genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8839896--8839936	20	2.2	19	86	8	57	56	9	0	34	1.32
8843777--8843830	26	2.1	26	82	3	65	50	3	1	44	1.30
8843834--8843871	19	2.1	18	85	9	51	65	2	0	31	1.06
8844573--8844630	31	2.0	28	83	12	73	27	1	3	67	1.17
8851341--8851547	92	2.2	93	81	1	238	39	14	19	27	1.90
8855787--8855850	21	3.1	21	67	13	60	17	29	25	28	1.97
8856788--8856813	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
8858649--8858805	77	2.0	77	89	4	237	40	15	14	29	1.87
8860633--8860872	27	8.9	27	90	1	356	27	22	9	40	1.85
8860904--8861028	27	4.6	27	84	1	151	44	22	4	28	1.73
8860904--8861106	54	3.7	54	77	5	192	41	19	7	31	1.80
8861040--8861091	27	1.9	27	84	7	70	38	13	13	34	1.84
8861994--8862090	25	3.9	24	81	6	97	26	24	22	25	2.00
8864863--8864966	39	2.7	39	96	0	190	26	27	24	21	1.99
8869771--8869848	37	2.1	38	81	15	92	26	7	23	42	1.81
8870047--8870116	30	2.5	27	80	13	95	45	2	20	31	1.65
8870057--8870119	30	2.1	30	100	0	126	47	3	19	30	1.64
8872631--8872655	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
8873037--8873061	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8877470--8877494	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8880938--8880968	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
8881557--8881585	15	2.0	15	93	6	51	27	3	0	68	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8882592--8882677	44	2.0	44	81	4	102	59	5	5	29	1.44
8884781--8885018	132	1.8	129	80	9	286	39	17	11	31	1.85
8885418--8885443	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
8887715--8887830	56	2.1	56	100	0	232	31	17	18	32	1.94
8889758--8889817	21	2.9	21	87	0	84	15	30	28	26	1.96
8893034--8893087	6	8.5	6	90	10	81	79	1	0	18	0.82
8893034--8893088	26	2.1	26	90	6	85	80	1	0	18	0.81
8893106--8893182	9	8.6	9	88	0	118	27	10	18	44	1.82
8899802--8899864	19	3.4	19	83	14	62	9	20	49	20	1.77
8899819--8899867	18	2.7	18	84	9	64	8	20	51	20	1.73
8910459--8910510	21	2.3	21	84	15	61	44	1	11	42	1.51
8911143--8911591	44	10.3	43	67	13	204	20	24	23	31	1.98
8911189--8911415	42	5.3	41	62	16	111	22	22	23	32	1.98
8911120--8911461	86	4.0	86	91	1	533	21	23	23	32	1.98
8911140--8911503	44	8.4	45	67	14	210	20	24	22	31	1.98
8911313--8911572	132	2.0	132	93	0	448	21	25	22	31	1.98
8911444--8911635	86	2.2	86	91	0	303	20	24	23	30	1.99
8911225--8911641	218	1.9	218	91	0	681	21	23	23	31	1.98
8911696--8911823	64	2.0	64	90	0	202	35	14	18	31	1.91
8917842--8918315	3	157.7	3	64	13	93	56	2	9	31	1.47
8918033--8918067	14	2.3	16	90	9	56	65	0	8	25	1.21
8919611--8919771	85	1.9	86	85	3	227	27	23	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8919791--8919999	88	2.4	88	89	3	305	28	21	21	28	1.99
8919812--8919944	44	3.0	43	65	20	103	28	22	21	27	1.99
8920059--8920196	42	3.2	42	65	15	111	22	24	21	31	1.98
8920215--8920367	42	3.6	41	70	11	119	23	22	20	33	1.97
8919982--8920482	170	2.9	168	85	4	623	22	22	22	32	1.98
8919991--8920465	256	1.8	258	87	1	713	22	22	22	33	1.98
8919982--8920501	86	6.0	86	86	3	636	22	22	22	32	1.98
8920438--8920545	46	2.4	45	89	3	155	17	25	22	34	1.96
8920496--8920649	77	2.0	74	90	3	236	21	22	25	31	1.98
8920727--8920854	64	2.0	64	90	0	202	35	15	18	29	1.92
8922051--8922221	3	56.3	3	69	9	96	58	1	8	30	1.39
8928211--8928282	18	3.9	18	74	16	67	34	0	2	62	1.10
8928802--8928869	9	7.6	9	75	21	63	35	2	0	61	1.11
8928804--8928846	17	2.5	17	85	11	52	34	0	0	65	0.93
8928802--8928854	19	2.9	19	81	15	67	35	0	0	64	0.94
8928797--8928871	18	4.1	18	80	14	73	34	4	0	61	1.15
8928797--8928889	28	3.4	27	82	5	107	34	4	0	61	1.16
8950349--8950409	31	2.0	30	83	3	77	29	22	8	39	1.83
8951794--8951866	36	2.0	36	97	0	137	35	21	6	35	1.81
8953998--8954081	40	2.1	40	97	0	159	28	30	9	30	1.89
8959263--8959375	43	2.6	43	84	6	140	31	25	15	26	1.96
8959868--8959923	28	2.0	29	82	10	71	28	23	3	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8960725--8961030	147	2.0	149	96	3	571	34	18	14	32	1.91
8976574--8976758	40	4.7	40	79	7	191	24	21	27	25	1.99
8976574--8976758	79	2.3	81	84	7	236	24	21	27	25	1.99
8976575--8976791	79	2.7	79	79	7	183	26	21	27	24	1.99
8979806--8979846	20	2.0	21	85	4	57	43	4	4	46	1.46
8986966--8987020	22	2.5	22	80	11	60	63	0	3	32	1.12
8986984--8987029	21	2.2	21	81	11	51	67	0	4	28	1.10
8987207--8987241	18	2.0	17	94	5	61	74	5	0	20	1.02
8995059--8995360	27	11.0	27	75	12	249	30	24	29	15	1.96
8995089--8995351	57	4.7	57	91	1	370	31	23	30	14	1.95
9001445--9001506	32	1.9	33	93	3	108	37	12	24	25	1.91
9002914--9002947	13	2.6	13	85	0	50	44	5	17	32	1.73
9019015--9019119	51	2.1	51	100	0	210	35	18	15	31	1.91
9019798--9019827	8	3.9	8	95	4	53	0	0	13	86	0.57
9020852--9020921	35	2.0	35	97	0	131	41	15	20	22	1.90
9026708--9026761	24	2.2	25	86	6	74	42	1	1	53	1.22
9027149--9027555	174	2.3	174	94	0	724	41	20	14	23	1.89
9028297--9028526	89	2.6	88	83	9	270	32	9	20	37	1.85
9039648--9039720	38	1.9	38	100	0	146	35	13	10	39	1.80
9045549--9045596	21	2.3	21	82	10	64	22	0	4	72	1.01
9046681--9046713	11	3.1	11	91	4	50	81	0	0	18	0.68
9053054--9053099	23	2.0	23	100	0	92	8	4	30	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9057703--9057731	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
9057714--9057754	22	1.9	21	95	5	73	60	0	2	36	1.10
9059859--9059932	22	3.4	22	72	10	71	45	20	21	12	1.83
9059854--9059960	44	2.4	44	79	4	108	42	17	25	14	1.87
9060624--9060856	120	1.9	121	92	0	387	41	15	6	36	1.72
9061467--9061615	9	16.0	9	69	19	67	32	4	2	61	1.26
9061478--9061528	19	2.7	18	87	6	66	33	5	0	60	1.21
9061472--9061558	30	3.0	30	79	12	83	36	4	0	58	1.19
9061523--9061560	19	2.1	18	90	5	58	42	2	0	55	1.14
9061462--9061570	49	2.3	46	83	9	130	34	5	0	59	1.21
9064489--9064540	25	2.1	25	96	0	95	36	19	25	19	1.95
9068498--9068525	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
9076847--9076985	72	1.9	72	89	2	217	37	12	23	26	1.90
9084871--9085080	69	3.0	69	88	1	287	20	22	23	32	1.98
9085063--9085096	16	2.1	16	88	0	50	14	41	14	29	1.86
9106575--9106662	44	2.0	46	82	13	112	55	5	0	38	1.24
9113667--9113700	13	2.6	13	85	0	50	32	17	5	44	1.73
9113755--9113824	34	2.1	34	94	2	124	44	2	0	52	1.15
9115073--9115137	32	2.0	32	96	0	121	27	21	13	36	1.92
9118378--9118410	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
9121340--9121640	27	11.0	27	76	12	256	15	29	24	30	1.96
9121349--9121586	57	4.2	57	94	0	370	15	29	23	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9129453--9129487	18	2.0	17	94	5	61	20	0	5	74	1.02
9129454--9129496	18	2.4	17	85	11	59	23	0	4	72	1.04
9129677--9129729	23	2.4	23	84	9	67	32	3	0	64	1.12
9136048--9136117	28	2.5	28	88	0	104	35	10	25	28	1.88
9141630--9141676	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
9156875--9156939	29	2.2	29	94	2	112	30	15	24	29	1.96
9157236--9157261	9	2.9	9	100	0	52	42	23	0	34	1.54
9161045--9161103	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
9161169--9161233	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
9161144--9161256	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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