genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  82679320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38671235--38671379	75	1.9	75	84	2	193	27	17	26	28	1.98
38671387--38671553	90	1.9	90	83	5	221	26	19	27	26	1.99
38676214--38676405	50	3.9	49	78	2	186	27	16	26	29	1.97
38680716--38680900	101	1.8	99	87	2	271	27	16	26	29	1.97
38680718--38680912	50	3.9	49	82	3	230	27	16	26	29	1.97
38681916--38681947	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
38686222--38686287	33	2.0	33	96	0	123	36	19	27	16	1.93
38688598--38688767	43	4.0	42	77	11	159	35	24	14	25	1.94
38689354--38689392	21	1.9	21	89	5	62	48	25	2	23	1.63
38715063--38715295	43	5.5	42	76	10	188	25	18	24	32	1.97
38715072--38715304	84	2.8	84	84	2	299	25	18	25	31	1.97
38720949--38721053	27	3.9	27	87	0	156	37	18	20	24	1.94
38720948--38721074	27	4.7	26	82	5	137	33	18	22	25	1.96
38720941--38721079	54	2.6	54	83	0	179	35	16	20	26	1.94
38721296--38721379	27	3.2	26	86	5	114	20	23	21	34	1.97
38727879--38728033	43	3.7	43	72	13	131	24	18	25	31	1.97
38730958--38731132	46	3.8	46	76	10	185	29	28	20	21	1.98
38730965--38731136	93	1.8	93	92	0	290	29	27	20	22	1.99
38734768--38735502	47	15.5	47	93	2	1227	32	8	28	29	1.87
38734768--38735502	143	5.2	143	94	1	1262	32	8	28	29	1.87
38734768--38735502	190	3.9	190	93	2	1262	32	8	28	29	1.87
38735621--38735721	37	2.7	37	92	0	166	24	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38738437--38738608	93	1.8	93	92	2	292	29	27	20	22	1.99
38738430--38738605	46	3.8	46	75	14	182	30	27	20	21	1.98
38738481--38738624	46	3.1	44	73	15	123	29	27	20	22	1.98
38740238--38740349	54	2.1	54	85	6	147	38	22	24	15	1.92
38740238--38740349	27	4.1	27	79	7	120	38	22	24	15	1.92
38744505--38744689	40	4.7	40	81	7	200	23	21	28	26	1.99
38744558--38744712	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	27	1.99
38761998--38762175	27	6.6	27	80	6	162	30	28	14	25	1.95
38761998--38762175	54	3.3	55	78	11	188	30	28	14	25	1.95
38764102--38764156	27	2.0	27	82	6	67	27	21	29	21	1.99
38764295--38764337	22	2.0	22	85	0	59	25	25	37	11	1.90
38767263--38767302	12	3.3	12	82	0	53	32	0	45	22	1.53
38768766--38768951	27	6.9	27	85	2	212	29	16	15	38	1.89
38768766--38768951	54	3.4	54	83	1	239	29	16	15	38	1.89
38768766--38768951	81	2.3	81	85	1	248	29	16	15	38	1.89
38771901--38771934	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
38772822--38772957	37	3.7	37	96	0	245	25	32	18	24	1.97
38776799--38776882	28	3.0	28	82	3	96	27	28	14	29	1.95
38779727--38779788	27	2.2	28	85	8	90	40	12	17	29	1.87
38784400--38784438	20	2.0	19	85	14	53	20	30	15	33	1.94
38787373--38787402	15	1.9	16	93	6	53	86	3	10	0	0.67
38790849--38790875	11	2.5	11	100	0	54	37	18	7	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38792305--38792444	67	2.1	67	87	2	199	30	23	27	17	1.97
38792374--38792425	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
38793412--38793501	45	2.0	45	100	0	180	31	24	17	26	1.97
38796520--38796748	40	5.7	40	94	0	386	24	27	21	25	1.99
38797970--38797994	10	2.5	10	100	0	50	0	12	0	88	0.53
38804599--38804860	40	6.6	40	91	1	393	23	27	22	26	2.00
38807277--38807306	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
38807866--38808007	43	3.3	43	87	0	203	25	15	28	30	1.96
38813336--38813364	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
38814430--38814726	43	7.0	43	86	4	413	26	17	27	29	1.97
38814430--38814710	128	2.2	128	87	3	406	26	17	27	29	1.97
38814900--38814943	18	2.3	18	84	7	52	50	4	11	34	1.59
38819989--38820096	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
38821580--38821632	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
38822790--38822861	37	1.9	37	91	0	117	29	30	18	22	1.97
38823007--38823191	48	3.8	48	89	4	291	31	25	6	36	1.82
38823007--38823190	98	1.9	97	91	4	300	30	26	6	36	1.82
38823162--38823354	47	4.1	47	90	0	278	26	30	10	32	1.91
38823254--38823325	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
38826041--38826090	21	2.4	21	96	0	91	28	18	12	42	1.85
38826473--38826784	40	7.8	40	95	0	527	25	28	22	24	1.99
38828238--38828400	48	3.4	48	95	0	299	30	26	7	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38828371--38828564	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
38828464--38828535	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
38831606--38831789	40	4.6	40	80	10	198	26	28	21	23	1.99
38831606--38831787	79	2.3	80	80	8	201	26	28	20	24	1.99
38836793--38837621	414	2.0	412	98	0	1604	36	13	14	35	1.86
38840062--38840118	23	2.4	24	82	2	71	26	21	15	36	1.93
38846958--38847326	40	9.3	40	84	0	436	30	17	28	23	1.97
38846958--38847324	119	3.1	118	84	3	441	29	17	28	23	1.97
38856991--38857024	16	2.1	17	88	5	52	70	14	0	14	1.17
38858757--38858793	12	3.1	12	84	0	56	18	35	29	16	1.93
38861428--38861489	27	2.3	27	85	0	79	30	16	16	37	1.90
38861452--38861553	27	3.8	27	76	6	91	33	11	19	35	1.88
38876031--38876172	55	2.6	55	80	0	167	15	28	28	27	1.96
38880252--38880278	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
38883765--38883793	15	1.9	15	100	0	58	55	10	6	27	1.59
38884955--38885006	27	1.9	27	84	0	68	34	13	17	34	1.89
38884987--38885096	27	4.1	27	70	12	75	31	9	22	36	1.86
38887905--38887939	16	2.1	18	89	10	56	45	17	11	25	1.81
38888434--38888511	40	1.9	41	84	2	104	26	28	19	25	1.99
38888502--38888622	42	2.9	43	83	3	174	22	27	21	28	1.99
38894228--38894283	20	2.6	22	88	8	89	30	19	21	28	1.98
38894639--38894727	27	3.3	27	80	13	94	33	13	15	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38894663--38894757	27	3.5	27	75	11	79	33	11	17	36	1.86
38897593--38897627	16	2.1	18	89	10	56	45	17	11	25	1.81
38898122--38898199	40	1.9	41	84	2	104	26	28	19	25	1.99
38898190--38898310	42	2.9	43	81	3	165	22	28	21	28	1.99
38916359--38916533	40	4.4	40	96	0	323	22	19	29	28	1.98
38916359--38916557	80	2.5	80	90	0	263	23	20	28	28	1.99
38919557--38919582	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
38923482--38923551	21	3.3	21	76	11	72	28	28	22	20	1.98
38923607--38923660	21	2.6	21	85	5	65	29	25	22	22	1.99
38923514--38923744	105	2.2	105	86	0	309	32	25	18	23	1.97
38923634--38923822	84	2.2	84	84	5	231	31	23	20	24	1.98
38923718--38924245	105	5.1	104	80	5	514	32	26	17	24	1.97
38923532--38923930	189	2.1	186	81	5	455	32	26	17	24	1.97
38923904--38923951	21	2.3	21	85	7	62	33	29	20	16	1.95
38924003--38924055	21	2.5	21	81	6	63	30	26	20	22	1.98
38924030--38924785	189	4.0	189	76	12	600	30	29	17	23	1.97
38923923--38924772	294	3.0	293	85	6	998	30	28	17	23	1.97
38924141--38924329	84	2.3	85	82	7	226	30	27	17	24	1.97
38924297--38924350	21	2.6	21	85	11	67	27	27	20	24	1.99
38924219--38924539	105	3.1	105	91	3	497	29	29	17	22	1.97
38924403--38924455	21	2.5	21	84	6	63	30	30	20	18	1.97
38924424--38924689	84	3.2	83	90	1	406	30	30	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38924675--38924728	21	2.6	21	88	5	74	29	27	20	22	1.98
38924592--38924785	105	1.8	105	88	2	300	30	30	16	22	1.96
38932344--38932383	19	2.0	20	85	4	55	62	0	22	15	1.32
38933773--38933870	27	3.5	28	87	5	119	24	13	28	33	1.93
38933801--38933883	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
38939376--38939528	67	2.3	67	95	0	270	19	30	17	32	1.95
38940544--38940583	21	1.9	21	85	10	55	60	5	15	20	1.53
38942460--38942640	40	4.6	40	89	3	260	23	20	27	28	1.99
38942460--38942640	79	2.3	80	88	3	260	23	20	27	28	1.99
38947981--38948054	29	2.5	30	82	10	91	24	16	33	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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