genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53114470--53114579	42	2.6	42	82	7	141	30	25	19	24	1.98
53114470--53114618	43	3.5	43	81	8	151	31	26	17	24	1.97
53116152--53116413	39	6.6	39	87	6	320	24	27	22	25	2.00
53117490--53117516	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
53119151--53119204	18	2.8	19	80	11	65	24	33	1	40	1.66
53121736--53121913	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
53121757--53121912	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
53129214--53129391	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
53129235--53129390	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
53142887--53143014	28	4.5	28	85	4	159	28	13	25	32	1.93
53144292--53144353	32	1.9	32	100	0	124	35	9	29	25	1.88
53150984--53151111	28	4.5	28	87	4	168	28	12	25	33	1.92
53152387--53152450	32	2.0	32	100	0	128	34	9	31	25	1.87
53157391--53157473	42	2.0	42	90	0	130	46	14	6	32	1.69
53157496--53157535	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
53162544--53162600	27	2.1	27	100	0	114	29	15	14	40	1.87
53170565--53170617	17	3.4	17	75	20	69	43	26	3	26	1.72
53170557--53170624	30	2.3	30	100	0	136	42	27	2	26	1.70
53188756--53188973	48	4.6	48	78	8	193	23	28	19	27	1.99
53188605--53188970	47	7.7	48	72	11	238	24	27	18	28	1.98
53188709--53188973	94	2.8	94	77	12	265	24	27	18	29	1.98
53192314--53192371	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53192641--53192798	49	3.2	48	91	2	255	32	7	29	30	1.85
53192916--53192994	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
53194860--53194962	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
53194944--53195016	29	2.5	29	88	4	103	26	16	31	26	1.96
53195330--53195670	40	8.5	40	86	2	384	24	22	27	24	2.00
53198829--53198886	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
53199157--53199314	49	3.2	48	93	2	264	31	7	30	30	1.85
53199432--53199510	37	2.1	37	88	0	113	22	18	32	25	1.97
53202228--53202449	39	5.6	39	91	2	313	25	28	22	23	1.99
53207013--53207063	21	2.4	21	100	0	102	23	29	11	35	1.90
53208076--53208153	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
53209765--53210354	47	12.6	47	88	5	843	32	7	30	30	1.85
53209765--53210354	142	4.2	139	91	4	898	32	7	30	30	1.85
53209765--53210354	237	2.5	237	92	3	973	32	7	30	30	1.85
53210475--53210549	36	2.1	37	89	2	116	22	18	32	26	1.97
53224148--53224249	43	2.4	43	98	1	197	21	15	36	26	1.93
53224231--53224301	29	2.4	29	82	11	83	26	14	32	26	1.94
53224611--53224949	40	8.5	40	86	3	375	25	22	27	24	2.00
53228105--53228162	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
53228432--53228588	48	3.2	48	93	4	264	31	7	30	30	1.85
53228706--53228784	37	2.1	37	88	0	113	22	18	32	25	1.97
53231496--53231717	39	5.6	39	91	2	313	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53236278--53236328	21	2.4	21	100	0	102	23	29	11	35	1.90
53237342--53237419	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
53239035--53239633	47	12.6	47	89	3	883	31	7	30	30	1.86
53239035--53239633	96	6.3	94	91	3	892	31	7	30	30	1.86
53239035--53239633	143	4.2	143	93	1	968	31	7	30	30	1.86
53239754--53239829	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
53244550--53244724	39	4.5	39	94	2	280	22	29	24	23	1.99
53252206--53252239	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
53252250--53252335	36	2.4	35	81	9	102	32	2	5	59	1.34
53252761--53252812	27	1.9	27	88	0	77	36	11	1	50	1.50
53264277--53264391	43	2.9	39	80	6	115	51	14	20	13	1.76
53264277--53264391	39	2.8	39	80	5	104	51	14	20	13	1.76
53276347--53276385	11	3.6	11	93	3	62	35	25	0	38	1.56
53276347--53276392	21	2.1	22	84	4	58	30	28	2	39	1.69
53278054--53278121	30	2.3	30	92	0	109	29	42	17	10	1.82
53278175--53278217	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
53278460--53278499	21	1.9	21	90	10	64	35	37	15	12	1.85
53278458--53278505	21	2.3	21	78	7	62	37	39	12	10	1.77
53278736--53278762	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
53281777--53282042	126	2.1	125	86	0	361	30	16	16	36	1.92
53282238--53282301	15	4.3	15	76	11	53	48	29	0	21	1.51
53285617--53287451	625	2.9	625	97	0	3456	34	20	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53289607--53289638	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
53303100--53303179	40	2.0	40	95	0	142	32	26	21	20	1.97
53306551--53306708	39	4.1	39	93	0	271	24	29	24	21	1.99
53314404--53314514	45	2.5	45	85	2	143	45	15	18	20	1.86
53314398--53314593	45	4.4	44	78	4	131	43	15	18	21	1.87
53316313--53316598	136	2.1	137	95	0	511	32	24	18	24	1.97
53318384--53318441	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
53324011--53324118	26	4.2	26	95	0	189	36	25	6	32	1.81
53325680--53325801	57	2.1	57	83	0	163	45	15	11	27	1.80
53330170--53330196	11	2.5	11	100	0	54	33	11	29	25	1.91
53331827--53331868	19	2.3	19	87	4	59	26	14	11	47	1.78
53345828--53345982	57	2.7	58	77	7	163	32	20	18	29	1.96
53349465--53349592	47	2.7	47	84	4	152	31	28	14	25	1.95
53356798--53356934	47	2.9	46	84	2	166	30	29	16	24	1.96
53364749--53364773	11	2.3	11	100	0	50	28	24	0	48	1.52
53365188--53365259	37	1.9	37	91	0	117	33	16	4	45	1.67
53380897--53380939	22	1.9	23	85	4	61	58	6	2	32	1.38
53381239--53381268	9	3.3	9	90	0	51	60	0	0	40	0.97
53381242--53381288	24	2.0	22	84	15	60	57	0	4	38	1.18
53381338--53381376	19	2.1	19	95	0	69	51	5	12	30	1.62
53381370--53381430	24	2.6	22	73	16	52	55	3	6	34	1.42
53381421--53381529	59	1.9	56	85	9	148	56	4	2	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53381582--53381620	19	2.1	19	85	9	53	61	7	0	30	1.24
53381761--53381906	3	49.0	3	69	13	70	61	2	4	30	1.31
53381866--53381928	27	2.2	29	80	8	76	61	1	6	30	1.30
53383007--53383054	25	1.9	25	86	0	69	31	10	27	31	1.90
53383621--53383755	72	1.9	72	83	6	175	37	21	14	27	1.92
53383541--53384005	161	2.9	159	86	2	633	34	19	16	28	1.94
53384009--53384229	73	3.0	73	85	8	306	34	22	15	27	1.94
53385016--53385133	43	2.7	44	80	2	132	16	22	13	47	1.81
53391664--53391915	125	2.0	126	96	3	465	24	19	18	37	1.94
53403812--53404584	387	2.0	385	94	1	1359	39	16	11	32	1.84
53405637--53405682	13	3.6	13	82	5	58	34	4	21	39	1.73
53406580--53406655	13	6.3	12	75	10	59	80	2	2	14	0.93
53411103--53411135	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
53411103--53411147	17	2.6	17	86	6	56	48	4	0	46	1.22
53411908--53411942	17	2.1	17	94	0	61	42	28	2	25	1.69
53413376--53413447	37	1.9	37	91	0	117	33	16	4	45	1.67
53429417--53429446	9	3.3	9	90	0	51	60	0	0	40	0.97
53429420--53429466	24	2.0	22	84	15	60	57	0	4	38	1.18
53429516--53429554	19	2.1	19	95	0	69	51	5	12	30	1.62
53429548--53429608	24	2.6	22	73	16	52	55	3	6	34	1.42
53429599--53429707	59	1.9	56	85	9	148	56	4	2	35	1.34
53429760--53429798	19	2.1	19	85	9	53	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53429939--53430084	3	49.0	3	69	13	70	61	2	4	30	1.31
53430044--53430106	27	2.2	29	80	8	76	61	1	6	30	1.30
53431188--53431235	25	1.9	25	86	0	69	31	10	27	31	1.90
53431802--53431936	72	1.9	72	83	6	175	37	21	14	27	1.92
53431722--53432186	161	2.9	159	86	2	633	34	19	16	28	1.94
53432190--53432411	74	3.0	73	87	7	315	34	22	15	27	1.94
53433201--53433318	43	2.7	44	80	2	132	16	22	13	47	1.81
53439877--53440133	128	2.0	128	100	0	514	24	19	18	36	1.94
53443716--53443784	22	3.2	21	80	13	63	57	0	11	30	1.34
53444024--53444053	9	3.3	9	100	0	60	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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