genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76999105--76999167	3	21.3	3	75	15	60	30	4	1	63	1.24
76999621--76999679	30	2.0	30	86	6	84	32	6	1	59	1.34
77005623--77005917	150	2.0	150	93	3	506	47	18	1	32	1.58
77006211--77006254	18	2.5	17	81	7	52	45	2	0	52	1.13
77014044--77014278	48	4.9	49	72	4	199	27	25	18	29	1.98
77014044--77014273	96	2.4	96	80	1	246	26	25	18	29	1.98
77014942--77015215	46	6.0	46	88	0	343	20	24	13	41	1.88
77014942--77015205	92	2.9	92	89	1	395	20	24	14	41	1.88
77016538--77016582	12	3.8	12	100	0	90	60	0	8	31	1.28
77023337--77023573	49	4.8	49	76	6	244	31	25	16	27	1.96
77029696--77029727	16	1.9	17	93	6	57	56	15	0	28	1.40
77030266--77030302	18	2.0	19	85	15	51	40	0	8	51	1.32
77030399--77030463	34	1.9	34	87	0	94	33	3	35	27	1.73
77031981--77032017	11	3.5	11	79	20	51	75	0	5	18	0.99
77032345--77032389	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
77032878--77032917	18	2.3	17	91	4	62	60	0	7	32	1.25
77033601--77033641	17	2.4	16	84	11	55	82	0	12	4	0.81
77033604--77033660	22	2.5	23	77	13	64	77	0	12	10	1.00
77033601--77033647	18	2.7	17	87	9	60	80	0	10	8	0.89
77049341--77049391	21	2.5	21	84	12	63	54	1	1	41	1.22
77049353--77049396	19	2.3	20	80	7	56	54	0	4	40	1.21
77050609--77050660	22	2.3	23	83	9	63	9	9	1	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77051330--77051423	28	3.5	26	74	17	86	29	5	1	63	1.23
77051635--77051689	27	2.0	27	85	0	74	29	5	7	58	1.48
77051664--77051708	17	2.4	18	82	17	56	26	6	11	55	1.59
77056250--77056290	19	2.2	19	86	4	57	60	4	0	34	1.18
77069211--77069259	21	2.4	21	80	12	57	32	2	0	65	1.04
77079783--77079954	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	20	1.98
77079776--77079951	46	3.8	46	76	12	198	28	29	21	20	1.98
77082086--77082130	7	5.8	8	87	7	58	66	2	0	31	1.04
77082084--77082130	16	3.1	15	88	11	69	65	2	0	31	1.04
77085728--77085773	14	3.2	14	81	3	56	34	0	10	54	1.36
77085728--77085783	29	1.9	29	85	7	78	37	3	8	50	1.51
77088367--77088426	27	2.2	26	80	16	68	61	3	5	30	1.33
77089206--77089262	22	2.6	22	86	8	73	57	0	8	33	1.29
77090702--77090771	26	2.7	25	78	8	77	61	1	4	32	1.24
77090623--77090771	52	2.9	52	76	7	153	57	4	4	33	1.38
77090589--77090870	25	11.3	24	67	13	124	57	4	5	32	1.43
77099543--77099609	25	2.6	25	83	7	80	7	10	19	62	1.50
77105626--77105847	82	2.7	82	86	3	313	37	16	14	31	1.89
77105625--77105834	81	2.6	80	86	2	303	37	16	14	31	1.89
77108389--77108423	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
77108378--77108648	144	1.9	147	92	3	467	46	3	2	46	1.34
77108533--77108567	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77108729--77108824	45	2.1	45	86	3	131	32	27	5	35	1.79
77108803--77108835	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
77108816--77108858	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
77112244--77112283	21	1.9	21	89	0	62	62	30	5	2	1.29
77113692--77113722	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
77114591--77114647	28	2.0	28	93	0	96	47	15	5	31	1.68
77115542--77115594	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
77118872--77118906	17	2.0	18	88	5	54	31	0	0	68	0.90
77118882--77118924	17	2.4	18	84	3	52	39	2	2	55	1.25
77120754--77120850	33	2.8	35	72	20	89	43	2	3	51	1.29
77123077--77123109	11	2.7	13	81	18	52	30	0	0	69	0.88
77123086--77123112	11	2.5	11	100	0	54	29	0	0	70	0.88
77123128--77123166	15	2.5	16	87	4	62	56	0	7	35	1.28
77123128--77123173	15	3.0	15	80	3	56	52	0	10	36	1.37
77123986--77124025	21	1.9	21	85	10	55	42	0	2	55	1.13
77123985--77124032	21	2.3	21	78	7	53	45	0	2	52	1.12
77127076--77127104	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
77131298--77131409	38	2.9	38	82	0	143	31	6	19	42	1.76
77131870--77131904	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
77138241--77138298	29	2.0	28	80	9	64	75	8	12	3	1.14
77138831--77138903	6	11.8	6	78	18	71	80	1	1	16	0.85
77138828--77138922	14	6.7	14	83	6	111	78	1	4	15	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77138828--77138905	27	2.8	28	82	5	104	80	1	1	16	0.84
77138831--77138903	21	3.5	20	81	5	92	80	1	1	16	0.85
77138828--77138917	35	2.5	35	82	5	110	80	1	3	15	0.91
77138831--77138917	21	4.2	21	79	7	72	80	1	3	14	0.90
77139982--77140166	64	2.8	66	87	2	257	29	19	14	37	1.91
77140572--77140674	44	2.3	45	83	11	124	33	15	23	28	1.95
77140378--77140661	147	1.9	147	84	5	378	29	18	26	25	1.98
77140571--77140905	177	1.9	177	87	4	489	29	15	25	28	1.96
77140959--77141717	177	4.3	176	80	6	793	32	17	22	28	1.96
77140526--77141377	441	1.9	440	84	5	1110	31	17	22	29	1.96
77140959--77141720	355	2.2	353	83	3	935	32	17	22	27	1.96
77141749--77141791	21	2.0	21	100	0	86	37	23	18	20	1.94
77141992--77142026	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
77146236--77146317	35	2.3	35	87	2	119	10	14	30	43	1.80
77158638--77158666	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
77158578--77158649	27	2.5	30	72	14	71	52	0	4	43	1.20
77159511--77159729	45	4.9	45	93	2	329	26	30	22	21	1.99
77161866--77161896	14	2.2	14	100	0	62	48	12	9	29	1.73
77165770--77165849	30	2.5	33	76	13	78	30	5	2	62	1.29
77165771--77165831	30	2.0	32	83	6	81	32	6	1	59	1.33
77165811--77165863	25	2.2	24	83	10	63	26	1	3	67	1.17
77165889--77165941	10	5.4	10	77	8	56	26	1	1	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77165890--77165972	8	9.6	8	71	17	51	31	1	1	66	1.07
77165892--77165979	20	4.9	18	73	14	67	32	1	2	63	1.14
77165938--77165972	15	2.3	15	90	5	52	34	0	0	65	0.93
77168698--77168740	10	4.4	9	81	16	50	27	0	0	72	0.85
77168700--77168739	21	1.9	21	89	0	62	27	0	0	72	0.85
77171731--77171768	18	2.2	17	90	4	58	44	0	2	52	1.14
77183629--77183689	17	3.5	18	74	14	56	29	0	4	65	1.13
77183741--77183783	15	2.7	16	82	7	52	32	0	0	67	0.91
77184381--77184408	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
77185753--77185782	15	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
77188481--77188514	17	2.0	17	100	0	68	47	17	35	0	1.48
77190726--77190772	17	2.7	18	87	12	71	51	0	4	44	1.21
77199050--77199077	13	2.2	13	100	0	56	14	7	14	64	1.48
77199662--77199836	30	5.8	30	91	0	269	26	47	3	22	1.67
77199662--77199836	60	2.9	60	96	0	314	26	47	3	22	1.67
77200332--77200542	25	8.4	25	68	18	98	34	4	3	56	1.38
77200384--77200530	25	5.6	27	73	10	108	33	6	4	55	1.45
77200405--77200486	28	2.8	30	76	9	80	30	6	3	59	1.39
77200516--77200571	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
77200692--77200725	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
77200692--77200725	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
77200692--77200732	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77201321--77201543	111	2.0	111	100	0	446	28	15	16	39	1.89
77209151--77209325	70	2.5	70	86	4	221	28	14	22	34	1.94
77209343--77209681	72	4.5	75	83	6	384	31	15	20	32	1.93
77209834--77209969	70	2.0	69	91	4	220	22	15	23	38	1.92
77210168--77210202	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
77210183--77210350	73	2.3	74	90	2	266	24	17	21	36	1.94
77210024--77210670	162	4.1	161	83	8	839	25	16	21	36	1.94
77210330--77210358	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
77210256--77210439	90	2.1	87	87	6	262	25	16	19	38	1.93
77210364--77210659	74	4.0	74	91	3	456	27	16	22	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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