genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18190961--18191116	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
18194698--18194775	31	2.4	33	81	8	90	30	12	12	43	1.81
18196426--18196461	17	2.1	17	94	0	63	50	5	19	25	1.69
18198992--18199044	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18202587--18202653	27	2.6	27	77	13	77	44	4	0	50	1.22
18204854--18205023	47	3.7	45	78	8	146	31	25	21	22	1.98
18209616--18209726	42	2.6	42	85	4	134	24	18	32	25	1.97
18209752--18209837	22	3.9	22	70	8	68	15	25	22	37	1.93
18227012--18227049	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
18228978--18229201	40	5.6	40	84	7	278	24	22	27	25	2.00
18228977--18229224	119	2.1	119	82	7	290	25	21	27	25	2.00
18241925--18241960	17	2.1	18	89	5	56	52	5	8	33	1.55
18251725--18251798	35	2.1	35	97	0	139	45	2	27	24	1.66
18253455--18253492	19	2.1	18	85	14	51	36	0	2	60	1.11
18255389--18255520	56	2.4	55	90	1	210	28	12	24	34	1.92
18257909--18257959	26	2.0	26	88	0	75	41	23	17	17	1.90
18269614--18269703	29	3.2	26	84	10	90	31	28	10	30	1.89
18269633--18269703	29	2.4	29	90	4	108	33	26	8	30	1.86
18273413--18273490	40	2.0	39	84	2	102	26	17	25	29	1.98
18273509--18273577	28	2.4	29	83	4	79	30	18	27	23	1.98
18283860--18284030	93	1.8	93	92	2	290	29	29	19	21	1.98
18283853--18284033	46	3.9	46	76	12	190	29	29	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18301695--18301877	40	4.6	39	83	6	210	25	21	27	25	2.00
18301695--18301877	78	2.3	80	82	8	214	25	21	27	25	2.00
18303756--18303818	31	2.0	31	90	0	99	31	15	30	22	1.95
18306357--18306410	25	2.1	26	86	10	76	31	3	5	59	1.38
18311361--18311451	28	3.2	28	86	9	114	31	12	26	29	1.92
18318775--18318890	58	2.0	58	85	8	157	47	5	18	29	1.70
18319079--18319156	36	2.2	36	100	0	156	43	2	19	34	1.64
18320805--18320969	9	17.4	9	66	17	50	65	2	1	30	1.13
18320828--18320895	28	2.4	29	80	5	84	58	2	1	36	1.22
18320904--18320969	19	3.6	18	75	10	62	66	3	1	28	1.15
18321201--18321290	29	3.1	29	68	12	69	31	7	1	60	1.32
18321164--18321323	59	2.7	58	75	12	157	29	7	1	61	1.31
18321307--18321352	18	2.4	21	72	24	55	30	0	4	65	1.12
18323374--18323537	80	2.0	80	98	0	319	32	12	18	35	1.88
18324993--18325056	33	2.0	33	84	3	85	54	7	3	34	1.45
18325021--18325076	20	2.8	20	76	10	53	64	8	1	25	1.32
18329284--18329313	15	1.9	16	93	6	53	56	13	3	26	1.52
18330625--18330714	13	6.9	13	87	0	117	28	6	26	37	1.82
18332773--18332978	72	2.8	72	90	2	324	56	15	6	21	1.62
18334717--18334888	40	4.3	40	89	2	231	26	27	20	25	1.99
18341917--18342088	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
18341919--18342141	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18341917--18342141	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
18342073--18342150	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
18343706--18343753	18	2.7	18	96	0	87	35	12	16	35	1.87
18348416--18348471	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
18348884--18348939	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
18356268--18356330	25	2.8	21	71	17	63	30	1	14	53	1.50
18357546--18357602	28	2.0	28	89	0	87	59	3	1	35	1.25
18357688--18357733	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
18357717--18357747	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
18363832--18363880	25	2.0	25	95	0	89	26	4	22	46	1.69
18389256--18389439	40	4.6	40	87	5	239	25	26	23	24	2.00
18395307--18395482	46	3.8	46	77	15	200	20	19	29	30	1.97
18395304--18395473	93	1.8	93	94	0	304	21	20	29	29	1.98
18400131--18400314	40	4.6	40	86	5	239	25	26	23	23	2.00
18407817--18407855	17	2.2	17	86	4	51	10	20	0	69	1.17
18415699--18415743	16	2.6	17	82	10	56	28	11	11	48	1.73
18420635--18420665	13	2.4	13	94	0	53	35	41	9	12	1.76
18424549--18424591	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
18431393--18431491	27	3.5	28	89	5	130	32	28	13	26	1.93
18439206--18439273	26	2.4	29	88	9	106	30	29	11	27	1.92
18468806--18469077	40	6.8	41	86	4	358	24	20	28	26	1.99
18468810--18469097	120	2.4	120	94	0	488	23	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18482032--18482099	33	2.1	33	100	0	136	33	29	17	19	1.95
18483221--18483272	27	1.9	27	92	0	86	28	19	17	34	1.94
18483221--18483287	27	2.5	27	85	0	71	28	16	16	38	1.90
18483266--18483409	27	5.3	27	86	0	180	29	9	22	38	1.86
18483239--18483407	54	3.1	54	82	3	162	29	11	21	37	1.88
18483266--18483418	81	1.9	81	83	2	200	29	9	21	39	1.84
18483719--18483881	28	5.8	28	83	5	143	20	34	17	27	1.95
18486010--18486164	43	3.7	42	78	6	179	23	18	28	29	1.98
18489170--18489218	25	2.0	25	95	0	89	38	16	20	24	1.92
18495106--18495151	22	2.0	23	84	12	60	69	2	8	19	1.25
18495884--18495922	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
18513814--18513917	23	4.5	23	80	3	111	39	17	19	24	1.92
18516480--18516601	45	2.7	45	85	0	181	36	24	13	25	1.91
18517666--18517698	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
18520778--18520826	22	2.2	22	96	0	89	32	26	4	36	1.75
18524184--18524350	45	3.7	45	83	3	219	34	26	13	25	1.93
18524183--18524350	90	1.9	90	87	2	248	34	26	14	25	1.94
18526472--18526656	40	4.7	40	84	6	225	25	27	22	24	2.00
18526472--18526656	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
18530423--18530477	11	5.5	11	71	20	57	38	10	20	30	1.87
18530404--18530477	20	3.8	20	87	10	102	37	9	18	33	1.84
18530405--18530477	39	1.9	37	86	10	103	38	9	19	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18530527--18530671	26	5.7	26	87	2	206	27	23	22	26	1.99
18530527--18530671	51	2.8	51	88	2	211	27	23	22	26	1.99
18532718--18532790	6	11.8	6	73	21	62	46	15	19	19	1.84
18532723--18532790	25	2.7	25	88	4	102	45	16	19	19	1.85
18533007--18533058	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
18533295--18533570	27	10.2	27	84	1	293	40	6	20	31	1.79
18533295--18533553	54	4.8	54	85	1	340	42	6	20	30	1.78
18533306--18533553	81	3.1	81	87	0	343	42	7	18	31	1.78
18533555--18533610	27	2.2	25	84	12	69	25	8	19	46	1.79
18533567--18533724	54	2.9	55	76	7	162	29	8	21	41	1.82
18533591--18533717	27	4.8	26	76	12	105	29	7	22	40	1.80
18535675--18535741	31	2.2	31	86	0	89	50	11	16	20	1.76
18535666--18535722	12	4.7	12	72	12	53	49	12	17	21	1.79
18535675--18535753	31	2.5	31	83	4	88	50	11	16	21	1.76
18535872--18535931	27	2.3	26	88	2	84	38	20	20	21	1.94
18536257--18536505	27	9.2	27	84	3	279	40	7	21	30	1.81
18536257--18536505	80	3.1	80	87	2	347	40	7	21	30	1.81
18536499--18536651	54	2.9	54	81	4	175	28	8	23	39	1.84
18536499--18536651	27	5.7	25	75	9	108	28	8	23	39	1.84
18536481--18536651	27	6.3	26	75	12	105	28	8	21	40	1.83
18536592--18536651	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
18539515--18539586	28	2.6	28	93	0	117	30	12	23	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18539490--18539587	28	3.5	28	87	1	115	28	13	25	32	1.93
18544218--18544388	46	3.7	46	77	4	182	29	27	19	22	1.98
18544219--18544389	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
18545308--18545366	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
18545337--18545386	26	2.0	24	84	7	64	30	2	6	62	1.31
18553970--18554057	44	2.0	43	84	8	115	23	17	23	35	1.95
18556049--18556122	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18562438--18562698	27	9.7	27	80	5	199	40	21	9	28	1.85
18562487--18562724	54	4.4	54	79	2	246	42	22	7	27	1.81
18562487--18562724	81	2.9	80	77	9	241	42	22	7	27	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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