2	44	75	10	577	30	17	24	27	1.97
22512603--22513293	132	5.2	132	93	0	1157	30	18	24	27	1.98
22513610--22513753	13	12.6	13	71	23	96	36	48	0	15	1.45
22513628--22513729	22	4.5	22	78	11	116	37	47	0	15	1.46
22513619--22513646	9	3.1	9	100	0	56	35	53	0	10	1.36
22513610--22513689	31	2.4	34	85	8	94	37	46	0	16	1.47
22513637--22513738	48	2.1	48	88	0	159	38	46	0	15	1.46
22513681--22513747	35	1.9	35	96	0	125	38	49	0	11	1.40
22514132--22514264	3	44.3	3	71	12	51	30	9	2	58	1.41
22514132--22514173	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
22514158--22514239	33	2.3	38	83	12	102	34	12	0	53	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22515613--22516025	210	2.0	210	90	0	655	32	29	8	28	1.87
22516482--22516882	210	1.9	210	87	2	590	34	30	9	25	1.87
22515403--22517563	876	2.5	873	85	3	2928	26	27	10	36	1.89
22517982--22518420	211	2.1	210	90	1	691	32	30	9	27	1.88
22518016--22521051	877	3.5	871	85	3	4024	27	26	10	35	1.89
22519774--22520173	210	1.9	210	90	1	640	34	29	8	28	1.86
22520659--22521261	209	2.8	210	86	4	807	32	28	9	29	1.88
22521723--22522140	209	2.0	209	89	1	642	32	30	9	27	1.89
22531786--22531830	17	2.8	17	83	6	58	82	6	4	6	0.95
22531772--22531824	23	2.3	23	81	15	65	83	5	3	7	0.92
22532583--22532622	20	2.0	20	100	0	80	40	25	15	20	1.90
22535359--22535628	47	5.8	45	73	15	185	22	30	21	26	1.99
22536331--22536356	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
22542151--22542367	40	5.5	40	81	8	230	25	28	22	23	1.99
22542186--22542365	79	2.3	81	83	6	226	26	28	21	22	1.99
22548420--22548570	27	5.5	27	90	2	221	26	14	28	30	1.95
22548420--22548570	55	2.7	55	89	2	232	26	14	28	30	1.95
22548420--22548570	82	1.8	82	91	0	248	26	14	28	30	1.95
22559462--22559581	57	2.1	57	96	0	231	43	34	4	18	1.69
22560821--22560850	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
22561639--22561667	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
22562643--22562799	43	3.7	43	84	1	181	31	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22564640--22564832	42	4.6	42	81	5	219	30	23	15	30	1.95
22564634--22564832	84	2.4	85	83	2	249	31	23	15	30	1.95
22568971--22569029	30	2.0	30	93	0	100	30	3	11	54	1.53
22568972--22569036	30	2.2	30	88	0	94	30	3	13	52	1.56
22576020--22576260	43	5.7	42	72	7	166	28	24	18	28	1.98
22576020--22576260	85	2.8	85	84	3	272	28	24	18	28	1.98
22576059--22576289	85	2.7	85	84	2	275	28	23	18	29	1.98
22578219--22578540	46	6.8	48	77	12	267	25	18	31	24	1.97
22589068--22589121	7	7.6	7	95	4	99	12	0	40	46	1.42
22592589--22592717	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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